국심2005서4383 (2007.02.15)

부가

경정

처분청이 쟁점부동산의 분양계약서에 구분표시된 토지 및 건물가액이 불분명한 것으로 보아 분양가액을 기준시가에 의하여 토지가액과 건물가액을 안분계산한 것은 잘못이 없다 할 것임

부가가치세법 제13조【과세표준】 / 부가가치세법시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】

국심2005서0979

국심2010중3545 / 조심2011서0473 / 조심2011서2538

역삼세무서장이 2005.8.19. 청구인에게 한 2001년 제1기～2004년 제1기분 부가가치세 7건 3,464,258,240원(2001년 제1기 363,101,960원, 2001년 제2기 890,005,140원, 2002년 제1기 310,926,280원, 2002년 제2기 638,586,280원, 2003년 제1기 307,503,550원, 2003년 제2기 305,145,580원, 2004년 제1기 648,989,450원)의 부과처분은 토지 및 건물의 공급계약일 현재(2001년) 고시된 건물신축가격기준액 ㎡당 400,000원에 근거하여 건물 기준시가를 계산하여 건물분 과세표준을 재계산하며, 동 과세표준에 근거하여 공통매입세액을 재계산하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

청구인은 서울특별시 영등포구 문래동 3가 54-73 소재 대지 13,567.6㎡ 지상에 업무시설(오피스텔 421세대 및 기타 부대시설 ; 지하 2층, 지상 30층 ; 연면적 68,613.97㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 분양하고, 토지가액과 건물가액을 구분하여 분양계약서를 작성하고 그 건물가액에 대하여 당해 과세기간의 부가가치세신고를 하였다.

처분청은 청구인이 토지가액과 건물가액을 구분하여 신고한 쟁점부동산의 건물가액이 토지가액에 비하여 너무 낮게 산정되어 합리적이지 못한 바, 이는 토지가액과 건물가액이 불분명한 경우에 해당하므로 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서 규정을 적용하여 분양가액을 기준시가에 의해 토지가액과 건물가액으로 안분계산하여 그 건물가액에 대하여, 2005.8.19. 청구인에게 2001년 제1기～2004년 제1기분 부가가치세 7건 3,464,258,240원(2001년 제1기 363,101,960원, 2001년 제2기 890,005,140원, 2002년 제1기 310,926,280원, 2002년 제2기 638,586,280원, 2003년 제1기 307,503,550원, 2003년 제2기 305,145,580원, 2004년 제1기 648,989,450원)을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.11.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 토지와 건물을 함께 공급하면서 토지가액과 건물가액을 공급계약서에 명백히 구분기재하였으며, 특수관계없는 411명의 시장참여자가 자율적으로 결정한 토지가액과 건물가액은 실지거래가액의 요건에 부합하므로 그 건물가액은 실지거래가액으로서 그 구분이 불분명하다고 볼 수 없음에도 처분청이 기준시가에 의해 토지가액과 건물가액을 안분계산하여 동 건물가액에 대하여 이 건 부가가치세를 부과한 것은 부당하므로 취소하여야 한다.

(2) 예비적 청구로, 쟁점부동산과 같이 건물의 건축중에 토지와 건물의 공급계약을 체결하면서 당해 건물을 완성하여 함께 공급하기로 한 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우 토지는 기준가액(공시지가)에 의하고, 건물은 공급계약일(2001년) 현재의 건축법상의 건축허가조건에 따라 건물이 완성된 것으로 보아 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 하는 것임에도 처분청은 쟁점건물이 완공된 연도(2004년)의 기준가액에 근거하여 건물의 기준시가를 계산하였으므로 건물분 과세표준을 재계산하여야 하며, 또한 처분청은 이 건 처분시 건물분 과세표준을 증가시켰음에도 청구인이 신고한 공통매입세액을 재계산하지 아니하였으므로 공통매입세액을 다시 안분계산하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산의 총공급가액 중 건물가액이 차지하는 비율이 31.8%에 불과하여 기준시가로 계산한 건물가액 비율 59.18%에 크게 못 미치며, 건물가액은 실제 공사원가에도 크게 못 미치는 금액으로 합리적인 가격으로 볼 수 없는 바, 이는 ‘토지의 가액과 건물 등의 가액이 불분명한 경우’에 해당하므로 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서 규정에 의거 총공급가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산한 건물가액에 대하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점건물은 2004년에 준공되어 건물면적이 확정되었고 토지와 건물의 실질적인 공급시기도 준공시점이므로 최종 확정된 면적과 가액으로 건물분 과세표준을 안분계산하는 것이 타당한 바, 준공연도인 2004년에 고시된 기준가액을 근거로 건물의 기준시가를 계산하여 건물분 과세표준을 안분계산한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 분양계약서에 토지가액과 건물가액이 구분기재되어 있고 실지거래가액이 확인되나, 토지가액 및 건물가액의 구분이 합리적이지 못하고 불분명한 것으로 보아 건물가액을 실지거래가액에 기준시가비율로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분의 당부

(2) 건물분 부가가치세 과세표준 및 공통매입세액의 안분계산이 적정하게 되었는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 (이하 생략)

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】 ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 건물 등 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 기준시가 라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

(2) 국세청고시 제2001-6호(2001.1.29.) 【토지와 건물등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시】

부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 제3호에서 국세청장이 정하도록 위임한 사항인 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 대한 과세표준 안분계산방법을 다음과 같이 고시합니다.

1. 토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정ㆍ고시하는 아파트 등 공동주택을 공급하는 경우

사업자가 소득세법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의하여 토지와 건물의 가액을 일괄하여 산정ㆍ고시하는 아파트 등 공동주택을 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음과 같이 과세표준을 계산한다.

가. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정

토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 의하여 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다.

나. 과세표준의 안분계산

가목에 의한 건물 등의 기준가액

과세표준 ＝ 실지거래가액 × ───────────────

(부가가치세 불포함) 가목에 의한 토지의 기준가액과

건물 등의 기준가액의 합계액

2. 건물의 건축중에 토지와 건물을 함께 공급하는 경우

사업자가 건물의 건축중에 토지와 건물의 공급계약을 체결하면서 당해 건물을 완성하여 공급하기로 한 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호의 순서에 의하여 과세표준을 계산한다.

가. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정

토지는 1호 가목에 의한 토지의 기준가액에 의하고, 건물 등은 공급계약일 현재에 건축법상의 건축허가조건에 따라 건물이 완성된 것으로 보아 1호 가목에 의한 건물 등의 기준가액에 의한다. 다만, 당초의 건축허가조건이 변경되거나 건축허가조건과 다르게 건물이 완성되는 경우에는 당해 건물 등이 완성된 날(완성된 날이 불분명한 경우에는 준공검사일)에 정산하여야 한다.

나. 과세표준의 안분계산

가목에 의한 건물 등의 기준가액

과세표준 ＝ 실지거래가액 × ────────────────

(부가가치세 불포함) 가목에 의한 토지의 기준가액과

건물 등의 기준가액의 합계액

다. 과세표준의 정산

가목의 단서규정에 의하여 토지와 건물 등의 기준가액을 정산하는 경우에는 나목의 규정에 의한 과세표준을 정산하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000.12.26. 주식회사 방림과 매매계약을 체결하여 서울특별시 영등포구 문래동 3가 54-73 소재 대지 13,567.60㎡를 18,468백만원에 매입하고, 2001.7.25. 건축허가(연면적 68,613.97㎡, 지하2층, 지상30층)를 받고, 2001.6.1. 벽산건설 주식회사와 공사도급계약(도급금액 46,617백만원, 도급금액은 계약이 변경되어 최종 53,375백만원이 되었음)을 체결하여 업무시설(오피스텔, 명칭 : 메가트리움) 421실(38평형 411실, 51평형 5실, 63평형 5실), 판매, 운동 및 문화시설 3실(560평)을 20004.6.29. 준공하여 분양하였는 바, 청구인이 신고한 분양내역은 아래 표와 같다.

(단위 : 백만원)

* 건물가액에는 부가가치세가 포함되지 아니한 금액이며, 38평형은 2001년 제1기～2004년 제1기중 전량 분양되었음

(2) 청구인은 쟁점부동산을 분양하면서 분양계약서에 분양가액을 토지가액과 건물가액으로 구분기재하고 이에 근거하여 건물가액에 대하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 청구인이 분양계약서에 구분기재한 토지가액과 건물가액은 합리적인 가액으로 볼 수 없어 이는 ‘토지의 가액과 건물 등의 가액이 불분명한 경우’에 해당된다고 하여 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서 규정에 의거 총분양가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하여 건물분 과세표준을 재계산하고, 청구인이 신고한 공통매입세액에 대하여는 재계산하지 아니하고 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 조사복명서, 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인되며 그 내역은 아래 표와 같다.

(단위 : 백만원)

(3) 청구인은 쟁점부동산을 분양계약서와 같이 계약면적, 토지 및 건물가액, 건물분 부가가치세 등으로 구분된 분양대금과 그 분양대금의 납부방법을 기재하여 분양하였는 바, 분양수요자들은 대다수가 이를 주거용으로 사용할 것이나 이 건 오피스텔 38평형은 일반아파트 22평형과 유사하여 분양이 어려울 뿐만 아니라 쟁점부동산 소재지도 서울특별시 영등포구 문래동 지역이어서 주 공급대상인 38평형의 분양가액은 낮게 책정하고 기타 평형 및 판매시설의 분양가액은 높게 책정하는 방법으로 사업계획을 수립하여 총공급가액을 확정한 다음 건설원가를 고려하여 이를 평형별로 분배하고 사업에서 발생하는 이익은 토지공급가액에서 실현될 수 있도록 토지 및 건물 분양가액을 책정하였으므로 비록 건물분양가액이 낮고 토지분양가액이 높다고 하여 이를 비합리적이라고 할 수 없으며, 일반분양자 411명이 참여하여 공개적으로, 자율적으로 결정된 오피스텔 분양가액은 실지거래가액이고 그 구분된 가액이 분명함에도 처분청이 이를 부인하는 것은 부당하다고 주장하면서 아래 분양계획표를 제시하고 있다.

(단위 : 천원)

* 판매시설은 건물 1평당 건물가액 및 대지권의 가액임

(4) 처분청이 처분근거의 증빙자료로 제시한 내역을 보면,

(가) 쟁점부동산중 토지원가는 청구인이 주식회사 방림으로부터 취득한 가액인 18,468백만원이며, 청구법인이 오피스텔 분양가 산정 등을 위하여 쟁점부동산중 토지에 대하여 감정평가한 결과 주식회사 글로벌감정평가법인은 2001.6.13. 가격시점으로 토지의 가액을 46,129백만원으로 평가하였으며, 건물공사원가는 벽산건설 주식회사와의 최종 공사도급금액 53,375백만원, 주식회사 승현의 설계비 1,250백만원 및 감리비 550백만원, 주식회사 리스피엔씨의 인테리어비 1,870백만원 합계 57,045백만원인 사실이 계약서, 감정평가서, 공사도급계약서 등에 의하여 확인되는 바,

토지 13,567.60㎡, 건물 68,613.97㎡에 대하여 준공시점 기준시가를 계산하면 토지가액이 21,572,484,000원, 건물가액이 36,449,454,240원인 바, 부가가치세가 포함된 경우로 하여 분양가액중 건물가액에 상당하는 과세표준을 계산하면 34,295,035,797원으로 총분양가액중 그 비율이 59.11%이며, 부가가치세는 5.91%, 토지는 34.98%이며, 처분청은 청구인이 신고한 과세·면세분 합계금액에 건물가액 비율을 곱하여 경정과세표준을 계산하였고, 건물공사원가 57,045백만원과 토지매입가액 18,468백만원을 기준으로 부가가치세를 포함한 경우의 건물가액 비율을 산출하면 70.23%로 계산된다.

(나) 청구인은 분양가액 결정과 관련하여 2001.6.13. 쟁점건물 시공사인 벽산건설 주식회사에 ‘메가트리움 분양시 적용비율 통보(2001-06-06호)’에 의하여 쟁점부동산 분양과 관련하여 토지, 건물, 부가가치세에 대한 비율을 통보하였고, 주식회사 벽산건설은 2002.2.28. ‘분양가 결정 확인요청에 대한 회신(영업02-02-91호)’에 의하여 청구인이 요청한 대로 토지, 건물, 부가가치세에 대한 비율을 적용하였음을 회신하였는 바, 그 내용은 아래 표와 같다.

(다) 세무조사시 청구인이 제출한 쟁점부동산의 토지 및 건물가액 산출근거를 보면, ① 38평형은 일반형으로 부가가치세를 최소화하기 위하여 건물은 평당 직접건축비 2,157천원의 약 92% 수준인 1,985천원, ② 38평 복측형은 평당 직접건축비의 약 278% 수준인 평당 6,000천원, ③ 51평형은 평당 직접건축비의 약 464% 수준인 평당 10,000천원, ④ 63평형은 평당 직접건축비의 약 556% 수준인 평당 12,000천원, ⑤ 판매시설 및 90평형은 건물평당 8,000천원～15,000천원 정도로 책정한 것으로 나타난다.

(라) 처분청이 쟁점부동산중 38평형인 103동 903호[대지 30.65㎡, 건물 155.59㎡(전용 99.53㎡, 주거공용 26.51㎡, 기타공용 29.55㎡)]의 분양계약서, 등기부등본에 근거하여 신고, 기준시가 및 실제원가에 의한 건물가액 및 그 비율을 비교분석한 자료는 아래 표와 같다.

(단위 : 금액/천원, 비율/%)

위 표의 기준시가를 처분청과 청구법인이 계산한 내역을 비교하면 아래 표과 같다.

(단위 : 천원)

주) ㎡당 금액란의 ( ) 금액은 건물신축가격기준액이며, 합계란의 ( )금액은 부가가치세이며, 국세청장이 고시한 2001.1.1. 시행 건물신축가격기준액은 ㎡당 400,000원이며, 2004.1.1. 시행 건물신축가격기준액은 ㎡당 460,000원이다.

(마) 쟁점부동산의 취득원가는 75,513백만원(토지원가 18,468백만원, 건물공사원가 57,045백만원)인데, 쟁점부동산 중 기 분양되어 2004년 제1기까지 신고한 내역과 미분양분은 분양계획표상 분양예정가액을 합산하여 비교분석한 자료는 아래 표와 같다.

(단위 : 백만원)

(5) 위의 내용을 종합하여 보면, 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항의 취지는, 일반적으로 부동산매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보는 것이고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 건물가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지라 할 것인 바,

이 건의 경우 청구인은 쟁점부동산의 분양가액(토지가액 및 건물가액)을 결정하면서 벽산건설 주식회사에 협조요청을 하고 동 법인이 회신한 토지, 건물, 부가가치세 비율에 의하여 건물가액을 결정한 것으로 나타나고, 쟁점부동산에 대해 청구인이 2001년 제1기부터 2004년 제1기까지 신고한 내용을 보면 신고금액 91,535백만원 중 건물가액 35,973백만원(39.30%), 토지가액 55,562백만원(60.70%)으로 3,011백만원의 부가가치세 환급이 발생하였는 바, 건물가액 비율 39.30%는 쟁점건물 준공시의 기준시가에 의하여 안분계산한 건물가액 비율 59.11%에 비하여 크게 차이가 나고, 분양계획표상 토지가액 64,758백만원은 토지 매입가액 18,468백만원을 훨씬 상회하는 반면(원가의 350.6%), 건물분 분양가액은 건물공사원가에도 못미치고 있는 점 등을 볼 때, 비록 쟁점부동산의 분양계약서에 토지가액과 건물가액이 구분되어 표시되어 있다 하더라도 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 구분표시된 토지 및 건물가액이 합당하지 아니한 경우에 해당하여 정상적인 거래에 의한 가액으로 볼 수 없다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 분양계약서에 구분표시된 토지 및 건물가액이 불분명한 것으로 보아 분양가액을 기준시가에 의하여 토지가액과 건물가액을 안분계산한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

(6) 예비적 청구에 대하여 본다.

(가) 처분청이 분양가액을 토지의 기준시가와 건물의 기준시가에 의하여 건물가액과 토지가액을 안분계산하여 건물분 과세표준을 계산한 한 것은 잘못이 없으나, 쟁점부동산과 같이 사업자가 건물의 건축 중에 토지와 건물의 공급계약을 체결하면서 당해 건물을 완성하여 함께 공급하기로 한 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우 토지는 기준가액(공시지가)에 의하고, 건물은 공급계약일 현재의 건축법상의 건축허가조건에 따라 건물이 완성된 것으로 보아 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 하여야 하는 것(국심 2005서979, 2005.12.1. 같은 뜻임)인 바,

위 (4)의 (라)에서 본 바와 같이 토지의 기준시가를 적용한 시기에 대해 이견이 없어 안분계산된 토지가액에 대하여는 다툼이 없으나, 처분청은 쟁점건물이 완공(2004.6.29.)된 연도의 건물신축가격기준액 ㎡당 460,000원에 근거하여 건물의 기준시가를 계산하였으므로 쟁점건물의 공급계약일(2001년 6월) 현재의 건물신축가격기준액 ㎡당 400,000원에 근거하여 건물의 기준시가를 다시 계산하여 건물분 과세표준을 재계산하여야 하며, 또한 처분청은 이 건 처분시 건물분 과세표준을 증가시켰음에도 청구인이 신고한 공통매입세액에 대하여는 재계산하지 아니하였으므로 위와 같이 재계산한 건물분 과세표준에 근거하여 공통매입세액도 다시 안분하여 공제되는 매입세액을 재계산하여야 할 것이다.

(나) 다만, 쟁점부동산의 규모가 크고 분양호수가 많음은 물론 쟁점부동산관 관련한 부가가치세 신고자료 등 건물분 과세표준과 공통매입세액을 계산하는데 필요한 자료가 부족하여 우리원에서 건물분 과세표준과 공통매입세액을 재계산하는데 어려움이 있으므로 이 건 처분시 건물분 과세표준을 재계산하였고 관련자료를 보유한 처분청이 건물분 과세표준과 공통매입세액을 재계산하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 바람직한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 2월 15일

주심국세심판관 임 성 균

배석국세심판관 이 영 우

김 기 섭

김 두 형