원천징수의무자는 원천징수세액을 납부하고, 지급명세서를 제출한 경우 경정청구권이 인정됨

소득처분에 따라 소득금액변동통지를 받은 법인(원천징수의무자)은 다음달 10일까지 원천징수세액을 납부하고, 지급명세서를 제출한 경우 통상 또는 후발적 경정청구권이 인정됨

국세기본법 제45조의 2경정 등의 청구

2017구합64019 종합소득세경정거부처분취소

○○주식회사

○○세무서장

2017.8. 17.

2017.9.7.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 5. 3. 원고에 대하여 한 2009년귀속 000,000,000원, 2010년귀속 000,000,000원, 2011년귀속 00,000,000원의 각 원천징수 종합소득세에 대한 경정거부처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 서울지방국세청장은 2012. 4.경 원고에 대한 2009사업연도부터 2011사업연도까지 법인세통합조사를 실시하여 누락수입금과 가공매출액이 있다는 이유로 2012. 7. 2. 원고의 법인세와 부가가치세를 경정하는 한편, 관련된 누락매출액을 원고의 대표이사 ○○○에 대한 인정상여로 소득처분하여 2012. 7. 1. 원고에게 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다)를 하였다.

나. 그 후 피고는 2012. 12. 17.경 급여와 무자료 매입액을 추가로 손금으로 인정하여 법인세 일부를 직권으로 취소(이하 위와 같이 감액된 후의 법인세 및 부가가치세를 '쟁점 처분'이라 한다)하였다.

다. 원고는 가공매출액을 고려하지 않은 위법을 주장하며 쟁점 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고(서울행정법원 2013구합21083), 법원의 조정권고에 따라 피고는 2016. 1. 14.경 원고가 신고한 매출액 중 일부를 가공매출액으로 보아 쟁점 처분중 일부를 2차로 직권 취소하고, 취소된 세액을 환급하였다.

라. 원고는 2016. 3. 8. 피고에게 조정권고에 따라 쟁점 처분이 일부 취소된 만큼 이와 관련된 ○○○에 대한 인정상여금액도 감액되어야 한다는 이유로 기납부한 2009년, 2010년, 2011년귀속 각 근로소득세(원천징수분)를 환급하여야 한다는 취지의 경청청구를 하였는데, 피고는 2016. 5. 3. 조정권고안에 소득처분에 대한 취소가 포함되어 있지않다는 이유로 이를 거부하는 통지(이하 '이 사건 거부통지'라 한다)를 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2016. 7. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2017. 4. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

법원의 조정권고에 따른 쟁점 처분의 일부 취소는 ○○○에 대한 원천징수 종합소득세에 관한 통상 및 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 이 사건 소득금액변동통지중 가공매출액에 기초한 상여처분은 취소되어야 하고, 관련 기납부세액은 환급되어야한다. 따라서 원고의 경청청구를 거부한 이 사건 거부통지는 위법하다.

2) 피고의 주장

원천징수세를 납부기한 내 납부하지 않은 원고는 적법한 경정청구권자가 아니다.

나. 소득금액변동통지를 받은 법인의 경정청구

1) 국세기본법 제45조의2 제1항, 제4항 제1호의 규정에 의하면, 원천징수의무자가 근로소득만 있는 자 등(이하 '근로소득자 등'이라 한다)에 대하여 소득세법 제137조 등의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 그 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

또한 국세기본법 제45조의2 제2항 및 제4항 제1호의 규정에 의하면, 원천징수의무자가 근로소득만 있는 자 등(이하 '근로소득자 등'이라 한다)에 대하여 소득세법 제137조 등의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 그 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1 내지 5호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

한편 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제128조 제1항은 "원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음날 10일까지 납부하여야 한다"고 규정하고, 제137조 제1항은 근로소득의 연말정산과 관련하여, "원천징수의무자가 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득자의 해당 과세기간의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 세액공제를 한 후 해당 과세기간에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 징수한다."고 규정하며, 제164조 제1항은 "소득세 납부의무가 있는 개인에게 근로소득에 해당하는 소득금액을 지급하는 자는 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조 등을 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(근로소득의 경우에는 다음 연도 3월 10일)까지 제출하여야 한다."고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제20조 제1항 제3호는 근로소득의 하나로 '법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액'을 규정하고 있고, 제135조 제4항, 제131조 제2항은 "법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액은 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다."고 규정하고 있다.위 규정에 의하면, 원천징수의무자가 소속 근로자의 근로소득에 대하여 연말정산에 의한 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출한 경우 원천징수의무자에게 경정청구권이 인정된다.

2) 그런데 과세관청에 의한 소득처분 및 소득금액변동통지가 당초의 연말정산 기한이 도과된 이후에 이루어지는 경우 당초 신고납부한 근로소득과 분리되는 현상이 발생하게 되고, 소득세법은 이러한 경우 추가되는 근로소득세의 연말정산과 지급명세서의 제출에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 않지만, 아래와 같은 사정에 비추어 이 경우 소득금액변동통지에 따른 원천징수분 소득세의 납부시기인 다음 달 10일까지 재연말정산을 하고 지급명세서까지 제출하여야 한다고 봄이 타당하다.

가) 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급명세서를 제출한 경우 그에 대한 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에서 정한 경정청구기간은 소득금액변동통지에 따른 소득세 납부기한(소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 10일) 다음 날부터 기산된다(대법원2011. 11. 24. 선고 2009두23587 판결 참조).

나) 소득금액변동통지에 따른 소득금액의 조정 이후에 추가 소득이 다시 발생할 가능성이 거의 없으므로 굳이 간이세율표를 적용할 필요가 없고, 재연말정산에 의하여 최종적인 원천징수세액을 확정하여 그 납부기한인 다음 달 10일까지 납부함이 타당하므로, 재연말정산은 늦어도 납부기한인 다음 달 10일까지 종결되어야 한다.

다) 소득금액변동통지에 따른 소득금액의 조정은 대부분 소득자의 종합소득과세표준 확정신고기한(다음 연도 5월 31일) 이후에 이루어지고, 원칙적으로 추가소득이 발생할 여지가 없으므로, 원천징수의무자의 입장에서도 굳이 그 다음 연도 2월 말일(또는 3월 10일)까지 지급명세서의 제출을 늦출 필요가 없고, 과세관청의 입장에서도 원천징수세액을 수령한 즉시 소득자에 대한 과세가 누락되었는지 여부를 확인할 필요가 있다.

라) 원천징수세액의 납부기한과 지급조서의 제출기한을 굳이 달리 정할 이유가 없고 오히려 이를 일치시키는 것이 간명하고 합리적이다.

다. 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보면, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 2012. 7.1.경 이 사건 소득금액변동통지서를 받았으므로, 2012. 8. 10.까지 ○○○에 대한 원천징수세액을 납부하고 지급명세서를 제출한 경우 원고에게 경정청구권이 인정된다 할것인데, 을 제4호증, 을 제5 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고가그 납부기한 내에 원천징수세액을 납부하지 아니하여 피고가 2012. 10. 5. 납세고지(징수처분)한 사실, 서울지방국세청장은 2013. 1. 31. 쟁점 처분에 대한 2차 직권 취소에 따라 ○○○에 대한 소득금액을 직권으로 감액경정하였고, 원고는 2013. 5.부터 2013.7.까지 사이에 피고에게 감액경정된 소득금액에 따른 ○○○에 대한 원천징수세액을 비로소 납부한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고에게 국세기본법 제45조의2 제4항에서 정한 통상 또는 후발적 경정청구권이 인정되지 아니하므로 원고의 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없어, 피고가 원고의 경정청구를 거절하는 취지에서 이 사건 거부통지를 하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.

따라서 이 사건 소는 대상적격을 흠결하여 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 항변은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.