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기각
쟁점위탁개발비가「조세특례제한법 시행령」제8조 제1항 및[별표6]제1호 나목에 따른 '전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용'에 해당하여 연구․인력개발비 세액공제의 대상에서 제외되는지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2018서2376 | 법인 | 2019-02-22
[청구번호]

조심 2018서2376 (2019.02.22)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

청구법인의 차세대 전산시스템은 타 회사에 위탁하여 구축된 것으로 기술적인 측면에서 보다 향상되었으나 기업 전체적으로 그 인적․물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 것으로서 조특법상의 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 또는 이와 유사한 것으로 보이는 점, 2010.2.18. 조특법 시행령이 개정되어 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

[참조결정]

조심2009서3678 / 조심2012서3991 / 조심2013서1475 / 조심2010서0979 / 조심2014서0614 / 조심2018부0304

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.12.3. 설립되어 여신전문금융업(신용카드업, 시설대여업 및 할부금융업 등)을 주요사업으로 영위하고 있다.

나. 청구법인은 서비스 제고 및 업무효율성․안정성 증대를 위하여 주식회사 OOO과 차세대시스템 구축과 관련한 프로젝트 개발용역 계약을 체결하였고, 그 지출금액과 관련하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 2012~2014사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 청구법인은 처분청에 2012~2014사업연도에 발생된 위 차세대시스템 위탁개발 관련 지출금액 OOO이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당한다는 이유로 아래와 같이 2012~2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하라는 취지의 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 청구법인이 개발한 차세대시스템은 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 시행일(2010.1.1.) 이후에 개발된 것이고 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’에 해당하므로 쟁점위탁개발비에 대해서는 조특법 제10조에 따른 세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2018.3.19. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점위탁개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이므로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이다.

(1) 조특법 시행령 [별표6] 개정취지는 기업의 전사적 기업자원 관리설비OOO 등 시스템개발을 위한 위탁비용을 소프트웨어 구입 비용의 일종으로 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외OOO 하는 것이고, 이와 같은 단순 자산의 취득행위에 해당하는 범용소프트웨어 취득은 2010년 이전 법령을 적용하더라도 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되지 아니하였다OOO.

금융회사의 차세대시스템 개발비가 위 조특법 시행령 개정취지에 따라 단순 자산의 취득행위에 해당한다면 개정 이전 지출 분도 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 되지 아니하였어야 하나, 다수의 결정례 및 판례에서 전산개발비는 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시킴으로써 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로 결정OOO한 바가 있고, 시행령 개정 이후에도 금융회사의 차세대시스템 개발비는 지식정보기술을 바탕으로 복합금융 등 선진 금융 서비스를 구현하기 위한 것으로 단순한 범용소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경에 해당하지 않는다고 보아 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상임을 인정하였다OOO.

따라서 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 “시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”는 규정을 엄격하게 적용하여 모든 시스템 개발비는 단순 자산의 취득성격으로서 세액공제 대상이 아니라면, 이는 시스템 개발의 기술적 진전 목적을 인정한 기존의 결정례 등과 배치되는 것이다.

(2) OOO는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외되어 왔음에도 개정된 조특법 시행령 [별표6]은 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제대상에서 제외하는 규정을 삽입하고 대표적인 예로 전사적 기업자원 관리설비OOO를 들고 있으며, 그 이유는 다음과 같다.

전산시스템 도입방식은 크게 자체개발(위탁개발 포함)과 패키지 소프트웨어 구매로 구분되며, 자체개발 방식은 개발과정에서 시스템 에 주변환경과 기업의 고유한 특성이나 요구를 반영할 수 있다는 장점이 있는 반면, 업종별로 표준화된 패키지 소프트웨어에 약간의 커스터마이징을 거쳐 도입하는 패키지 소프트웨어 방식은 저렴한 비용과 유지관리의 편리함 등의 장점이 있다.

OOO의 경우 OOO 등 외국계 업체의 패키지소프트웨어로 한국에 도입되었으나 초기에는 현지화의 어려움과 기업의 기존 시스템, 업무 프로세스와의 충돌문제로 자체개발되거나 고도의 OOO을 거치는 비중이 매우 높아 상용화된 범용소프트웨어 도입이 아니라고 인정되는 자체개발 등의 부분에 대하여는 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 인정하여 왔으나, 국내 OOO의 성숙, 표준화된 전산시스템의 중요성, 패키지 도입의 경제성으로 현재 OOO는 대부분 약간의 OOO을 가한 패키지소프트웨어 방식으로 도입되고 있어 2010년 조특법 시행령 개정에서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 시스템 개발의 대표적인 예로 OOO를 규정한 것이다.

따라서 전산개발비 중에서 OOO 비중이 적은 패키지 소프트웨어 방식으로 도입된 것은 상용화된 범용소프트웨어로 보아 세액공제 대상에서 배제함이 타당하나, 기업이 자체적으로 판단한 필요성에 의하여 자체개발(위탁개발 포함)한 것은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 하는 것이다.

(3) 차세대시스템은 각 금융기관별로 도입목표에 따라 다양한 OOO를 투입하여 2~3년에 걸친 분석(컨설팅) → 설계 → 개발 → Test → Open의 단계를 거쳐 구축하게 되고 다른 회사에서 개발이 이루어진 패키지를 OOO을 거쳐 이식하는 경우가 있으나, 금융시스템의 경우에는 복잡하고 최적화되며 타 분야보다 발전된 시스템을 도입하려는 필요성에 따라 자체개발이 훨씬 일반화되어 있다.

청구법인의 차세대시스템의 경우 다년에 걸쳐 개발이 진행되었고, 수많은 인력이 투입되어 청구법인에서 제공하는 서비스나 환경 등을 고려하여 가장 적절한 전산시스템을 구축한 것으로 기술적 진전을 위한 시스템개발에 해당하고, 개발의 기반이 된 상용소프트웨어가 존재하지만, 해당 소프트웨어에 대한 대가가 전체 개발비에서 차지하는 비율이 극히 낮아 상용화된 프로그램을 일부 OOO 했다고 볼 수는 없으며, 이 건 관련한 경정청구시 상용소프트웨어에 대한 용역대가는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외하였고 개발기간과 금액 외에도 이 건 관련 계약서를 보더라도, 계약대금을 지급한 경우에 본 계약에 따라 개발된 프로그램 등의 저작권 및 모든 산출물 등의 소유권은 청구법인이 보유하게 되어 범용소프트웨어의 단순 취득으로 볼 수 없다.

따라서 청구법인의 차세대시스템 개발은 단순 자산의 취득행위로 볼 수 있는 정도의 상용소프트웨어의 이식이 아니라, 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 청구법인이 2012~2014사업연도 차세대시스템 구축을 위하여 지출한 쟁점위탁개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이다.

나. 처분청 의견

쟁점위탁개발비는 다음과 같이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 아니므로 청구주장은 이유 없다.

(1) 조특법 시행령이 개정되어 전사적 기업자원 관리시스템 위탁개발 비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외함을 명확하게 하였으므로 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 전사적 관리시스템 위탁개발 비용에 대한 연구·인력개발비 세액공제는 허용되지 않는다.

(2) 조특법상 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 종합적으로 고려할 때 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 지출한 청구법인의 쟁점위탁개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다.

(3) 청구법인은 차세대시스템이 정형화된 OOO 등의 구축과 명확히 구분되고 그 개발활동이 상용 소프트웨어의 이식이 아니라 기술적인 진전을 이루기 위한 것이므로 세액공제 대상이라고 주장하나, 차세대전산시스템도 확장형 OOO로서 조특법상의 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 시스템과 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적으로 관리하는 본질적인 속성에 차이가 없으므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점위탁개발비가 「조세특례제한법 시행령」 제8조 제1항 및 [별표6] 제1호 나목에 따른 ‘전사적 기업자원 관리설비OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상에서 제외되는지 여부

나. 관련 법령

제5조의2【중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례】대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신촉진법」 제18조, 「산업기술혁신촉진법」 제19조 및 「정보통신산업진흥법」 제44조 제1항에 따라 2012년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」 제32조「법인세법」 제36조를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비[이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다]

2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비

제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구·인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액(후단 생략)

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

3) 1)부터 2)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다.

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

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