가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부(취소)

OO세무서장이 2010.2.13.청구인을 제2차납세의무자로 지정하여2000년제2기 부가가치세 25,203,130원 및 2000사업연도 법인세 2,822,490원을납부통지한 처분,2010.1.18. 청구인에게 2000년 귀속 소득금액 36,177,530원을 변동통지한 처분및2010.5.28. 청구인에게 2000년 귀속 소득금액 55,522,460원을 변동통지한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.5.31. ～ 2006.6.22. 기간 중 주식회사 OOOOOO(O OOOO OOOOOOO이며, 이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이사로 재직하였고, 재직한 기간동안 청구외법인이 발행한 주식 39,800주(발행주식총수의 99.5%)를 보유하였다.

청구외법인은 2000년 제2기 중 OOO OOOO(OO OOOO”이라 한다)로부터 공급가액이 83,363,636원인 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 법인세 신고시 공급가액을 손금에 산입하였다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 2009.12.1. 청구외법인에게 2000년 제2기 부가가치세 24,308,830원 및 2000사업연도 법인세2,722,360원을 경정·고지하고, 청구외법인이 이를 체납하자, 2010.2.13. 청구인을 제2차납세의무자로 지정하면서 2000년 제2기 부가가치세 25,203,130원및 2000사업연도 법인세 2,822,490원을 납부통지하였으며,

쟁점세금계산서상 공급대가(91,699,990원)를 대표이사에게 상여로소득처분한 후 2010.1.18. 청구인에게 36,177,530원을, 나머지 55,522,460원은 전 대표이사에게 각각 소득금액변동통지를 하였다가, 2010.5.28. 위 55,522,460원도 청구인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.3. 이의신청(2010.5.28. 55,522,460원의 소득금액변동통지는 이의신청한 후의 처분임)을 거쳐 2010.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점세금계산서상 대금을 지급한 금융거래증빙을 제시하였고,2000.10.24. ～ 2000.12.29. 기간 중의 매입과 이에 대응하는 매출이 확인되며, OOO의 2000 ～ 2003사업연도까지 4년간의 가공매출비율이 90%로 조사되어 있으나 쟁점세금계산서가 발행된 2000년 제2기의 가공매출비율은 46.5%에 불과하고, OOO을 자료상 혐의로고발한 내용에 쟁점세금계산서는 포함되어 있지 아니한 점 등으로 보아쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청은 청구외법인에게 쟁점세금계산서에 대한 소명을 요구하였으나, 청구외법인은 장부 및 증빙서류의 보관기간이 만료되어 폐기하였다고 주장하였다가 나중에 금융거래증빙 및 거래처원장을 제출하였고,이를 살펴보면, 쟁점세금계산서상 재화의 공급시기는 2000.11.22.임에도 매입대금은 2000.11.21.에 현금으로 결제한 것으로 나타나는 점 등으로 보아 청구인이 제시하고 있는 증빙자료는 신뢰하기 어렵다.

청구인이 매입과 이에 대응하는 매출이 확인된다는 주장은 쟁점세금계산서상 물품의 매출처가 직접 확인된다는 것이 아니라 단순히 선입선출법에 의하는 경우 일정 기간의 매입이 매출로 나타난다는 것이므로 이를 신빙성 있는 것으로 보기는 어렵고, 쟁점세금계산서상의 과세기간에 OOO의 가공매출비율이 46.5%이거나, OOO에 대한 자료상 고발내용에 쟁점세금계산서가 포함되지 아니하였다는 이유가 이 건이 정상거래임을 반증하는 것은 아니므로 쟁점세금계산서가 실제거래에 의한 세금계산서라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하며 공급가액을 손금불산입하여 청구외법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세하고, 공급대가를 대표이사인 청구인에게 상여로 소득처분한 후 소득금액변동통지하며, 위 부가가치세 및 법인세에 대하여 청구인을 제2차납세의무자로 지정하고 체납세액을 납부통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서 생략)

(2) 법인세법

제14조 【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환금, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것으로 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정한다.

제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 국세기본법

제39조【출자자의 제2차 납세의무】① 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2.과점주주 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가.당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자

나. 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자

다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속

② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)을 말한다.

(4) 법인세법 시행령

제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용.

3. 인건비

제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000.5.31. ～ 2006.6.22. 기간 중 청구외법인의 대표이사로 재직하였고, 그 기간동안 청구외법인 주식 39,800주(주식소유비율 99.5%)를 보유하였으며, 청구외법인은 2000년 제2기 중 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 해당 매입세액을 공제하고, 법인세 신고시 해당 공급가액을 손금산입하였으며,

처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 2009.12.1. 청구외법인에게 2000년 제2기 부가가치세 24,308,830원 및 2000사업연도 법인세 2,722,360원을 경정·고지하고, 청구외법인이 이를 체납하자 2010.2.13. 과점주주인 청구인을 제2차납세의무자로 지정하여 체납세액 중 주식소유비율에 해당되는 금액인 2000년 제2기 부가가치세 25,203,130원 및 2000사업연도 법인세 2,822,490원을 납부통지하였으며,

쟁점세금계산서상 공급대가를 대표이사에게 상여로 소득처분하여 2010.1.18. 청구인에게 36,177,530원을, 나머지 55,522,460원은 전 대표이사에게 각각 소득금액변동통지를 하였다가, 2010.5.28. 위 55,522,460원도 쟁점세금계산서상 거래당시 대표이사로 재직한 청구인에게 소득금액변동통지한 사실이 청구인에 대한 제2차납세의무자 지정 및 납부통지서 등의 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 과세근거는 아래 (가) ～ (나)와 같다.

(가) 쟁점세금계산서의 발행자인 OOO에 대한 조사서에는 ‘OOO은 세관을 통한 수입금액은 약 2억여원으로 실제 거래가 일부 있었으나,벤처열풍에 편승하여 코스닥에 상장하기 위하여 매출 부풀리기(뺑뺑이거래)를한 것으로 확인되고, 2000.1.1. ～ 2003.12.31. 기간 중 실물거래없이 공급가액의 합계가 40,234,155천원인 가공매출세금계산서를 발행하며, 41,076,264천원인 가공매입세금계산서를 수취한 혐의로 OOO과 대표이사 OOO를 고발한다’는 조사내용이 기재되어 있다.

(나) 소명안내문에는 처분청이 2008.3.4. 청구인에게 쟁점세금계산서상 거래에 대하여 소명자료의 제출을 요구한 것으로 되어 있다.

(3) 청구인이 제시한 증빙을 보면 아래 (가) ～ (라)와 같다.

(가) 쟁점세금계산서에 대한 대금지급내역은 아래 <표>와 같다.

OOOOOOOOOOOOOOOOO OO OOOOOO

(OO OO)

(나) 청구외법인 명의 예금계좌(OOOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOO)의 거래내역서에는 2000.12.11. 11,700천원, 2000.12.13. 30,000천원이 OOO에게 입금된 것으로 나타나나, 2000.11.30. 50,000천원(1,000천원 26441906)은 수표가 대체된 것으로만 되어 있는 바,

이에 대하여 처분청은 쟁점세금계산서상 공급시기는 2000.11.22.임에도 매입대금이 2000.11.21.에 현금으로 결제된 점으로 보아 청구인이 제시한 증빙서류는 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 청구인은 당초에 2000.11.21. 50,000천원을 수표로 지급한 것으로 소명하였으나 이는 2000.11.30. 지급한 것을 잘못 설명한 것이었다는 주장이다.

(다) 청구외법인의 현금출납장에 2000.12.11. 11,700천원, 2000.12.13. 30,000천원, 2000.11.30. 50,000천원이 외상매입금 현금반제로 기장되어 있고, 계정별원장에는 2000.12.11. 11,700천원, 2000.12.13. 30,000천원, 2000.11.30. 59,404천원을 현금인출한 것으로 기록되어 있다.

(라) 매입·매출내역서에는 청구외법인이 OOO으로부터 2000.11.22. 45,454천원, 2000.12.4. 10,636천원, 2000.12.8. 27,272천원을 매입하여, 주식회사 OOOO에게 2000.12.4. 33,409천원, 2000.12.8. 31,818천원, 2000.12.11. 4,772천원, 2000.12.14. 22,084천원, 2000.12.12. 주식회사 OO에게 9,090천원을 각각 매출한 것으로 표시되어 있다.

(4) 청구인은 2010.9.29. 심판관회의에 참석하여 ‘청구인은 당시 OO컴퓨터의 비서실장이던 ***의 도움으로 OO컴퓨터 계열회사 및 협력업체들과 거래하였고 그 내역이 금융거래자료에 의하여 확인됨에도, 쟁점세금계산서를 수취한 날부터 6년이경과한 후에 소명을 요구하고, 소명서를 제출한 날부터 다시 4년이경과한 뒤에 과세한 이 건 처분은 과세권의 자의적인 행사로 생각된다’는 취지의 의견진술을 하였다.

(5) 살피건대, OOO세무서장이 쟁점세금계산서의 발행자에 대한조사시 쟁점세금계산서와 관련된 내용은 확인하지 아니하였고,자료상혐의자로 고발한 내용에도 쟁점세금계산서가 포함되어 있지 아니하며, 쟁점세금계산서의 발행자는 거래당시 100% 자료상이 아님에도, 쟁점세금계산서를 수취한 날로부터 10년이 경과한 후에 가공세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 무리한 것으로 보이는 점,

처분청은 쟁점세금계산서상 공급시기와 매입대금 지급시기가 맞지아니하다 하여 금융거래증빙을 부인하였으나, 청구인이 동 증빙을 잘못 소명한 사실이 확인(2000.11.21. 50,000천원을 수표로 지급한 것으로 해명한 것은 2000.11.30. 지급한 것을 오해한 때문임)되는 점,

위와 같이청구인은 쟁점세금계산서에 대하여 충분하게 소명한 것으로 보이고,또한, 이 건 처분시에는 부과제척기간 5년이 경과하여 과세할 수 없는 것으로 보이며, 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세하기 위해서는 처분청이 과세요건을 입증하여야 함에도 그러하지 못하고 있는 점 등으로 보아 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 한 이 건 처분은 부당하므로 취소하여야 한다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제13항 제1호

-조세특례제한법 제46조 제12항

유사 판례