조심2011전1378 (2011.06.03)

양도

기각

토지 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득에 대하여 조특법 제98조의3 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려움

조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 피상속인부터 상속받은 OOO OOO OOO OOOO OOOOO 토지 231.86㎡(1985.1.1. 상속)와 같은 번지 토지 11.04㎡(2001.12.2. 상속), 합계 242.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 2009.12.8.연면적 98.82㎡의 주택을 착공하여 2010.1.26. 사용승인 받은 신축주택(이하 “신축주택”이라 한다)을 2010.9.30. 500,000천원에 양도한 후, 양도소득금액을 건물 및 쟁점토지의 기준시가로 안분하여 신축주택 취득일 전일까지 발생한 금액을 차감한 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」 제98조의3을 적용하여 2010.11.29. 2010년 귀속 양도소득세 86,828,540원을 예정신고·납부하였다.

나. 청구인은 2011.3.7. 신축주택 양도에 따른 전체 양도소득금액이 「조세특례제한법」 제98조의3 규정에 의거 감면되어야 한다고 보아 경정 청구하였으나, 처분청은 「조세특례제한법」 제98조의3은 토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 쟁점토지의 양도소득금액(이하 “쟁점양도소득금액”이라 한다)은 감면대상이 아니라 하여 2011.3.22. 청구인에게 경정거부 처분하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」 제98조의3 제1항에서 미분양 주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면한다는 규정은 취득일로부터 5년 이내에 양도로 인하여 발생한 양도소득금액을 감면한다는 의미이지 취득일로부터 5년 사이에 발생한 양도소득금액을 감면한다는 의미로 해석되어질 수 없으며, 위 조문 신설시 처분청의 해석과는 달리 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득 전체에 대하여 과세특례를 적용하는 규정을 신설한 것이므로 신축주택 취득일 전일까지 쟁점토지에서 발생한 양도소득금액을 구분할 필요 없이 전체 양도소득금액에 대하여 과세특례가 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제98조의3 적용시 쟁점토지의 쟁점양도소득금액은 과세특례가 적용되지 아니한다는 유권해석(OOOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O)이 다수 존재하고, 이를 근거로 쟁점양도소득금액에 대한 과세특례를 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 보유한 쟁점토지에 「조세특례제한법」제98조의3의 적용대상이 되는 주택을 신축하여 취득한 경우, 쟁점양도소득금액이 감면 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역( 「소득세법」 제104조의 2에 따른 지정지역은 제외한다)에 소재하는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

② 제1항을 적용할 때자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다.다만 다음 각호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

③ 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의6까지의 규정을 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제1항 제2호ㆍ제2호의 2부터 제2호의6까지의 규정에 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

1. 장기보유특별공제액 : 양도차익에 「소득세법」 제95조 제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율 : 「소득세법」 제104조 제1항 제1호에 따른 세율

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐

└ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

양도소득금액 × ─────────────────────

┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐

└ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

제98조의3 【미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】③법 제98조의3 제1항에서 해당 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

④ 법 제98조의 3 제1항에서 수도권과밀억제권역에 해당하는지 여부는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인의 양도소득세 신고서에 의하면, 신축주택에 대한 양도소득세 신고 내역은 아래 <표>와 같으며, 쟁점토지의 감면소득 계산은 신축주택 취득일 기준으로 쟁점토지의 기준시가로 안분하여 산출한 것으로 나타난다.

(OO O OO)

(2) 청구인이 신축주택에 대한 양도소득세를 신고‧납부한 이후, 2011.3.7. 신축주택 양도에 따른 전체 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」 제98조의3의 규정에 따라 감면하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2011.3.22. 청구인에게 이를 거부한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(3) 청구인은 「조세특례제한법」 제98조의3 제1항 규정은 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 것으로 인하여 생기는 양도소득금액을 감면한다는 의미로 해석하여 쟁점양도소득금액을 구분할 필요 없이 전체 양도소득금액에 대하여 과세특례가 적용되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」 제98조의3 제1항은 거주자가 서울특별시 밖의 지역에 소재하는 미분양주택을 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다.

(나) 청구인의 신축주택 일반건축물대장 등을 보면, 청구인은 1985년 및 2001년 쟁점토지를 상속으로 취득하였고, 신축주택은 대지 242.9㎡, 연면적 98.82㎡의 단독주택으로서 청구인이 2009.12.3. 허가 받아 2009.12.8. 착공하여 2010.1.26. 사용승인 받았으며, 2010.8.6. 신축주택을 500,000천원에 OOO에게 양도한 것으로 나타난다.

(다) 처분청이 과세근거로 제시하고 있는 기획재정부 예규(OOOOOOOO, OOOOOOOOOO)는 「조세특례제한법」 제98조의3 제2항에 따라 자기가 건설한 신축주택도 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공하고 사용승인을 받는 경우 미분양주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이나, 당해 신축주택의 부속토지 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 토지의 양도소득금액은 같은 법에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 되어 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 쟁점양도소득금액은 「조세특례제한법」 제98조의3에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 되어 있는 점(OOOOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO), 같은 법 제98조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있는 점 등으로 볼 때, 같은 법 제98조의3 제1항에서 규정한 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 쟁점토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액을 제외한 신축주택 취득일로부터 5년 이내의 양도일까지 발생한 양도소득금액을 의미하는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구인의 쟁점양도소득금액에 대한 경정 청구를 거부한 처분은잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.