조심 2015서4689 (2015.12.04)

법인

기각

청구법인이 수익사업에 속하는 자산 등과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 자산 등을 구분경리하지 아니한 점, 쟁점공사비의 원천이 부동산의 수용으로 인한 보상금인 것으로 조사된 점 등에 비추어 쟁점공사비의 지출이 고유목적사업의 지출 또는 사용으로 볼 수 없어 이를 손금산입대상으로 보기 어렵고, 청구법인이 법인세 신고시 고유목적사업준비금조정명세서를 제출하지 아니함에 따라 처분청이 청구법인의 법인세 신고내역 등을 근거로 2008사업연도말 고유목적사업준비금을 추정한 것은 잘못이 없어 보이므로 쟁점교육비는 2008사업연도 고유목적사업준비금에서 순차적으로 상계함이 타당함

법인세법 제3조 / 법인세법 제29조 / 법인세법 제113조 / 법인세법 시행령제56조

조심2020서0070

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1971.5.18. OOO 사업에 필요한 인적․물적 자원의 제공 등을 목적으로 설립된 비영리내국법인으로, 1994.10.18. 서울특별시 OOO 임야 6,015㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)를 증여를 원인으로 취득하여 보유하다가, 2009.1.7. 양도하고, 양도소득에 대한 법인세를 신고․납부하지 않았다.

나. 처분청은 쟁점①부동산의 양도가액 OOO원을 각 익금 및 손금산입하고, 쟁점①부동산을 비사업용 토지로 보아 2015.2.14. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.9. 이의신청(처분청은 이의신청결과, 쟁점①부동산이 비사업용 토지에 해당되지 않는다고 보아 법인세 OOO원을 감액·경정하였다)을 거쳐 2015.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 세법의 부지로 인하여 쟁점①부동산의 양도에 따른 법인세 신고를 누락하면서, 동시에 청구법인의 고유목적사업비 지출액 신고도 누락하였는바, 청구법인이 2009사업연도에 고유목적사업비로 지출한 OOO원(이하 “쟁점교육비”라 한다) 합계 OOO원에 대하여 비록, 장부상 고유목적사업준비금으로 계상하지 아니하고, 결산서에 비용으로 계상하지 않았지만 고유목적사업으로 지출한 사실이 확인되므로 2009사업연도 고유목적사업준비금 설정한도액OOO 범위 내에서 손금산입하여 법인세를 경정하여야 한다.

또한, 청구법인의 수입이 수익사업에 계상되지 아니하였어도 익금에 산입하면서, 실제로 발생한 비용이 수익사업에 계상되지 아니하였다 하여 손금에 산입하지 않는다면, 「국세기본법」에서 규정하고 있는 실질과세의 원칙 및 과세형평의 원칙에 위배되며, 청구법인의 주장과 유사한 주장을 인용한 다수의 심판결정례가 있으므로 청구법인의 주장도 인용되어야 한다.

한편, 처분청은 고유목적사업 지출액의 자금원천이 수익사업에서 발생한 자산이 아닐 경우 손금산입 대상이 아니라는 의견이나, 고유목적사업비는 비영리법인의 고유목적사업 지원을 위하여 법인세 등의 부담을 경감시켜주는 제도로서, 이를 규정한 「법인세법」 제29조에 수익사업에서 발생한 소득금액에서 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정한다고 규정하고 있을 뿐, 수익사업에서 발생한 수입을 별도의 재원으로 관리하고, 별도로 관리된 재원에서 지출되어야 한다는 규정이 없는 등 자금의 원천은 문제가 되지 않는다.

왜냐하면, 현금성 자산은 성격상 기념화폐 등 특정한 경우를 제외하고는 일반적으로 특정화되지 않고 차별화되지도 않아 동일한 금액은 동일한 가치를 지닌 것임에도 처분청이 이렇듯 차별화되지 않은 현금성 자산인 예금을 예금계좌에 의하여 인위적으로 구분하여 특정화시키는 것은 불합리하다.

청구법인은 청구법인 소유의 경기도 OOO(이하 “쟁점②부동산”이라 한다)이 2008년 12월 의정부시장에게 수용됨에 따라 받은 보상금 OOO원 등 모든 수입을 고유목적사업을 위한 예치금으로 통합보관․관리하였고, 청구법인이 지출한 고유목적사업비는 이 예치금 중에서 지출된 것으로 보유하고 있는 계좌 종류에 따라 손금여부가 달라진다면 이는 실질과세의 원칙에 위배되는 것이다.

(2) 처분청은 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 하는 것으로 쟁점공사비와 쟁점교육비는 2008사업연도말 고유목적사업준비금 OOO원에서 상계하여야 한다는 의견이나,

국세청 전산자료(재무제표)에 의하면, 2008사업연도말 청구법인의 고유목적사업준비금은 OOO원으로 되어 있으며, 2010사업연도는 국세청 전산자료에 재무제표가 없어 2010사업연도말 고유목적사업준비금은 확인되지 아니한다. 그럼에도 불구하고, 처분청은 정당하게 작성되었는지 검증되지도 아니한 2010사업연도 재무제표 부속명세서인 고유목적사업조정명세서를 근거로 2008사업연도말 고유목적사업준비금을 역산하였다. 또한, 이 과정에서도 손익계산서에는 표시되지 않았으나 대차대조표에는 계상되어 있는 이자소득 상당액의 고유목적사업준비금을 간과하는 오류를 범하였다. 설사, 처분청의 자료와 계산방법을 적용한다 하더라도 2008사업연도말 고유목적사업준비금은 OOO원이며, 2009사업연도중 청구법인이 지출한 고유목적사업비는 OOO원이므로 동 금액에서 이월된 OOO원이고, 이중 고유목적사업준비금 한도액인 OOO원을 추인하여야 한다.

(3) 청구법인이 제시한 2009사업연도 고유목적사업 지출액은 증빙제시의 편의를 위하여 일부를 제시한 것이며, OOO 재건축비용의 자금원천이 별도로 있어 인정되지 아니한다면, 고유목적사업과 관련된 일반관리 비용을 조사하여 손금으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 고유목적사업비로 지출하여 손금산입대상이라는 쟁점공사비의 자금원천은 쟁점②부동산의 수용에 따른 보상금 OOO이어서 이는 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산이므로 여기서 지출된 쟁점공사비는 고유목적사업의 지출로 볼 수 없고, 결산서에 비용으로 계상하지 아니한 지출액이므로 손금산입대상이 아니다.

(2) 청구법인이 2009사업연도 손금산입대상이라고 주장하는 쟁점교육비에 대하여 보면, 고유목적사업 등에 지출한 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 순차로 상계하여야 하는 것으로, 청구법인은 법인세 신고시 고유목적사업준비금조정명세서(갑)을 제출하지 않아 2010사업연도 직원급여 등 지출액OOO원, 2010사업연도 고유목적사업준비금 계상액 OOO원을 근거로 추정한 2008사업연도말 고유목적사업준비금은 OOO원으로 추정되고, 설령, 청구주장과 같이 2008사업연도말 고유목적사업준비금 잔액을 OOO원으로 보더라도 쟁점교육비는 청구법인이 주장하는 고유목적사업준비금 잔액을 초과하지 않아 전년도 고유목적사업준비금에서 순차적으로 상계하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사비 및 쟁점교육비를 고유목적사업 지출액으로 보아 2009사업연도 고유목적사업준비금 설정한도액 범위 내에서 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 법인세 신고내역, 쟁점공사비 등에 대하여 아래와 같이 조사하였다.

(가) 청구법인은 2008～2010사업연도 법인세 신고시 “고유목적사업준비금 조정명세서(갑)”을 제출하지 않았고, 이에 따라 처분청은 청구법인의 법인세 신고내역을 근거로 청구법인의 2008사업연도말 고유목적사업준비금 잔액을 2010사업연도 직원 급여액 OOO원에서 고유목적사업준비금 2010사업연도분 OOO원으로 추정하였다.

(나) OOO은 2015.5.14. OOO 재건축공사와 관련하여 사용승인한 예치금의 원천에 대하여 질의한 결과, OOO장은 청구법인이 쟁점②부동산의 수용대금을 예치한 OOO원을 사용하겠다고 사용승인 요청하였고, 이에 대하여 승인하였다고 회신하였다.

(2) 청구법인은 쟁점공사비 및 쟁점교육비를 고유목적사업비로 지출한 사실이 있으므로 이를 손금산입하여야 한다는 등의 청구주장과 관련하여, 고유목적사업비 지출내역, OOO 재건축 사업계획서, 견적서, 타행환 또는 무통장입금증, 영수증 등을 제출하였으며, 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록한 자료는 제시하지 않았다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 「법인세법」 제113조 제1항에 따라 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하고, 구분경리에 의하여 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출 또는 사용하는 것은 고유목적사업의 지출 또는 사용으로 볼 수 없다 할 것인바,

청구법인의 경우, 수익사업에 속하는 자산 등과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 자산 등을 구분경리하지 않은 점, 쟁점공사비의 자금원천이 쟁점②부동산의 수용으로 인한 보상금 등 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산으로 조사된 점 등에 비추어 쟁점공사비의 지출이 고유목적사업의 지출 또는 사용으로 볼 수 없어 이를 손금산입대상으로 보기 어렵다 할 것이다.

또한, 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 고유목적사업지출액 등을 손금에 산입하려면, 법인세 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하나, 청구법인은 이를 이행하지 않음에 따라 처분청이 청구법인의 법인세 신고내역 등을 근거로 2008사업연도말 고유목적사업준비금을 추정한 것은 정당해 보이고, 설령, 청구주장과 같이 2008사업연도말 고유목적사업준비금 잔액을 OOO원으로 보더라도, 쟁점교육비OOO는 2008사업연도 고유목적사업준비금에서 순차적으로 상계하는 것이 타당하다 하겠다.

한편, 청구법인은 고유목적사업 관련 일반관리 비용을 조사하여 손금산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 자료만으로는 그 구체적인 지출내역 등을 알기 어려워 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점공사비 및 쟁점교육비를 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.