[청구번호]조심 2015서3323 (2017. 4. 20.)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]**사업연도에 처분된 주식과 @@사업연도에 처분된 주식은 원칙적으로 별개의 주식으로, 청구법인이 신고한 @@사업연도 쟁점○○○법인주식의 처분손실에 대하여 처분청이 취득가액 오류를 이유로 일부 손금을 불인정하였으나 이는 쟁점○○○법인주식의 취득가액이 잘못되었다고 보아 경정한 것에 불과하여 **사업연도에 처분한 △△법인주식의 처분손실과 관련성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 후발적 경정청구사유에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령] 국세기본법 제45조의2

[참조결정]조심2015서1184 / 조심2014중5685 / 조심2015중1347

심판청구를 기각한다.

1.처분개요

가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2009.4.1. 인적분할되어 석유화학 사업부문 등은 존속회사인 OOO으로, 산업재 사업부문은 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로 이전되었다.

나. OOO은 2001.8.31. OOO”라 한다)로부터 독일 법인 OOO(이하 “독일법인”이라 한다)의 지분 49%(이하 “독일법인주식”이라 한다)를 OOO)에 취득한 후, 2002.11.6. 독일법인의 100% 자회사인 스위스 법인 OOO.(이하 “스위스법인”이라 한다)에 독일법인주식을 양도하고, 같은 날 독일법인으로부터 스위스법인의 지분 49%(이하 “쟁점스위스법인주식”이라 한다)를 취득(이하 위 주식 취득 및 양도를 “쟁점주식거래”라 한다)한 후 이를 형식적 주식교환거래로 보아 별도의 손익인식 회계처리는 하지 아니하였다.

다. OOO이 2009.4.1. 인적분할되면서 OOO가 쟁점스위스법인주식을 인수하였고, OOO는 2011.1.31. 인도 법인 OOO에 쟁점스위스법인주식을 OOO원에 양도(그 외 OOO원의 채권도 일괄양도)하였으나, 당시 쟁점스위스법인주식의 회계상 장부가액은 투자주식 감액손실 등에 따라 “0원”이었으므로, 회계상 OOO원의 투자주식 처분이익을 인식하고, 세무상 손금불산입하여 유보로 관리해오던 쟁점스위스법인주식의 투자주식 평가손실 OOO원, 이하 “쟁점주식처분손실”이라 한다)의 투자주식 처분손실을 인식하였다.

라.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.6.10.부터 2014.10.15.까지 OOO에 대한 세무조사를 실시하여, OOO이 2002.11.6. 쟁점주식거래시 독일법인주식은 스위스법인에 OOO원을 스위스법인으로부터 수취하여야 하나 이를 포기)한 후 이에 대한 회계처리를 하지 아니하고[2002사업연도 독일법인주식의 처분손실(OOO원) 미인식] 있다가, OOO가 분할로 쟁점스위스법인주식을 이전받은 후 2011.1.31. 쟁점스위스법인주식을 OOO원에 양도하고 그 취득가액을 OOO원(이하 “쟁점주식처분손실”이라 한다)을 손금불산입하는 등 하여 법인세를 과세하도록 처분청에 통보하였다.

마. 처분청은 이에 따라 2014.11.6. OOO에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였고, OOO는 이에 불복하여 2015.1.28. 심판청구(조심 2015서1184)를 제기하는 한편, OOO와 OOO(이하 “청구법인들”이라 한다)은 쟁점처분이 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보아 2014.12.30. 처분청에 2002사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

바. 청구법인들은 처분청으로부터 경정청구에 대한 통지를 받지 못하자, OOO는 2015.5.29., OOO은 2015.8.4. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 「국세기본법」제45조의2 제2항 본문 및 제4호에 의하면, 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때를 후발적 경정청구사유로 규정하고 있고, 이 경우 “결정 또는 경정”은 처분청 의견과 같이 세무조사결과통지나 조기결정신청을 의미하는 것이 아니라 과세처분의 경우는 납세고지서를 수령한 날(2014.11.5.)로 보아야 한다. 따라서 청구법인은 납세고지서를 수령한 날로부터 2개월 이내인 2014.12.30. 경정청구를 제기하였으므로 경정청구기한을 도과하였다고 볼 수 없다.

(2) 쟁점주식처분손실은 과세관청의 경정결정으로 인하여 다른 과세기간에 감액 결정 또는 경정처분 사유가 발생한 경우에 해당하므로 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 사유에 의한 경정청구 대상에 해당한다.

(가) 청구법인은 2002사업연도 법인세에 대한 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자에 해당하고 2011사업연도 법인세에 대한 과세관청의 경정결정으로 인하여 2002사업연도 법인세에 대하여 최초에 신고한 과세표준 및 세액이 감소된 경우(신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준을 초과)에 해당하므로 이 건은 「국세기본법」 제45조의2 제2항의 해석에 의할 때 후발적 사유에 의한 경정청구 대상에 해당한다.

1) 「국세기본법」 제45조의2 제2항의 후발적 경정청구는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자로서, 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”로 규정하고 있다.

2) 「국세기본법」 제45조의 제2항 제4호는 과세물건의 귀속시기를 변동하는 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 감액할 필요가 생긴 경우에 적용되며, 대표적인 예로는 특정 과세기간의 손금산입액이 다른 과세기간의 손금으로 산입되어야 할 것이어서 이를 손금부인하여 과세표준을 증액 경정결정한 경우이다. 주로 익금 및 손금의 귀속시기와 관련하여 과세관청이 납세의무자의 신고 내용과 달리 평가할 경우에 적용된다.

(나) 청구법인에게 OOO원의 주식처분손실이 발생한 것은 분명한 사실이며, 다만, 거래의 실질 및 보수적 세무처리에 따라 손금인식을 지연하여 인식한 것에 불과한 바 후발적 경정청구 제도의 취지 등에 근거하여 후발적 경정청구를 인정함이 타당하다.

1) 청구법인은 투자주식의 취득 및 매각으로 인하여 종국적으로 OOO원의 처분손실(처분이익 제외)이 발생한 것은 분명한 사실이다. 다만, 청구법인은 쟁점주식거래를 일반적인 교환거래가 아닌 형식적 교환거래에 해당하는 것으로 보고 실질과세의 원칙에 따라 2002년 쟁점주식거래에 대한 회계처리시 투자주식(쟁점스위스법인주식)의 취득가액을 투자주식(독일법인주식)의 취득가액으로 기표하고 별도의 세무처리를 하지 아니하여 2002사업연도에는 교환거래에 따른 손실을 인식하지 아니하였는바, 처분청 의견대로라면 처분손실을 인식했어야 할 2002사업연도에 처분손실을 인식하지 아니하여 세금을 과다하게 먼저 납부하는 보수적 세무처리를 하였다.

2) 처분청은 청구법인의 2011사업연도 쟁점스위스법인주식 처분손실 OOO원을 손금불산입하는 처분을 하였는바, 이는 결국 2002사업연도의 쟁점스위스법인주식 취득가액을 OOO원으로 본 것으로서 결국 과세관청의 입장에서 쟁점스위스법인주식의 취득시점인 2002사업연도 당시에 해당 금액만큼 쟁점스위스법인주식의 취득원가를 인정하지 않는다는 것이다. 그렇다면, 동 차액 OOO원은 2002사업연도의 쟁점주식거래에서의 주식처분손실로서 손금산입되어야 하는 금액이다.

3) 관련된 세무조정은 아래와 같은 바, 2011사업연도에 대한 증액결정 또는 경정은 2002사업연도의 쟁점스위스법인주식에 대한 △유보를 추인하는 것과 다름이 없고, 서로 밀접하게 관련되어 있다.

(다) 쟁점주식처분손실이 후발적 사유에 의한 경정청구 대상인 이상, 2002사업연도의 국세부과제척기간이 경과한 이후에도 적법한 경정청구로서 경정결정이 가능하다.

1) 2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되어 2008.1.1. 시행된 「국세기본법」 제26조의2 제2항은 제3호에서 “제45조의2 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우에는 경정청구일로부터 2개월 이내에 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다”라고 규정하여 후발적 사유에 의한 경정청구의 경우에도 통상적인 부과제척기간(5년)이 경과되어도 경정결정할 수 있도록 하는 규정을 신설하였다.따라서 이 건 경정청구는 위 개정규정에 따라 2002사업연도의 부과제척기간 경과에 불구하고 적법한 경정청구로서 경정결정 대상이 된다.

2) 대법원 2006.1.26. 선고 2005두7006 판결 등에서 “최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는, 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다”라고 일관되게 판시하여 왔고, 기획재정부는 2007.12.31. 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제3호를 신설하여 부과제척기간이 경과한 경우에도 후발적 사유에 의한 경정청구시에는 과세관청이 경정이 가능하도록 함으로써 납세권익을 제고하였으며, 조세심판원은 조심 2014중5685(2015.12.22.), 조심 2015중1347(2015.7.2.) 등에서 처분청이 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입(유보)한 사건의 경우 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 규정하는 과세관청의 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당하므로 후발적 경정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다고 결정하여 왔다. 따라서 이 건 경정청구가 후발적 사유에 의한 경정청구에 해당하는 이상 2002사업연도는 경정결정 대상이 된다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 후발적 사유에 의한 경정청구대상에 해당하더라도 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 의해 후발적 경정청구사유가 발생한 사실을 안 날부터 2개월 이내에 청구하여야 하나, 세무조사결과통지서 수령일(2014.10.17.) 및 조기결정신청서 제출일(2014.10.17.)로부터 2개월이 경과한 후 경정청구서를 제출하였으므로 경정청구기간이 경과하였다.

(2) 청구법인들은 2001년 8월 독일법인주식을 취득하여 2002년 11월 양도하고 동시에 쟁점스위스법인주식을 취득할 당시 회계 및 세무처리를 하지 않고 있다가 처분청이 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 2011사업연도에 독일법인주식 처분손실은 2002사업연도에 해당되어 손금불산입 처분한 주식처분손실의 귀속시기를 2002사업연도로 하여 후발적 사유에 의한 경정청구에 해당된다고 주장하나, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호는 “결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때”를 규정하고 있으며, 2002년 11월 청구법인의 주식 양도 및 취득 거래의 상대방은 각각 스위스법인과 독일법인으로 서로 일치하지 않고 거래가액 또한 서로 달라 2002사업연도에 손익을 인식해야함에도 2011사업연도에 손익을 인식한 것에 대해 처분청이 2011사업연도 손금불산입함으로서 2002사업연도의 과세표준 및 세액이 후발적으로 과다하게 되었다고 볼 수 없으므로 후발적 사유에 의한 경정청구에 해당되지 않는다.

(가) 후발적 사유에 의한 경정청구는 당초 손익인식기준에 의하여 정상신고를 한 후 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 감액을 청구할 수 있는 제도이나 주식처분손실이 발생한 2002사업연도는 아무런 회계 및 세무처리가 없었으므로 “결정 또는 경정이 되는 과세기간(2011사업연도)”외의 과세기간에 해당되지 않는다.

(나) 법인이 특정 사업연도에 고의로 수익을 과다계상하거나 손비를 과소계상하는 방법으로 사실과 다른 결산을 하고 법인세를 과다 신고하였다가, 과세관청이 그 차기 사업연도 이후 과소계상한 수익을 익금산입하거나 과다계상한 손비를 손금불산입하고 법인세를 증액 경정함으로써 그 특정 사업연도에서 이루어진 사실과 다른 결산의 효과를 상쇄시키지 못하게 되었다 하더라도 그러한 사정만으로 처분청의 조치로 인하여 그 특정 사업연도에 신고한 과세표준 및 세액의 산정기초에 후발적인 변동이 생겨 그 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 때에 해당된다고 할 수 없다.

(다) 따라서 이러한 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 의하여 후발적 사유에 의한 경정청구를 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 본안심리대상인지 여부

② 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인들이 제출한 심리자료에는 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) OOO은2001.8.31. 독일법인주식을 OOO달러)에 취득하였다.

(나) OOO은2002.11.6. 독일법인의 완전자회사인 스위스법인에 독일법인주식을OOO유로)에 취득하였으나,거래당사자 간에 양도대가를 서로 상계 및 면제하기로 하고 양도대가를 실제 수수하지 아니하였는바,이러한 주식거래가 그 실질가치에는 변함이 없는 형식적 주식교환거래에 해당한다고 보고 투자주식(쟁점스위스법인주식)의 취득가액을 투자주식(독일법인주식)의 취득가액으로 기표하고 별도의 세무처리는하지 아니하였으며,OOO원은 이를 포기하는 것으로 약정하였다.

(다) OOO의 감사보고서에는, 쟁점주식거래와 관련하여 스위스법인이 연결지배회사로 변경되어 독일법인주식을 쟁점스위스법인주식으로 교환 취득하였으며, 쟁점스위스법인주식의 취득가액은 OOO원이라고 주석에 기재되어 있고, OOO이 OOO에 제출한 해외직접투자내용변경신고서에는지분이동이 있었으나, 실질적으로는 OOO에 대한 경제적 실체의 지배구조변화가 없는 형식상 주식교환거래라고 기재되어 있다.

(라) OOO는 2009.4.1. OOO으로부터 인적분할시 승계받은 쟁점스위스법인주식을 2011.1.31. 인도 OOO에게OOO원으로 인식하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 세무조사결과통지서 수령일 및 조기결정신청서 제출일로부터 2개월이 경과하여 경정청구서가 제출되었으므로 경정청구기한이 경과하였다는 의견이나, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 결정 또는 경정이란 과세관청의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 의미하는 것으로서 이는 납세고지서의 송달이 있어야 하는 것이고 세무조사결과통지나 조기결정신청을 여기에서 말하는 결정 또는 경정이라고 보기 어려운 점, 청구법인들은 납세고지서 수령일로부터 2개월 이내에 경정청구를 제기한 점 등에 비추어 후발적 사유에 의한 경정청구의 청구기간이 경과하였다는 취지의 처분청 의견은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점처분이 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하나, 2002사업연도에 처분된 주식과 2011사업연도에 처분된 주식은 원칙적으로 별개의 주식으로, OOO가 신고한 2011사업연도 쟁점스위스법인주식의 처분손실에 대하여 처분청이 취득가액 오류를 이유로 일부 손금을 불인정하였으나 이는 쟁점스위스법인주식의 취득가액이 잘못되었다고 보아 경정한 것에 불과하여 OOO이 2002사업연도에 처분한 독일법인주식의 처분손실과 관련성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점처분이 후발적 경정청구사유에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제45조의2[경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4.결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

(2) 국세기본법 시행령 제25조의2[후발적 사유] ① 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

(3) 법인세법

제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제40조[손익의 귀속사업년도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

제41조[자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산

② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의 4 제1항 또는 제82조의 4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

(4) 법인세법 시행령

제68조[자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른날로 한다.

제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가