[청구번호]조심 2016서2005 (2016. 11. 21.)

[세목]부가[결정유형]기각

[결정요지]쟁점거래에 대한 공사용역계약서상 거래당사자는 *****와 쟁점매출처이고, 쟁점매입세금계산서상 공급받는 자는 청구법인이 아니라 *****로 기재되어 있는 점, 청구법인이 수정세금계산서를 발급받은 사실도 없는 점, 쟁점매출처는 *****에 전자세금계산서를 발급하였으나, 청구법인은 전자세금계산서 외 발급받은 매입처별 명세로 매입세액 공제를 신고한 점 등에 비추어 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 경정ㆍ고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단됨

[관련법령] 국세기본법 제14조 / 부가가치세법 제16조 / 부가가치세법 제17조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1978.3.8.부터 OOO(이하 “OOO”라한다)의 100% 출자로 설립되어 고철‧비철‧폐전선 도매업을 영위하는 법인사업자로, 2012년 제2기 부가가치세를 신고하면서 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

나. 처분청은 쟁점매입세금계산서가 OOO이 OOO에 발급한 전자세금계산서임을 확인한 후, 그 매입세액을 불공제하여 2016.3.28.청구법인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점매입세금계산서와 관련된 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)는 청구법인이 거래당사자임이 확인되므로 실무자의 단순한 실수로 공급받는 자가 OOO로 기재되었다고 하여 그 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

청구법인은 OOO의 수익사업 중 개발사업OOO을 영위하는 법인으로 OOO의 100% 출자법인이다. 쟁점거래는 실질적으로 OOO과 청구법인을 거래당사자로 하여 진행되었음이 확인되고, 각 법인의 부가가치세 및 법인세 신고내용에도 이러한 내용이 이미 반영되어 있는바, 실무담당자의 단순한 실수를 이유로 이 건 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다. 즉, 계약서에 계약당사자를 청구법인으로 작성하고, 세금계산서의 공급받는 자를 청구법인으로 작성하여 세금계산서를 수취하였다면 아무 문제가 없는 사안이다.

OOO는 청구법인이 수행하는 수익사업에 대한 관리·감독기능만을 하고, 실질적인 업무는 청구법인이 전적으로 진행하였다. 청구법인은 쟁점거래를 진행하면서 당초 계약을 해약한 후 다시 계약을 하게 되었는바, OOO에게 보낸 공문을 살펴보면, 발송자 명의가 대한민국OOO OOO으로 되어 있는 등 OOO와 청구법인이 혼용되어 사용되고 있으나, 실질적인 업무는 청구법인의 소속 직원이 진행하였는바, 공문 기안자가 청구법인과 OOO 모두 청구법인의 직원인 OOO 부장으로 기재되어 있다.

이와 같이 쟁점거래를 진행하는 과정에서 OOO에 보낸 공문을 보면, OOO 및 청구법인의 명의가 혼용되고 있으나, 전체적인 맥락에 비추어 수의계약부터 입찰보증금 반환요구까지 청구법인이 실질적으로 이를 진행하였음을 알 수 있다.

또한, OOO에서 OOO OOO 회장에게 보낸 탄원서를 보면, OOO 부장이 쟁점거래에 대한 실무자로서 업무를 진행하였다는 내용이 기재되어 있고, 탄원서의 발송명의는 OOO이나 마지막 발송명의는 OOO OOO 주식회사 대표 OOO이라고 기재되어 있는바, 사실상 OOO와 청구법인이 혼용되고 있어 OOO이 OOO와 청구법인을 같은 회사로 알고 업무를 진행하였음을 알 수 있다.

쟁점거래의 계약을 체결할 당시에도 사업의 실질적인 담당자였던 청구법인의 직원 OOO이 OOO의 도장을 가지고 와서 계약서에 날인하였는바, OOO은 쟁점거래와 관련하여 OOO와 청구법인을 사실상 동일시하여 업무를 진행하였다.

(2) 청구법인의 내부결재서류와 대금지급내역을 보아도 쟁점거래의 실질 계약당사자가 OOO과 청구법인임이 확인된다.

쟁점거래의 공사계약서를 보면, OOO과 OOO의 도장이 날인되어 있는바, 위 도장은 청구법인이 OOO의 각종 수익사업을 진행하면서 계약서에 날인할 때 사용하는 도장이다. 또한, OOO장의 사용인감사용(보고)이라는 사용인감등록 내부품의서와 사용인감대장을 보면, 청구법인이 수익사업을 결재할 때 대한민국OOO라고 새겨진 사용인감을 사용한 사실을 알 수 있다.

즉, OOO의 수익사업을 청구법인이 실질적으로 진행하지만 관리·감독기능과 최종 결정권이 OOO장에게 있기 때문에 이를 관리하기 위해 각종 수익사업의 계약서에는 반드시 OOO의 사용인감을 사용하게 되는 것이다.

청구법인의 내부결재서류인 수납의뢰서를 살펴보면, 담당자 OOO이 물자보유기관인 OOO에서 물자를 매입하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 판매하는 것으로 기재되어 있어서 매입한 물자를 OOO에 매출하는 정상적인 형태의 거래임을 알 수 있다.

또한, 당초 OOO에서 OOO로 보낸 전자세금계산서에 받는 사람의 전자메일주소가 대한민국OOOOOO로 되어 있는바, 이는 쟁점거래와 관련한 계약을 체결할 당시 청구법인 소속으로 근무하던 경리직원 OOO이 사용하는 이메일이고, OOO은 현재까지도 청구법인에 근무하고 있다.

OOO에서는 당초 계약자인 OOO에 전자세금계산서를 발행한 후, 이를 근거로 부가가치세 매출신고를 하였고, OOO에서는 실질적인 행위를 청구법인이 하였으므로 세금계산서를 받지 않은 것으로 하여 부가가치세를 신고하였으며, 청구법인은 OOO과의 실질적인 거래당사자이므로 OOO의 명의로 받은 쟁점매입세금계산서를 청구법인이 받은 것으로 보아 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

대금지급 및 장부기장 내용을 보면, 아래 <표1>과 같이 공급대가 전액OOO을 청구법인이 OOO으로부터 매입하고 OOO에 매출한 것으로 확인할 수 있다. 또한, 청구법인은 쟁점거래에 대응하여 2012.7.26. OOO에 OOO원의 매출세금계산서를 발행한 후, 그 차액에 대하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

<표1>

◯◯◯

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 계약서 및 자금흐름을 확인한 바에 의하면, 쟁점거래의 거래당사자가 청구법인이라는 청구주장은 신빙성이 부족하다.

청구법인이 제출한 쟁점거래에 대한 공사용역계약서에 갑이 OOO, 을이 OOO, 연대보증인이 OOO으로 되어 있고, 공사용역계약서와는 별도로 체결된 공사도급용역계약서에는 갑이 청구법인, 을이 OOO으로 기재되어 있으나, 청구법인과 OOO 간 체결된 공사용역계약은 확인되지 않는다.

청구법인은 2012.6.15. OOO에 청구법인의 명의로 입금한 입찰보증금 OOO원에 대한 입금영수증과 2012.7.18. OOO에서 발행한 OOO원 상당의 자기앞수표 사본, OOO의 거래처인 OOO에서 배서하였다는 OOO원 상당의 자기앞수표 사본 및 2012.9.19.OOO에서 발행한 OOO원 상당의 자기앞수표 사본을 증빙으로 제출하였으나, OOO에서 영수처리한 내용만 확인될 뿐, 위 자기앞수표가 청구법인을 거쳐 OOO으로 간 것인지 여부는 확인되지 않는다.

(2) 쟁점매입세금계산서의 발급과 관련하여 OOO은 수정세금계산서를 발급하는 등의 사실이 없음에도 청구법인이 쟁점거래와 관련한 매입세액공제를 받았다.

OOO은 전자매출세금계산서를 발급할 당시 OOO를 공급받는 자로 하여 발급하였는바, 이와 관련하여 OOO이 공급받는 자를 OOO에서 청구법인으로 정정하여 수정세금계산서를 발급하거나, 청구법인에게 종이세금계산서를 발급한 후 전자세금계산서 미발급한 부분에 대한 가산세(2%)를 부담한 사실이 확인되지 않는다.

그럼에도 불구하고, 청구법인은 2012년 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 쟁점매입세금계산서에 대한 매입세액을 세금계산서합계표상 전자세금계산 외의 세금계산서를 발급받은 것으로 기재하여 매입세액을 공제받았다.

OOO에서 발급한 전자세금계산서를 보면, 공급받는 자가 OOO로 되어 있고, 사업자등록번호도 청구법인과 달리 기재되어 있는바, 청구법인의 직원이 전자세금계산서 발급내역을 이메일로 받아보고도 세금계산서가 잘못 발급되었다는 사실을 인지하지 못했다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOO 명의로 발급받은 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 청구법인의 매입세액으로 보아 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제59조[수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

제60조[매입세액의 범위] ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항에 따른 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다), 그 거래사실도 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점거래와 관련한 공사용역계약서 등의 주요내용은 다음과 같다.

(가) OOO과 OOO간 체결된 공사용역계약서(2012.7.19.)를 보면, OOO의 철거, 폐기물 매각 및 부지평탄화 공사(쟁점거래)에 대해 계약금액은 OOO원(부가가치세 제외)이고 연대보증인은 OOO인 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구법인과 OOO 간에 별도로 체결된 공사 도급용역 계약서(2012.7.19.)를 보면, 쟁점거래에 대해 계약금액은 OOO원(부가가치세 제외)이고, OOO과 체결한 계약서 및 공증인가 법무법인 OOO에서 인증한 양해각서를 별첨하여 그 내용에 따라 공사 도급용역 계약을 체결하는 것으로 되어 있다.

(다) 청구법인과 OOO 간에 작성된 계약 일반약관 및 양해각서(2012.7.17.) 등을 보면, 청구법인이 공사도급용역계약서에 기재한 OOO의 OOO내 OOO의 철거와 부지평탄화 공사 및 이를 통해 발생되는 폐기물의 처리(매각 포함) 업무를 OOO에게 위탁하고, OOO은 유화설비시설의 철거에 따라 소요되는 일체의 경비를 부담하며 제반 안전조치를 구체화하고 OOO의 추가적인 요구시 수용해야 하며, 총 계약대금은 OOO원OOO으로 하고, OOO은 2012.7.19 입찰보증금 OOO원을 제외한 금액 OOO원OOO을 지급하며, 2012.8.16.까지 OOO으로 OOO원OOO을, 2012.9.19.까지 잔금 OOO원OOO을 현금 또는 수표로 교부하거나 청구법인의 지정된 계좌로 지급하는 것으로 되어 있다.

(2) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

(가) OOO의 법인등기부등본을 보면, OOO의 수익사업과 부대사업을 위해 OOO가 출자한 별도의 기업체OOO를 두는 것으로 되어 있다.

(나) 청구법인이 제출한 OOO 회법 제7조 수익사업 규정에는 “제4조의2(본 회와의 관계) ① OOO 본회장은 취임 즉시 산하기업체 등기이사로 등록한다. ② 직제규정 제2장 제15조의2(경영총괄본부)에 규정된 경영총괄본부는 산하업체의 경영계획 조정 통제 및 사업수행 관리운영 감독으로 회장의 사업통제 및 의사결정을 보좌하며, 의사결정은 회장이 결정한다. ③ 산하기업체는 OOO 본회의 산하 수익사업기구로서 경영상 주요 하다고 판단되는 사안과 외부업체와의 계약 거래 등 주요 회사운영에 대하여 회장승인을 득하여야 한다”고 기재되어 있다.

(다) 쟁점거래의 진행과정을 실질적으로 청구법인이 하였다고 주장하며 제출한 OOO 회장 OOO의 사실경위서(2012.7.11.)를 보면, 청구법인의 OOO 부장이 OOO의 실무담당이라 기재되어 있고, OOO에서 OOO OOO 회장에게 보낸 탄원서를 보면, 청구법인의 OOO 부장이 OOO 실무자로 기재되어 있으며, 탄원서에는 OOO라 기재되어 있으나, 발송자 명의는 청구법인의 대표 OOO로 기재되어 있다.

(라) 쟁점매입세금계산서를 청구법인의 직원인 OOO의 이메일OOO로 수령하였다고 주장하며, OOO이 2012.7.18. 및 2012.9.19. OOO에 발급한 전자세금계산서를 이메일로 수령한 내역을 제시하였고, OOO과 OOO은 청구법인의 직원이라는 주장에 대한 입증자료로 2012년～2014년의 근로소득 원천징수영수증을 제출하였다.

(마) 청구법인이 대한민국OOO라고 새겨진 사용인감 도장을 수익사업 결재시에 사용하였다고 주장하며 청구법인의 OOO 사용인감 사용보고(2012.8.31.)라는 사용인감등록 내부품의서를 제출하였다.

(바) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 거래당사자로서 실질적으로 업무를 진행하였다고 주장하며 청구법인 및 OOO가 OOO 등에 발송한 공문 등을 제출하였는바, 공문의 주요내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2>

◯◯◯

(사) 청구법인은 대금결제에 대한 증빙으로 입금영수증 1건과 2012.7.18. 발행된 OOO원의 자기앞수표, 2012.7.17. 발행된 OOO원의 자기앞수표 및 2012.9.19. 발행된 OOO원의 자기앞수표의 사본을 제출하였는바, 2012.6.15. 발행된 입금증OOO상 보내는 분은 OOO OOO, 받는 분은 OOO이고, OOO원 및 OOO원의 자기앞수표 사본 하단에는 OOO의 대리인 OOO가 2012.7.18. 수령하였다고 서명되어 있으며, OOO원의 자기앞수표 사본 하단에는 OOO의 과장 OOO가 및 OOO 관리부 OOO이 2012.9.19. 각 수령하였다는 서명이 기재되어 있다.

(아) 청구법인은 OOO으로부터 물자를 매입하여 OOO에게 판매하였다는 주장에 대한 입증자료로 청구법인의 내부 결재서류인 수납의뢰서를 제출하였고, 청구주장에 대한 증빙으로 그 밖에도 청구법인 및 OOO의 부가가치세 신고서 등을 제출하였다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, OOO와 청구법인 간에 쟁점거래와 관련하여 체결한 공사용역도급계약은 확인되지 아니하고, 국세통합전산망에서 조회한 결과, OOO은 2012.7.18. 공급가액 OOO원의 전자세금계산서와 2012.9.19. 공급가액 OOO원의 전자세금계산서를 OOO에 발급하였으며, OOO의 2012년 제2기 부가가치세 신고내역에서 OOO가 쟁점매입세금계산서의 매입금액을 매출세액에서 공제한 사실이 없고, 청구법인은 2012년 제2기 부가가치세 예정신고시 매입처별세금계산서합계표에 전자세금계산서 외 발급받은 매입처로 OOO을 기재하여 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제한 사실이 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점거래의 거래당사자이고, 쟁점매입세금계산서가 OOO 명의로 잘못 발급받은 것이므로 실질과세의 원칙에 따라 청구법인의 매입세액으로 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점거래에 대한 공사용역계약서상 거래당사자는 OOO와 OOO이고, 쟁점매입세금계산서상 공급받는 자는 청구법인이 아니라 OOO로 기재되어 있는 점, 설령, 쟁점매입세금계산서의 필요적 기재사항인 공급받는 자가 착오로 잘못 기재된 것이라고 하더라도, 청구법인이 쟁점거래에 대한 매입세액을 공제받기 위해서는 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제5호에 따라 수정세금계산서를 발급받아야 하는 점, OOO은 OOO에 전자세금계산서를 발급하였으나, 청구법인은 전자세금계산서 외 발급받은 매입처별 명세로 매입세액 공제를 신고한 점 등에 비추어 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 경정·고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.