부동산의 대금지급일과 세금계산서 발행일이 상이한 경우 그 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부(취소)

청구법인은 서울특별시 종로구 OO로 OO OOOOOOO에 본점을 두고 부동산임대업을 영위하는 법인으로서 OO로 OOOO지구 재개발사업의 시행을 위하여 서울특별시 종로구 OO로 OO OOOOO외 1필지 토지 32.4평방미터 건물 105.78평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.6.27 청구외 OOO 등 6인으로부터 매매대금 1,000,000,000원(대지 790,808,767원, 건물 209,191,233원)에 취득하기로 매매계약을 체결하고 같은날짜에 위 대금을 전액 지급한 후 89.6.30자로 발행한 건물부분의 매입세금계산서 1매 209,191,233원을 수취하여 89년 제1기 부가가치세 확정신고시 이를 누락하고 90.1.25 부가가치세 과세표준 수정신고를 이행한데 대하여, 처분청은 청구법인이 89.6.27자로 쟁점부동산의 매매대금을 일시에 지급한 경우 거래상대방 공급자는 같은 날짜에 세금계산서를 발행교부하여야 하는데 89.6.30자로 발행하였기 때문에 이는 사실과 다른 세금계산서로 보아 90.6.16 동 매입세액을 불공제하여 부가가치세 22,978,030원을 결정고지함에 따라 청구법인은 이에 불복하여 90.8.14 심사청구를 거쳐 90.11.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구법인은 신규법인으로 OO로 OOOO지구 재개발사업을 시행하는 과정에서 89.6.27 쟁점부동산을 OOO외 5인(공동소유)으로부터 매입하기로 계약체결하고 이날에 매매대금 1,000,000,000원을 전액 지급한 다음 89.6.29 소유권이전등기등 업무를 추진하였으나 담당직원의 업무미숙등으로 건물부분의 세금계산서를 89.6.30자로 교부받아 89년 제1기 부가가치세 확정신고시 이를 누락하고 90.1.25 부가가치세 과세표준 수정신고를 하였는 바 이 경우 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서 및 동법시행령 제60조 제2항의 규정과 대법원판례에 의하면 당해세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하도록 되어 있으므로 처분청의 당초처분은 위법부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 쟁점부동산을 89.6.27 매입하기로 계약을 체결하고 이날에 잔금까지 모두 완불하여 대금청산이 완료된 사실이 쟁점부동산 매매계약서 및 등기부등본, 영수증등에 의하여 확인되고 있으므로 거래시기는 89.6.27 임이 분명하다 하겠고, 거래상대방의 매출세금계산서를 보면, 89.6월까지만 기재되고 날짜는 기재되지 아니하여 청구법인이 임의로 소급작성한 것으로 추정할 수 있으며 더구나 청구법인은 평소 세금계산서 수수사항이 미미하여 이 건과 같이 고액의 거래를 행하고도 89년 제2기 부가가치세 확정신고를 하지 아니하고 90.1.25 부가가치세 과세표준 수정신고를 한 것은 단순착오로 보기 보다는 임의로 소급작성하였다고 봄이 타당하므로 처분청이 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산의 대금지급일과 세금계산서 발행일이 상이한 경우 그 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 이 건의 과세경위 및 청구주장을 보면 처분청은 청구법인이 89.6.27자로 쟁점부동산의 매매대금을 일시에 지급한 경우 거래상대방 공급자는 같은 날짜에 세금계산서를 발행교부하여야 하는데 89.6.30자로 발행하였기 때문에 이는 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건을 처분하였음을 알 수 있고 청구법인은 이에 대하여 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서 및 동법시행령 제60조 제2항의 규정과 대법원판례등에 의하면 실지로 거래한 사실이 확인되는 때에는 재화의 공급시기와 세금계산서 발행일이 상이하더라도 이는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하고 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

다음으로 이 건 관련법령규정인 부가가치세법 제16조 제1항을 보면 납세의무자로 등록된 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 동법 제9조 제1항 및 제2항이 규정하는 시기(재화 또는 용역의 공급시기)에 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하도록 하고 있고 동법 제17조 제2항 제1호에서는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되 다만, 동법시행령의 규정에 해당될 경우에는 예외로 할 수 있다고 규정하고 있으며, 동법시행령 제60조 제2항의 규정에 의하면 당해 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아나한다고 규정하고 있다.

이 건의 경우 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 수취한 세금계산서를 당해 과세기간에 부가가치세 과세표준을 신고하지 아니하고 수정신고기한내에 이를 수정신고한데 대하여는 정당한 신고로 보아 다툼이 없고, 다만, 이 건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부만을 다투고 있는 바, 이에 대하여 살피건대 위 관련 법령규정에서 본 바와같이 매입세금계산서를 수취한 자가 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서 및 동법시행령 제60조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받으려면 동법 제16조 제1항, 제9조 제1항 및 제2항이 규정하는 거래시기에 교부받은 세금계산서를 과세관청에 제출하여야 하겠지만 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 한다 할 것이다. [대법원판례 85누 75, (86.9.23), 86누800 (87.3.24), 국심 87구950(87.9.9) 동지]

이 건의 경우 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 매매계약서 및 매매대금영수증과 쟁점부동산의 등기부등본을 보면 청구법인은 89.6.27 청구외 OOO등 6인으로부터 쟁점부동산을 매입하기로 매매계약을 체결하고 같은 날짜에 매매대금 1,000,000,000원을 청산한 다음 89.6.29자로 쟁점부동산의 소유권이전등기를 이행한 사실이 확인될 뿐아니라 청구법인이 수취한 세금계산서의 기재사항에 의해서도 그 거래사실이 확인되는 이 건 매입세액은 『세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우의 매입세액』에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 이 건 매입세액을 불공제한 당초처분은 잘못이 있는 반면 청구법인의 주장은 이유있다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례