[청구번호]조심 2015서3840 (2015. 10. 14.)

[세목]양도[결정유형]취소

[결정요지] 「조세특례제한법 시행령」제73조 제5항 제2호에 따라 현금보상으로 전환되어 청구인이 20XX.X.XX. 양도대가를 지급받은 쟁점토지의 과세이연분이 양도소득세 감면적용 대상에 해당하고, 이에 따른 양도소득세의 법정신고 납부기한은 동 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일로부터 2개월 이내인 20XX.X.XX.로 보이는 점 등에 비추어처분청이 쟁점토지의 양도에 따른 경정청구 법정신고 납부기한이 경과되었다고 하여 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있음

[관련법령] 조세특례제한법 제77조 / 조세특례제한법 제77조의2

OOO이 2015.7.1.청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.3.11. 경기도 OOO 외 3필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 한국주택공사에 양도하면서 양도대금 중 OOO원은 현금으로 지급받았고, 나머지 OOO원은 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서규정에 따라 대토로 보상받기로 하여 쟁점토지 중 대토로 보상받기로 한 부분의 양도차익에 대해서는 「조세특례제한법」 제77조의2 제1항 규정에 따라 과세이연을 신청하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 청구인은 당초 대토로 보상받기로 한 양도가액 상당액을 한국토지공사로부터 2013.3.25. 현금보상 받은 후 2013.5.27. 「조세특례제한법 시행령」 제73조 제5항의 규정에 따라 과세이연분 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 「조세특례제한법」 제77조에 따른 감면을 적용하여2015.6.16. 처분청에 양도소득세 OOO원의환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.7.1.경정청구 기한이 도과되었다는 사유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법 시행령」 제73조 제5항 제1호에서 법 제77조의2 제1항(대토보상에 따른 양도소득세 과세특례)에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자가 당초 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우에 현금보상일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 과세이연 받은 양도소득세를 신고·납부하도록 특례를 두고 있고, 이 경우 일반적인 수정신고와는 달리 가산세가 부과되지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 경정청구 기산일은 쟁점토지 최초 양도소득세 신고납부일인 2010.5.31.이 아닌 현금보상전환에 따른 양도소득세의 확정신고기한인 2014.5.31.로 보아야 한다.

(2) 쟁점토지의 양도는 「조세특례제한법」 제77조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면대상이므로2013.3.25. 현금보상전환에 따른 양도소득세 신고납부시 동 감면규정을 적용하지 아니한 것이어서 당초 과다 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지의 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 당초 대토보상받기로 한 보상금액이 현금보상으로 전환된 것은 대토보상의 사후관리과정에서 발생한 것이어서 쟁점토지의 양도가 취소되고 양도시기가 현금보상 전환 당시로 변경된 것으로 볼 수 없고, 당초 2009년 귀속 쟁점토지에 대한 양도소득세 법정신고기한은 2010.5.31.이나 청구인은 이 날로부터 5년이 경과한 2015. 6.16. 경정청구를 한 것이므로 처분청이 「국세기본법」 제45조2 규정에 따라 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점토지의 양도가 「조세특례제한법」 제77조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면대상이라는 청구주장에 대해서는 이견이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지에 대한 양도소득세 경정청구기간의 도과 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

제77조의2【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】① 거주자가 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연 받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1.대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2.대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제73조【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】④ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항제1호에 따른 양도소득세 감면세액 전액[제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 총보상액에 대한 세액(거주자가 해당 토지 등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도소득금액에 법 제77조에 따른 세액감면율을 적용한 세액)에서 거주자가 현금보상 또는 채권보상 등을 통하여 이미 납부한 세액을 뺀 금액으로 하며, 이하 이 조에서 "과세이연금액 상당 세액"이라 한다]에 제63조 제9항을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

1.「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제3항에 따른 전매금지를 위반함에 따라 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우

⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

1.해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니한 경우

2.제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우

(3) 국세기본법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2."세법"(稅法)이란 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과 「국세징수법」, 「조세특례제한법」, 「국제조세조정에 관한 법률」, 「조세범 처벌법」 및 「조세범처벌절차법」을 말한다.

15."과세표준신고서"란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서를 말한다.

15의2."과세표준수정신고서"란 당초에 제출한 과세표준신고서의 기재사항을 수정하는 신고서를 말한다.

16."법정신고기한"이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 「국세기본법」 제45조의2 제1항 제1호에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 되어 있고, 같은 법 제2조 제15호, 제15호의2 및 제16호에서 "과세표준신고서"란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서를 말하며, "과세표준수정신고서"란 당초에 제출한 과세표준신고서의 기재사항을 수정하는 신고서를 말하고, "법정신고기한"이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다고 규정하고 있으며, 「조세특례제한법 시행령」 제73조 제5항 제2호에서 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 받았다가 현금보상으로 전환된 경우 과세이연금액 상당 세액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하도록 규정하고 있다.

(2) 청구인이 쟁점토지 양도 당시 대토보상을 신청하여 「조세특례제한법」 제77조의2 제1항의 규정에 따라 대토보상분에 대한 양도차익에대해 과세이연을 신청하였다가 2013.3.25. 현금보상 전환됨에 따라과세이연금분 양도소득세액을 신고·납부하는 경우 과세이연 효과가 사라져 쟁점토지 양도가 같은 법 제77조 제1항 규정에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 적용대상에 해당된다는 사실에 대해서는 다툼이 없다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 2015.6.16. 제기한 경정청구는 양도소득세의 법정신고납부일인 2010.5.31.로부터 5년을 도과하여 제기한 부적법한 청구라는 의견이나, 쟁점토지의 양도대가가 현금보상으로 전환되어 2015.5.27. 과세이연분 세액을 신고·납부하면서 제출한 신고서는 「국세기본법」 제2조 제15호의2 규정에 따른 과세표준 수정신고서에 해당하는 것으로 보이는 점, 「조세특례제한법 시행령」 제73조 제5항 제2호의 규정에 따라 현금보상으로 전환됨에 따라 청구인이 2013.3.25. 양도대가를 지급받은 쟁점토지의 과세이연분이 양도소득세 감면 적용 대상에 해당되는 점, 이에 따른 양도소득세의 법정신고납부기한은 동 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일로부터 2개월 이내인 2013.5.31.로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도에 따른 경정청구 법정신고납부기한이 경과되었다는 이유로 청구인의 양도소득세 환급 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.