[청구번호]조심 2017서3430 (2018. 7. 24.)

[세목]법인[결정유형]취소

[결정요지] 조특법 시행령 제9조의 개정사항은 창설적 규정으로 보이는 점, 처분청 주장과 같이 승계한 사업에서 발생한 일반연구?인력개발비의 구분이 명확하다 하더라도 개정 전인 납세의무가 성립한 이 건의 경우는 개정 전의 법령에 따라 승계사업에서 발생한 일반연구?인력개발비는 분할비율을 적용하여 산정하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음

[관련법령] 조세특례제한법 시행령제9조

OOO세무서장이 2017.5.29. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1987.1.14. 설립되어 시스템 통합 및 유지보수, IT 아웃소싱, 소프트웨어의 설계 및 개발 등을 주된 사업으로 영위하는 법인으로 2013.1.1. 경영효율성 증대 및 경쟁력 제고를 목적으로 100% 종속기업인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)가 운영하던 금융자동화부문과 IT인프라부문의 사업부문 중 금융자동화사업부문을 분할합병하였다.

나. 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고 시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제3호 가목(이하 “증가발생액 방식”이라 한다)에 따라 연구·인력개발비에 대한 세액공제(이하 “R&D세액공제”라 한다)를 적용하면서 직전 3개연도 발생액은 청구법인과 OOO의 금융자동화사업부문 연구·개발비 실제발생액 전액을 단순 합산하고 이를 적용하여 R&D세액공제액을 산정하였다.

다. 청구법인은 다음 <표1>과 같이 직전 3개연도 연구·인력개발비에 합산되는 OOO의 연구·인력개발비는 금융자동화사업부문에서 실제 발생액이 아니라 OOO의 전체 연구·인력개발비 중 금융자동화사업부문이 차지하는 비율(이하 “분할비율”이라 한다)을 곱한 금액으로 하여 R&D세액공제액을 산정하여 2013사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2017.5.29. 연구·인력개발비 발생 사업부문이 명확히 구분되는 경우 해당 사업부에서 실제 발생한 연구 및 인력개발비를 직전 3개연도 연구·인력개발비 발생액으로 하여 R&D세액공제액을 산정하여야 한다고 보아 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 2013사업연도에 증가발생액기준을 적용하여 연구·인력개발비 세액공제 산정함에 있어, 직전 3개연도 연구·인력개발비에 합산되는 OOO의 연구·인력개발비는 OOO의 총 연구·인력개발비발생액에 금융자동화사업부문이 차지하는 비율(이하 “분할비율”이라 한다)을 곱한 금액으로 R&D세액공제액을 산정하여야 한다.

(1) 청구법인은 OOO의 금융자동화사업부문을 2013.1.1. 분할합병하였는데, 합병전 OOO는 금융자동화부문과 IT인프라부문의 사업을 운영하고 있어 동 분할합병은 OOO의 사업 일부를 승계하는 것에 해당한다.

법인이 사업의 일부를 승계한 경우 조특법 시행령 제9조 제6항 단서(2015.2.3. 개정 전)에는 ‘과거 발생한 일반연구·인력개발비를 계산할 때 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다’고 규정하고 있고, 다수 사례(서면법규-500, 2014.05.19., 법인-589, 2011.08.19. 등)에서도 상기 법령에 따라 <표2>와 같은 방법으로 분할비율을 반영한 연구·인력개발비를 사업을 승계한 법인의 직전 과세연도 발생액에 합산하도록 일관되게 해석하고 있다.

<표2> 직전과세연도 발생액 산정방법

(2) 조특법 시행령 제9조 제6항이 2015.2.3. 개정되면서 사업의 일부를 승계한 법인은 승계사업에서 발생한 연구·인력개발비를 별도 구분하기 어려운 경우에만 분할비율을 적용하도록 개정하였지만, 개정 전 법령에 의하면 승계한 사업부문별로 연구·인력개발비의 구분가능 여부와 무관하게 피합병법인 등에서 합병 등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 분할비율을 곱한 금액으로 직전 3개년도의 발생액을 계산하도록 규정하고 있는바, 개정된 시행령의 시행일 이전에 이미 과세요건이 완성될 당시에 시행된 개정 전의 법령에 의해서는 과세할 수 없는 것을 개정된 시행령에 의하여 과세하는 것은 종전의 법령보다 불리하게 납세의무자를 취급하는 것에 해당하여 소급과세 금지에 반하는 것이고(대법원 2009.4.23. 선고 2009두3309 판결, 같은 뜻임), 개정취지를 보더라도 동 규정의 미비점을 개선하여 합리적으로 적용하는데 그 취지를 두어(2014.12.26. 기획재정부 입법예고) 명확화 차원의 개정조문으로 보기 어려우며, 소급적용을 인정할 만한 정당한 사유도 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제14조에서 규정하는 실질과세원칙은 조세법에 있어 본원적으로 내재하고 있는 법원칙으로 조특법을 적용하는 경우에도 행위 또는 거래 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라야 할 것이고, 조특법 및 타 세법의 구성체계를 보더라도 실지 귀속이 명확한 경우 실지귀속을 원칙으로 하고 있고, 예외적으로 귀속여부가 불분명한 경우에 한하여 세법에 별도의 규정을 두고 있는바, 그간의 예규(기획재정부 조세특례제도과-47, 2011.1.21., 법규과-3411, 2006.8.23. 등 다수)에서 승계사업과 존속사업의 연구·인력개발비 발생내역이 명확히 구분되는 경우 그 실질에 따라 승계사업의 연구·인력개발비 발생액을 산정하는 것이 실질과세원칙에 부합하는 것으로 해석하여 왔고, 과세표준 및 세액의 계산 역시 실지귀속에 따라 계산하되 그 구분이 불분명한 경우 별도의 규정을 두어 계산하도록 세법 전반이 규정되어 있으며, 2015.2.3. 개정된 세법역시 이러한 내용을 명확히 확인하기위한 확인적 규정에 불과한 것이다.

(2) 조특법 시행령 제9조 제6항을 위임한 모법인 조특법 제10조 제1항에서는 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 증가발생액 방식의 세액공제를 적용하지 못하도록 규정하고 있는바, 승계한 사업에서 연구·인력개발비가 발생하지 않았음이 명확하여 증가발생액방식 적용대상이 아닌 존속법인의 경우까지도 분할비율을 적용하여 증가발생액방식을 적용할 수 있도록 확대해석하게 되는 문제를 초래하게 되고(법인세과-589, 2011.8.19.), 이는 연구개발 촉진을 목적으로 한 조특법 입법취지와 조세법률주의 원칙상 엄격 해석의 원칙에도 반한다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 연구·인력개발비 세액공제액을 산정함에 있어서 직전 4년간 연평균 일반연구개발비에서 차감되는 분할신설법인 귀속금액 계산시 실제 발생액이 명확히 구분되는 경우 실제발생액으로 계산하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 (2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제10조 [연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

<부칙(법률 제11614호, 2013.1.1.) >

제36조 [연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 대한 특례] 제10조 제1항 제3호 가목의 개정규정 중 “직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를"은 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 “해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로, 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 “해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로 본다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15 대통령령 제24368호로 개정된 것) 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12

⑥제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구인력개발비로 본다.

(3) 조세특례제한법시행령 (2015.2.3 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ⑥제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구인력개발비로 본다.

<부칙 (대통령령 제26070호, 2015.2.3.) >

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제112조의5 및 제112조의6의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제63조 제6항ㆍ제14항, 제106조의9 제1항 및 제121조의3 제12항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제71조 및 제80조의3의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행[2015.1.1.] 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(4) 국세기본법

제14조 [실질과세]① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조 [근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

(5) 법인세법

제113조 [구분경리] ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

④ 내국법인이 분할합병하는 경우 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 분할법인등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO의 분할전 매출 및 자산현황은 다음 <표3>과 같다.

(나) 분할합병 전 청구법인과 OOO에서 실제 발생한 연구·인력개발비 발생액 현황은 다음 <표4>와 같다.

(다) 처분청은 분할전 사업보고서에 연구·인력개발비는 전부가 금융자동화사업부문에서 발생하였다고 기술되어 있고, 존속법인의 IT인프라부문의 2013사업연도 사업보고서와 법인세 신고내역을 보면 일반연구·인력개발비 발생액이 전무한 사실이 확인되어 분할 전의 연구·인력개발비 발생액은 금융자동화사업부문에서 발생한 것이 명확하다는 의견이고, 청구법인은 연구소가 금융자동화사업부문에 소속되어 연구·인력개발비가 발생되는 사업부문을 금융자동화사업부문으로 기재하였지만 공시된 연구활동 내용을 보면 IT인프라사업부문의 연구·개발활동도 수행하였음이 확인되어 사업부문별로 혼재되어 연구·인력개발비가 발생하였다는 주장이다.

(라) 청구법인은 다음 <표5>와 같이 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율을 분할비율로 적용하여 2013사업연도 R&D세액공제를 경정하여 줄 것을 경정청구하였다.

(2) 처분청이 2017.5.29. 경정청구 거부처분한 내용은 다음 <표6>과 같다.

<표6> 경정청구 거부사유

(3) 쟁점이 되는 조특법 시행령 제9조 제6항 단서의 개정내역은 다음 <표7>과 같다.

<표 7> 조특법 시행령 제9조 제6항 개정내역

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO로부터 승계한 사업에서 발생한 일반연구·인력개발비의 구분이 명확하고, 개정된 조특법 시행령 제9조 제6항은 명확화 차원의 확인적 규정이므로 개정 여부와 관계없이 직전연도 일반연구·인력개발비는 실지 구분되는 금액으로 산정하여야 한다고 주장하나, OOO의 분할 전 사업보고서를 보면 연구·인력개발비가 발생한 사업부문이 금융자동화사업부문으로 기재되어 있지만 이는 기술연구소를 사업부문별로 따로 두지 않고 금융자동화사업부문 소속으로 1개의 연구소를 두고 연구개발활동을 통합하여 운영한 것일 뿐이라는 청구법인의 소명이 있었고, 사업보고서상의 연구·개발활동내용을 보면 금융자동화사업부문의 금융자동화기기 관련 연구뿐만 아니라 BI 솔루션 개발, 인프라 통합관리 솔루션 개발 등 IT인프라 사업부문의 연구개발활동도 병행하여 수행하였음을 확인되며, 청구법인은 분할 전에 감면소득이 있는 사업부문도 없어 구분경리 할 필요성도 없었던 점 등에 비추어 볼 때 분할 전 사업부문별로 연구·인력개발비가 명확히 구분되었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

또한, 「국세기본법」제18조 제2항에서 납세의무가 성립한 소득 등에 대해서는 납세의무 성립 후의 새로운 세법에 따라 과세하는 것을 금지하고 있고, 개정된 시행령의 시행일 이전에 이미 과세요건이 완성될 당시에 시행된 개정 전의 법령에 의해서는 과세할 수 없는 것을 개정된 시행령에 의하여 과세하는 것은 종전의 법령보다 불리하게 납세의무자를 취급하는 것에 해당하여 소급과세금지의 원칙에 반하는 것인바(대법원 2009.4.23. 선고 2009두3309 판결, 같은 뜻임), 이 건 부과처분과 관련된 조특법 시행령 제9조 제6항의 개정내용을 살펴보면, 2015.2.3. 개정되면서 적용시기를 2015.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 규정하고 있어 이 건의 경우 개정 전 법률의 적용대상이고, 개정내용을 살펴보더라도 개정 전까지는 분할비율을 적용하는데 있어 아무런 단서규정이 없었다가 동 규정이 개정이 되면서 해당 승계사업에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 분할비율을 적용한다는 단서규정을 신설하여 조세특례 적용의 명확화라기보다는 창설적 규정으로 보이며, 기획재정부 입법예고문의 내용에서도 명확화 차원의 개정이라고 유추하기는 어려워 보이므로 설령 처분청 주장과 같이 승계한 사업에서 발생한 일반연구인력개발비의 구분이 명확하다 하더라도 개정 전인 2013.12.31. 납세의무가 성립한 이 건의 경우는 개정 전의 법령에 따라 승계사업에서 발생한 일반연구인력개발비는 분할비율을 적용하여 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 처분청에서 이 건 납세의무 성립 이후에 개정된 「조특법 시행령」제9조 제6항은 단순히 명확화 차원의 개정이라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.