2006-1104 (2006.12.27)

등록

취소

5년이상 사업이 영위된 법인과 동일하게 보겠다는 의미가 강하다고 보는 것이 합목적성이 있다고 할 것이어서 이러한 법인이 설립이후 새로이 취득하는 부동산등기는 중과세제외대상으로 봄이 상당하다고 할 것으로서 처분청에서 이 사건 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있음

지방세법 제138조 【대도시 지역내 법인등기등의 중과】

처분청이 청구인에게 2006.9.12. 부과고지한 등록세 19,859,040원, 지방교육세 3,683,800원, 합계23,542,840원을 취소한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 ○○종합건설(주)에서 2000.6.3. 분할설립된 청구인이 서울특별시 ○○구 ○○동 397-37번지 토지 107.4㎡ 및 지상 지하1·지상2층 주택 162.84㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 2003.4.27. 주택건설용도로 취득한 다음 2003.5.19. 일반세율로 등기한 후 2004.12.22. 이를 매각하자 지방세법 시행령 제101조제1항제4호의 3년내 주택건설에 착공하지 아니한 것을 보아 그 취득가액(240,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 19,859,040원, 지방교육세 3,683,800원, 합계23,542,840원을 2006.9.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 대도시내 5년 이상 사업을 영위한 기존법인에서 분할하여 신설된 법인이므로 지방세법 시행령 제102조제6항(이하 “위 규정”이라 한다)에 의하여 중과세예외대상으로 보아야 하는데도 처분청은 위 규정은 부동산 등기를 제외한 법인설립등기만 해당한다고 하면서 이 사건 부동산을 법인설립후 5년내 취득한 것이지만 같은 법시행령 제101조제1항제5호의 등록된 주택건설사업자가 주택건설용도 등기하는 것이므로 중과세예외대상으로 본 다음 이를 당해용도로 착공하지 아니하고 매각하였다고 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 5년이상 사업을 영위한 기존법인에서 인적분할된 신설법인이 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 등에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하지만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고, 지방세법 시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 그 제5호의 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 해당하는 업종을 말한다고 하고 있으며, 같은 법 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하고, 같은 조제6항에서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할( 법인세법시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 하고 있으며, 법인세법 제46조제1항에서 그 제1호의 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다고 하고, 같은 법시행령 제82조제3항에서 법 제46조제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것"이라 함은 그 제1호의 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할된 것 및 그 제2호의 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것 및 그 제3호의 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것의 요건을 갖춘 것을 말한다고 하고 있으며, 조세특례제한법 제119조제1항에서 그 제10호의 법인세법 제46조제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제16호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1987.3.16. ○○종합건설(주)은 경기도 안양시 ○○구 ○○동 782-6번지를 본점소재지로, 목적사업을 주택건설업 및 부동산매매업 등으로 하여 설립하였고, 그 후 2000.6.3. 법인분할후 존속법인으로 된 다음 상호를 2001.4.11. (주)○○에버빌로 변경하였으며, 2000.6.3. 청구인은 ○○종합건설(주)에서 인적분할(※삼일회계법인의 외부감사인의 감사보고서상 누적결손금 12,460백만원으로 자본금이 완전잠식되고, 2000.6.1. 에이치제이건설주식회사에게 양도하는 등으로 순자산가액 범위내에서 20억원의 주식을 발행하여 현진종합건설주식회사의 주주에게 기존 지분비율대로 배정한다는 사실이 분할에 따른 주주에게 구주권제출공고를 한국경제신문에 한 사실 및 주식병합통지서 및 기존 주주의 주식인수증 및 청구인의 창립총회 회의록 및 개시대차대조표 등에서 확인됨)하여 ○○치제이건설(주)을 같은 동 782-6번지를 본점소재지로, 목적사업은 토목·건축공사업 및 부동산매매업 및 건축부대시설공사업 등으로 하여 설립한 다음 상호를 2001.4.13. (주)○○종합건설로, 2005.4.15. (주)○○으로 순차적으로 변경하였고, 2003.4.27.(2003.5.19. 등기함) 청구인은 이 사건 부동산을 조달준으로부터 취득하였는데 그 현황은 토지 107.4㎡지상에 주택 1층 53.68㎡ 및 2층 53.68㎡ 및 지하층 55.48㎡로 되어 있으며, 2004.12.22.(2004.12.23. 이전등기완료) 청구인은 이 사건 부동산을 민○○에게 매각한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 5년 이상 사업을 영위한 기존법인에서 분할하였으므로 지방세법 시행령 제102조제6항에 의하여 등록세 중과세 제외대상에 해당하는데도 이 사건 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 시행령 제101조제1항제5호(전자 조항)에서 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 대하여 취득 후 3년 내에 주택건설에 착공하는 전제로 중과세예외대상으로 하고 있고, 같은 법시행령 제102조제6항(쟁점 조항)에서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 기존법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 하고 있는바, 청구인의 경우, 1987.3월 대도시내에서 설립된 기존법인에서 2000.6월 인적분할된 신설법인이고, 2003.4월 이 사건 부동산을 취득한 다음 2004.12월 매각한 사실이 확인되고 있고, 처분청에서는 중과세율로 적용한 이 사건 등록세를 청구인이 쟁점 조항에 해당되지 않는다고 보아 전자 조항으로 일반과세한 다음 이를 매각으로 3년내 착공하지 아니하므로 추후 부과한 것으로서 청구인이 기존법인의 신설분할법인인데도 이 사건 부동산등기와 관련하여 쟁점 조항에 해당되지 아니하면 전자 조항의 등록세 중과세요건에 해당되는 데는 다툼이 없으므로 쟁점 조항 해석여하(즉, 설립당시의 것만 인정, 기존 법인과 같은 것으로 보아 이후 취득등기한는 것까지 인정)에 따라 판단하여 볼 것으로서 위 쟁점 조항은 분할로 인하여 신설된 법인에 대하여 등록세를 중과세하지 아니하는 것은 형식상 법인분할의 경우 법인설립등기를 함으로써 대도시내에서 새로이 법인이 신설되지만 사실상으로는 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것으로서 이러한 법인이 취득하는 부동산에 대하여서 중과세하는 것은 중과세의 입법목적과 기존법인과의 과세형평에 비추어 타당하지 아니한다는 취지에서 중과세 대상에서 제외하는 것이며, 여기서 중과세제외대상으로 삼는다는 것은,위 쟁점조항은 2001.12.31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전에는 현재와 같이 ‘법인을 설립하는 경우’가 아니라 ‘새로이 설립등기하는 경우’로 규정되어 있는 점 및 지방세법 시행령 제102조전체가 법 제138조제1항에서 대도시내 법인중과세를 규정하면서 그 중과세의 범위와 적용기준을 구체적으로 정하고 있는 점(2001.12.31. 합병의 경우도 중과세예외로 신설개정함) 등을 비추어 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 이 경우 법인분할로 인한 중과세 제외대상은 법인설립등기뿐만 아니라 설립시 수반되는 부동산 등기까지 포함하는 것으로 본다는 행정자치부 심사청구결정사례(제2004-72호, 2004.3.29.)와 같이 설립당시의 것만 인정하는 것은 법문만 아무런 한계설정규정도 없는 데에서 그것 자체도 기존 법인의 그것으로 볼 수 있다는 논란의 소지가 있으므로 위 쟁점 규정의 법인을 설립하는 경우는 단지 설립시점의 등기만 한정한 것이 아니고 설립법인을 분할전 기존 법인과의 연속성에서 대도시내 5년이상 사업이 영위된 법인과 동일하게 보겠다는 의미가 강하다고 보는 것이 합목적성이 있다고 할 것이어서 이러한 법인이 설립이후 새로이 취득하는 부동산등기는 중과세제외대상으로 봄이 상당하다고 할 것으로서 처분청에서 이 사건 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.