조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

가. 청구인은 1994.3.24. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축사업으로 2005.3.2. 같은 곳 OOO(이하“쟁점신축주택”이라 한다)를 분양받았으며, 2007.5.30. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다가, 쟁점신축주택이 「조세특례제한법」제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정에 따라 양도소득금액이 감면된다고 보아, 2008.9.8. 2007년 귀속 양도소득세를 환급하여 줄 것을 OOO세무서장에게 고충청구를 하였고, OOO세무서장은 2008.9.18. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하였다.

나. 처분청은 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 자기가 건설한 신축주택(재건축․재개발 포함)의 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공 전 양도소득)금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보아 2013.4.3. 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 확정신고 종료일(2008.5.31)로부터 고지일(2013.4.1, 1,765일)까지의 납부불성실가산세 OOO원을 포함하여 양도소득세 OOO원을 청구인에게 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.24. 이의신청을 거쳐 2013.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점신축주택을 양도하고 2007.7.31. 쟁점신축주택의 양도소득을 감면대상 소득이 아닌 것으로 알고 양도소득 전액에 대한 양도소득세 OOO원을 자진 납부한 사실, 신고 후 세무사가 「조세특례제한법」제99조의 3의 규정에 의한 감면대상 소득이라는 권유로 경정청구를 한 사실, OOO세무서에서 동 경정청구에 의하여 쟁점신축주택의 양도가 감면대상 양도소득으로 판단하고 2008.9.19. 양도소득세OOO원을 환급해준 사실 등을 비춰보면 4년 7개월이 도과한 시점인 2013.4.3. 양도소득세OOO원을 과세처분함은 ｢국세기본법｣ 제15조 신의․성실원칙을 위배하여 부당한 처분을 한 것이므로 마땅히 취소되어야 한다.

(2) 세법상 가산세는 납세자가 세법에 정한 의무를 이행하지 아니한 경우 부과되는 제재로서 가해지는 행정질서벌이라 할 것이므로 청구인과 같이 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 OOO원을 자진납부한 사실이 있고, 세무전문가의 도움으로 쟁점신축주택에 대한 양도소득을 감면소득으로 경정청구하여 세무공무원이 동 경정청구 내용을 면밀히 검토한 후 감면소득에 해당하는 것으로 판단한 사실 등을 종합해 보면 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되므로 납부불성실가산세는 부과하지 아니함이 적법하다(조심 2012서2712, 2010.12.30., 대법원 2003두13632, 2005.1.27. 선고 참조).

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」제114조 제3항의 규정에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정하는 것이며, 자진 신고납부방식 세목인 양도소득세의 경우 경정청구는 납세자가 스스로 신고․납부한 것에 잘못이 있다는 이유로 그 수정을 청구하는 것으로서 그 당시 경정청구를 인용하였다 하더라도 기경정에 대한 탈루 또는 오류가 발견된 때에는 부과제척기간 내에서 재경정이 가능하므로 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다(서울고법 2011누45193, 2012.12.21. 외 다수 같은 뜻).

(2) 이 건 처분은 「조세제한특례법」제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】법령의 오해로 인한 것이므로 단순한 법령의 부지나 오해 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으며, 또한 환급결정이 잘못된 경정청구에 기인한 것이고, 비록 과세관청이 이러한 잘못된 경정청구를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 않았다 하더라도 그러한 사정만으로 가산세 면책이 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없어 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 처분청이 신축주택감면 대상에 해당된다고 보아 환급처분한 후 다시 이를 부인하고 재경정한 처분이 신의성실의 원칙을 위배한 처분이라는 청구주장의 당부

② 납세의무 미이행에 대한 귀책사유를 청구인에게 물을 수 없으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점신축주택 부동산 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

OOO

(2) 쟁점신축주택에 대한 청구인의 양도소득세 신고내역과 OOO세무서장의 경정내역, 처분청의 재경정 내역은 다음과 같다.

OOO

가) 국세통합전산시스템의 자료에 의하면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도하고 2007.7.30. 양도소득세를 신고하고, 2007.7.31과 2007.9.12. 두 번에 걸쳐 각각 OOO원씩 총 OOO원을 분납한 것으로 되어 있다.

나) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점신축주택에 대한 양도신고를 한 후 쟁점신축주택이 신축주택 감면대상에 해당된다고 보아 2008.9.8. OOO세무서장에게 기 납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 고충신청을 하였으며, 이에 대하여 OOO세무서장은 2008.9.18. 쟁점신축주택에 양도소득세가 전액 감면대상에 해당되는 것으로 하여 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급한 것으로 나타난다.

다) 처분청에서는 이 건 양도소득세 감면세액을 계산하면서 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면을 부인하였는바, 그 계산 내역은 다음과 같다.

OOO

(3) ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 제1항은 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 어느 하나에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고 있으며, 「국세기본법」제47조의4 제1항 제1항은 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야할 세액보다 적게 납부하는 경우 등에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율을 합한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다.

(4) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것으로(대법원 2006두10931, 2008.1.17. 외 다수 같은 뜻), 자진 신고납부방식 세목인 양도소득세의 경우 경정청구는 납세자가 스스로 신고․납부한 것에 잘못이 있다는 이유로 그 수정을 청구하는 것으로서 그 당시 경정청구를 인용하였다 하더라도 기경정에 대한 탈루 또는 오류가 발견된 때에는 부과제척기간 내에서 재경정이 가능한 것으로, OOO세무서장이 청구인이 신청한 경정청구에 대하여 쟁점신축주택의 양도가 감면대상 양도소득으로 판단하고 2008.9.19. 양도소득세 OOO원을 환급해준 사실만으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있다고 보기 어려워 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기는 어렵다(OOO고법 2011누45193, 2012.12.21. 외 다수 같은 뜻).

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 이 건 처분은 「조세제한특례법」제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】법령의 오해로 인한 것이므로 단순한 법령의 부지나 오해 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으며, 또한 환급결정이 잘못된 경정청구에 기인한 것인바, 비록 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 OOO원을 자진납부한 사실이 있고, 세무전문가의 도움으로 쟁점신축주택에 대한 양도소득을 감면소득으로 경정청구하여 OOO세무서장이 환급한 사실이 있다고 하더라도 이 건 양도소득세는 고도의 법률지식을 요구하는 사안으로 일반납세자는 그 감면소득 해당여부를 쉽게 판단할 수 없는 사안으로서 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

참조판례

-대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결

-서울고등법원 2012. 12. 21. 선고 2011누45193 판결

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