연구원에 대한 퇴직급여가 연구.인력개발비세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

가. 청구법인은 OOO에서 2006.9.1. 개업하여 모터, 코아 등 제조업을 영위하는 법인으로, 2008～2010사업연도 법인세 신고시 연구원의 4대 보험(사용자 부담분) 및 퇴직급여에 대한 연구․인력개발비 세액공제가 누락되었다 하여 2013.3.29. 처분청에 법인세 경정청구서를 제출하였다.

나. 처분청은 연구․인력개발비 세액공제 대상 경정청구세액 OOO 중 연구원의 4대 보험(사용자 부담분) 지급액은 세액공제 대상이라고 보아 OOO을 환급하였으나, 퇴직급여는 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 2013.4.25. 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.15. 이의신청을 거쳐 2013.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「근로기준법」상 퇴직금제도는 근로자가 1년 이상의 기간 계속 근로를 제공하고 퇴직할 경우에 사용자가 근로자의 근로제공에 대한 임금일부를 지급하지 아니하고 축적하였다가 이를 기본적 재원으로 하여 근로자가 퇴직할 때 이를 일시금으로 지급하는 것으로서, 그 성질은 본질적으로 후불적 임금의 성질을 지닌 것이다.

(2) 인건비는 그 명목 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출하는 일체의 비용을 말하는 것이며, 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 “동 시행령에서 규정하는 인건비에는 「소득세법」 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액이 포함되지 않는다”고 규정하고 있으나, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다.

(3) 연구·인력개발비세액공제 대상 인건비에 퇴직급여뿐만 아니라 퇴직급여충당금도 포함이 된다는 취지의 대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결이 있은 뒤에야 비로소 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6](2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정)을 개정하여 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 인건비에서 제외한다는 단서 규정을 신설한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 2008～2010사업연도까지의 퇴직급여는 「조세특례제한법」 제10조 등에서 규정하는 연구·인력개발비세액공제 대상 인건비에 포함되므로 처분청의 환급거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 구 조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16을 「조세특례제한법」 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석의 기준으로 인식되어 왔다.

(2) 2012.2.2. 시행된 「조세특례제한법 시행령」 제8조 제1항은 「조세특례제한법」 제9조에서 “대통령령으로 정하는 비용”으로 별표 6에서 연구‧인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 명문으로 규정하고 있다.

(3) 「조세특례제한법」상의 연구‧인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는바, 이는 해당연도에 연구‧인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아 연구원의 퇴직급여에 대한 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

연구원에 대한 퇴직급여가 「조세특례제한법」 제10조의 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경정청구에 대한 현장확인 종결 보고서 등 처분청의 심리자료에 의하면 다음의 사항이 확인된다.

(가) 청구법인은 2008～2010사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 착오로 연구․인력개발비 세액공제를 과소 신청하여 이에 대해 2013.3.29. 법인세 경정청구서를 제출하였으며, 처분청은 청구내용의 적정여부를 확인하고자 현장확인을 실시하였는바, 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 경정청구 내용은 아래 ＜표1＞과 같고, 연구․인력개발비 세액공제 경정청구에 대한 적용배제 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞ 연구․인력개발비 세액공제 경정청구 내용

＜표2＞ 연구․인력개발비 세액공제 적용배제 내용

(나) 청구법인의 추가 신청 인건비 중 4대 보험 회사부담분은 적정하나, 퇴직금 전입액은 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 제1항 제1호에 따라 연구 및 인력개발 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하므로, 경정청구 인건비 중 퇴직급여 항목의 인건비 OOO은 세액공제를 부인한다고 되어 있다.

(2) 조세특례제한법 기본통칙(2005.7.7.) 9-8…1【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】제1항 제1호는 영 [별표 5] 및 [별표 6]에서 규정한 “인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 「소득세법」 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다고 되어 있다.

(3) 청구법인은 퇴직금은 후불적 임금의 성질을 지닌 것이고, 인건비는 그 명목 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출하는 일체의 비용을 말하는 것이며, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로 퇴직급여는 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함된다고 주장하면서 대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결, 서울고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결 등을 제시하였다.

(4) 살피건대, 「조세특례제한법」상 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는바, 해당 과세연도에 연구·인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려우며,

「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 구 조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16을 「조세특례제한법」신설시 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 오랜기간 동안 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이는 점 등으로 볼 때,

연구원에 대한 퇴직급여가「조세특례제한법」의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다 할 것이어서, 처분청이 연구원에 대한 퇴직급여를 「조세특례제한법」 제10조의 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다{조심 2011부1401, 2012.2.16.(조세심판관 합동회의), 2012전1813, 2013.4.11., 조심 2012중3069, 2012.12.31. 등 다수 같은 뜻}.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜관련 법령＞

(1) 조세특례제한법

(가) 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것

제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】＜개정 2000.12.29., 2002.12.11., 2008.12.26.＞ ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비”라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(이하 생략)

(나) 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것

제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령

(가) 2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】＜개정 2000.12.29., 2002.12.30.＞

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. ＜개정 2000.12.29.＞

(이하 생략)

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

(나) 2009.2.4. 대통령령 제21307호로 신설된 것

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

(이하 생략)

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용

1. 기술개발

가. 자체기술개발

(다) 참고 : 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것*

* 본 건 귀속연도(2008～2010) 이후 개정된 내용임

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

(이하 생략)

[별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비( 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다)

(3) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

제33조【퇴직급여충당금의 손금산입】 ① 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

참조조문

유사 판례