조심2010중2015 (2010.10.15)

부가

기각

공장분양에 따른 매출을 신고누락한 사실 및 그 금액이 공장분양계약서 등에 의하여 확인되고, 동 계약서상 매매대금이 토지와 건물분으로 구분되어 있지 아니하여 안분하여 과세표준을 산정한 처분은 정당함

부가가치세법 시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.11.10.부터 OOO OOO OOO OOOO OOOOOO OOOOOO이라는 상호로 건설업을 영위하는 사업자로서, 2003.11.26.부터 2004.6.14.까지 OOO OOO OOO OOO OOO 공장용지(2,399.7㎡ 이하 다른 지번의 소규모 도로용지를 포함) 및 공장건물(792㎡이고 이하 “쟁점공장1”이라 한다)을 178,647,500원(건물분 : 113,525,000원), 같은 리 167-1 공장용지 1,144㎡ 및 공장건물(396㎡이며 이하 “쟁점공장2”이라 한다)을 139,950,000원(건물분 : 88,900,000원)원, 같은 리 167-4 공장용지 1,768.7㎡ 및 공장건물(540.6㎡이고 이하 “쟁점공장3”이라 하고 쟁점공장1과 쟁점공장2 및 쟁점공장3을 합하여 이하 “쟁점공장”이라 한다)을 129,558,400원(건물분 : 74,415,909원)에 분양한 것으로 하여 건물분에 대하여 해당 과세기간별로 부가가치세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 청구인에 대한 조사를 실시하여, 공장용지와 함께쟁점공장1을 491,500,000원(공급가액, 이하 같다)에, 쟁점공장2를 276,880,000원에, 쟁점공장3은 402,810,000원에 양도한 것으로 조사한 후 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 건물분에 대한 부가가치세 과세표준을 재산정한 후 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 통보받은 과세자료에 따라 위 공장건물분을 신고누락한 것으로 보아 2009.1.30. 청구인에게 부가가치세 2003년 제2기분 34,594, 180원과 2004년 제1기분 45,273,470원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.29. 이의신청을 거쳐 2010.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것이고(대법원 2003두10732 2004.1.16. 외 다수 같은 취지임), 「국세기본법」제16조에서 정부가 납세의무자가 비치한 장부 등 증빙자료의 내용과 상이한 사실을 조사하여 결정한 때에는 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다고 규정하고 있는데, 처분청이 등사하여 제시한 이 건부가가치세 경정결정서에 의하면 청구인이 비치한 장부 및 증빙자료의 내용과 상이한 공장건물 분양수입금액을 산정한 근거를 알 수가 없는 바, 처분청은 청구인의 장부 내용과 다른 수입금액의 산정에 대한 조사·결정의 근거를 제시하여야 한다.

나. 처분청 의견

서울지방국세청장이 2008.6.30. 청구인에게 분양수입금액 매출누락과 관련하여 소명자료의 제출을 요청하였고, 2008.8.25. 방문한 청구인의 자인 OOO와 세무대리인에게 청구인이 쟁점공장의 분양내역과 조사한 내용 간에 다른 사실관계가 있으면 빠른 시일 내에 소명자료를 제출할 것을 요구하였으며, 심지어 거래처(양수자)를 통하여 확인한 쟁점공장의 실제 분양수입금액과 청구인이 토지·공장건물의 분양매출로 장부에 계상한 금액의 차이를 건별로 확인시켜 주면서 이의사항이 있는지 여부 등을 질문하는 등의 노력을 하였음에도, 사실관계의 확인을 위한 의견이나 입증자료를 제출하지 아니하다가 지금에 와서 조사·결정의 근거를 제시하라는 청구인의 주장은 억지에 불과하여 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

건설업자인청구인이 공장건물의 분양수입금액에 대한 매출을 과소신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

(2) 부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 등기부등본 등의 심리자료에 의하여 OOO OOO OOO OOO 공장용지 및 쟁점공장의 취득·분양 내역을 보면, 청구인이 2002.10.21. OOO OOO OOO OO 전 8,928㎡[세부내역 : OOO OOO 전 5,196㎡, 169 전 3,602㎡, 169-2 전 130㎡]를 취득한 후 2003.11.24. 지번의 분할과 공장용지·도로로의 지목변경, 공장신축 등을 거쳐 2003년 제2기부터 2004년 제1기까지의 과세기간 중 쟁점공장을 분양한 사실이 인정되고 그 명세는 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOO

(2) 처분청의 부가가치세 과세근거 및 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인의 계정별원장, 쟁점공장1·2·3의 등기용 검인계약서(매매대금에 부가가치세가포함), 매출처별세금계산서 및 매출처별세금계산서합계표 등에 의하면 청구인은 2003년 제1기에 분양한 쟁점공장1의 공급가액을 113,525,000원으로 하고, 2004년 제2기에 분양한 쟁점공장2의 공급가액을 88,900,000원으로 하며, 쟁점공장3의 공급가액을 74,415,909원으로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 확인되나,

(나) 서울지방국세청장은 쟁점공장1·2·3의 실제 분양계약서(매매대금에 부가가치세는 별도라고 기재되어 있고, 토지 및 건물의 가액을 구분하여 표시하지 아니함) 및 확인서(쟁점공장3의 양수자인 OOO가 2008.7.22. 작성) 등에 의하여 인정되는 쟁점공장과 그 용지의 매매대금을 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 제1호에 의하여 토지와 건물의 기준시가로 안분(토지분 : 36.5%, 건물분 : 63.5%)하여 건물분 공급가액(쟁점공장1 : 312,102,500원, 쟁점공장2 : 175,818,800원, 쟁점공장3 : 255,784,350원)을 산정한 후, 각 과세기간별로 건물분 중 신고누락한 금액(2003년 제2기의 쟁점공장1 관련 198,577,500원, 2004년 제1기의 쟁점공장2·3 관련 268,287,241원)을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세하였고 구체적 내역은 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOOOO OOOO

(OO O OO)

(다) 그 밖에 처분청이 제시하고 있는 자료제출·출석요구공문, OOO 명의 해명자료, 세무조사중지통지서 등에 의하면, 서울지방국세청장은 청구인 등에게 4차례(2008.7.2., 2008.7.8., 2008.7.14., 2008.7. 23.)에 걸쳐 장부 및 증빙서류의 제출을 요구하다가 2008.7.23.에는 출석을 요구하는 공문을 발송하였으나, 청구인 등을 대표하여 자 OOO가 2008.8.14.까지는 소송수행 때문에 출석하는 것이 사실상 어렵다는 취지로 해명하자, 2008.7.29.～2008.8.14. 기간 중 세무조사를 중지한 뒤 다시 재개하여 이 건 과세처분을 한 사실이 나타나고, 한편 청구인의 세무대리인인 OOO이 2003.1.7., 2003.12.24. 각 작성한 두포리 현장 과세비율에는 기준시가에 의하여 안분계산할 경우 ① 부가가치세를 별도로 받는 경우 과세비율이 63.5%, ② 별도로 받지 아니하는 경우 과세비율이 59.75%인 것으로 계산된다고 표시되어 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 이 건 과세처분이 근거과세를 규정하고 있는 「국세기본법」제16조를 위배한 것이므로 위법하다고 주장하나, 청구인이 쟁점공장의 분양에 따른 매출을 신고누락한 사실 및 그 금액이 공장분양계약서 등에 의하여 확인되고, 동 계약서상 매매대금이 토지와 건물분으로 구분되어 있지 아니하여 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 제1호에 따라 토지와 건물의 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세 과세대상(건물분 분양매출)을 산정한 사실이 조사복명서에 나타나고, 그와 같이 안분한 과세비율은 청구인도 인지한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 부가가치세 과세표준을 산정한 것에 절차상·방법상 오류가 있음이 확인되지 아니하므로 이 건 과세가 위법하다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.