국심2000부1516 (2000.11.27)

법인

경정

감가상각자산 취득후 ‘면세공급가액 비율’등이 취득일이 속하는 과세기간보다 증가시만 납부세액등 재계산함은 정당하며, 부산물,시제품이라 하여 제외하지 않는 것임.

부가가치세법 제1조【과세대상】 / 부가가치세법 제17조【납부세액】 / 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

제주세무서장이 1999.12.6 청구법인에게 고지한 부가가치세 253,309,350원은 각 과세기간별로 부가가치세법시행령 제61조의2 규정에 의한 공통매입세액의 정산과 같은법시행령 제63조 규정에 의하여 감가상각자산의 납부세액 또는 환급세액을재계산하여 경정한다.

1. 사실

처분청은 청구법인이 신고한 1998년 2기 및 1999년 1기 부가가치세신고에 대하여 부산지방국세청장의 감사결과 지적과 자체조사에 의하여 면세비율 증가분에 대한 환급세액을 재계산하여 1999.12.6 부가가치세 253,309,350원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.1.31 이의신청을 거쳐 2000.6.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구법인은 첨단 대형 온실을 운영한 경험이 없으며, 또한 일본 수출목적으로 생산한 모모타로 토마토에 대한 대규모 재배경험이 없기 때문에 청구법인이 1998년 9월 입식하여 최초 생산한 토마토는 시제품으로 보아 생산1기에 해당하는 부가가치세 1998년 2기 및 1999년 1기의 면세비율산정에서 제외하여야 한다.

(2) 청구법인이 재배하는 토마토는 채소로서 일반공산품과 달리 저장 및 물류비용의 과다로 일본 이외 지역은 수출이 불가능하고, 일본현지의 토마토생산의 과다로 시장가격이 폭락할 경우 부득이 국내판매를 할 수밖에 없는 실정이므로 부가가치세법시행령 제63조의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액 재계산시 청구법인과 같이 수출전용 작물을 재배하는 경우에는 농업의 특수성을 인정하여 국내판매분은 부산물판매(잡수익)로 보아 면세비율 산정시 제외하여야 한다.

(3) 부가가치세법시행령 제63조는 감가상각자산에 대하여 면세비율이 증가하는 경우에 한하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하고 면세비율이 감소하는 경우에는 재계산하지 않음으로서 모법인 부가가치세법 제17조 제5항의 입법취지를 벗어난 규정이므로 국세기본법 제14조의 실질과세원칙에 따라 면세비율이 감소하는 경우에도 재계산하여야 한다는 주장이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 최초생산품 재배시부터 시험용이 아닌 판매목적으로 재배하여 전량 국내시판 및 일본수출을 계속하여 왔으므로 이는 당초부터 주된 상품생산으로 보아야 하며, 또한 부가가치세법 제17조 및 동법시행령 제63조의 규정에 의하여 제품과 시제품을 구분하여 납부·환급세액을 재계산하도록 규정되어 있지 않으므로 당초처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 당초 환급 신청시 수출(영세율)90%, 내수판매(면세)10%의 비율로 면세포기를 하여 과세·면세 겸업자의 지위에 있었다고 볼 수 있으므로 수출 및 내수 판매분은 각각 독립되고, 주된 재화의 공급에 해당하고, 농산물을 단지 수출과 국내 판매분으로 구분하여 주된 재화와 부수 재화로 구분하는 것은 법리해석의 오류라고 밖에 볼 수 없으므로 당초처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 주장하는 국세부과의 원칙중 실질과세의 원칙은 국세기본법 제2장 제1절(국세부과의 원칙)에 해당되어 개별세법인 부가가치세법시행령 제63조(납부세액 또는 환급세액의 재계산)에 우선하므로 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

이 건의 쟁점은 면세 포기한 사업자의 초기생산품을 시제품으로 보아 부가가치세법시행령 제63조의 납부세액·환급세액의 재계산 기간에서 제외할 수 있는지 여부와 국내 공급분을 부산물(잡수입)로 보아 면세비율 산정시 제외할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(1999.12.28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것)

제1조【과세대상】

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

제17조【납부세액】

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고 납부하여야 한다.

(2) 부가가치세법시행령(1999.12.31 대통령령 제16661호로 개정되기전의 것)

제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 그 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제61조의 2【공통매입세액의 정산】

사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우(1995.12.30 개정)

가산 또는 공제되는 세액 = {총 공통매입세액 ×

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 = {총공통매입세액 ×

제63조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다.)

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

가산 또는 공제되는 세액 ＝ 당해 재화의 매입세액×(1－10/100×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산

가산 또는 공제되는 세액 ＝ 당해 재화의 매입세액×(1－25/100×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다.

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다.

(3) 국세기본법(1999.12.31 법률 제6070호로 개정되기 전의 것)

제3조【세법등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절·제3절 및 제5절, 제5장 제1절 제2절 제45조의 2, 제6장 제51조(조세특례제한법에 의한 환급에 한한다)와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.

제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 최초 생산하여 공급한 1998년 2기 및 1999년 2기는 시제품생산 시기로 보아 부가가치세법시행령 제63조에 규정한 납부·환급세액 재계산 기간에서 제외하여야 하고 수출전용 작물을 재배하는 경우 농업의 특수성을 고려하여 국내 판매분은 부산물로 보아 면세비율 산정시 제외하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구법인은 농산물을 유리온실에 의한 첨단 농법으로 생산하여 수출할 목적으로 1996.1.26 설립된 영농조합법인으로 1997.9.29 면세포기 신고를 함으로서 유리온실 건설 및 기계장치등 시설투자에 대하여 1997년 2기부터 시설이 준공된(준공일: 1998.9.23) 1998년 2기까지 매입세액을 공제받은 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청은 1997년 2기부터 1999년 1기까지 부가가치세 신고분에 대하여 전시 부가가치세법시행령 제61조의 2와 제63조에서 규정하는 공통매입세액 정산 및 면세비율 증가분에 따른 환급세액재계산에 대한 부산지방국세청의 감사와 처분청의 자체조사결과 1998년 2기분은 면세비율 증가(27.18%=31.91%-4.76%)에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액 78,322,610원, 1999년 1기분은 공통매입세액 정산액 10,453,306원과 면세비율증가(60.6%=92.51%-31.91%)에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액 164,453,434원 합계 174,986,740원이 초과 환급되었음을 확인하고 1999.12.6 추징하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 1998년 2기와 1999년 1기는 유리온실을 설치하여 최초생산한 시기로서 대규모 유리온실을 운영한 경험과 일본수출용 품종인 모모타로종 토마토를 재배한 경험이 없으므로 초기생산품은 시제품으로 보아 전시 부가가치세법시행령 제63조 규정의 납부·환급세액의 재계산기간에서 제외하여 줄 것을 주장하고 있으나 납부·환급세액재계산은 감가성자산의 매입세액 공제후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율등이 당해자산의 취득일이 속하는 과세기간보다 증가하는 경우에 재계산하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 규정인바, 청구법인은 위 과세기간에 생산한 토마토를 수출 및 국내에 모두 판매함으로서 동 기간중 총공급가액중 면세비율이 취득당시 면세예정공급비율보다 증가하였으므로 매입세액을 재계산하여 환급세액에서 공제한 당초처분은 달리 잘못이 없으므로 시제품이라 하여 재계산대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

(4) 다음으로 청구법인은 수출전용작물을 재배하는 경우 수출지역의 생산과다로 수출이 불가능할 경우 공산품과는 달리 생산조절 및 장기저장이 불가능하여 부득이 국내판매를 하여야 하는 농업의 특수성을 인정하여 국내 판매분을 수출품의 부산물(잡수익)로 보아 면세비율 산정시 제외하여줄 것을 주장하고 있으나 국내판매분이 수출품에 필수적으로 부수하여 생산되거나 공급되었다기 보다는 각각 독립되고 주된 재화의 공급이라고 보아야 하므로 국내에 공급한 재화를 면세공급으로 보아 면세비율증가에 따라 부가가치세법시행령 제61조의 2와 제63조의 공통매입세액의 정산과 납부·환급세액재계산을 한 처분청의 법적용은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다만 공통매입세액정산 및 환급세액재계산과정에 있어서 처분청은 1998.2기 환급세액재계산시 확정신고기간에 대한 공통매입세액정산을 하지 않고 환급세액재계산을 한 것과, 1997년 2기부터 1998년 1기까지의 예정면세공급가액 비율을 청구법인이 신고한 비율(1997년 2기: 10%, 1998년 1기: 10%, 1998년 2기: 9.42%)을 적용하지 않고 일률적으로 4.76%를 적용한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 확인되고 있는바 공통매입세액정산과 환급세액 재계산에 있어서 먼저 각 과세기간별 확정신고기간 해당분에 공통매입세액을 정산한 후 감가성자산의 매입세액에 대하여 경과된 과세기간수(시설준공일: 1998.9.23)를 감안하여 증가된 면세공급가액비율(1998년 2기: 21.92%, 1999년 1기: 60.59%)을 곱하는 방법으로 당심판원이 산정한 추징세액은 241,093,552원(1998년 2기: 공통매입세액정산 19,558,000원 환급세액재계산 48,189,322원 계67,747,322원, 1999년 1기: 공통매입세액정산 164,335,035원 환급세액재계산 9,011,195원 계173,346,230원)이므로 처분청의 고지세액 253,309,350원과의 12,215,798원의 차이가 있는 것으로 나타나고 있으므로 추징세액을 재계산하여 경정하여야 할 것으로 판단된다.

(5) 또한 청구법인은 부가가치세법시행령 제63조의 납부 또는 환급세액재계산에 있어서 면세비율이 증가하는 경우에만 재계산하고 감소하는 경우에는 재계산하지 않음으로서 부가가치세법 제17조 제5항의 입법취지인 실질과세원칙에 위반한 규정이므로 면세비율이 감소한 기간에 대하여도 재계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인이 주장하는 국세기본법 제14조에 규정된 실질과세원칙은 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다는 규정으로 이는 국세기본법 제3조(세법 등과의 관계)에서 일반적으로 국세기본법은 세법에 우선하여 적용하나 세법이 실질과세원칙등 국세부과의 원칙을 규정하고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있으므로 설사 면세비율이 증가하는 경우에만 재계산하도록 규정한 부가가치세법시행령 제63조의 규정이 과세표준이나 세액계산에 있어서 실질과세에 문제가 있다 하더라도 면세비율이 감소하는 경우에는 환급세액을 재계산한다는 규정이 없으므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 인정된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.