국심2006중2960 (2007.02.28)

부가

취소

화물운송에 대한 영업상 책임 및 비용을 부담하고 있는 영업소는 화물운송용역만을 위탁받았다기 보다는 독립된 운송사업자로 취급하여야 할 것임.

국세기본법 제15조【신의·성실】

국심OOOOOOOOO / OOOOOOOOOO / 국심OOOOOOOOO / 국심OOOOOOOOO / 국심2002서2482 / OOOOOOOOOO /

OOO세무서장이 2006.7.25. 청구법인에게 한 2001년 1기분 부가가치세 3,766,708,070원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구법인은 일반화물(노선화물) 및 소화물 일관수송업(택배화물)을 관리하는 업체로서, 합동물류 주식회사(OO OOO, 이하 “합동물류”라 한다)와 함께 OOO OOO 소재 주식회사 OO복합물류내 집하장(화물터미널)을 설치하여 OOOOOOOOO라는 상호로 전국영업소와 노선 차량의 연계 등의 물류사업을 영위하고 있다.

OO지방국세청장은 (1) 먼저, 2002.8.16.～2002.10.25. 청구법인 및 합동물류(이하 “청구법인 등”이라 한다)에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인 등과 화물취급소 위수탁 계약을 체결하고 있는 전국 407개의 영업소(이하 “각 영업소”라 한다)가 화주와 운송계약하여 받은 2001년 1기분 운임총액 32,538,216천원(공급가액 29,580,197천원, 이하 “쟁점운임”이라 한다) 및 2001년 2기분 운임총액 36,799,416천원에 대하여, 그 용역의 공급자를 각 영업소로 조사하여 2003년 2월 영업소를 관할하는 세무서장에게 관련 과세자료를 통보하였고,

(2) 청구법인에 대하여는 청구법인이 2001년 중 일부 영업소에 대한 매출액으로 신고누락한 금액 1,880백만원과 노선차주에게 위장매출한 금액 1,464백만원을 적출하여 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2002.12.13. 청구법인에게 부가가치세 2001년 1기분 213,822,500원, 2001년 2기분 103,114,090원, 법인세 2001사업연도분 705,427,520원을 과세하였으며,

(3) 그 후, OO지방국세청장은 위 (1)의 영업소장 중 김OO이 제기한 행정소송[OO지방법원 OOOOOOOOO(2005.9.28. 선고), OOOOOO OOOOOOOOOO(2006.2.8. 선고), 대법원 OOOOOOOOO(2006.5.26. 선고)]에서 “청구법인과 영업소(김OO) 사이의 법률관계를 상법 제113조에서 정한 준위탁 관계 내지 대리가 혼합된 일종의 무명계약”에 해당하는 것으로 판결함에 따라, 동 판결을 근거로 위 2001년 1기분 쟁점운임[청구법인 19,720,131천원(쟁점운임의 2/3), 합동물류 9,860,065천원(쟁점운임의 1/3)]에 한하여 그 1차적인 공급자를 청구법인 등으로 보아 2006.7.25. 처분청에 관련 과세자료를 재통보하였다.

처분청은 재통보받은 과세자료에 의하여 2006.7.25. 청구법인에게 2001년 1기분 부가가치세 3,766,708,070원(세금계산서합계표미제출, 신고 및 납부불성실가산세 2,064,625,790원 포함)을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.8.7. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 주위적 청구

처분청은 당초 2002년 조사당시 발송지 영업소와 화주간의 운송계약에 대하여 영업소의 독립된 계약에 해당한다 하여, 각 영업소가 화주로부터 받은 쟁점운임에 대하여 각 영업소의 매출로 결정하여 처분하였고, 그 후 일부 영업소들의 불복청구에 대하여 과세관청 및 국세심판원에서도 일관되게 영업소가 자기 책임하에 운송업을 영위하면서 쟁점운임 상당의 운송용역 전체를 1차적으로 공급한 것이라는 결정이 지속되었으며, 청구법인은 지금까지도 이러한 처분, 예규 및 심판결정례 등을 신뢰하여 회계처리 및 납세의무를 성실히 이행하여 왔다.

그러함에도 불구하고, 처분청이 최근 1개 영업소장이 제기한 행정소송에서 청구법인과 영업소간의 관계를 준위탁관계 내지는 대리관계에 의한 것이라는 대법원의 확정결정에 따라 쟁점운임 전액을 청구법인 등의 매출액으로 보아 과세한 이 건 처분은 그 재판과정에 청구법인이 참여하지 못하였고, 과세관청의 소송대응 미흡 등에 따른 사실과 다른 판결임에도 이를 확대해석하여 처분한 것이고, 관련 업종에 대한 예규, 2002년 조사처분 등 국세청의 공적인 견해표시와 심판례 등을 신뢰하고 납세의무를 이행한 청구법인의 행위에 대하여 대법원의 판례라는 새로운 해석을 근거로 처분하는 것으로서 소급과세에 해당할 뿐만 아니라 신의성실원칙에 위배한 부당한 처분이다. 또한, 청구법인과 각 영업소간 체결된 위수탁계약서에 있어서, 위수탁이라는 용어는 실무 관행상의 용어에 불과할 뿐이며, 각 영업소는 청구법인의 수탁자로서의 지위에 있지 아니한 독립된 운송주선업의 사업주체이고, 청구법인은 단지 발송지 영업소에 대한 상법 제138조의 순차운송인에 해당하는 것으로 보아야 한다. 따라서 각 영업소가 쟁점운임 전액에 대한 공급자로 보는 것이 정당하므로 청구법인에게 한 이 건 처분은 취소하여야 한다.

(2) 예비적 청구

설령, 청구법인을 쟁점운임의 공급자로 보는 것이 타당하다고 하더라도, 이 건 부과처분 중 가산세(세금계산서합계표미제출, 신고 및 납부불성실)에 대하여는 청구법인은 그동안 국세청의 예규, 과세관청의 처분 등의 공적인 견해표시와 불복청구 결정례 등에 따라 장기간 순차운송인으로서 물류센터 수수료(운임 중 15% 상당액)를 매출액으로 하여 관련 세액을 성실히 신고·납부하여 왔고, 이 건 처분의 근거인 대법원의 판결은 청구법인과 영업소의 거래관계에 대하여 기존 예규, 처분청의 판단, 심판례 등과 상반되게 해석한 것이며, 이는 거래형태를 인식하는데 있어서 법률의 무지나 오인의 범위를 넘어 해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었던 것으로 소송까지 진행된 것으로, 비록 하나의 영업소가 주장한 내용에 근거하여 법원의 판결이 있기는 했으나 이로 인해 청구법인의 납세의무가 다시 경정되리라는 사실은 당연히 인지할 수 없었을 뿐만 아니라 소송이 진행되는 상황에서 결과적으로 위수탁 관계로 판시한 법원결정대로 청구법인이 자진 신고·납부할 것을 기대하는 것은 무리라는 점 등에서 청구법인에게 쟁점운임에 대한 신고·납부 의무에 대한 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당함에도 불구하고, 처분청이 최근에 이루어진 위수탁 관계로 판시한 대법원의 판례만을 근거로 종전의 판단을 번복하여 과세하면서 모든 귀책을 청구법인에게 있는 것으로 하여 가산세까지 과세하는 것은 부당하므로 동 가산세는 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 주위적 청구에 대하여 보면, 이 건 처분은 청구법인과 각 영업소간 관계에 대하여 상법 제113조에서 정한 준위탁관계 내지는 대리가 혼합된 일종의 무명계약으로서, 부가가치세법 제6조 제5항 “위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받는 것으로 본다”라는 규정에 따라 과세한 것이고, 이러한 물류시스템에 대한 사실관계 인식 및 법률적용은 1개 영업소장 김OO이 제기한 부가가치세 부과처분 취소사건에서 대법원판결을 통하여 확정된 것이다. 따라서 쟁점운임을 청구법인의 매출액으로 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 예비적 청구에 대하여 보면, 부가가치세는 신고·납부 세목으로서, 법에 의한 신고·납부가 되지 아니하였다면 그에 대한 책임으로 가산세 부과는 당연하며, 경정결정은 부과제척기간 안에서 할 수 있는 것으로 1차 세액결정 되었다고 하여 2차 경정시 가산세를 부과할 수 없다고 주장하는 것은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 각 영업소는 청구법인과 별개의 사업주체로서 영업소의 책임하에 화주와 운송계약을 체결하여 쟁점운임을 영수하고 있어서 쟁점운임의 공급자를 각 영업소로 보아야 함에도 1개 영업소에 대한 판결만으로 쟁점운임을 물류회사인 청구법인의 매출액으로 보아 과세함은 부당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

② 설령, 과세하는 경우에도 이건 부과처분에 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없을 뿐만 아니라 신의칙에도 위배됨으로 관련 가산세(세금계산서합계표미제출, 신고 및 납부불성실)의 부과처분은 취소되어야 한다는 주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련

국세기본법 제15조 【신의 성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

부가가치세법 제6조 【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

부가가치세법 제13조 【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

상법 제113조 【준위탁매매인】 본장의 규정은 자기 명의로써 타인의 계산으로 매매 아닌 행위를 영업으로 하는 자에 준용한다.

상법 제138조 【순차운송인의 연대책임, 구상권】 ① 수인이 순차로 운송할 경우에는 각 운송인은 각 운송물의 멸실, 훼손 또는 연착으로 인한 손해를 연대하여 배상할 책임이 있다.

② 운송인 중 1인이 전항의 규정에 의하여 손해를 배상한 때에는 그 손해의 원인이 된 행위를 한 운송인에 대하여 구상권이 있다.

나. 쟁점(2) 관련

부가가치세법 제22조 【가산세】 ③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 1천분의 5，법인에 있어서는 1천분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 이 건 쟁점운임에 대한 과세경위를 살펴보면,

1) OO지방국세청장은 2002년 10월 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인과 화물영업소(취급소) 위수탁계약을 체결하고 있는 전국 각 영업소가 화주와 운송계약하고 받은 2001년 1기분 운임총액 32,538,216천원(쟁점운임으로서, 공급가액 29,580,197천원)과 2001년 2기분 운임총액(36,799,416천원)에 대하여 발송지 영업소에 38%, 하역회사에 6%, 택배회사(청구법인 등)에 15%, 운송차주에게 36%, 도착지 영업소에 5% 정도 배분되고, 위 운임총액에 상당하는 공급자를 각 영업소인 것으로 조사하여 2003년 2월경 각 영업소에게 관련 세액을 과세하도록 조치하였고, 이에 따라 관련 부가가치세를 추징받은 영업소 중 일부 영업소(OO영업소장 OOO 외 9인)가 불복청구를 제기하였으나 동 심판청구에서도 쟁점운임의 1차적인 공급자는 영업소가 타당하다는 선결정(OO OOOOOOOOO, 2004.5.19. 외 9건)이 지속되었고,

2) 그 후, OO지방국세청장은 전술한 바와 같이 1개 영업소장 김OO이 제기한 행정소송의 확정판결[OO지방법원 OOOOOOOOO(2005.9.28. 선고), OOOO법원 OOOOOOOOOO(2006.2.8. 선고), 대법원 OOOOOOOOO(2006.5.26. 선고)]을 근거로 2001년 1기～2001년 2기분 운임총액 중 2001년 1기분 쟁점운임에 한하여 청구법인 등의 매출액으로 경정하여 2006.7.25. 이 건 부가가치세를 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 처분청의 과세근거인 법원 판결문 및 재판경위 등에 대하여 보면,

1) 먼저, OO지방법원의 판결문(OOOOOOOOO, 2005.9.28. 선고)에 의하면, 동 행정소송은 영업소장 김OO(원고)이 2004.7.23. 제기한 부가가치세(2003.9.8. 고지한 2001년 1기분 10,964,640원, 2001년 2기분 9,347,470원)의 부과처분취소를 구하는 소송으로서 2005.9.28. 원고승소 하였는 바,

동 판결문에는, 원고(영업소, 김OO)는 OO화물측(대법원은 원고가 청구법인측의 어느 회사와 위수탁약정을 하였는지 불분명하다 하여 OOOOOOO이라 표시하였고, 청구법인은 이를 자신들과의 계약임을 인정하고 있음)과 체결한 위수탁계약에 따라 송하인으로부터 운송을 의뢰받은 화물과 그 운송용역비인 운임을 수령한 다음, 위 화물을 OO화물측이 운영하는 집화장소인 물류센터에 배송하는 것을 주된 업무내용으로 하고, 위 업무수행의 대가로 위 수령 운임 중 일정 비율에 의한 수수료를 수수하며, 다만 화물운송 의뢰인에게 원고 자신의 사업체인 OOOO화물의 명의가 아닌 OO화물측 명의의 화물수탁증이나 영수증을 발급·교부하여 OO화물측 명의로 송하인과 사이에 일종의 화물운송계약을 체결하게 됨을 알 수 있는 바, 이와 같은 사정을 모두 종합하여 볼 때, 원고와 OO화물측 사이의 법률관계는 상법 제113조에서 정한 준위탁관계 내지는 대리(원고 혹은 OO합동화물 명의가 아닌 OO화물측 명의로 화물운송계약을 체결한 점에서 그러하다)가 혼합된 일종의 무명계약이라 할 것이고,

위와 같은 법리를 바탕으로 원고에 대한 부가가치세 과세대상에 관하여 살펴 보건대, 부가가치세법 제6조 제5항에서 “위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받는 것으로 본다”고 규정하고 있고, 위 인정사실에 의하면, 위 위수탁계약에 따라 위탁자인 OO화물측이 지정한 장소에서 OO화물측 운송차량을 이용하여 화물운송 업무를 처리하면서, 운송차량 기사도 OO화물측 승인을 얻어 채용하고, 노선조정이나 업무행태 전반에 관하여 OO화물측 통제를 받았으며, 용역제공으로 수수하게 되는 수수료에는 이에 대한 부가가치세가 포함되어 있음을 알 수 있는 바, 사정이 이러하다면 원고에 대한 부가가치세 과세대상인 용역공급의 대가는 원고가 OO화물측으로부터 지급받은 수수료 상당이라 할 것이므로, 원고가 송하인으로부터 수령한 운임총액을 부가가치세 과세대상인 매출로 본 이 사건 부과처분은 위법하다고 판결하고 있다.

2) 위 OO지방법원의 제1심 판결에 대하여, OO세무서장(피고)은 2005.11.4. 항소하였으나 OOOO법원은 피고주장의 증거부족을 이유로 제1심 판결을 그대로 인용하여 항소기각 판결(OOOO법원 OOOOOOOOOO, 2006.2.8. 선고)을 하였고, 대법원도 2006.5.26. OO세무서장의 상고(2006.3.13. 제기)에 대하여 상고심절차에관한특례법 제4조의 심리불속행 사유에 해당한다 하여 상고기각 판결하고 있다.

3) 한편, 대법원의 사건검색자료에 의하면, 위 행정소송과정에 있어서 청구법인의 참여 사실이 없는 것으로 나타나므로 청구법인은 증인, 증거자료 제시 등 이해당사자로서 소명할 수 있는 기회가 주어지지 아니한 채 확정된 사실을 알 수 있다.

(다) 청구법인과 각 영업소간에 체결되는 노선화물 및 소화물 영업소(취급소) 위수탁계약서에 의하면, 영업소는 청구법인의 화물을 취급(집화, 도착, 보관, 집배송, 포장 등)하면서(제1조), 영업소가 수집한 수탁화물 집배송은 청구법인이 지정한 차량 이외는 운송할 수 없으며 운전기사 채용은 청구법인의 승인을 받아야 하고(제8조, 제9조), 화물수탁증 및 각종 운송장은 청구법인이 제작한 서식만을 사용하기로 하였으며(제10조), 화물운송차량의 관리 운영, 화물의 관리 및 변상책임, 수집화물에 대한 화재보험, 종업원 산재사고·임금·퇴직금에 대한 책임 등은 모두 영업소가 책임지기로 하였고(제8조, 제13~제15조), 영업소는 청구법인이 정한 일정요율의 수수료를 배분받기로 하고(제6조), 영업소는 청구법인이 정한 업무장비 및 서류일체를 비치하고, 수시 사무감사에 응하여야 하며(제12조), 취급한 운임(발송, 도착)은 당일 차량운송일보에 기재·보고하도록 약정하고 있다.

(라) 이 건의 구체적인 물류흐름을 보면, 송화주가 발송지 영업소에 화물의 운송을 의뢰하면, 발송지 영업소는 도착지까지의 운임 등 운송계약(소액은 구두계약)을 약정한 후 운송의뢰된 화물을 보유차량 및 구역화물을 통하여 청구법인의 집하장(물류센터)으로 보내고, 청구법인은 수집된 화물을 각 도착지 지역별로 분류하여 각 영업소의 구역화물을 통하여 각 도착지 영업소로 보내며, 도착지 영업소에서는 보유차량이나 구역화물을 통하여 각 수화주에게 배송·인도하고 있다.

이 과정에서 청구법인과 각 영업소간의 화물운임 배분내역을 살펴보면, 발송지 영업소가 송화주로부터 화물운임 총액을 수령하고, 이 중 일정율의 수수료(38%)를 제외한 나머지 금액을 청구법인(실제는 청구법인의 관계사인 OO전산개발)에 송금하면, 청구법인은 노선차주·도착지 영업소 등과의 내부적인 계약에 의하여 발송지 영업소에서 송금받은 화물운임을 운영비·상하차료·구역화물 운송료·도착지 영업소의 수수료 등으로 약정된 비율에 따라 배분하고 있음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(마) 이에 대하여, 청구법인은 청구법인과 화물영업소 위수탁계약을 체결하고 있는 각 영업소는 자기 계산과 책임하에 화주와 운송계약을 체결하여 운임을 수령하고 있고, 화물운송과정에서의 물품 파손에 대한 손해배상책임과 차량 수리비 및 운전기사 관련비용 등 영업소에서 발생한 모든 비용을 영업소가 부담하고 있는 등의 사실로 독립된 운송사업자임을 알 수 있고, 지금까지도 각 영업소에서 운임전액을 자신의 매출액으로 인식하고 매출세금계산서를 교부하고 하수운송인으로부터 매입세금계산서를 교부받아 신고하여 왔으며, 청구법인은 관련예규(국세청 OO OOOOOOOOO, 1986.5.6), 2002년 조사처분 등 국세청의 공적인 견해표시와 심판례 등을 신뢰하여 순차운송인으로서 납세의무를 성실히 이행하여 왔음에도 불구하고, 3년 9개월이나 지난 이제야 와서 위 1개 영업소의 행정소송에 대한 법원판결만을 근거로 영업소가 화주로부터 받은 쟁점운임의 1차 공급자를 청구법인으로 변경하여 이 건 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있고,

과세근거인 법원판결에 대하여, 청구법인은 소송과정에 참여하지 못함에 따라 청구법인과 영업소간의 관계를 사실과 다르게 판단되었다고 주장하면서 이에 대한 항변 및 반증자료를 제시하고 있으므로 이에 대하여 본다.

1) 먼저, 영업소(김OO)와 지입회사인 OO화물운송 주식회사(대표 OOO, 청구법인의 관계회사)간에 체결한 화물자동차 및 위수탁관리운영계약서(2001.8.30)를 보면, 김OO의 사실상 소유차량(OOOOOOOO)을 지입하는 계약(월 지입료 21,000원)으로서, 지입차량의 관리, 영업손익 및 제반 국세 등의 납세의무 등은 영업소에게 귀속되고(제3～5조), 영업소는 위 화물차량의 운전기사 등 종업원에 대한 채용, 관리 및 해임할 수 있고, 해임시 임금 및 퇴직금을 완불하도록(제4조) 약정 하고 있다.

2) 청구법인은 영업소 차량의 운전기사 채용과 관련하여, 영업소(취급소) 위수탁계약서상 청구법인의 승인을 받도록 한 조항(제8조)은 불친절한 운전기사 등으로 인하여 청구법인 및 다른 영업소의 영업에 악영향을 주지 않도록 하기 위한 취지에서 작성된 계약서상의 문구에 불과할 뿐이며, 실제 운전기사의 채용은 화물자동차 및 위수탁관리운영계약서 제4조의 규정과 같이 영업소의 책임으로 이루어지고 청구법인은 이에 개입하지 않는다는 주장이며, 청구법인의 불개입 사실을 확인하고 있는 OOOO OO영업소장 양OO 외 5인의 사실확인서(2006.12.27자 인감증명서 첨부)를 제출하고 있다.

3) 청구법인이 제출한 영업소와 화주간 운송계약서[OO택배주식회사 OO제약영업소장 이OO와 주식회사 OOO간에 체결된 계약서(2000.12.6) 외 6건)에 의하면, 영업소가 화주와 화물운송 계약시 영업소 자신의 책임과 계산하에 운송료, 화물의 도착지까지의 운송책임, 손해배상 등에 대하여 계약하고 있고, OOOO영업소장 김OO 외 8인은 위 영업소 자신의 운송용역 사실에 부합하는 사실확인서(2007.1.3.자 인감증명서 첨부)를 제출하고 있다.

4) 또한, 청구법인은 영업소가 운송계약시 화주에게 청구법인 명의의 화물수탁증이나 영수증을 사용(발급)하게 하거나, 영업소 차량에 상호 및 로고를 도색하게 하는 것은 전국 유통망을 갖춘 기업의 신용을 이용하여 고객에게 신뢰를 주기 위한 영업전략상 불가피할 뿐만 아니라 하나의 브랜드를 사용하여야만 하는 택배운송용역의 특성상 필요한 것이며, 운임에 대한 청구법인(물류회사), 영업소, 하역회사 및 노선차량 등에 대한 배분비율 결정은 각 측의 협의에 의하여 이루어지며, 수시감사는 일부 영업소에서 부당하게 운임을 신고하게 되면, 타 영업소 및 노선차량 등의 배분운임이 줄어드는 결과가 되기 때문에 각 이해 관계자들이 상호견제 차원에서 청구법인에게 조정 등으로 요청하는 사례가 많았으며, 이러한 요청이 있는 경우 영업소 상조회가 주축이 되고, 청구법인이 동참하는 형식으로 조사가 이루어졌던 것이므로 이를 두고 영업소를 통제하는 것으로 판단하는 것은 부당하다는 주장이며, 이와 관련하여 OO영업소장이 청구법인에게 보낸 “노선연장계획(OOOOO) 의견서(1994.8.16)”, 청구법인(OO지점)이 OOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OOOOOO OO(OOOOOOOOO)O, OOOOO O OOOOOO OO OOOOO(OOOO, OOOO) OOOO OO OOOOOOO OOOOO(OOOOOOOOO)OOOOOOOOOO OOOO(OOOOOOOOOO)OOOOO OOOOO(OOOOOOOOOO)O, OOOOO영업소장(강OO) 외 11개 영업소장이 청구법인에게 보낸 “운임배분에 관한 건의서”(1996.11.20) 등의 자료를 제시하고 있다.

(바) 한편, 처분청은 이 건 대법원의 확정판결로 인하여, 일부 영업소(김OO 외 6인)들이 고충민원을 제기함에 따라 2006.8.28. 2001년 1기분 쟁점운임에 대하여는 운임총액 중 영업소 수수료(운임 중 38%) 상당액만이 영업소의 매출액(공급대가)인 것으로 하여 기과세분 부가가치세를 감액경정하도록 조치하였고, 반면 각 영업소가 1차적인 공급자로서 영업소의 매출액에 해당한다 하여 이미 과세자료 통보한 2001년 2기분 운임총액에 대하여는 각 영업소들이 자신들의 매출액으로 계상하고, 청구법인 및 노선차주 등으로부터 제공받은 운송용역대금 관련 매입세금계산서를 수취하여 신고·납부함으로써 감액할 세액이 없는 것으로 처리하였음이 OO지방국세청장의 쟁점운임 관련 과세자료 처리지시공문(OO청 조사3과-864, 2006.8.31)에 의하여 확인된다.

(사) 또한, 청구법인과 동일 업종의 다른 회사의 거래형태에 대하여 살펴본 바, OO택배주식회사의 심판청구사건(OO OOOOOOOOO, 2003.1.24)에 따르면, 1997년 1기～2001년 1기 중 영업소가 화주에게 화주로부터 받은 운임 전액에 상당하는 매출세금계산서를 교부한데 대하여 관할 종로세무서장은 영업소는 단순히 위탁수수료만을 지급받는 사업자에 해당하여 운임 전액의 1차적인 공급자를 물류회사인 OO택배주식회사인 것으로 보아 관련 부가가치세를 과세하였으나, 우리 심판원은 동 영업소에 대하여 택배운송 외에 일반운송업을 겸업하는 1차적인 공급자에 해당하고 물류회사인 OO택배주식회사는 영업소에 대한 2차적인 운송용역을 제공하는 하수운송인의 지위에 있는 것으로 판단하였음이 확인되며, 청구법인이 제출한 OO정기화물 OO영업소 외 3개 업체의 화물송품장 및 매출세금계산서 등의 자료에 의하면, 2006년 2기 현재에도 영업소가 운임 전액에 대하여 영업소가 자신의 매출로 하여 세금계산서를 발행하고 있는 것으로 나타나는 바, 청구법인과 같은 택배업계에 있어서 영업소는 이 건 과세기간 이전부터 현재까지 화주로부터 받은 운임 전액에 대하여 1차적인 공급자로서 자신의 매출로 인식하여 온 것으로 보여진다.

(아) 위의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구 법인의 각 영업소가 화주와 운송계약하여 운임으로 받은 2001년 1기분 쟁점운임에 대하여, 2002년 조사당시 그 공급자를 각 영업소로 조사하여 관련 세액을 과세하였다가 청구법인의 1개 영업소장이 제기한 행정소송의 확정 판결만을 근거로 청구법인과 영업소의 법률관계를 상법 제113조에서 정한 준위탁관계 내지는 대리가 혼합된 일종의 무명계약에 해당하는 것으로 판단하여 쟁점운임의 공급자를 청구법인으로 변경하여 이 건 부가가치세를 과세하고 있으나, 동 대법원의 확정판결 자체는 OO지방법원의 판결내용에 대하여 처분청의 증거 부족(항소기각 사유) 등으로 대법원까지 유지된 것으로써, 동 행정법원의 법률관계 판단근거가 판결문의 문OO 영업소장 김OO이 화주와 운송계약시 청구법인 명의의 화물수탁증이나 영수증을 교부하여 사실상 영업소 명의가 아닌 청구법인 명의로 화물운송계약을 체결한 점에서 그러하다는 것이고, 이에 반하여 청구법인의 OO제약영업소장 이OO 외 6인이 작성한 운송계약서에 의하면 영업소가 청구법인의 명의가 아닌 자신의 명의로 운송료 등 화물운송계약을 체결하고 있는 사실이 확인되고 있으므로 동 자료만에 의하여도 법원의 대리관계 판결은 처분청의 증거부족 내지 소송제기인 김OO의 일방적인 증빙을 수용한 예외적인 판결로 보여진다.

또한, 이 건 화물운송과 관련된 계약은 화주와의 계약과 운송단계에서의 계약으로 구분할 수 있는데, 화주와의 계약은 화주가 화물운송업자에게 화물의 운송을 의뢰하고, 화물운송업자가 이를 수탁하고 운송수수료를 정하면 거래관계가 성립되는 것이고, 화물운송이 완료되고 대금지급이 이루어지면 거래관계가 종료되는 것이며, 운송단계에서의 계약은 화물취급소와 물류회사 및 타 화물취급소간의 별도계약에 의하여 성립되고, 내부적인 수수료의 정산이 종료되면 거래관계가 종료되는 것이며, 발송지 취급소에서 수신자 부담으로 화물운송을 수탁받는 경우에도 이는 발송자가 부담하여야 할 운임을 수신자가 대신 부담한 것일 뿐, 운임을 발송자가 부담하는 일반적인 운송용역과 다를 바 없다고 보이는 바, 이 건 영업소가 운송계약시 청구법인의 명의로 된 화물수탁증 등을 사용한 점 등은 독립적으로 운영되고 있는 프랜차이즈가맹점의 경우에도 계약내용 등에 포함될 수 있는 것이므로 위와 같은 사실을 근거로 청구법인이 화주로부터 의뢰받은 운송용역의 일부를 영업소에게 위탁한 것으로 보기는 어렵고, 화물운송 과정을 보면, 영업소는 각 화주들과 화물운송계약을 직접 체결하여 그 운임총액을 받고 있고, 운송의뢰 화물을 청구법인의 물류센터(집하장)에 운송하기 위해 차량에 인도할 때까지와 도착화물을 인수후 화주에게 인도할 때까지 화물관리 및 변상책임 등을 지고 있으며, 차량기사 채용 및 임금지급 등 영업소에서 발생한 모든 비용을 부담하고 있는 점 등으로 보아 영업소가 청구법인으로부터 화물운송용역만을 위탁받았다기 보다는 독립된 운송사업자로서 화물운송업을 영위하고 있다고 보는 것이 타당하다 하겠고(OO OOOOOOOOO, 2004.5.19. 외 다수가 같은 뜻), 그 외에도 청구법인과 같은 택배업계에 있어서 이 건 과세기간 이전부터 현재까지 화주로부터 받은 운임 전액에 대하여 영업소가 1차적인 공급자로서 자신의 매출로 신고하여 왔고, 처분청 역시 쟁점운임과 동일한 2001년 2기분 운임전액에 대하여 사실상 영업소의 매출액으로 인정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인은 쟁점운임거래에 있어서 물류센터(집하장)의 2차적인 운송용역을 제공한 사업자로 보아야 하므로 처분청이 1개 영업소가 제기한 쟁점소송의 판결만을 근거로 청구법인을 쟁점운임의 1차적인 공급자로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여는, 심리실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.