국심2001부1752 (2001.12.27)

법인

기각

토지의 매입과 관련된 차입금의 이자상당액은 토지잔금지급일까지 발생된 것에 한해 토지의 취득가액에 산입됨

조세특례제한법 제82조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】 / 조세특례제한법시행령 제77조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인인 사회복지법인 OO원(이 건 심판청구후 “의료법인 OO의료재단”으로 변경)은 부산광역시 서구 OOO동 OO O OOOOOO 소재 임야 9,157㎡, 같은동 O OOOOOOO 소재 임야 1,935.5㎡, 같은 동 O OOOOOOO 소재 임야 361.5㎡, 합계 임야 11,454㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1993.6.5 정신요양원 건립용 부지로 사용할 목적으로 836,920,000원에 경락받아 1993.10.22 취득한 뒤 장기간의 법적 분쟁 및 반대민원 등으로 착공을 포기하고 1,250,000,000원에 1999.6.17 양도하였으나 법인세 및 특별부가세를 신고하지 아니하였다.

처분청은 2000.7.12 청구법인에게 1999사업연도분 법인세 102,403,320원과 특별부가세 72,478,030원, 합계 174,881,350원을 부과하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.3.2 이의신청을 거쳐 2001.7.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점토지를 3년이상 고유목적에 직접 사용하지 못한 것은 “정당한 사유”에 의한 것이고, 또한 쟁점토지의 양도대금을 전액 고유목적사업에 사용하였으므로 마땅히 특별부가세를 면제해 주어야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 양도한 이후에 수익사업을 개시하였으므로 법인세법 제103조에 규정한 비영리법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례규정을 적용하여야 한다.

(3) 쟁점토지의 매입에 소요된 이자비용 153,740,990원은 특별부가세 과세표준계산시 취득가액에 합산하여 양도차익을 계산하고, 이에 따라 계산된 양도차익을 기준으로 법인소득에 대한 법인세를 계산하여야 한다.

나. 처분청의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 3년이상 고유목적에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 예외를 인정하여야 한다는 주장이나 조세특례제한법 제82조 및 국세청예규에 의하면 비영리법인이 특별부가세를 면제받기 위해서는 고유목적에 3년이상 직접 사용하여야 하고 정당한 사유 등은 인정되지 아니한다.

(2) 청구법인이 쟁점토지를 양도할 당시에는 수익사업을 영위하지 아니하였으므로 법인세법 제103조의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례규정을 적용하여야 한다는 주장이나 그 규정은 법인세법 시행령 제145조 제2항에 의거 쟁점토지의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하기 때문에 청구법인에는 해당하지 아니한다.

(3) 청구법인은 쟁점토지의 취득시 대출받은 금액에 대한 지급이자를 쟁점토지의 취득가액에 산입하여야 한다고 주장하나 쟁점토지의 잔금지급일(1993.10.22)이후 발생한 지급이자이므로 쟁점토지의 취득가액에 산입할 수 없고, 수익사업에 대응하는 비용에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 ① 청구법인이 쟁점토지를 3년이상 고유목적에 직접 사용하였는지, 그리고 쟁점토지가 법인세법 제103조의 규정에 의한 비영리법인의 부동산등 양도에 따른 양도소득에 대한 특례규정 적용대상인지 및 ② 쟁점토지의 취득과 관련한 차입금 등에 대한 지급이자를 취득가액에 산입여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

조세특례제한법 제82조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】제1항은 『2000년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 토지등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지등

2.~5. (생략)

6. 정신보건법 제15조의 규정에 의하여 사회복지법인 및 기타 비영리법인이 신고를 하고 설치·운영하는 사회복귀시설로 3년 이상 직접 사용한 토지 등』으로 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제77조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】제1항은 『 법 제82조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.』고 규정하고 있다.

법인세법 제103조【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】제1항은 『비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 부동산등 양도소득 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.』고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 『제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고 있다.

법인세법 시행령 제145조【비영리내국법인의 양도소득에 대한 특례】제2항은 『법 제103조의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례는 제1항의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제103조의 규정을 적용하지 아니한다.』고 규정하고 있다.

법인세법 제3조【과세소득의 범위】제2항은 『비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1.~4. (생략)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령 령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. (생략)』으로 규정하고 있다.

법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 제2항은 『 법 제3조 제2항 제5호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 』고 규정하고 있다.

법인세법 제41조【자산의 취득가액】제1항은 『 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액』으로 규정하고 있고, 같은조 제2항은 『제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고 있다.

법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】제1항은 『 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2.~5. (생략)』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여

청구법인은 쟁점토지를 3년이상 고유목적에 직접 사용하지 못한 것은 정당한 사유에 의한 것이고, 또한 쟁점토지의 양도대금을 전액 고유목적사업에 사용하였으므로 관련 특별부가세를 면제해 주어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면,

청구법인은 1957.10.7 부산광역시장으로부터 사회복지법인 설립허가를 받아 고아원인 육아원을 운영하여 왔고, 현재는 불우한 정신질환자를 수용·보호하고 치료하는 정신요양사업을 하고 있으며, 당초 부산광역시 사하구 OO동 OOOO에 소재하고 있었으나 『부산 OO항 35m 배후도로』에 정신요양시설 7,329㎡중 4,000㎡가 편입되게 되었고, 정신요양시설이 너무 낡아 쟁점토지를 1993.6.5 법원경매를 통하여 경락받아 1993.10.22 경락대금의 잔금을 지급하고 취득(부산광역시로부터 1993.10.21 기본재산취득허가를 받음)하였으며,

청구법인은 쟁점토지위에 정신요양시설을 착공하려고 하였으나 쟁점토지의 전소유자였던 OOO(절)측에서 미완공된 건물중 1층 일부를 마무리하여 몰래 사용하면서 철거를 거부하고 정신질환자 수용시설이 들어온다는 소문을 퍼뜨려 공사착공에 방해를 하여 부득이 OOO측에 건물철거소송을 하여 1997.12.2 대법원의 최종 확정판결을 받았음에도 대법원 특별항고를 하는 등 계속적인 철거와 소송을 제기하여 정신요양시설의 공사착공이 곤란하게 되었다는 내용이 관련 과세기록 및 심리자료 등에 나타나 있는 바,

청구법인은 쟁점토지위에 정신요양원을 건립하지 못한 상태에서 6년의 기간이 경과한 1999.6.17 양도함으로써 쟁점토지를 고유목적에 직접 사용하지 못한 상태에서 양도한 경우에 해당되며, 조세특례제한법 제82조에 특별부가세 면제요건으로 쟁점토지를 고유목적에 3년이상 직접 사용토록 규정하고 있고, 달리 예외규정이 없으므로 특별부가세 면제대상이 될 수 없다고 본다.

또한, 법인세법 제103조의 규정에 의한 비영리법인의 부동산 등 양도에 따른 양도소득에 대한 특례규정도 적용대상이 되기 위하여는 청구법인이 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인에 해당되어야 할 것인 데 수익사업을 영위하는지의 여부는 쟁점토지의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 판단하는 것이기 때문에 쟁점토지를 양도한 사엽연도에 수익사업을 개시한 청구법인의 경우에는 위 특례규정의 적용대상에 해당되지 아니하므로 당초처분은 달리 잘못이 없다.

(2) 쟁점②에 대하여

청구법인은 쟁점토지의 경락대금에 충당하기 위하여 1993.10.22 주식회사 OO상호신용금고 OOO지점으로부터 700,000,000원(이하 “쟁점차입금”이라 한다)을 차입하여 경락대금의 잔금으로 지급하고, 1994.10.28 사하구청으로부터 OO항 배후도로에 편입된 청구법인의 토지에 대한 보상금을 수령하여 쟁점차입금을 변제하였는 데 1993.10.22 ~ 1994.10.28 기간중 쟁점차입금 및 윤OO로부터의 차입금에 대한 지급이자에 해당하는 153,740,990원을 쟁점토지의 취득가액에 산입하여야 한다고 주장하고 있는 바,

쟁점토지의 취득과 관련하여 발생한 차입금에 대한 이자상당액을 취득가액에 산입하기 위하여는 쟁점토지의 잔금지급일까지 발생한 지급이자여야 가능하나 이 건의 경우 그 이자상당액이 쟁점토지의 잔금지급일이후에 발생한 것이어서 각 사업연도의 수입금액에 대응하는 손금으로 계상하여야 할 금액이므로 1999사업연도 법인세계산시 장부가액이나 특별부가세 계산시 취득가액으로 인정할 수 없다는 처분청의 처분 역시 잘못이 없다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.