청구기간 내에 청구한 경정청구에 대하여 부과제척기간 도과를 이유로 환급을 거부한 처분의 당부 등

OOO세무서장이 2012.8.20. 청구법인에게 한 법인세 2003사업연도분 OOO원, 2004사업연도분 OOO원, 2005사업연도분OOO원, 2006사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분 중 2003사업연도분, 2004사업연도분, 2006사업연도분에 대한 거부처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO건설주식회사(이하 “OOO건설”이라 한다)와 공동으로 OOO 외 3필지 OOO터미널 부지에 OOO아파트(지하 3층, 지상 40층)를 신축‧분양하는 ‘OOO터미널부지합작사업에 관한 약정’을 체결하고, 1997.6.7. 건설 및 분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 관한 사업자등록을 하여 쟁점사업을 진행하였으며, 사업소득금액에 대하여 「소득세법」 제87조에 의하여 쟁점사업장을 1거주자로 보고, 같은 법 시행령 제48조 제11호에 따라 분양대금이 완납된 때(대금청산일)를 수익의 인식시기로 하여 2003년부터 공사완성기준으로 소득금액을 계산하여 청구법인에게 귀속되는 각 사업연도의 소득금액과 세액을 신고‧납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 2003년에 청구법인에 대한 정기세무조사를 실시하여, 쟁점사업은 공동사업이 아닌 청구법인이 OOO을 시공업체로 지정하여 독자적으로 시행한 사업이며, 소득금액은 「소득세법」상의 공사완성기준이 아닌 「법인세법 시행령」 제69조 제2항에 의한 작업진행률기준으로 계산하여야 한다고 보아 1999∼2002사업연도분 법인세를 경정‧고지하였다.

다. 청구법인은 처분청이 작업진행률기준으로 고지한 1999∼2002사업연도분 법인세를 납부한 후 2005.1.28. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원으로부터 공동사업 여부에 대하여는 재조사하고, 나머지 청구에 대하여는 기각한다는 심판결정서(국심 2005서982, 2009.12.4.)를 통지받았으며, 처분청은 재조사를 실시하여 2010.1.6. 청구법인에게 당초 처분과 동일한 내용으로 고지하였다.

라. 청구법인은 1999∼2002사업연도분에 대한 심판청구 후에도 쟁점사업의 소득금액은 공사완성기준이 타당하다고 보아 2003～2006사업연도분 소득금액을 공사완성기준으로 신고‧납부하였고, 처분청 논리인 작업진행률기준으로도 납부하여 동일 소득에 대해 법인세를 이중으로 신고‧납부한 후, 1999∼2002사업연도분에 대한 심판결정이 지체되자 경정청구기간을 경과하여 심판청구가 기각 결정되는 경우 과오납금을 환급받지 못할 것을 우려하여 2003～2006사업연도분 소득금액이 중복계산OOO되어 납부된 세액 중 청구법인이 신고‧납부한 금액에 대한 환급경정청구를 하였고, 동시에 2003사업연도분에는 OOO 사업장의 소득금액 과대계상분OOO과 OOO리스채권 투자수익 중복계산분OOO에 대한 환급이 포함되고, 2004사업연도분에는 투자주식처분손실 과소계상분OOO에 대한 환급이 포함되었던바, 심판결정(국심 2005서982, 2009.12.4.) 전인 2007.3.30. 2003사업연도분 법인세 OOO원, 2008.3.31. 2004사업연도분 법인세 OOO원의 환급 경정청구를 하였고, 심판결정 후인 2010.2.26. 2005사업연도분 법인세 OOO원과 2006사업연도분 법인세 OOO원의 환급 경정청구를 하였다.

마. 처분청은 2010.7.19.～2012.3.2. 청구법인의 경정청구 관련 법인세 부분조사를 실시하여, 2003～2006사업연도분은 부과제척기간이 경과하여 어떠한 처분도 할 수 없고, 특히 2005사업연도분은 경정청구기간을 도과하여 경정청구의 효력이 없다는 이유로 2012.8.20. 청구법인에게 2003～2006사업연도분 법인세 환급 경정청구 거부통지를 하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장.

(1) (2003, 2004, 2006사업연도분에 대한 주위적 청구) 청구법인은 공사완성기준으로 소득금액을 계산하였으나, OOO지방국세청장은 작업진행률기준으로 계산하여 1999∼2002사업연도에 대하여 조세심판청구를 제기하였으며, 심판결정이 지체됨에 따라 2003사업연도분 및 2004사업연도분은 심판결정(2009.12.4.) 전에 경정청구를 하였고, 2005사업연도분 및 2006사업연도분은 심판결정 후에 경정청구를 하였던바, 청구법인이 적법하게 경정청구를 하였음에도 처분청의 부작위로 부과제척기간이 만료되었으므로 부과제척기간 도과를 이유로 환급을 거부하는 것은 납세자의 권리를 부당하게 침해하는 것이다.

환급경정청구에 대하여 과세관청은 법인세 신고금액이 과오납이 아니라면 환급을 거부하면 되는 것이지 당초 과오납이 없다고 보아 경정청구 자체를 무효로 할 것은 아니며, 청구법인의 불복제기는 OOO지방국세청장의 고지분에 대한 것이고, 경정청구는 청구법인의 신고납부분에 대한 것으로서 서로 다르므로 경정청구 자체가 무효가 될 수 없으며, 처분청은 법원 조정판결(2012.1.15.) 이후 처분하지 않았고 실지조사 후에도 지연하다가 환급거부통지를 하지 않았으므로 부작위에 해당하며, 경정청구 후 2개월 내에 경정통지를 받지 못하는 경우 불복제기를 할 수 있으나 2개월 내에 불복을 진행하지 않으면 권리구제기회를 포기한 것으로 간주하는 것은 아니며, 처분청의 실지조사 연기요청 등에 협조하였음에도 스스로 권리를 포기하였다는 주장은 사실과 다르다.

(2) (2003, 2004, 2006사업연도분에 대한 예비적 청구) 청구법인은 2010년 처분청의 실지조사 당시 내용이 복잡하여 청구법인 직원이 이해하지 못한 상황에서 조사공무원이 소송이 확정되면 다시 조사하여 이중납부 세액을 환급해 주겠다고 하여 세무조사 연장(중지)신청을 하였고, 확정판결 후인 2012년 3월경 처분청 담당자가 변경된 후, 최종적으로 2012.3.2.까지로 세무조사기간이 연장된 것으로서, 처분청이 경정청구를 원인무효로 판단했다면 청구법인의 세무조사 연장신청(실제 처분청 요청)을 기각하여야 함에도 이를 받아들였고, 경정청구가 부당하여 환급이 거부될 경우 청구법인의 자진신고가 타당하게 되어 청구법인으로서는 세무조사 연장을 신청할 이유가 없었던바, 처분청이 부과제척기간이 만료되었음에도 현지조사를 실시한 것은 일반적으로 경정청구에 대한 심리가 진행중인 것으로 신뢰하기에 충분하므로 부과제척기간 도과를 이유로 한 환급거부 처분은 청구법인의 신뢰에 배치되고 신의성실의 원칙에 위배되므로 취소하여야 한다.

(3) (2005사업연도분에 대한 청구) 후발적 사유는 경정청구 기한이 도과한 후에도 특정 사유 발생시 불복청구의 기회를 제공하는 납세자 권리보호 규정으로서 경정청구에 대해 처분청과 수시로 상의하면서 지속적으로 세무조사를 진행하는 등 처분청이 검토하던 사안인 경우에는 처분결과에 따라 불복을 제기하면 되는 것이지, 처분청이 검토 중인 사안을 후발적 사유 발생을 이유로 당초 경정청구를 취하하고 다시 경정청구하여야 할 것은 아니며, 청구법인은 경정청구에 대한 적법한 검토가 진행중인 것으로 신뢰하여 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하지 않았을 뿐, 만약 2005사업연도분 경정청구가 유효하지 않아 2010년에 통지를 받았다면 2012년 1월에 다시 청구하였을 것임에도 후발적 사유에 의한 경정청구를 하지 않았다는 이유로 무효로 보는 것은 부당하다

나. 처분청 의견

(1) 경정청구는 신고한 과세표준 및 세액이 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때에 할 수 있는 것으로, 경정청구 중 2004사업연도분 투자이익 손금산입액을 제외한 나머지 분양이익과 투자이익은 OOO지방국세청장이 1999 ～2002사업연도에 대한 세무조사시 분양이익은 작업진행률기준, 투자이익은 약정이자수취일로 계산하여 결과를 통지하였고, 청구법인은 이와 다르게 분양이익을 2003～2006사업연도에 공사완성기준으로 장부에 계상하고, 투자이익은 2003사업연도에 원금회수일 기준으로 계상하고 불복제기를 함에 따라 분양수익은 2012.1.5. 법원 조정판결에 의하여 세무조사결과 통지내용대로, 투자이익은 2009.12.4. 조세심판원 결정에 의하여 세무조사결과 통지내용대로 확정되었으므로, 법원의 조정판결일 또는 조세심판원의 결정일 전까지는 청구법인이 신고한 2003～2006사업연도분 법인세 과세표준과 세액은 정당하다고 간주되며, 「국세기본법」 제45조의2에 의한 경정청구 사유인 초과신고금액 또는 과소신고결손금 등이 없어 경정청구 사유가 발생하지 않은 것이고, 청구법인이 판결일(결정일) 전에 분양이익과 투자이익이 중복 계상되었다고 사유를 추정하여 경정청구한 것은 원인무효에 해당하며, 과세관청은 1999～2002사업연도분에 대한 청구법인의 불복청구가 진행 중인 상태에서 청구법인의 경정청구에 대해 권리의무관계를 변동시키는 새로운 처분을 할 수 없어 부작위는 성립될 수 없으므로, 과세관청의 부작위로 부과제척기간이 경과함에 따라 납세자의 재산권이 침해되었다는 청구법인의 주장은 이유 없다. 또한, 2004사업연도분 경정청구 내용 중 투자이익 손금산입액은 경정청구일부터 2개월 내에 과세관청이 결과를 통지하지 않은 경우 불복제기를 하여 권리구제를 받을 수 있었음에도, 청구법인은 불복제기하지 않고 부과제척기간이 경과되도록 방치함으로써 스스로 권리를 포기하였으므로 과세관청의 부작위로 납세자의 재산권이 침해당하였다는 주장은 이유 없다

(2) 청구법인의 경정청구는 원인무효에 해당하여 효력이 없고, 효력이 없는 경정청구에 근거하여 실시한 세무조사도 효력이 없으며, 청구법인의 경정청구 사유에 “불복에 대한 결정이 늦어지고 기각되면 경정청구기한이 경과되어 부득이 경정청구를 한다.”라고 기재되었던바, 청구법인은 경정청구기한뿐만 아니라 세무조사 착수시 부과제척기간이 경과된 사실과 부과제척기간이 경과되면 경정결정 등을 할 수 없음을 인지하고 있었고, 세무조사 착수 후에도 진행중인 OOO지방국세청장의 세무조사결과에 대한 불복청구에 미칠 영향을 우려하여 2010년 9월부터 계속 세무조사 중지 또는 연장신청을 하였고, 최종 2012.1.20. 연장신청을 하여 조사기간을 2012.3.2.까지 연장시켜 세무조사 결과통지를 지연시켰으며, 과세관청에서는 세무조사 결과에 상관없이 이미 부과제척기간 경과로 아무런 경정결정 등의 조치를 할 수 없음에도 청구법인의 세무조사의 중지 또는 연장신청을 수용한 것에 불과하므로 신의성실의 원칙에 배치된다는 청구주장은 이유 없다

(3) 2005사업연도분 경정청구는 OOO지방국세장청의 1999～2002사업연도에 대한 세무조사결과 소득금액을 작업진행률기준으로 계산한 것에 대해 청구법인이 불복하면서 청구법인이 당초와 같이 공사완성기준으로 계속 장부계상한 것으로서, 청구법인이 불복제기를 함에 따라 청구법인의 장부계상 내용은 불복결정 전까지는 정상적인 것으로 간주되어 경정청구의 사유가 없으므로 경정청구 대상이 없는 원천무효에 해당하는바, 청구법인은 경정청구 사유를 추정하여 경정청구를 한 것으로서 당초부터 경정청구가 없는 것이고, 정상적 경정청구라 하더라도 법정청구기한인 2006.3.31.부터 3년이 되는 2009.3.31.을 경과하여 2010.2.26. 경정청구를 하였고, 후발적 사유로 인한 경정청구는 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 청구하여야 하나, 이 기간에 경정청구한 사실이 없으며, 후발적 사유가 발생하기 전에 후발적 사유를 예측하여 경정청구를 할 수는 없는 것이므로 청구법인의 주장은 이유 없다

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구기간내에 청구한 경정청구에 대하여 부과제척기간 도과를 이유로 환급을 거부한 처분의 당부(2003, 2004, 2006사업연도분 주위적 청구)

② 부과제척기간이 만료되었음에도 세무조사한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(2003, 2004, 2006사업연도분 예비적 청구)

③ 후발적 경정사유(판결) 발생 전에 청구한 경정청구의 효력을 인정할 수 있는지 여부(2005사업연도분)

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 경정청구 및 거부통지 경위는 다음과 같다.

1) 청구법인은 OOO건설과 공동으로 쟁점사업을 진행하고 소득금액을 공사완성기준으로 계산하여 2003사업연도분부터 소득금액을 신고‧납부하였으나, OOO지방국세청장은 쟁점사업의 소득금액을 작업진행률기준으로 계산하여 법인세를 부과하였고, 청구법인은 처분청이 고지한 작업진행률기준의 법인세를 신고‧납부하는 한편, 이미 공사완성기준으로 계산하여 신고한 쟁점사업의 소득금액을 유지하면서 이후 사업연도에 대하여도 공사완성기준으로 소득금액을 신고하여 쟁점사업의 소득금액을 이중으로 계산하여 신고‧납부하였다.

2) 청구법인은 2005.1.28. 쟁점사업의 소득금액과 관련된 1999～2002사업연도분 과세처분에 대한 심판청구를 제기하였으나 심판결정이 지체되었으며, 이에 따라 청구법인은 심판결정이 2003～2006사업연도분 법인세 경정청구기간을 도과하여 기각으로 결정될 경우 이중으로 납부된 세액을 환급받지 못할 것을 우려하여 2003, 2004사업연도분에 대하여는 심판결정(2009.12.4.) 전인 2007.3.31. 및 2008.3.31. 경정청구하였고, 2005, 2006사업연도분에 대하여는 심판결정(2009.12.4.) 후인 2010.3.31. 경정청구하였으나 처분청은 2012.8.20. 부과제척기간 도과를 이유로 2003～2006사업연도분 환급 경정청구를 거부하였다.

3) 「국세기본법」 제45조의2 제1항 제1호 및 제3항에는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있고, 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지하여야 한다고 규정되어 있다.

(나) 처분청은 청구법인의 환급경정청구 거부처분에 대한 사유를 다음과 같이 제시하고 있다.

1) 경정청구는 과세표준을 법정신고기한 내에 제출한 자가 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 할 수 있는바, 경정청구 중 2004사업연도분 투자이익 손금산입액을 제외한 나머지 분양이익과 투자이익은 OOO지방국세청장이 1999 ～2002사업연도 세무조사시 분양이익은 작업진행률기준으로, 투자이익은 약정이자수취일로 계산하여 결과를 통지하였음에도 청구법인은 세무조사결과통지 내용과 다르게 분양이익을 2003～2006사업연도에 공사완성기준으로 장부에 계상하고, 투자이익은 2003사업연도에 원금회수일 기준으로 장부 계상하여 OOO지방국세청장 세무조사결과에 대해 불복 제기함에 따라 분양수익은 2012.1.5. 법원 조정판결(서울고등법원 2011누19477)에 의하여 세무조사결과 통지내용대로 확정되고, 투자이익은 2009.12.4. 조세심판원 결정(국심 2005서982, 2009.12.4.)에 의하여 세무조사결과 통지내용대로 확정되었다.

2) 1999～2002사업연도분 불복제기에 대한 법원 조정(2012.1.5.) 또는 심판결정(2009.12.4.) 전까지는 청구법인이 신고한 2003～2006사업연도분 법인세 과세표준과 세액은 정상적인 것으로 간주되어 「국세기본법」 제45조의2의 경정청구 사유인 초과신고금액 또는 과소신고 결손금 등 경정청구의 사유가 없어 원천무효에 해당됨에도 청구법인은 판결(결정)일보다 훨씬 전에 분양이익과 투자이익이 중복 계상되었다고 사유를 추정하여 경정청구하였으므로 원인무효에 해당한다.

3) 과세관청은 1999～2002사업연도분에 대한 OOO지방국세청장의 세무조사결과에 대하여 청구법인이 제기한 불복청구가 진행 중인 상태에서 청구법인의 경정청구에 대하여 권리의무관계를 변동시키는 새로운 처분을 할 수 없으므로 부작위가 성립될 수 없는바, 따라서 과세관청의 부작위로 부과제척기간이 경과함에 따라 납세자의 재산권이 침해되었다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

4) 또한, 2004사업연도분 경정청구 내용 중 투자이익의 손금산입액은 경정청구기간 내에 적법하게 신청하였으나, 경정청구일부터 2개월 이내에 과세관청이 결과를 통지하지 않은 경우 청구법인은 불복제기를 통하여 권리구제를 받을 수 있었음에도 청구법인은 과세관청의 부작위에 대하여 권리구제를 받기 위한 불복제기를 하지 아니하였고 부과제척기간이 경과할 때까지 이를 방치함으로써 스스로 권리를 포기하였으므로 과세관청의 부작위로 납세자의 재산권이 침해당하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

(다) 청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하며 그 이유를 다음과 같이 제시하고 있다.

1) 청구법인은 쟁점사업에 대해 공사완성기준을 적용하여 공사완공일이 속하는 2003사업연도분부터 소득금액을 계산하였으나, OOO지방국세청장이 2003년도에 정기세무조사를 실시하여 작업진행률기준으로 소득금액을 계산하여 1999년～2002사업연도분 법인세를 부과함에 따라 고지세액을 납부한 후 심판청구를 제기하였고, 심판청구 후에도 공사완성기준으로 결정될 경우에 대비하여 공사완성기준으로도 신고‧납부하여 청구법인은 쟁점사업의 소득금액을 작업진행률기준과 공사완성기준으로 이중으로 계산하여 신고‧납부하였다.

2) 처분청은 조세심판원 결정(2009.12.5.) 전까지는 청구법인이 신고한 2003～2006사업연도분 과세표준 및 신고는 정당한 것으로 간주되어 경정청구사유가 발생하지 않았으므로 경정청구는 원인무효라고 주장하나, 처분청 논리대로라면 청구법인이 신고‧납부한 법인세는 심판결정이 나오기 전까지는 정당한 것이므로 청구법인은 초과납부가 없는 상태에서 경정청구하여 무효라는 것인데, 청구법인은 OOO지방국세청장의 세무조사 결과인 작업진행률기준에 따라 고지된 분양이익 등에 대하여 법인세를 납부하였고, 동시에 공사완성기준에 따라 법인세를 납부하여 이중 납부하였으며, 처분청은 위와 같은 법인세 이중납부 사실을 인지하고 있음이 명확하므로 초과납부가 없어 경정청구가 유효하지 않다는 처분청의 주장은 사실과 다르다.

3) 또한, 처분청은 청구법인의 경정청구가 무효라고 주장하며 그 이유를 청구법인의 불복이 진행되고 있어 청구법인과 처분청의 견해 중 어떤 것이 적법한 것인지 확정되지 않았다는 점을 들고 있으나, 불복이 진행 중인 사실은 심판결정 전에 처분청이 경정청구에 대하여 임의로 처분할 수 없는 사정이 있다는 것을 청구법인이 이해하는 근거가 될 수 있을 뿐이며, 법인세는 납세자의 자진신고로 확정되는 세목이므로 신고한 금액을 과오납으로 판단하는 경우 납세자는 과세관청에 경정청구 등을 할 수 있고, 과세관청은 경정청구에 대하여 과오납이 아닌 경우 환급을 거부하면 될 것이지, 과오납한 금액이 없다고 보아 경정청구 자체를 무효로 하는 것은 부당하다.

4) 청구법인의 불복제기는 OOO지방국세청장의 세무조사 결과에 따른 고지분에 대한 것이고, 경정청구는 청구법인의 신고‧납부분에 대한 것으로서 대상이 같지 아니하므로 불복제기로 인하여 경정청구 자체가 무효가 될 수 없으며, 또한 처분청은 불복청구가 진행 중인 상태에서 경정청구에 대해 권리의무관계의 변동을 가져오는 새로운 처분을 할 수 없으므로 처분청의 부작위는 성립할 수 없다고 하나, 처분청은 법원 조정판결(2012.1.15.) 이후 처분하지 않았고, 실지조사 후에도 처리를 지연하다가 환급거부통지를 하였으므로 이는 처분청의 부작위에 해당한다.

(라) 위 내용을 종합하면, 처분청은 청구법인의 귀책사유로 부과제척기간이 도과하였으므로 부과제척기간 도과를 이유로 한 경정청구 거부처분은 정당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점사업의 소득금액을 공사완성기준과 작업진행률기준으로 이중으로 계산하여 법인세를 납부하였으므로 그 중 하나는 과오납에 해당하는 점, 청구법인이 해당 사업연도의 경정청구를 청구기간 내에 적법하게 청구하였으므로 처분청은 경정청구일부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지할 의무가 있는 점, 처분청은 청구법인이 제기한 불복이 진행 중임을 들어 처분청의 부작위가 존재하지 않는다고 주장하나, 청구법인의 불복청구는 작업진행률기준으로 고지된 1999～2002사업연도분이고, 경정청구는 공사완성기준으로 신고된 2003～2006사업연도분에 대한 것으로 그 대상이 서로 다르므로 불복진행 중인 사실이 경정청구의 처리를 지연시키는 정당한 사유에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 국세 부과제척기간은 조세채권‧채무관계를 조속히 확정시킴으로써 납세자의 조세법률 관계를 안정시키기 위한 제도로서 납세자에게 불리하게 작용할 수 없다 할 것임에도 부과제척기간의 경과를 이유로 한 환급거부 처분은 「국세기본법」제26조의2를 확장 또는 유추해석하는 결과가 되어 부당한 것으로 보이는 점, 청구법인이 세무조사 중지‧연장신청서를 제출한 사실이 있으나 청구법인으로서는 경정청구가 거부되는 경우에도 이중 납부된 사실이 입증되어 환급받을 수 있게 되므로 청구법인의 세무조사 중지‧연장신청을 청구법인이 자진하여 신청하였거나 권리를 포기한 것으로 보기 어려운 점, 2003사업연도분 투자수익 중복계산 등과 2004사업연도분 투자주식처분손실과 관련하여 납세자는 경정청구 후 2개월 내에 경정통지를 받지 못한 경우 불복을 제기할 수 있으나, 납세자가 반드시 불복을 제기하여야 하는 것은 아니므로 청구법인이 경정청구에 대한 불복을 제기하지 아니하였다 하여 권리구제의 기회를 포기하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 2003, 2004, 2006사업연도분에 대한 경정청구에 대하여 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 거부통지를 한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 「국세기본법」 제45조의2 제2항에는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함)에 의하여 다른 것으로 확정되는 등의 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정되어 있고, 같은 조 제3항에는 위 규정에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하도록 규정되어 있다

(나) 처분청은 청구법인의 2005사업연도분 경정청구는 청구기한을 도과한 청구로 보고 있는바, 경정청구 대상이 적정하다 하더라도 2005사업연도분에 대한 경정청구는 신고기한인 2006.3.31.부터 3년이 되는 2009.3.31.까지 청구하여야 함에도 청구법인은 2010.2.26. 청구하여 청구기한을 도과하였고, 후발적 사유로 인한 경정청구는 후발적 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 청구하여야 하나, 청구법인은 이 기간에 경정청구한 사실이 없으며, 후발적 사유가 발생하기 전에 후발적 사유를 예측하여 경정청구를 할 수 없으므로 청구법인의 2005사업연도분 경정청구는 부적법하다고 판단하고 있다.

(다) 청구법인은 사실상 2005사업연도분의 경정청구가 적법한 청구라고 주장하고 있는바, 후발적 사유는 경정청구기한이 도과한 후에도 특정사유 발생시 불복청구의 기회를 제공하는 납세자 권리보호 규정으로서, 경정청구에 대해 처분청과 수시로 상의하면서 세무조사를 진행하는 등 처분청이 검토하던 사안인 경우에는 처분결과에 따라 불복 등을 제기하면 되는 것일 뿐, 처분청이 검토 중인 사안을 후발적 사유가 발생하였다는 이유로 당초의 경정청구를 취하하고 다시 청구하여야 한다는 규정은 아니며, 청구법인은 경정청구에 대한 적법한 검토가 진행 중인 것으로 신뢰하여 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하지 아니하였던바, 만약 2005사업연도분 경정청구가 유효하지 않았다면 2010년에 그 뜻을 통지하여야 했고, 그랬다면 2012년 1월에 다시 청구하였을 것이므로 후발적 사유에 의한 경정청구를 하지 아니하였다는 이유만으로 당초의 경정청구를 무효로 보는 것은 불합리하다고 주장하고 있다.

(라) 위 내용을 종합하면, 청구법인은 후발적 경정청구 사유가 발생하기 전에 청구하였다는 이유로 청구법인의 2005사업연도분 경정청구를 원인무효의 청구로 보는 것은 부당하다는 주장이나, 청구법인이 제기한 2005사업연도분 경정청구는 청구기한인 2009.3.31.을 경과하여 2010.2.26. 청구하였으므로 적법한 청구에 해당하지 아니하고, 후발적 사유로 인한 경정청구는 후발적 사유 발생일부터 2개월 이내에 청구하여야 하나 청구법인은 해당 기간에 경정청구를 한 사실이 없으므로 청구법인의 경정청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-국세기본법 제26조의2

-국세기본법 제45조의2

-국세기본법 제45조의2 제1항 제1호

유사 판례