[사건번호]조심2012서3441 (2012.10.30)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으며, 가산세를 면책할만한 정당한 사유도 없는 것으로 보이므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조 제3항

[참조결정]조심2012서3435

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1998.1.31. OOO(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하였고, 2001.11.26. 구주택에 대한 재건축으로 같은 곳에 OOO아파트 105동 1103호(건물면적이 116㎡인 신축주택으로, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.5.17. 이OOO에게 OOO원에 양도한 후 2006.7.31. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정( 「조세특례제한법」제99조의3)을 적용하여 감면세액을 OOO원으로 산출하여 양도소득세를 신고하였다.

나.OO지방국세청장의 신축주택 양도소득금액감면에 대한 특정감사 결과, 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 감면소득을 적용함에 있어 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보았고, 이에 따라 처분청은 2012.4.25. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.6.14. 이의신청을 거쳐 2012.8.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에 있어 분자와 분모에서 “취득당시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있으므로 그에 대한 의미도 동일하게 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여야 함에도 처분청은 분자를 신축주택의 취득당시 기준시가로, 분모를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용한 것은 근거가 없는 것이라 할 것이다. 또한 이 산식은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 한하여 적용되는 것으로 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용되지 않는다. 따라서 쟁점주택에 대한 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

재건축사업으로 종전에 소유하던 주택을 재건축조합에 양도하고 조합원주택을 취득하였다가 양도한 경우, 신축주택 감면대상 양도차익은 구주택 취득일로부터 계산하는 것이 아니라 신축주택의 취득일로부터 계산하는 것이 타당하다. 따라서 청구인은 「조세특례제한법」제99조의3의 규정을 잘못 해석한 것으로 신축주택에 대한 양도소득세를 감면하고, 구주택의 양도소득에 대하여 감면배제하고 쟁점주택에 대하여 이 건 양도소득세를 경정·고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례( 「조세특례제한법」제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였다.

(2)청구인은 2001년 간추린 개정세법(재정경제부)에 의하면 거주자가 비수도권 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하면 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 나타나고, 신축주택 양도소득세 감면신청서 작성요령에도 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하도록 되어 있는바, 처분청이 양도일 이후 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의해 감면을 배제함은 명백한 소급과세이며 이는 조세법률주의에 위반되는 처분이라고 주장한다.

(3) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.

한편 「국세기본법」제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있다.

(4) 청구인과 그 불복대리인이 2012.10.16. 이 건 심리시 조세심판관 회의에 참석하여 청구인은 “일간지 보도내용 등에서 감면신고를 하면 세금이 없다고 했는데 세무서에서 사전 통지도 없이 가산세를 포함하여 고지서를 발부한 것은 잘못된 것으로써 납세자에게만 책임을 전가하는 것은 부당하다”는 취지로, 불복대리인은 “청구인이 1999.1.10. 공급계약을 체결하여 신축주택 감면기간내에 취득하였으므로 전액 감면이 되어야 하는데 나중에 국세청이 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 소득금액이 아니라는 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 적용한 것은 소급과세 및 조세법률주의에 위배된 처분이고, 부과제척기간에 임박하여 과세예고도 없이 고지서를 발부한 것은 납득하기 어려우며, 또한 이 건 처분은 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 부당한 것으로 취소되어야 한다”는 취지의 의견진술을 각각 하였다.

(5) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구주택을 취득하여 보유하다가 재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

또한, 청구인은 국세청이 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대한 가산세의 부과는 위법하다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서3435, 2012.9.28. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.