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조특법 제32조에 따라 이월과세를 적용받는 전환법인이 적격합병된 경우 합병법인의 사업용고정자산 처분 시에 이월과세 받은 양도소득 산출세액 상당액을 합병법인에게 법인세로 부과할 수 있는지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2018중5057 | 법인 | 2020-11-23
[청구번호]

조심 2018중5057 (2020.11.23)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

청구법인이 제시하고 있는 국세청 예규들은 과세관청 내부에 있어서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로 과세관청의 공적 견해표명에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 동 예규들은 청구법인이 질의한 것에 대한 회신이 아니므로 해당 사실관계를 정확히 반영한 것이 아니어서 청구법인의 신뢰의 대상이 되었다고 볼 수도 없으므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙을 위반하였다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다

[참조결정]

조심2017서2931 / 조심2019중0867

[따른결정]

조심2019지0814

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 김OOO은 2002.1.1.부터 OOO에서 ‘OOO’(제조/자전거)라는 상호로 개인사업을 영위하다가 2008.6.3. 같은 시 OOO 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO 주식회사(이하 “전환법인”이라 한다)에 현물출자하고「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용하여 해당 양도소득세 OOO원을 신고하였다.

나. 김OOO은 위 현물출자로 취득한 전환법인의 주식 200,000주와 2008년 유상증자로 인해 취득한 전환법인의 주식 40,000주를 2008년 200,000주, 2010년 12,000주, 2011년 28,000주로 나누어 청구법인 외 14인에게 양도하였다(이하 양도된 주식 전부를 “쟁점주식”이라 한다).

다. 이후 청구법인은 2012.1.9. 전환법인을 흡수합병하였는데, 쟁점부동산은 2012.1.31. 합병을 등기원인으로 하여 청구법인 명의로 소유권이전등기가 되었다가 2014.4.30. 주식회사 OOO에게 다시 양도되었다.

라. OOO세무서장은 OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 통보받은 과세자료[전환법인은 법인전환 이월과세의 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항 제1호(법인이 법인 전환 후 5년 이내 사업을 폐지한 경우)에 해당됨]에 따라 2016.11.11. 김OOO에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

마. 김OOO은 이에 불복하여 2017.5.22. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호에서 ‘적격합병’은 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항 제1호상의 ‘사업의 폐지’에 해당되지 아니한다고 규정하였고 동 규정은 확인적 규정으로 볼 수 있다는 등의 이유로 김OOO에게 부과된 양도소득세를 취소하는 결정을 하였다OOO

바. 우리 원 결정 이후 조사청은 청구법인이 2014.4.30. 쟁점부동산을 주식회사 OOO에게 양도한 사실을 확인하고 처분청에 쟁점부동산의 현물출자에 따른 양도소득세 이월과세액을 청구법인에게 법인세로 부과하라는 취지의 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2018.9.6. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 ‘법인전환에 따른 양도소득세 이월과세분’은 구「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부 개정된 것, 이하 “구 조특법”이라 한다) 제32조 제5항에 따라 거주자인 김OOO에게 양도소득세로 부과되어야 한다는 점에서 이 건 부과처분은 위법‧부당하다.

(가) 구 조특법 제32조 제5항 제1호는 “해당법인이 법인 전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우에는 ‘거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도‧양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다’는 제32조 제1항의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다”라고 규정하고 있다.

(나) 위 구 조특법 제32조 제5항에서 규정하는 ‘사업폐지’의 의미, 즉 법인 전환한 내국법인의 합병 등의 경우 이월과세 적용 여부와 관련하여 국세청은 “ 조특법 제32조의 규정에 따라 법인 전환한 내국법인의 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 다른 법인을 흡수합병한 경우에는 계속하여 이월과세를 적용받을 수 있을 것이나, 법인 전환한 당해 법인이 피합병된 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없다.”고 유권해석 내지 회신을 하였고, 그에 따라 일선 과세관청은 이를 일관되게 적용 및 집행해 오고 있었는바, 이러한 유권해석 등은 피합병된 법인의 입장에서는 자산을 모두 처분‧양도하였다는 점 또는 그로 인하여 사업을 폐지한 것으로 볼 수 있다는 점에 근거한 것으로 볼 수 있다.

(다) 그런데 이 건의 경우 김OOO은 2008.6.3. 쟁점부동산을 전환법인에게 현물 출자하여 법인전환을 하였고 전환법인은 그로부터 5년 이내인 2012.1.9. 청구법인에게 위 자산을 양도하고 흡수 합병되어 해산하였는바, 이는 구 조특법 제32조 제5항의 “법인 전환 후 5년 이내사업을 폐지한 경우”에 해당한다고 할 수 있다.

다만 2013.1.1. 법률 제11614호로 일부 개정된「조세특례제한법」(이하 “개정 조특법”이라 한다) 제32조 제5항 및 이에 따라 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부 개정된 개정 조특법 시행령 제29조는 “전환법인이 「법인세법」제44조 제2항에 따른 합병으로 자산을 처분한 경우에는 사업폐지로 보지 않는다.”는 제6항 단서 제2호를 신설함으로써 2013년부터는 「법인세법」제44조 제2항에 따른 합병일 경우에는 예외적으로 사업폐지로 보지 않는 것으로 하였으나, 이는 위 규정 시설 전에 적용‧집행되어 오던 국세청의 유권해석과는 다른 것으로서 어디까지나 2013.1.1. 이후부터 적용되는 규정이고 그 전에까지 소급하여 적용되는 것으로 볼 수 없다.

또한 위 개정 조특법 시행령 제29조는 모든 합병을 일률적으로 사업폐지로 보지 않는다는 것이 아니라 「법인세법」제44조 제2항에 따른 합병에 대해서만 예외적으로 사업폐지로 보지 않는다고 규정하고 있는 점에서 위 규정을 입법정책에 의한 예외적인 규정이 아니라 단순한 확인적․선언적 규정이라고 보기는 어렵다.

(라) 따라서 이 건의 경우 김OOO은 2008.6.3. 쟁점부동산을 전환법인에게 현물출자하여 법인전환을 하였고, 전환법인은 그로부터 5년 이내인 2012.1.9. 흡수 합병되어 해산한 이상 ‘법인전환에 따른 이 건 양도소득세 이월과세분’은 구 조특법 제32조 제5항에 따라 거주자인 김OOO에게 양도소득세로 부과되어야 할 것인 점에서 이 건 부과처분은 위법‧부당한 것이라고 할 것이다.

(2) 설령 김OOO에게 양도소득세로 부과할 수 없다고 보더라도 ‘법인전환에 따른 이 건 양도소득세 이월과세분’은 전환법인에게 법인세로 부과되어야 하는데, 이 경우 이미 5년의 국세부과제척기간이 도과하였다는 점에서 위법‧부당하다.

「법인세법」제44조 제1항은 “피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있다.

또한 국세청 유권해석 내지 질의회신에 의하면 “ 조특법 제32조에 따라 법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 다른 법인을 흡수합병한 경우에는 계속하여 이월과세를 적용받을 수 있을 것이나, 법인전환한 당해 법인이 피합병된 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없다.”OOO고 하고 있고, 나아가 “법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 피합병된 경우에는 이월과세 받은 양도소득세 산출세액 상당을 법인세로 납부해야 한다.”OOO고 하였다.

따라서 위「법인세법」규정과 국세청 유권해석 등에 의하면, 설령 김OOO에게 양도소득세를 부과하지 않는다고 하더라도 ‘법인전환에 따른 이 건 양도소득세 이월과세분’은 전환법인에게 합병등기일이 속하는 ‘2012사업연도’ 법인세로 부과되어야 할 것이다.

그렇다면 2018.9.3.자 이 건 부과처분은 「국세기본법」제26조의2 국세부과제척기간 5년이 이미 도과한 점에서 위법‧부당하다.

(3) 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙(신뢰보호의 원칙 내지 금반원의 원칙) 또는 과세관청의 비과세 관행에 반하는 것이라는 점에서위법‧부당하다.

「국세기본법」제15조는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.”라고 신의성실 원칙을 규정하고 있고, 같은 법 제18조 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정함으로써 신의성실 원칙의 파생원칙으로비과세관행을 규정하고 있다.

그런데 이 건의 경우 국세청은 개정 조특법 적용 이전의 행위와 관련하여 그동안 일관되게 ‘법인전환한 당해 법인이 피합병된 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없다’는 취지의 관련 유권해석 등을 생성하여 왔다.

그럼에도 불구하고 처분청은 개정 조특법 적용 이전의 행위와 관련하여서도, 그동안 일관되게 적용‧집행하여 오던 유권해석이나 질의회신에 반하여 ‘법인전환한 당해 법인이 피합병된 경우에도 이월과세를 계속 적용받을 수 있다.’는 전제 하에 청구법인에게 이 건 부과처분을 하였는바, 이는 그동안의 과세관청의 공적견해의 표명에 반하여 청구법인의 이익을 침해하는 것이라고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) ‘이 건 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세분’은 구 조특법 제32조 제5항에 따라 김OOO에게 양도소득세로 부과되어야 한다는 청구주장은 조세심판원에서 이미 결정한 내용에 배치된다.

조세심판원은 김OOO이 쟁점부동산을 전환법인에 현물출자할 당시에는 이월과세에 대한 사후관리 규정이 없었던 점, 김OOO이 현물출자로 취득한 전환법인의 주식을 양도할 당시에는 주식양도에 대한 별도의 사후관리 규정이 없었던 점, 개정 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호에서 “적격합병이라면 사업의 폐지로 보지 않는다.”는 규정은 「상법」제235조와 법인전환 시 양도소득세 이월과세 규정의 취지로 보아 확인적 규정으로 볼 수 있는 점 등을 근거로 처분청이 구 조특법 제32조 제5항 제1호를 적용하여 쟁점부동산의 현물출자에 따른 양도소득세 이월과세액을 김OOO에게 양도소득세로 과세한 처분은 잘못이라고 결정하였다OOO

(2) 이 건 법인세 부과처분은 5년의 국세부과제척기간을 도과하지 아니하였다.

상기 조세심판원 결정에서와 같이 청구법인이 전환법인을 적격합병한 후 그 사업을 계속하고 있는 이상 해당 적격합병을 사업의 폐지로 보지 않아야 하고 합병은 자산과 부채의 포괄적 이전(포괄승계)를 의미하는 것이므로 합병으로 인해 소멸법인의 사업은 존속법인에 승계되는 것으로 보아야 한다.

따라서 적격합병을 한 이후에도 청구법인이 해당 사업을 계속적으로 영위하다가 사업용고정자산인 쟁점부동산을 양도한 점을 감안하면 청구법인에게 ‘이 건 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세분’에 대한 법인세 납부사유가 발생한 것이므로 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

(3) 이 건 부과처분에 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건이 충족되지 아니하였다.

「국세기본법」제15조상의 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 4가지 요건 중 과세관청의 공적 견해 표명의 존재와 납세자의 신뢰에 대한 귀책사유가 없다는 점은 인정한다.

그러나 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 한다는 요건은 아무런 행위를 하지 않은 이 건 청구법인에게는 인정될 수 없다고 할 것이다.

2011년 개정된 구 조특법 제32조는 이월과세에 대한 사후관리규정을 신설하였고, 2013년 개정 조특법에서 동 규정을 개정하였다.

이에 따라 청구법인과 김OOO은 과세관청의 공적인 견해표명에 대해 법률개정으로 인한 납세자가 거주자에서 법인으로 바뀌었음에도 양도소득세이든 법인세이든 납세의무인 ‘신고’를 하지 않았다는 점에서 동 원칙이 적용될 여지가 없다.

또한 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 ‘납세자의 이익이 침해되는 결과’가 초래되어야 하나, 이 건의 경우 그러하지 아니하다.

김OOO은 쟁점부동산을 양도하면서 납부하여야 할 양도소득세를 납부하지 않고 법인전환에 따른 양도소득세를 이월하면서 법인세로 납부하도록 한 규정을 이용하였고 이후 납세의무자가 거주자에서 법인으로 전환되었으며 2014년 4월 청구법인은 쟁점부동산을 타 법인에 양도하였다.

이월과세 규정에 따르면 양도소득세는 납세의무자가 거주자이든 법인이든 국가에 귀속되어야 할 금액인바, 이 건 과세처분은 청구법인이나 김OOO이 납세의무를 이행하지 않음으로써 (납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래된 것이 아니라) 당연히 국가에 귀속되어야 할 금액을 고지한 것에 불과하므로 이를 두고 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조특법 제32조에 따라 이월과세를 적용받는 전환법인이 2012.1.9. 적격합병된 경우 합병법인이 사업용고정자산 처분 시(2014.4.30.)에 이월과세 받은 양도소득 산출세액 상당액을 합병법인에게 법인세로 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.

1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우

2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우

부칙 <제11133호, 2011.12.31>

제12조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례】제32조 제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.

제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

부칙 <제11614호, 2013.1.1.>

제11조【중소기업 간의 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례】제31조 제7항 및 제32조 제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다.

제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】⑥ 법 제32조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

1. 법 제32조 제5항 제1호의 경우 : 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액

2. 법 제32조 제5항 제2호의 경우 : 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액에 곱한 금액

부칙 <제23590호, 2012.2.2.>

제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "쟁점법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도・양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 쟁점법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 쟁점법인이 「법인세법」제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 쟁점법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

4. 쟁점법인이「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

부칙 <제24368호, 2013.2.15.>

제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[역외거래{「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다}에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(역외거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아「법인세법」제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(역외거래의 경우 10년간)

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간)

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계 및 과세처분 경위는 다음과 같다.

(가) 김OOO은 개인사업(자전거 제조업)을 영위하다가 2008년 6월 쟁점부동산을 전환법인에 현물출자하고 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세를 적용받은 후, 2008년~2011년 현물출자로 취득한 쟁점주식 전부를 양도하였다.

(나) 전환법인은 2012년 1월 청구법인에게 흡수합병되었고 이에 따라 쟁점부동산도 합병을 원인으로 청구법인에게 소유권 이전되었다.

(다) 청구법인은 2014년 4월 쟁점부동산을 주식회사 OOO에게 양도하였다.

(라) OOO세무서장은 “이월과세 적용받는 법인이 피합병된 경우 이월과세가 배제되고 거주자가 이월과세액을 납부하여야 한다.”는 기존 유권해석례에 따라 구 조특법 제32조 제5항 제1호를 적용하여 전환법인이 흡수합병된 것을 사후관리 요건 중 하나인 사업의 폐지로 보아 김OOO에게 이월과세된 양도소득세를 부과하였다.

(마) 김OOO이 위 (라) 양도소득세 부과처분에 불복하자, 우리 원은 “김OOO이 쟁점부동산을 전환법인에 현물출자할 당시에는 이월과세에 대한 사후관리 규정이 없었던 점, 현물출자로 취득한 쟁점법인의 주식을 양도할 당시에는 주식양도에 대한 별도의 사후관리 규정이 없었던 점, 2013년 신설된 개정 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호상의 ‘적격합병이라면 사업의 폐지로 보지 않는다.’는 규정은 확인적 규정으로 볼 수 있는 점” 등을 이유로 김OOO에게 부과된 양도소득세를 취소하였다OOO

(바) 위 (마) 우리 원 결정에 따라 처분청은 청구법인이 전환법인을 적격합병한 후 그 사업을 계속하고 있는 이상 해당 합병을 사업의 폐지로 볼 수 없고 청구법인이 해당 사업을 계속적으로 영위하다가 사업용고정자산인 쟁점부동산을 2014년 4월 양도하였다고 보아 쟁점부동산 산출세액 상당액을 청구법인에게 2014사업연도 법인세(이 건 심판청구 대상)로 부과하였다.

(2) 김OOO은 쟁점부동산을 전환법인에 현물출자한 후 2008.8.31. 아래 <표1>과 같이 양도소득세를 신고하면서 조특법 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았다.

OOO

(3) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에서 확인되는 소유권 이전 현황은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(4) 전환법인의 사업이력은 아래 <표3>과 같고, 전환법인은 2011. 12.31. 폐업신고 후 2012.4.1. 2011사업연도 법인세를 신고하였으며, 청구법인과 전환법인의 업종 등은 아래 <표4>와 같다.

OOO

(5) 청구법인은 2012.1.9. 전환법인의 주식 100%를 소유하고 있어 전환법인을 합병비율 1 : 0 으로 흡수합병한 것으로 기업공시하였고, 2012사업연도 법인세 신고서 ‘자본금과 적립금 조정명세서(갑)’에 피합병법인인 전환법인의 미공제 이월결손금 OOO원을 승계하였다.

(6) 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고 시 쟁점부동산 양도와 관련하여 고정자산처분이익 OOO원(토지분 OOO원, 건물분 OOO원)을 계상하여 해당 산출세액을 기납부하였다.

(7) 청구법인과 전환법인 간의 합병이 적격합병이라는 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(8) 법인전환으로 이월과세를 적용받는 법인이 타법인을 ‘흡수합병’하거나 타법인에게 ‘피합병’된 경우와 관련된 국세청 예규는 다음과 같다.

(가) [문서번호] 법인세과-1221 (2009.11.5.)

[세 목]

[세 목] 조특

[세 목] 조특

[세 목] 법인

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