상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의3 제1항은 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 중 일정액을 익금불산입하도록 규정하면서, 제4호에서 ‘해당 내국법인에게 배당을 지급한 다른 내국법인(해당 내국법인의 계열회사인 경우로 한정한다)이 계열회사에 출자한 경우에는 제18조의2 제1항 제4호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액’에 상당하는 수입배당금액은 익금불산입 범위에서 제외하도록 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제18조의2 제1항 제4호 본문은 지주회사의 수입배당금액 중 “자회사가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 계열회사(이하 이 호 및 제18조의3에서 ‘계열회사’라 한다)에 출자한 경우 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 당해 자회사가 계열회사에 출자한 금액을 감안하여 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액”에 상당하는 부분은 익금불산입 범위에서 제외하도록 하면서도, 단서에서 “다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외한다”라고 규정하고 있고, 그 다목에서 ‘금융지주회사법 제2조 제1항 제2호의 규정에 따른 자회사가 대통령령이 정하는 기관투자자에 해당하는 경우’를 들고 있다.

구 법인세법 제18조의3 제1항 제4호는 일반 내국법인이 연쇄적인 출자를 통하여 계열회사를 확장하는 것을 억제하기 위하여 익금불산입되는 수입배당금액의 범위를 제한하는 규정인 반면, 구 법인세법 제18조의2 제1항 제4호 단서 다목은 금융지주회사의 설립을 통한 원활한 금융구조조정을 지원하기 위하여...