쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분(경정)

○○○세무서장이 2005.9.12. 청구법인에게 한 부가가치세 1998년 1기분 1,218,100원, 1998년 2기분 12,441,000원, 1999년 1기분 21,981,160원, 2001년 2기분 82,507,770원, 법인세 1998.1.1.∼12.31. 사업연도분 55,055,850원, 1999.1.1.∼12.31. 사업연도분 54,837,000원, 2001.1.1.∼12.31. 사업연도분 8,236,360원의 부과처분 및 1998년 귀속분 115,577,000원, 1999년 귀속분 99,291,500원의 소득금액변동통지 처분은

(1) 법인세 1998.1.1.∼12.31. 사업연도분 55,055,850원, 1999.1.1.∼12.31. 사업연도분 54,837,000원의 부과처분과 1998년 귀속분 115,577,000원, 1999년 귀속분 99,291,500원의 소득금액변동통지 처분은 이를 각각 취소한다.

(2) 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 1985.1.1.부터 수배전반기 제조업을 영위하는 법인으로, 1998년 1기∼1999년 1기 과세기간중 합자회사 ○○○(이하 "청구외 법인①"이라 한다)으로부터 공급가액 195,335,000원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점 세금계산서①"이라 한다)를 교부받고, 2001년 2기 과세기간중 주식회사 ○○○(이하 "청구외 법인②"라 한다)로부터 공급가액 411,818,182원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점 세금계산서②"라 하고, 쟁점 세금계산서①과 합하여 "쟁점 세금계산서"라 한다)를 교부받아 부가가치세신고시 쟁점 세금계산서에 대한 매입세액을 공제받았다.

처분청은 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점 세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고, 쟁점 세금계산서에 대한 매입금액 214,868,500원(이하 "쟁점 매입금액"이라 한다)을 가공매입금액으로 보아 동 금액을 손금불산입하여 2005.9.12. 청구법인에게 부가가치세 1998년 1기분 1,218,100원, 1998년 2기분 12,441,000원, 1999년 1기분 21,981,160원, 2001년 2기분 82,507,770원 합계 118,148,030원, 법인세 1998.1.1.∼12.31. 사업연도분 55,055,850원, 1999사업연도분 54,837,000원, 2001사업연도분 8,236,360원 합계 118,129,210원을 결정고지하고, 쟁점 매입금액을 소득자에게 상여처분한 후 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.11.30. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인과 청구외 법인과의 거래는 청구법인의 제품을 전국 각지로 운반한 데 대한 운반비 지급액으로서, 매월 외상거래를 하고 월말에 매입세금계산서를 교부받은 후 운반비를 지급하면서 입금표를 수취하였고, 거래가 있을시에는 매월 거래일자, 운반장소, 차량중량, 차량번호, 운반금액 및 운반제품 등을 표시한 다음 거래명세서를 수취하였으며, 이를 확인한 후 운반비를 지급하였다.

위와 같은 거래과정에서 청구법인의 제품을 청구외 법인이 보내준 차량에 의하여 전국 각지로 운반된 사실이 입증된다고 보이는바, 처분청에서는 청구외 법인이 청구법인과 동일한 처분청 관할임에도 불구하고 자료상으로 고발된 내용이나 명백한 근거를 제시하지도 않고 쟁점 매입금액을 가공매입금액으로 보아 이건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 배전반을 청구외 법인에게 생산의뢰하고, 배전반 생산시에 투입되는 청구법인의 제품인 특고압반 등을 2001.6.30. 청구외 법인에 인도하였으며, 청구법인은 청구외 법인이 생산한 배전반을 납품받고, 쟁점 세금계산서를 교부받은 후 금융기관을 통하여 거래대금 453,000,000원을 지급하였다.

위와 같은 거래과정에서 제품의 인도ㆍ인수 흐름이나 청구법인이 청구외 법인에 결제한 납품대금의 흐름이 왜곡되었거나 변형된 사실이 없음이 명백한바, 처분청에서 사실과 다르다는 반증도 없이 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구외 법인은 2003.9.30.자로 100% 자료상으로 고발된 법인으로 자료상으로 고발시 실제 대표인 신○○이 작성한 전말서에 실제 운송용역은 개별차주가 제공하고 청구외 법인명의의 세금계산서를 교부하였다고 진술하고 있으므로 쟁점 매입금액을 가공매입금액으로 보아 이건 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구외 법인의 대표자인 이○○이 작성한 확인서에 의하면, 청구법인과의 거래는 실물거래없는 위장거래임을 시인하고 있으며, 청구외 법인은 수배전반을 제작할 인원 및 시설도 없는 것으로 회사 관계자들이 ○○○지방검찰청 ○○○지청(이하 "검찰"이라 한다)에서 진술한 사실이 확인되므로 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분 및 쟁점 매입금액을 가공매입금액으로 보아 동 금액을 손금불산입하여 소득자에게 상여처분한 후 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 「부가가치세법」제17조(납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 같은법 제21조(경정) ① 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

(3) 「법인세법」제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

(4) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 청구외 법인과의 거래에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 주장하는 청구외 법인과의 거래내용을 보면, 청구법인은 주문생산업체로서 전국 각지에 있는 거래처로부터 제품생산 주문을 받고, 제품생산이 완료되면 생산관리부 검수담당자 또는 생산부 출하담당자가 반출증 1매와 납품표 3매를 작성하여 청구외 법인의 운전기사에게 주고, 운전기사는 반출증 1매를 청구법인의 경비실에 제출하고, 납품표는 청구법인과 거래처 및 운송회사가 각각 1부씩 보관하는 절차를 취하여 제품의 수송에 대한 책임과 제품의 인도ㆍ인수절차를 명확하게 한 것으로 보인다.

청구법인과 청구외 법인은 매일 매일의 거래를 외상으로 하면서 매월말에 청구외 법인이 제출한 납품표와 청구법인이 보관하고 있는 반출증 및 납품표를 대조한 후, 결제하기 위하여 거래일자, 운반장소, 차량번호, 운반금액 및 운반제품 등이 기재된 매월의 거래명세서를 수취하고, 운반비를 지급하였으며, 그 내역은 다음 (표)와 같다.

(표) 생략

(나) 청구외 법인의 실질대표자 신○○은 2003.9.30. 자료상으로 고발되었고, 신○○의 전말서에 의하면, 청구외 법인의 등기부등본상 대표자는 장○○, 전○○(신○○의 배우자)으로 등재되어 있으나, 1998.5.1. 설립당시부터 2001.12.31. 폐업시까지 신○○이 운영하였고, 신○○은 합자회사 ○○○, ○○○의 전말서에 나타난 청구외 법인의 사업운영 형태를 보면, 청구외 법인의 설립당시 소속 지입차가 62대 있었고, 지입차주들이 개별적으로 운송하고 운송대금을 수령하였으며, 청구외 법인은 지입차주들의 운송료 수입에 관여하지 않았고, 지입차주들이 대부분 개인 사업자등록증이 없어 개별적으로 세금계산서를 발행하지 못하므로 청구외 법인의 명의로 세금계산서를 발행하여 매출신고를 하고, 관련 매입도 대부분 차주들에게 받아서 신고하였으며, 월말에 지입료 및 알선료(1대당 10만원∼15만원 정도), 보험료, 각종 공과금을 지입차주들로부터 받았음이 확인된다.

(다) 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청이 제출한 신○○의 전말서에 의하면, 운송비는 지입차주들이 실제 지급받은 것으로 보이고, 청구법인이 생산판매한 수배전반기는 화물차량으로 전국 각지에 운송되어야 하고, 이 경우 운반비가 필수적으로 소요됨에도 불구하고, 처분청이 쟁점 매입금액을 가공매입금액으로 보아 동 금액을 손금불산입하여 소득자에게 상여처분한 후 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이라고 판단된다.

(2) 청구법인과 청구외 법인의 거래에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2001.5.4. ○○○조합(이하 "조합"이라 한다)으로부터 배전반 생산배정을 통지받고, 배전반을 생산하여 ○○○에 납품함으로써 매출은 정상적으로 거래된 사실이 ○○○의 발주서, ○○○조합의 생산배정통지서 및 대금수령 영수증 등에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 조합으로부터 배정받은 배전반 중 일부를 청구외 법인에게 생산의뢰하여 납품받고, 쟁점 세금계산서를 교부받은 후 금융기관을 통하여 거래대금을 지급하였으므로 실지거래라고 주장하면서 거래명세서, 무통장입금증 및 입금표를 제출하고 있다.

(다) 검찰은 조합의 수배전반 등의 물량배정에 부정이 있다는 첩보에 따라 조합에 대한 수사를 하면서, 당시 청구외 법인의 대표이사였던 이○○을 2003.2.18. 피의자 신분으로 소환하여 피의자신문조서를 작성하였는데, 피의자신문조서 작성시 이○○은 이○○(조합장 겸 ○○○ 대표이사)이 청구외 법인의 명의로 조합물량을 배정받아 ○○○에서 생산을 하겠다고 하여 회사 명의를 빌려주었다고 진술하고 있고, 청구외 법인의 관리팀장 전○○의 진술에 의하면, 청구외 법인은 수배전반에 관한 일을 할 수 있는 직원이 없었고, 수배전반 공사수주를 위한 영업직원도 없었다고 진술하고 있음이 진술서 등에 의하여 확인된다.

(라) 위의 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인은 서류상으로는 청구외 법인으로부터 배전반을 납품받고, 관련대금을 지급하였으며, 쟁점 세금계산서를 교부받은 것으로 되어 있으나, 검찰의 이○○ 등에 대한 피의자신문조서 등에 의하여 청구외 법인이 배전반을 생산하지 아니한 사실이 확인되므로 처분청이 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례