종합토지세를 면제할 수 있는지 여부(경정)

처분청이 1996.10.10. 청구인에게 부과고지한 1996년도분 종합토지세 87,595,530원, 도시계획세 1,345,990원, 교육세 17,519,100원, 농어촌특별세 12,155,070원, 합계 118,615,690원은 이를 과세대상 토지인ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 21필지 토지면적(27,342㎡)중에서 같은동ㅇㅇ번지외 1필지 토지면적(5,555㎡)에 대한 종합토지세 등을 취소한 후 산출한 세액으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1996년도 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 21필지 토지 27,342㎡(이하 “전체 토지” 라 한다)에 대하여 전체 토지의 과세표준액(종합합산 : 3,922,539,170원, 분리과세 : 159,823,600원, 합계 4,082,362,770원)에 지방세법 제234조의16제1항 및 제3항의 세율을 적용하여 산출한 1996년도분 종합토지세 87,595,530원, 도시계획세 1,345,990원, 교육세 17,519,100원, 농어촌특별세 12,155,070원, 합계 118,615,690원을 1996.10.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1993.9.28. 문화체육부장관에게 박물관 및 미술관진흥법 제6조제1항의 규정에 의거ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지에서ㅇㅇ가구박물관 등록을 하고 운영하던 중 시설면적이 협소하여 같은동ㅇㅇ번지외 1필지 토지 5,555㎡(이하 “이건 토지”라 한다)상에 제2박물관을 설립하고자 1996년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 제2박물관을 건축중에 있으므로 지방세법 제234조의12제2호와 서울특별시성북구세감면조례 제5조의 규정에 의거 이건 토지를 사회교육시설용에 직접 사용하는 토지로 보아 종합토지세를 과세면제하여야 하는데도 처분청에서는 과세기준일 현재 건축중에 있는 이건 토지를 사회교육시설용에 직접 사용하는 토지로 볼 수 없다 하여 이건 토지에 대하여 1996년도분 종합토지세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 과세대상 전체 토지중 이건 토지에 대한 종합토지세 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 종합토지세 과세기준일 현재 사회교육시설용 박물관을 건축중에 있는 경우 그 부속토지를 목적사업에 직접 사용하는 토지로 보아 종합토지세를 면제할 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제234조의12에서 “다음 각호에 규정하는 토지(...)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우...의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다”라고 규정하고, 같은법 제9조에서 “...지방자치단체가 과세면제·불균일과세 또는 일부 과세를 하고자 할 때에는 내무부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다”라고 규정하고, 서울특별시성북구세감면조례(이하 “감면조례”라 한다) 제5조에서 “과세기준일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 사회교육시설용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세를 면제한다. 다만, 그 시설을 다른 용도에 겸용하거나 그 시설의 전부 또는 일부를 사회교육시설용에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제5호에서 “박물관 및 미술관진흥법의 적용을 받는 박물관 및 미술관”이라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 소유하고 있는 이건 토지는 건축중인 박물관의 부속토지로서 사회교육시설용에 직접 사용되는 토지가 아니므로 감면조례 제5조에서 규정하는 종합토지세 과세 면제대상 토지에 해당되지 아니한다고 보아 이건 토지를 포함하여 전체 토지에 대한 1996년도분 종합토지세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이건 토지상에 박물관을 설립하고자 1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 박물관을 건축중에 있으므로 이건 토지를 사회교육시설용에 직접 사용하는 토지로 보아 지방세법 제234조의12제2호와 감면조례 제5조의 규정에 의거 이건 토지에 대한 종합토지세를 과세면제하여야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법 제234조의12제2호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있는 반면, 감면조례 제5조에서는 “과세기준일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 사회교육시설용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세를 면제한다...”라고만 규정하고 있을 뿐, 직접 사용의 범위에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니한 바, 상위법인 지방세법 제234조의12제2호에서의 건축물을 건축중인 경우 그 부속토지는 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다는 규정을 적용하여 이건 토지에 대한 종합토지세가 면제되어야 한다고 해석하는 것이 합리적이라고 할 것인데도 처분청은 “ 지방세법 제7조제1항, 제9조의 규정 내용에 비추어 볼 때 헌법이 보장한 자치권에 기하여 제정된 지방자치단체의 조례로써 소유권 보존등기에 대한 등록세의 면제대상이 되는 아파트의 범위를 종전보다 축소하여 정한 것은 조세법률주의 취지에 위반하는 것이라고 볼 수 없다”는 대법원 판례(1989.9.29, 88누11957)를 인용하여 감면조례 제5조의 규정이 상위법인 지방세법 제234조의12제2호의 규정보다 축소하여 규정되었다 하더라도 지방세법에 위배되지 아니하므로 감면조례 제5조에서 직접 사용의 범위에 건축중인 경우를 포함할 수 없다고 판단하였으나, 감면조례 제5조에서 직접 사용의 범위에 관하여 달리 규정을 두고 있지 않은 것일 뿐, 직접 사용의 범위에 건축중인 경우를 제외하여 지방세법보다 축소 규정하였다고는 볼 수 없어 감면조례 제5조와 지방세법 제234조의12제2호 규정의 직접 사용의 개념을 달리 보아야 할 이유가 없으므로 이건 토지는 종합토지세 과세면제 대상 토지에 해당된다고 할 것인데도 처분청이 이건 토지에 대하여 종합토지세를 부과고지한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 8. 27.

내 무 부 장 관

참조조문

유사 판례