조심 2019서2274 (2020.09.02)

양도

경정

제1차 관리처분계획 변경인가를 조합원입주권 전환일로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 최초 관리처분계획 인가일을 부동산에서 조합원입주권으로 변경된 날로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 있다고 보이므로 201x.x.xx.을 조합원입주권 전환일로 보아 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항에 규정하는 방법에 따라 장기보유특별공제액을 재계산하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

소득세법 제95조

OOO세무서장이 2018.10.25. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO부과처분은 OOO대지 144.5㎡ 및 그 지상건물(시멘트 블럭조 점포 및 주택) 132.97㎡의 보유기간을 취득일로부터 OOO제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)까지로 보아 장기보유특별공제액을 재계산하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.1.22. OOO대지 144.5㎡ 및 그 지상건물(시멘트 블럭조 점포 및 주택) 132.97㎡(대지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 상속을 원인으로 취득하였다.

나. 2006.4.20. OOO쟁점부동산을 포함한 OOO일대 47,161.8㎡를 OOO으로 지정(이하 관련 사업을 “OOO도시정비사업”이라 한다)하였고, OOO2008.5.30.(이하 “최초 관리처분계획 인가일”이라 한다) 관리처분계획을 인가하였으나, 일부 조합원들이 서울행정법원에 OOO도시정비사업조합을 상대로 「관리처분계획 무효확인」 소송을 제기하여 원고 패소하였고, 이에 서울고등법원에 항소하여 원고승소의 무효판결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)을 받았다.

다. OOO도시정비사업 조합은 2011.3.25.(이하 “제1차 관리처분계획 변경인가일”이라 한다) 최초 관리처분계획의 흠을 보완하여 OOO구청장으로부터 관리처분계획 변경인가를 받았고, 정비사업 시행기간이 만료(2014.1.31.)된 이후인 2017.5.26.(이하 “제2차 관리처분계획 변경인가일”이라 한다) 다시 관리처분계획 변경인가를 받았다.

라. 청구인은 2017.6.13. OOO도시정비사업조합 아파트를 분양ㆍ신청하여 D동 2102호를 배정받아 이를 2017.9.20. OOO에 양도하고, 쟁점부동산의 보유기간을 9년 이상(2008.1.22.∼제2차 관리처분계획 인가일)으로 하여 장기보유특별공제 OOO(양도차익의 27%)을 적용하여 2017.11.30. 양도소득세 OOO을 예정신고･납부하였다.

마. 처분청은 청구인의 2017년 과세연도에 대한 양도소득세 세무조사(조사기간 : 2018.5.16.∼2018.6.4.)를 실시하여 쟁점부동산의 보유기간을 3년 미만(2008.1.22.∼최초 관리처분계획 인가일)으로 보고 장기보유특별공제 전액을 부인하여 2018.10.25. 2017년 귀속 양도소득세 OOO경정･고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.17. 이의신청을 거쳐 2019.6.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)에 쟁점부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되었으므로, 보유기간 9년 이상의 장기보유특별공제율 27%를 적용해야 한다.

(가) 「도시 및 주거환경정비법(2016.3.29. 법률 제14113호로 개정된 것, 이하 “도정법”이라 한다)」 에 의하여 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가되었으나, 2010.10.20. 서울고등법원이 최초 관리처분계획 인가가 절차 및 내용상 흠이 중대하고 명백하여 무효로 판결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)함에 따라 이를 보완하여 2011.3.25. OOO구청장이 제1차 관리처분계획을 변경 인가하였다.

(나) 2011.5.20. 사업시행 변경인가 고시로 사업시행 기간이 2007.5.31.부터 2014.1.31.까지 80개월로 연장되었으나, 2011.8.27. 시공사 3개 업체가 모두 계획을 해지하는 등 사업이 중단되는 바람에 사업시행기간이 2014.1.31.로 만료된 후 2017.5.26. 제2차 관리처분계획이 변경 인가되었다.

(다) 이와 같이 OOO도시정비사업에 관한 최초 관리처분계획 인가는 서울고등법원의 무효판결로 인하여 그 효력을 상실하였고, 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 변경인가는 2014.1.31. 사업시행기한이 만료됨에 따라 그 효력이 실효되었다. 이상의 OOO도시정비사업조합의 관리처분계획 (변경)인가 진행과정을 정리하면 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ OOO관리처분계획 (변경)인가 진행과정(주위적 청구)

(라) 따라서 부동산의 양도일인 2017.9.20. 현재 유효한 관리처분계획인가는 2017.5.26. 제2차 관리처분계획 변경인가 뿐이므로 이 날을 부동산에서 부동산을 취득할 수 있는 권리(이하 “쟁점입주권”이라 한다)로 변경된 날로 보아 쟁점부동산의 보유기간 9년 이상의 장기보유특별공제율 27%를 적용하여 양도소득세 과세표준과 세액을 계산하여야 한다.

(2) (예비적 청구) 쟁점부동산이 쟁점입주권으로 전환되는 시점을 제2차 관리처분계획 변경인가일로 볼 수 없다면 그 시점을 제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)로 보아, 보유기간 3년 이상의 장기보유특별공제율 10%를 적용해야 한다.

(가) OOO도시정비사업 조합에 대한 당해 사건인 대법원의 판결(대법원 2013.7.25. 선고 2010두24678 판결)에 따르면 당초 관리처분계획이 경미한 사항을 변경하는 경우와 달리 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 새로운 관리처분계획을 수립하여 시장･군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 달리 특별한 사정이 없는 한 효력을 상실한다고 판시하였고, 원심판결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)에서 원고들이 무효로 승소한 이유는 최초 관리처분계획이 총회소집 통지절차 및 의결정족수 산정의 절차상 하자와 주택공급기준 위반 등 내용상 중대한 하자 때문임을 알 수 있다.

또한 OOO도시정비사업조합이 2011.2.22. OOO구청장에게 관리처분계획 변경인가를 신청하여 2011.3.25. 새로운 관리처분계획 인가를 받은 사실 등으로 볼 때, 제1차 관리처분계획은 최초 관리처분계획의 절차상 하자를 보완하고 그 주요 부분을 실질적으로 변경한 것으로서 최초 관리처분계획이 별개의 새로운 관리처분계획으로 변경됨으로써 그 효력을 상실하였다고 볼 수 있다(국세청 서면4팀-3187, 2006.9.15. 참조). 제1차 관리처분계획과 관련한 쟁점부동산에 관한 관리처분계획 (변경)인가 과정을 도표로 정리하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ OOO관리처분계획 (변경)인가 진행과정(예비적 청구)

(나) 따라서 주위적 청구에서 쟁점부동산에 대한 조합원입주권으로 전환되는시점을 제2차 관리처분계획변경인가일(2017.5.26.)로 볼 수 없다면, 그 시점을 최초 관리처분계획인가(2008.5.30.)가 무효판결(서울고등법원 2010.10.20. 선고 2009누28461 판결)됨에 따라 절차상 및 내용상 그 하자 등의 주요한 부분을 새로이 보완한 제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)로 보아 하는바, 이 경우 쟁점부동산의 보유기간은 3년 이상(2008.1.22.～제1차 관리처분계획 변경인가일)이므로 장기보유특별공제율 10%를 적용해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) OOO도시정비사업의 사업시행자는 정비사업을 중지 또는 폐지한 사실이 없으며 사업시행자가 변경된 사실도 없다.

(가) OOO도시정비사업은 2007.6.8. 사업시행인가를 받은 후 2008.5.30. 최초로 관리처분계획이 인가되었고, 이후 아래 ＜표3＞과 같이 2008.8.22. 관리처분계획 변경인가(경미한 사항), 2011.3.25. 제1차 관리처분계획 인가, 2017.5.26. 제2차 관리처분계획 인가 등 3차례에 걸쳐 관리처분계획이 변경인가되었는데 이는 당초의 관리처분계획의 일부분을 변경한 것에 불과할 뿐 새로운 사업시행계획에 따른 별개의 관리처분계획이 아님을 알 수 있다.

＜표3＞ 관리처분계획 변경 내역

(나) 2008.5.30. 인가된 최초 관리처분계획의 내용상·절차상 하자는 2011.3.25. 관리처분계획 변경인가를 통하여 치유가 된 것으로 볼 수 있고, 이후에도 변경되는 사업시행 인가 및 관리처분계획 인가에 대한 OOO구청의 고시문OOO에는 쟁점입주권에 대한 최초 사업시행인가일(2007.5.31.)이 변경없이 계속하여 기재되어 있으므로 무효라 할 수 없다.

(다)또한 OOO구청 도시환경정비팀의 OOO도시정비사업 담당 주무관에게 유선 확인한 바, OOO도시정비사업은 최초의 사업시행계획 및 관리처분계획이 승인된 이후 몇 차례 변경인가만 이루어졌을 뿐, 청구인 주장처럼 2017년에 새로운 정비사업이 시행된 것은 아니라고 확인한 사실이 있다.

(라) 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가일로부터 2017.5.26. 최종(제2차) 관리처분계획 인가일까지 권리가격에 미세한 변동은 있었으나 쟁점입주권은 계속하여 사업시행구역 내에 있었으며, 토지·건물에 대한 면적 및 종전가격이 불변인 점을 고려하면 ‘관리처분계획인가 무효확인’ 소송결과로 인하여 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가가 실효되었다고 볼 수 없다.

(2) 청구인은 2008.5.30. 최초 관리처분계획 인가일부터 쟁점부동산 양도일까지 조합원의 자격을 계속 유지하여 왔다.

(가)부동산이 조합원입주권으로 전환되는 시점은 관리처분계획인가일이며, 이 날은 도정법에 따른 조합원입주권의 권리가 확정된 날로서 지방자치단체의 공보에 고시된 날이라 할 것인바(서면4팀-1289, 2005.7.22.),청구인은 OOO도시정비사업의 사업계획 및 최초의 관리처분계획이 인가되어 OOO구보에 고시된 날인 2008.5.30.부터 쟁점입주권을 양도한 2017.9.20.까지 조합원으로서의 자격을 계속 유지하고 있었으며, 쟁점입주권은 조합원입주권으로서 권리관계에 변동이 생긴 사실이 없다.

(나) 또한 최초 관리처분계획에서 종전 자신의 부동산을 출자하여 조합원입주권을 취득하였다가 조합에서 탈퇴하고 관리처분계획의 변경인가로 현금청산을 받았다고 하더라도 조합원입주권을 양도한 것으로 보는 것이지 토지 등 부동산을 양도한 것으로 볼 수 없다는 여러 해석사례를 비추어 보더라도 쟁점입주권은 2008.5.30.부터 부동산에서 조합원입주권으로 변경되었다고 보아야 함이 명백하다 할 것이다(부동산거래관리과-550, 2012.10.12., 법규과-1614 2010.10.28. 등).

(3)정비사업 시행기간이 도과되어 사업시행 변경인가 및 관리처분계획 변경인가가 있었다고 하여 종전의 사업시행인가 및 관리처분계획인가가 소급하여 무효가 되는 것은 아니다.

(가) 도정법에서는 사업시행기간이 경과된 경우, 새롭게 사업시행계획인가 또는 관리처분계획 인가과정을 다시 밟도록 하는 규정이 존재하지도 않으며 도정법에 따른 사업시행인가시 정비사업 시행기간을 정하는 것은 인가하는 지방자치단체의 고유 권한으로서, 정비사업 시행자는 사업시행 기간 내에 사업상의 계약에 의하여 사업에 필요한 타인 소유의 토지를 양수하거나 수용ㆍ재결할 수 있는 기간에 불과할 뿐이지 시행기간이 경과하였다 하여 종전의 사업시행 인가 및 관리처분계획이 소급하여 무효가 되는 것도 아니다.

(나) 청구인은 당초 관리처분계획의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 특별한 사정이 없는 한 그 효력을 상실(대법원 2012.3.22. 선고 2011두6400 판결 참조)한다고 보고 있지만 동 대법원 판결 이후에는 종전의 관리처분계획은 변경시점까지 유효하게 존속하다가 장래를 향하여 실효되는 것일 뿐 소급적으로 무효가 되지는 않는다고 변경된 내용을 일관되게 판시(대법원 2015.11.26. 선고 2014두15528 판결)하고 있다.

(다) 또한당초 관리처분계획이 효력을 상실한다는 것은 당초 관리처분계획이 유효하게 존속하다가 변경시점을 기준으로 장래를 향하여 실효된다는 의미이지 소급적으로 무효가 된다는 의미가 아니므로(대법원 2016.6.23. 선고 2014다16500 판결, 대법원 2015.11.26. 선고 2014두15528 판결 등) 청구인의 주장처럼 관리처분계획이 변경됨으로써 종전의 관리처분계획이 소급하여 실효된다면 관리처분계획에 일부분의 변경이 필요한 경우마다 새롭게 관리처분계획을 수립하여 인가받아야 하나, 도정법을 보더라도 재개발 사업진행 중 당초 관리처분계획의 일부를 변경할 경우 그 부분에 대하여만 변경하여 인가 또는 신고를 하도록 되어 있는 것으로 보아 이는 시간적․물리적인 행정력 낭비를 막고자 하는 목적으로 보인다.

(4)양도소득세 과세대상 물건이 부동산에서 쟁점입주권으로 변동되는 시점을 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)로 볼 경우 법적안정성이 심각히 훼손될 수 있다.

양도소득세는 과세대상 물건이 부동산인지 조합원입주권인지에 따라 과세방법(양도차익 산정, 장기보유특별공제, 세율 등)이 다르고 조합원입주권을 주택으로 의제하여 1세대1주택으로 비과세하거나 다주택자에 대한 중과세율 등을 적용하는 등 차이를 두고 있으며, 「조세특례제한법」에서도 부동산인 경우에는 감면이 적용되나 조합원입주권인 경우에는 감면이 배제되는 경우가 있는 등 양도되는 물건이 무엇인지에 따라 과세방법에 큰 차이가 생겨 OOO도시정비사업과 같이 수차례 관리처분계획이 변경되는 경우 조합 또는 조합원으로부터 입주권을 취득한 자가 정비사업구역내 과세물건을 양도하거나 취득하는 시점에 따라 과세대상이 달라지는 심각한 문제가 발생한다.

(5) 따라서 당초 관리처분계획이 효력을 상실한다는 것은 당초 관리처분계획이 유효하게 존속하다가 변경시점을 기준으로 장래를 향하여 실효된다는 의미이지 소급적으로 무효가 된다는 의미가 아니므로 도정법에 의하여 정비사업조합의 조합원이 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 최초의 사업시행인가 및 관리처분계획 인가 후 쟁점부동산 양도시점까지 변경인가만 있었고, 최초 관리처분계획 인가 후 그 사업이 중지 또는 폐지되지 않고, 또한 사업시행자가 변경되지 않은 이상 쟁점입주권은 최초 관리처분계획 인가일에 조합입주권으로 변경된 것으로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점부동산의 보유기간이 취득일로부터 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)까지이므로 27%의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

②(예비적 청구) 쟁점부동산의 보유기간을 취득일로부터 제2차 관리처분계획 변경인가일(2017.5.26.)까지로 볼 수 없다면 제1차 관리처분계획 변경인가일(2011.3.25.)로 보아 10%의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지 [「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리 (건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

제95조(양도소득금액)(2016.12.27. 법률 제14474호로 개정된 것) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.