자경농지가 아닌 부동산에 대한 특별부가세가 면제된 경우 그에 대한 농어촌특별세가 비과세되는지 여부(기각)

청구법인 소유의 서울특별시 노원구 OO동 OOOOO 대지 900㎡, OOOOO 잡종지 1,004㎡ 및 OOOOO 임야 298㎡(합계 2,202㎡. 이하 “쟁점토지”라 한다)와 위 지상 건물 196.3㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)는 92.12.31 사업승인된 택지개발사업으로 인하여 서울특별시도시개발공사에 수용되었다(청구법인은 쟁점건물에 대한 보상금 55,508,405원은 96.1.17, 쟁점토지에 대한 보상금 1,133,857,000원은 96.1.25 각 수령하였다).

청구법인은 96사업년도 법인세신고시 쟁점부동산(쟁점토지와 쟁점건물)에 대한 특별부가세 108,860,235원을 감면세액으로 신고하면서 그에 대한 농어촌특별세는 신고하지 아니하였다.

처분청은 97.12.10 청구법인에게 위 특별부가세 감면세액에 대한 96사업년도분 농어촌특별세 23,949,250원을 부과하였다.

청구법인은 이에 불복하여 98.2.7 심사청구를 거쳐 98.5.13 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장

쟁점부동산은 92.12.31 사업승인된 택지개발사업으로 96.1 서울특별시에 수용되었다.

쟁점부동산은 “92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호에 해당하는 것이다.

농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에서 “조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다.

따라서 쟁점부동산에 대한 특별부가세 감면세액은 농어촌특별세의 과세대상이 아니다.

3. 국세청장 의견

쟁점토지는 농지가 아니고, 농지소재지에 거주하는 농민이나 영농법인이 직접 경작한 농지가 아닌 토지에 대한 양도소득세 등의 감면은 농어촌특별세법 제4조 및 같은 법 시행령 제4조에서 열거하고 있지 아니하므로 이 건 특별부가세의 감면에 대하여는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 적용대상이 아니다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 조세감면규제법(93.12.31법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 자경농지가 아닌 쟁점부동산에 대한 특별부가세가 면제된 경우 그에 대한 농어촌특별세가 비과세되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 농어촌특별세법 제3조(납세의무자) 제1호는 조세감면규제법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 제5조(과세표준과 세율) 제1항 제1호는 그 감면세액을 농어촌특별세의 과세표준으로 규정하고 있으므로, 조세감면규제법에 의하여 특별부가세가 감면된 경우에는 특별히 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정된 경우를 제외하고는 농어촌특별세가 부과된다 할 것이다.

농어촌특별세법시행령 제4조(비과세) 제7항은 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다.

따라서 법률 제4666호 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 모두에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는 것이 아니라, 동 경과조치 중 농어촌특별세법 또는 같은 법 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정한 조세감면규제법상의 감면과 같은 취지의 경과조치에 대하여만 농어촌특별세가 비과세되는 것이라 할 것이다.

쟁점부동산에 대한 특별부가세는 법률 제4666호 부칙 제16조(양도소득세 등에 관한 경과조치) 제3항에 의하여 감면되었고, 동 규정은 92.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 조세감면규제법 제63조의 개정규정에 불구하고 특별부가세를 면제한다는 경과조치로서 이는 조세감면규제법 제63조(공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면)에 대한 경과조치이므로, 동 경과조치에 의한 특별부가세의 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지 여부는 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

농어촌특별세법 제4조(비과세) 제2호는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조(비과세) 제1항 제1호는 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면의 경우에는 동 감면 중 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 대한 양도소득세 등의 감면에 한하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

이와 같이 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호에서 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여는 농지소재지에 거주하는 자( 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호), 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인 또는 영농조합법인( 조세감면규제법 제55조 제1항 제2호)이 직접 경작한 농지에 대한 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 법률 제4666호 부칙 제16조 제3항의 경과조치에 의한 감면의 경우에도 그와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세가 비과세된다 할 것인데, 쟁점부동산은 이에 해당하지 아니함이 명백하므로(이에 관하여는 청구법인도 다툼이 없음), 쟁점부동산에 대한 특별부가세 면제에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되지 아니하는 것으로 판단된다(국심 97서2163, 98.1.17 등 다수 같은 뜻임).

다. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제1호