2003-0151 (2003.03.24)

기타

취소

부동산 중 청구인을 포함한 6개 벤처기업이 입주한 면적(2,463.6㎡)은 벤처기업집적시설로 개발·조성하지 아니한 정당한 사유가 있다 하겠으므로 처분청에서 이 부분까지 추징대상으로 본 것은 잘못임

지방세법 제73조【이의신청】

처분청이 1999.10.4.과 1999.11.1. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 취득세 19,049,440원, 농어촌특별세 47,380,210원, 등록세 28,574,160원, 지방교육세 5,714,830원, 합계 100,718,640원에 대한 심사청구는 각하하고, 2003.3.12. 청구인에게 부과 고지한 취득세 157,140,670원, 등록세 682,195,520원, 지방교육세 125,069,170원, 합계 964,405,360원(가산세 포함)은 취득세 33,262,120원, 농어촌특별세 3,049,020원, 등록세 218,257,580원, 지방교육세 40,013,880원, 합계 294,582,600원(가산세 포함)으로 경정한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1999.9.28. 벤처기업집적시설로 지정받은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 638.5㎡ 및 지상건축물 4,641.5㎡(지하3층·지상10층, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 1999.10.1. 승계 취득한 후, 같은 해 10.4. 취득가액을 5,500,000,000원으로 하여 취득신고를 하면서 같은 날 청구인이 직접 사용하는 면적(803.8㎡)에 대하여는 취득세 등이면제되지 아니하는 것으로 보아 등록세 28,574,160원, 지방교육세 5,714,830원,농어촌특별세 27,285,160원, 합계 61,574,150원을 신고납부하고, 취득세 19,049,440원,농어촌특별세 20,095,050원, 합계 39,144,490원은 1999.11.1.에 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정(이하 “제1처분”이라 한다)하였으나, 벤처기업집적시설로 지정을 받은 날부터 3년 이내인 2001.12.12.에 지정이 취소되었고, 2002.7.10.에는 이를 매각하였으므로 취득세 등의 추징대상이 된다고 보아 장부상 취득가액(7,500,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(1999.12.28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 157,140,670원, 등록세 682,195,520원, 지방교육세 125,069,170원, 합계 964,405,360원(가산세 포함, 이하 “제2처분”이라 한다)을 2003.3.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

첫째, 청구인은 1999.10.4. 등에 등록세 등을 신고납부한 803.8㎡ 부분도 청구인이 직접 사용하였으므로 면제대상이 됨에도 착오로 이를 신고납부하였으므로 등록세 등이 모두 환부되어야 하고,

둘째, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 전용면적의 68.8%에 해당하는 2,463.1㎡에 6개 벤처기업이 입주하여 벤처기업집적시설로 사용하였으므로 취득세 등의 추징대상으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설사 추징대상이라 하더라도 일반기업에게 임대한 부분만 추징대상이라 하겠으며, 또한 이 사건 부동산에 입주한 벤처기업이 ○○타워로 이전함에 따라 청구인도 부득이 ○○타워로 이전하였으나, IT경기 침체에 따른 매출액 감소와 순손실 등의 발생으로 이 사건 부동산을 매각하여 재무구조를 개선하라는 주거래은행인 청구외 ○○은행(이하 “○○은행”이라 한다)의 요청에 따라 이를 매각하여 해외신주인수권부사채를 상환하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 심사청구가 적법하게 제기되었는지 여부와 벤처기업집적시설로 개발·조성한 부동산을 3년 이내에 매각한 경우 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제73조제1항 및 제74조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게 이의신청을 하여야 하고, 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제276조제4항에서 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 구 벤처기업육성에관한특별조치법(2000.1.21. 법률 제6195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조제4항에서 “벤처기업집적시설”이라 함은 벤처기업 및 그 지원시설을 집단적으로 입주하게 함으로서 벤처기업의 영업활동을 조장하기 위하여 제18조의 규정에 의하여 지정된 건축물을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제18조제1항 및 제3항 및 같은법시행규칙 제5조제1항에서 벤처기업집적시설로 지정 받을 수 있는 건축물은 3층 이상의 건축물에 1,500㎡이상의 연면적을 확보하고 6개 이상의 벤처기업이 입주하여 연면적의 100분의 50이상을 벤처기업이 차지하여야 하고, 연면적의 100분의 75이상을 벤처기업과 제4조 규정에 의한 지원시설이 차지하여야 하며, 벤처기업 등이 차지한 면적 외의 면적은 벤처기업 등과 관련 있는 시설로서 중소기업청장이 정하여 고시하는 시설이 차지하여야 하는 요건을 갖춘 건축물로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 반도체칩 설계·개발 및 제조·판매업 등을 목적사업으로 1996.4.25. 설립된 법인으로서 벤처기업집적시설로 지정(지정번호 제46호)받은 이 사건 부동산을 취득한 후, 청구인이 직접 사용하는 면적에 대한 취득세 등을 신고납부 하였고, 처분청은 이 사건 부동산 중 청구인이 직접 사용하고 있는 면적을 제외한 나머지 면적에 대하여는 취득세 등을 감면하였으나, 청구인이 2001.12.12. 벤처기업집적시설지정을 자진 취소(서울특별시 중소55470-1430)하고 2002.7.10. 청구외 (주)○○○외 1인에게 매각하자 이 사건 부동산을 대도시 내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로서 구 지방세법 제276조제4항 단서규정에 의한 추징대상으로 보아 취득세 등을 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대한 청구인의 첫째 주장에 대하여 살펴보면, 청구인은 이 사건 부동산을 1999.10.1. 취득한 후 같은 해 10.4. 및 11.1. 제1처분과 관련된 취득세 등을 각각 신고납부 하였음에도 그로부터 90일 이내에 이의신청을 제기하지 아니한 채 약 3년 3개월이 경과한 2003.1.14.에서야 ○○시장에게 과세전적부심사를 청구하여 2003.2.14. 불채택 결정 통지를 받은 다음 2003.3.24. 행정자치부장관에게 심사청구를 제기한 사실로 볼 때 제1처분에 대한 심사청구는 본안 심의대상에 해당되지 아니한다 할 것이다.

다음으로 청구인의 둘째 주장에 대하여 보면, 구 지방세법 제276조제4항 단서규정에서 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는 것은 유예기간(3년) 내에 벤처기업집적시설의 지정요건을 충족하도록 개발·조성하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 당시부터 감면대상에서 제외하여 감면하였던 취득세 등을 추징하겠다는 취지로서 감면된 취득세 등을 추징하여야 하는 경우라도 그 개발·조성에 나름대로 상당한 노력을 기울였다는 등의 정당한 사유가 있다면 이를 다시 추징할 수 없다고 할 것이고, 벤처기업집적시설로 지정받은 면적중 일부에 대하여 실제로 벤처기업집적시설로 개발·조성하고 있고 나머지 부분은 벤처기업집적시설로 개발·조성하지 아니한 경우에는 그 부분만 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 있다(같은 취지의 서울고등법원 판결, 2002.10.11. 2002누2088) 할 것인 바, 청구인의 경우 벤처기업집적시설로 지정 받은 1999.9.28.에는 청구인을 포함한 6개의 벤처기업이 전용면적 68.8%인 2,463.6㎡에 입주하여 사용하였고, 2000.7월경에도 당초 청구인 사용면적의 일부(82.2㎡)를 공실로 둔 채 6개의 벤처기업이 전용면적 66.5%인 2,381.4㎡에 입주하여 사용하는 등 벤처기업집적시설의 지정요건 충족을 위해 노력하였으나, 이 사건 부동산에 입주한 2개 벤처기업(○○○, ○○○○)이 ○○타워로 이전하고, 나머지 3개 벤처기업도 다른 지역으로 이전하여 청구인도 부득이○○타워로 이전하였으며, 청구인의 매출액(2000년 : 16,346백만원, 2001년 : 24,108백만원, 2002년 : 17,418백만원) 감소와 순손실(2001년 : 982백만원, 2002년 : 5,643백만원)이 발생되고, 국내 IT경기가 침체되어 주거래은행인 ○○은행에서 청구인이 이 사건 부동산을 매각하여 금융비용 절감과 불필요한 임대업 종사인력을 감축하여 재무구조를 개선할 것을 요청(2002.3.16.)함에 따라 이 사건 부동산을 매각하여 해외신주인수권부사채를 상환한 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 확인되고 있는 점으로 볼 때 이 사건 부동산 중 청구인을 포함한 6개 벤처기업이 입주한 면적(2,463.6㎡)은 벤처기업집적시설로 개발·조성하지 아니한 정당한 사유가 있다 하겠으므로 처분청에서 이 부분까지 추징대상으로 본 것은 잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 심사청구는 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 7. 28.

행 정 자 치 부 장 관