국심2005구2799 (2006.06.30)

법인

경정

법인세 신고시 신청하지 아니한 연구및인력개발비세액공제에 대하여 경정청구기간은 경과하였으나 과세관청의 경정처분에 대한 불복청구 기간 내에 이월세액으로 공제하는 것은 타당함

조세특례제한법 제10조【연구?인력개발비에 대한 세액공제】 / 조세특례제한법시행령 제9조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

국심2004광0589 /

국심2005서1765 / 국심2006구2137

OO세무서장이 2005.4.12. 청구법인에게 부과한 2000.9.24.∼2001.9.22.사업연도 법인세 80,324,810원은 청구법인이 2000.1.1.∼2000.9.23.사업연도에 지출한 연구 및 인력개발비 675,590,875원에 100분의 15를 곱한 금액을 2000.9.24.∼2001.9.22.사업연도 법인세 계산시 이월세액으로 공제하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

청구법인은 전기공급 및 제어장치를 제조하는 사업자로 2000.1.1.∼2000.9.23.사업연도(이하 “2000사업연도”라 한다)에 연구 및 인력개발비로 675,590,875원(이하 “쟁점 연구 및 인력개발비”라 한다)을 지출하였음에도 결손으로 인하여 세액공제를 신청하지 아니하였으며, 2000.9.24.∼2001.9.22.사업연도(이하 “2001사업연도”라 한다)부터 2003.9.21.∼2004.9.17.사업연도(이하 “2004사업연도”라 한다)까지 지출한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하면서, 2000사업연도에 지출한 쟁점 연구 및 인력개발비를 과거 4년간 지출한 연구 및 인력개발비에 포함하지 아니하고 법인세 신고를 하였다.

처분청은 청구법인의 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 연구 및 인력개발비 세액공제 신청에 대하여 과거 4년간 지출한 연구 및 인력개발비를 포함하여 세액공제액을 재계산한 후 과다 세액공제 신청분에 대하여는 2005.4.12. 청구법인에게 법인세 2001사업연도분 80,324,810원, 2001.9.23.∼2002.9.21.사업연도(이하 “2002사업연도”라 한다)분 127,084,140원, 2002.9.22.∼2003.9.20.사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다)분 82,137,430원, 2004사업연도분 74,333,010원을 각각 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.7.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 이월공제가 가능하며, 세액공제 신청은 훈시적인 규정으로, 연구 및 인력개발비를 지출한 후 세액공제 신청을 하지 아니하였다 하더라도 감면요건만 충족되면 당연히 세액공제를 받을 수 있으며, 처분청이 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 연구 및 인력개발비 세액공제액을 경정하면서 쟁점 연구 및 인력개발비를 과거 4년간 지출한 금액에 포함하여 재계산하였으므로 2000사업연도의 쟁점 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액을2001사업연도 세액공제액 계산시 이월공제액으로 하여 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2000사업연도에 결손이라는 이유로 쟁점 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하지 아니하였을 뿐만 아니라 2001사업연도에 이월공제세액으로도 신청하지 아니하였고, 연구 및 인력개발비 세액공제의 경우 이월공제가 가능하나 중소기업특별세액감면과는 달리 세액공제신청은 납세자의 선택사항으로 납세자가 신청을 하는 경우에 한하여 세액공제를 하므로 이 건 처분 전에 이월공제 신청을 하지 아니하여 2001사업연도 세액계산시 쟁점 연구 및 인력개발비에 대한 이월세액공제를 하지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인세 신고시 신청하지 아니한 연구 및 인력개발비 세액공제에 대하여 경정청구기간은 경과하였으나 처분청의 경정처분에 대한 불복청구 기간 내에 동 세액을 이월공제하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 연구·인력개발비 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항·제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

② (생 략)

(2) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것)

제9조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업”이라 함은 제130조 제2항의 규정에 해당하는 사업을 말한다.

② 법 제10조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 비용 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

당해 과세연도개시일부터

소급하여 4년간 발생한 연구

및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수

────────────── × ───────────

4 12

④ ∼ ⑤ (생 략)

⑥ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 연구및인력개발비발생에관한명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3)【별표 6】연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품 부품 원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구 시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구 시험용시설의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동기술개발

① ∼ ② (생 략)

2. 인력개발(생 략)

(4) 조세특례제한법시행규칙(2003.3.24. 재정경제부령 제308호로 개정되기 전의 것)

제7조 【연구·인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 재정경제부령이 정하는 자 라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

② ～ ⑪ (생 략)

(5) 국세기본법(2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것)

제45조의 2 【경정등의 청구】

① (생 략)

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때

③ ∼ ⑤ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은2000사업연도에 중소기업에 해당하고, 지출한 쟁점 연구 및 인력개발비에 대해 법인세 신고시 세액공제신청을 하지 아니한 사실, 2001사업연도 법인세 신고시 2000사업연도의 쟁점 연구 및 인력개발비에 대한 이월세액공제를 신청하지 하지 아니한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으며, 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 신청에 대한 처분청의 결정내용은 다음과 같다.

※ 연구 및 인력개발비 세액공제 신청 및 경정내역

(단위 : 원)

(2) 청구법인은 연구 및 인력개발비 세액공제의 경우 당해 사업연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 금액은 이월공제가 가능하고, 처분청이 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 연구 및 인력개발비 세액공제액을 경정하면서 2000사업연도에 지출한 쟁점 연구 및 인력개발비를 과거 4년간 지출한 금액에 포함하여 경정하였으므로2001사업연도 세액공제액 계산시 쟁점 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액을 이월하여 공제하여야 한다고 주장하면서, 2001사업연도의 최저한세조정계산서를 제출하고 있다.

청구법인의 2001사업연도 최저한세조정계산서를 살펴보면, 과세표준금액이 9,626,153,683원으로 최저한세율(12%)을 적용한 최저한세는 1,179,138,441원으로 되어 있으며, 당해 사업연도의 산출세액이 2,739,323,031원, 감면 및 공제액이 1,309,960,544원, 차감납부할 세액이 1,429,362,487원으로 각각 되어 있다.

(3) 연구 및 인력개발비 세액공제에 관한 관련법령을 살펴보면, 조세특례제한법 제10조에서내국인(부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인은 제외)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위하여 자체기술개발, 위탁 또는 공동기술개발을 위한 비용이 있는 경우에는, 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하거나 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제(중소기업만 해당)할 수 있으며, 같은 법 제144조 제1항에서는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 당해 사업연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 세액이 있는 경우에는 다음 과세연도의 개시일부터 7년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 법인세에서 이를 공제하도록 규정하고 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합해 볼 때, 연구 및 인력개발비 세액공제는 당해 사업연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 경우 다음 과세연도의 개시일부터 7년간 이월하여 공제가 가능하며, 청구법인의 경우 2000사업연도에 쟁점 연구 및 인력개발비를 지출한 후 2001사업연도 법인세 신고시 이월공제 신청 및 그 후 경정청구도 하지 아니하였으나 처분청이 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액을 경정하면서 2000사업연도에 지출한 쟁점 연구 및 인력개발비를 과거 4년간 지출한 금액에 포함하여 경정하는 경우에는 당해 사업연도의 세액공제액 범위 내의 금액에 대해서는 이월공제가 가능하다고 보아야 하며, 연구 및 인력개발비 세액공제의 경우 연구 및 인력개발비의 투자에 대하여 사업자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진하는데 있으므로 사업자가 세액공제 신청을 하지 아니하였거나 공제방법을 달리 선택하여 신고하였더라도 처분청의 경정시에는 사업자에게 유리한 공제방법으로 계산한 세액을 공제하는 것이 타당하므로 청구법인의 경우 2000사업연도에 중소기업에 해당하여 같은 법 제10조 제1항 제1호에 의한 공제방법보다 제2호에 의한 공제방법이 유리하므로 제2호에 의한 공제방법으로 계산한 세액을 이월세액으로 하여 공제하는 것이 타당한 것으로 보여진다(국심2004광589, 2004.11.23. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 쟁점 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액을 2001사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제액 경정시 이월세액으로 공제하지 아니한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006 년 6 월 30 일

주심국세심판관 이 도 호

배심국세심판관 주 영 섭

김 완 석

장 인 태