조심2009구1773 (2009.09.01)

부가

취소

건축허가조건으로 우체국의 대체청사를 신축하여 기부채납하도록 함에 따라 그 건축허가조건을 이행하기 위하여 신청사를 신축하여 국가에 기부 채납한 것은 업무와 직접 관련이 있는 매입세액이므로 매출세액에서 공제하는 것이 타당함

부가가치세법 제12조【면세】

국심2005부3139 /

동대구세무서장이 2009.1.8. 청구법인에게 한 부가가치세2005년 제2기분 57,142천원, 2006년 제1기분 20,480천원, 2006년 제2기분 472,308천원, 2007년 제1기분110,853천원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로서 2005.11.14. OOOOO OOO OOOO OOOOO 외 201필지에 주상복합아파트의신축승인을 받으면서 승인요건으로 OOO OO네거리 지하보행통로와 도서관(이하 “기부채납건물”이라 한다)을 신축하여 주상복합아파트의 사용승인 전까지 OOOOO에 기부채납하기로 하였다.

나. 청구법인은 기부채납건물의 신축공사와 관련하여 2005년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 11,291,708천원의 세금계산서와 2007년 제2기 부가가치세 과세기간에 2,955,262천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으나, 쟁점세금계산서상 매입세액을 사업과 관련 없는 매입세액에 해당하는 것으로 보아부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하지 아니하였다.

다. 청구법인은 부가가치세 신고 후기부채납건물의 신축공사를 위한매입세액도 사업과 관련한 매입세액으로서 공제대상에 해당한다는재정경제부 예규가 있는 사실을 확인하고, 이에 근거하여2008.10.24.쟁점세금계산서 중 공제대상인 매입세액(2005년 제2기 57,142천원, 2006년 제1기 20,480천원, 2006년 제2기 472,308천원, 2007년 제1기110,853천원, 2007년 제2기 177,748천원)을 공제하여 해당 부가가치세의 환급을 요구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였다.

라. 처분청은 재정경제부 예규는 2007.7.13. 이후 재화 또는 용역을공급받는 분부터 적용하는 것으로 보아, 2007년 제2기 부가가치세177,748천원만 매입세액으로 공제하여 환급결정하고, 2009.1.8. 2005년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 대한 경정청구는 거부통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 주요사업인 주상복합아파트의 신축승인과 관련하여 기부채납건물을 신축하는 것이므로 기부채납건물과 관련된 매입세액 또한 사업과 관련하여 발생한 매입세액에 해당하고, 법령이 아닌 재정경제부의 유권해석일(2007.7.13.)을 기준으로 매입세액의 공제여부가 달라짐은 불합리한 만큼, 처분청이 2005년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 쟁점세금계산서상 매입세액 공제에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

재정경제부 유권해석에 따라 2007.7.13. 이전까지 기부채납을 조건으로 허가를 득한 경우 당해 기부채납재산과 관련한 매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 매입세액으로 보아 공제받을 수 없었으나, 2007.7.13. 기부채납재산의 공익적 성격을 감안하여 기부채납재산과 관련한 매입세액 또한 사업과 관련 있는 매입세액으로 공제받을 수 있도록 재정경제부 유권해석을 변경하였고, 변경된 유권해석에서 2007.7.13. 이후 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용하는 것으로적용시기를 규정하고 있는 만큼, 처분청이 2007.7.13. 이전에 공급시기가 도래된 2005년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 쟁점세금계산서상 매입세액 공제에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

기부채납건물의 신축과 관련하여 2007.7.13. 이전에 수취한 세금계산서상 매입세액이 공제가능한 매입세액에 해당하는지 여부

나. 관련법령

부가가치세법

(가) 제12조 (면세)

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

(나) 제17조(납부세액)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 기부채납건물의 신축공사와 관련하여 2005년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 쟁점세금계산서를 수취하였으나, 쟁점세금계산서상 매입세액은 사업과 관련 없는 매입세액에 해당하는 것으로 보아부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하지 아니한 사실이 부가가치세신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 부가가치세 신고 후기부채납건물의 신축공사를 위한매입세액도 사업과 관련한 매입세액으로서 공제대상에 해당한다는재정경제부 예규에 근거하여2008.10.24. 부가가치세 2005년 제2기분 57,142천원, 2006년 제1기분 20,480천원, 2006년 제2기분 472,308천원, 2007년 제1기분110,853천원 및 2007년 제2기분 177,748천원의환급을 요구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였으나,

처분청은 재정경제부 예규는 2007.7.13. 이후 재화 또는 용역을공급받는 분부터 매입세액의 공제가 되는 것으로 보아, 2007년 제2기분 부가가치세 177,748천원만 환급결정하고, 2009.1.8. 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 대한 경정청구는 거부통지한 사실이 경정청구 처리결과 통지공문 등 심리자료에 나타난다.

(3) 청구법인은 주상복합아파트의 신축승인과 관련하여 조건부로 기부채납건물을 신축하여 OOOOO에 기부채납하는 것이므로 기부채납건물과 관련된 매입세액 또한 사업과 관련하여 발생한 매입세액에 해당하고, 법령이 아닌 재정경제부의 유권해석일(2007.7.13.)을 기준으로 매입세액의 공제여부가 달라짐은 불합리한 만큼, 처분청이 2005년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가)청구법인이 2005.11.14. 대구광역시장으로부터 OOOOO OOO OOOO OOOOO 외 201필지에 주상복합아파트의신축승인을 받으면서 승인요건으로기부채납건물을 신축하여 주상복합아파트의 사용승인 전까지 대구광역시에 기부채납하기로 한 사실이 사업계획승인서 및 도서관 건립사업 협약서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 「부가가치세법」제12조 제1항 제18호에서 “국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제2호 및 제4호에서 “사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액과 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있다.

(다) 2004.7.5. 재정경제부는 “부가가치세 과세대상인 아파트 신축판매업을 위하여 육교 등의 주민편의시설을 건설 및 기부채납함을 조건으로 관할 지방자치단체의 허가를 득한 경우, 해당 조건부 기부채납자산의 건설 관련 매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 매입세액을 불공제하는 것”으로 유권해석(재소비-699)한 후,

2007.7.13. 재정경제부는 “사업자가 부가가치세가 과세되는 주택(도시)개발사업을 수행하기 위하여 기반시설 등을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인ㆍ허가를 득한 경우, 자기사업과관련이 있는 것으로 보아 동 시설의 건설과 관련된 매입세액은 「부가가치세법」제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것”으로 유권해석으로 변경(재부가-534)하면서 위 해석에 대한 적용시기를 “이 해석은 이 해석 시행일(2007.7.13.) 이후 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용되는 것”이라고 하였으며,

2007.11.13. 재정경제부는“2007.7.13.부터 시행된 유권해석(재부가-534, 2007.7.13. : 인ㆍ허가 조건으로 기부채납하는 기반시설 등의 신축관련 매입세액 공제 여부에 대한 질의 회신)관련, 새로운 유권해석은 종전의 해석이 잘못되어 변경한 것이 아니며, 인ㆍ허가 조건으로 기부채납하는 시설의 공익적 성격을 고려하여 사업관련성 개념을 폭넓게 보아 매입세액공제 가능범위를 확대하는 방향으로 변경한 것”이라고 유권해석(재부가-797)한 사실이 심리자료에 나타난다.

(라) 선결정례는 사업자가 자기사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기부하기로 하고 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 당해 조건없는 무상기부채납으로서 「부가가치세법」제12조 제1항 제18호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로서 당해 기부채납 대상 재화의 취득과 관련하여 교부받은 세금계산서 상당의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하다고 할 것이나, 사업자가 자기의 사업을 위하여 행정청으로부터 그 사업의 허가조건에 따라 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하기로 하고 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 그 재화의 취득과 관련된 매입세액은 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 보아야 할 것인 바,

청구법인이 주상복합건축물의 신축·분양사업을 위하여 광역시장으로부터 건축허가를 받는 과정에서 건축허가조건으로 우체국의 대체청사를 신축하여 기부채납하도록 함에 따라 그 건축허가조건을 이행하기 위하여 신청사를 신축하여 국가(정보통신부)에 기부채납한 것이므로 신청사 신축관련 매입세액이 청구법인의 업무와 직접 관련이 있는 매입세액으로서 이는 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 판단하고 있다(국심 2005부3139, 2006.6.21.외 다수 같은 뜻).

(마) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하면, 이미 재정경제부에서 유권해석을 변경(2007.7.13.)하기 이전부터 건축허가를 받는 과정에서 건축허가조건으로 건설한 기부채납건물의 신축공사를 위한매입세액도 사업과 관련한 매입세액에 해당한다는 선결정례가 다수 존재하는 것이 확인되는 바, 이 건 재정경제부의 유권해석은 이러한 법리를 확인한 것으로 볼 수 있어 청구법인이 주요사업인주상복합아파트의신축승인을 받으면서 그 승인요건으로기부채납건물을 신축하여 주상복합아파트의 사용승인 전까지 OOOOO에 기부채납하기로 되어 있는기부채납건물의 신축과 관련된 매입세액 또한 청구법인의 업무와 직접 관련하여 발생한 매입세액으로서 이를 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 기부채납건물의 신축과 관련하여 2007.7.13. 이전에 수취한 세금계산서상 매입세액이 사업과 직접 관련이 없는 매입세액에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

3. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.