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[청구번호]
[청구번호]조심 2017서0975 (2017. 12. 4.)
[세목]
[세목]법인[결정유형]경정
[결정요지]
[결정요지]청구법인이 제출한 증빙자료로는 거래의 정황 또는 일부 거래내역만 알 수 있어서 전체 물량의 흐름 등을 확인하기 어려운 점, 우리 원은 청구법인의 매출처가 제기한 심판청구에서 쟁점매출세금계산서2를 포함하여 20**년 제*기부터 20**년 제*기까지 수수된 세금계산서를 사실과 다른 것으로 판단한 점 등에 비추어 청구법인이 관련된 거래들을 실제로 한 것으로 인정하기는 어렵다 할 것임
[관련법령]
[관련법령] 부가가치세법 제16조 / 부가가치세법 제17조
[주 문]
1. OOO세무서장이 2016.11.15. 청구법인에게 한 부가가치세 합계OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 2012.10.12. 주식회사 OOO로부터 발급받은 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 1매를 정당한것으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고, 2016.11.11. 청구법인에게한 2012년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지(대표자 상여)는 이를 취소하며,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가.청구법인은 1990.3.11. 개업하여 서울특별시OOO(가산동)에서 통합컴퓨터시스템 공급 및 유지보수, 소프트웨어 개발·공급업을 영위하는 법인으로, 아래와 같이 2012년 제1기～2013년 제1기 과세기간 중 매입·매출거래로 세금계산서를 수수하여부가가치세(매출공급가액의 과세표준 산입, 매출세액에 대한 매입세액의공제) 및 법인세(수입금액·매입액의 익금·손금산입)를 신고하였다.
- 아 래 -
(1)2012.2.29. OOO전선 주식회사[2003년 11월 중 OOO)그룹으로부터 분리·출범한 OOO그룹에 속한 법인, 이하 “OOO”이라 한다]에 재화 및 용역{품목명 : OOO 전자티켓발매기및 운영체계[OOO, 무선정보단말기를 의미하고, 이하동일한 품목의 재화 및 용역에 대하여 같다)]}을 공급하는 것으로 하여공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 발급(이하 “쟁점외매출세금계산서”, 관련된 거래를 “쟁점외매출거래”라 한다)하였고, 2012.10.12.주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 재화(전자티켓발매기)를 공급받는 것으로 하여 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계선서1”, 관련된 거래를 “쟁점매입거래1”이라 한다)를 발급받았다.
(2)2012.6.28. 주식회사 OOO라한다)에 재화 및 용역(품목명 : OOO 전자티켓발매기 및 운영체계)을 공급하는 것으로 하여 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(이하“쟁점매출세금계산서1”, 관련된 거래를 “쟁점매출거래1”이라 한다)를 발급하였고, 2013.4.30. OOO로부터 재화(전자티켓발매기)를공급받는 것으로 하여 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계선서2”, 관련된 거래를 “쟁점매입거래2”이라 한다)를 발급받았다.
(3) 2012.6.29. 주식회사 OOO, 이하 OOO”라 한다)에 재화 및 용역(품목명 : OOO 콜택시단말기 및 운영체계)을 공급하는 것으로 하여 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서2”, 관련된 거래를 “쟁점매출거래2”이라 한다)를 발급하였고, 2012.7.2. OOO로부터 재화(콜택시단말기)를 공급받는 것으로하여 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서3”, 관련된 거래를 “쟁점매입거래3”, 쟁점매출세금계산서1·2와 쟁점매입세금계산서1～3을 합하여 “쟁점세금계산서”, 쟁점매출거래1·2와 쟁점매입거래1～3을 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 발급받았다.
나.OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.8.16.～2016.9.14.기간 중 청구법인에 대한 법인세 및 부가가치세 조사(대상기간 : 2012·2013년)를 실시한 결과, 청구법인이 실지거래 없이 쟁점세금계산서를수수한 것으로 보아 과세자료를 통보하자, 처분청은 아래 <표1>과같이 2016.11.15. 청구법인에게 관련된 매출·매입세액을 부인하여부가가치세 합계OOO원), 2016.11.14.관련된 수입금액·매입액을 부인하여 2013사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하는 한편, 2016.11.11. 부가가치세를 포함한 공급대가 OOO원을 대표자 상여(쟁점매입거래1 관련)로 처분하여2012년 귀속 소득금액변동통지를 하였다.
<표1> 이 건 과세처분 등 내역
(단위 : 원)
주1)쟁점매입거래1 관련(쟁점매입거래2·3은 쟁점매출거래1·2가 부인됨에따라 관련 소득금액변동통지 없음)
주2)2012사업년도 : 매입액 감소(손금불산입)보다 매출액 감소(익금불산입)가 커서 법인세의 경정·고지 없음
다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인이 실제로 쟁점거래를 하였음에도 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로 본 이 건 처분은 부당하다.
첫째, 청구법인이 실제로 쟁점거래를 한 사실이 입증된다.
청구법인은 매입한 재화(전자티켓발매기, 콜택시단말기)에 운영시스템을 구축·설치하여 재화와 함께 매출하는 방법으로 쟁점거래를하였는데, 쟁점매입거래1은 2011.7.25.OOO였으나 사실상 원청업체의 역할을 하였음)과 계약을 체결하여2011.12.31.까지 발주처(OOO주식회사)에 전자티켓발매기(운영체계포함) 500대를공급하기로 하였으나, 전자티켓발매기의 물량 부족(매입재화의 단종 등 포함), 운영체계 구축(보유 중인 특허를 상용화)의지연 등으로 2012.2.1. OOO전선과 다시 계약을 체결하여 매출시기를연장(2011.12.31.→2012.12.31.)하면서2012.2.9.OOO으로부터쟁점외매출세금계산서를 발급(선발행)받았고, 이후 전자티켓발매기의공급처로 OOO를 소개받아 2012.12.28. 쟁점외매출거래를 할 수 있었으며[계약물량보다 적은 300대만 공급하였으나 2011.8.22.～2012.7.20. 기간(약 11개월) 중 매입한 물량이 150대(OOO로부터 136대,14개 매입처로부터 14대)인 반면에 2012.10.8.～2012.12.28. 기간(약4개월)중 OOO로부터 매입한 물량도 150대였음], 쟁점매입거래2는 쟁점매입거래1과 동일하게 전자티켓발매기에 운영체계를 구축·설치하는 것으로, OOO전선(원청업체)이 발주처(OOO주식회사)로부터 전자티켓발매기의 공급을 수주받아 OOO게 하청하였고, 2011.8.18.청구법인이 재하청받아 수행하던 중 OOO(메인보드 제조업체)의제품시험이 지연되자 전자티켓발매기의 일괄매입이 필요하여 2012.5.31.쟁점매입거래1의 거래상대방이었던 OOO와 계약을 체결한 후 매입거래를 한 것이며, 쟁점매입거래3은 OOO(원청업체)이 서울특별시택시운송사업조합으로부터 OOO 콜택시단말기의 공급을 수주받아 OOO(시스템설계업체)에게 하청하였고, 2012.5.21. 청구법인이재하청 받아 그간 쟁점매입거래1·2로 거래관계가 있었던 OOO와 매입거래를 한 것으로 볼 때 청구법인은 사실상의 원청업체였던 OOO전선으로부터 하청 또는 재하청을 받아 쟁점거래를 하였다 할 것인데, 중견기업인 OOO전선이 청구법인을 포함한 소규모기업과 공모하여 거짓세금계산서를 수수할 이유가 없다(처분청은 같은 이유로 쟁점외매출거래를 실지거래로 보았다).
또한 청구법인이 쟁점거래를 한 사실은 관련 증빙자료(물품공급계약서, 물품검수증, 매입대금의 송금내역, OOO전선이 쟁점외매출거래와 관련하여 청구법인에게 보낸 물품검수·대금집행을 위한 문서·OOO와의 소송과 관련하여 청구법인에게 보낸 내용증명, 전자티켓발매기 및 운영체계의 사용요구서, 콜택시단말기가 택시에 설치된 사진 등)로 입증되고, 특히 쟁점매입거래1의 대금을 금융기관으로부터 대출받아 OOO에 지급하였고, 동 매입거래와 쟁점외매출거래시 계약이행보증보험에 가입하였다는 사실은 일반적인 가공거래라면 있을 수 없는 것이다.
둘째, 처분청의 의견은 아래와 같은 이유로 부당하다.
처분청은 쟁점거래들의 발주처들(OOO)이 재화(전자티켓발매기, 콜택시단말기) 및 용역(운영체계 구축·설치)을 공급받았다는 사실과 더불어 쟁점매입거래1이 포함된 재화(전자티켓발매기 300대) 및 용역의 공급 중 쟁점매입거래1을 제외한 나머지(OOO로부터 136대·14개 매입처로부터 14대를 매입하여 OOO에 공급한 것, 쟁점외매출거래)를 실지거래로 인정하였음에도 쟁점매입거래1만 가공거래로 보는 것은 관련된 제조시설을 갖추고 있지 아니한 청구법인이 쟁점외매출거래로 공급한 재화(전자티켓발매기 150대)를 직접 제조하였다는 것을 의미하므로 부당하다.
또한처분청은쟁점세금계산서의 경우 매출세금계산서가 매입세금계산서보다 먼저 발급되었고 이는 일반적인 거래흐름(매입거래 후매출거래가 이루어지는 것)과 다르다는 이유로 거짓세금계산서로 보아야한다는 의견이나, 이는 매출처로부터 대금을 받을 때 매출세금계산서를수취(현금주의)하는 전자기기업계의 관행을 배제하는 것이어서 부당하고, 오히려 쟁점세금계산서의 발급시기가 일반적인 거래흐름과 다르다는 것은 쟁점거래가 실지거래임을 뒷받침하는 것이다(만약 쟁점거래가가공거래였다면 실지거래로 가장하기 위하여 세금계산서의 수수를일반적인 거래흐름과 동일하게 일치시켜 두었을 것임).
한편 처분청은 다른 과세관청의 세무조사 결과 OOO·OOO가 자료상으로 확정되었고, 조사청의 현지확인 결과 OOO가 그 사업장 소재지에서 실제 사업을 영위하고 있지 아니한사실을 확인되었으며, 청구법인이 OOO에 지급한 매입대금을 다시 돌려받기 위한 정황이 보인다는 의견이나, 청구법인은 OOO가 법인등기부상 경기도 군포시에서 사업(정보통신기기 판매 및 부동산임대업)을 영위하면서 상당한 자산을 보유하고 있고, OOO가 2012사업연도 재무제표상 상당한 인적·물적시설을 보유하였으며, OOO가 그사무실 및 공장에서 실제 사업을 영위하고 있음을 확인하였으므로 쟁점거래의 매입처들이 자료상이라는 처분청의 의견은 사실과 다르고(청구법인과 OOO는 전자티켓발매기의 운영시스템과 관련한 매뉴얼을 제작하여 사용한 사실이 있음), 거래상대방이 자료상이라도 실제 거래사실이 입증되면 실지거래로 인정한 조세심판원 선결정례가 다수 있으므로 쟁점거래를 무조건 가공거래로 볼 수는 없으며(검찰은조사청이 청구법인을 고발한 사건에 대한 수사결과 쟁점거래로 재화가공급된 사실이 인정된다고 보아 불기소결정을 하였음), 청구법인이 쟁점매입거래대금을 회수한 사실이 없고 이를 뒷받침할 증빙자료도 제시되지 아니하였으므로 처분청의 의견은 사실과 다르다.
나. 처분청 의견
청구법인이 실제로 쟁점거래를 하였다는 사실이 객관적인 증빙자료로 입증되지 아니하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로본 이 건 처분은 정당하다.
첫째, 청구법인은 쟁점거래의 진정성을 입증하지 못하였다.
OOO세무서장는 OOO·OOO에 대한 조사 결과 OOO는 수시로사업장을 이전하였고 현장조사시 사업장에 사업과 관련한 시설·공간이없었으며 부동산임대업(부업)을 하면서 이미 사업자등록한 장소를 중복하여 임대하였는데 임차사업자들 중 대부분이 자료상으로 고발되거나본인의 뺑뺑이거래(일정 규모의 외형과 자본금 요건을 갖추어 금융기관의 대출을 용이하게 받으려는 목적으로 함)와 관련된 업체였고, OOO(대표이사가 OOO의 대표이사와 형제관계)는 일련의 뺑뺑이거래의 중심이 되는 업체로 본점 소재지의 건물 일부를 뺑뺑이거래에 포함된 OOO에 임대(운영여부는 확인되지 아니함)한 것 등을확인하여 두 업체 모두를 자료상으로 고발하면서 조사청에 청구법인이이들과 가공거래를 한 것으로 과세자료를 통보하였는바, 조사청이 쟁점거래를 가공거래로 볼 수밖에 없었으므로 그렇지 아니하다는 것은 청구법인이 입증하였어야 한다.
그러나 청구법인은 쟁점매입거래1의 진정성을 입증할 증빙자료(물품계약상의 발주서 등 또는 물품수령을 입증할 문서 등)를 제시하지 아니하였고,쟁점매입거래2의 경우 관련 계약서, 견적서 등을 제출하였으나 계약의 진정성을 입증할 발주서 등, 물품수령을 입증할 문서 등을 제시하지 아니하였을 뿐만 아니라 거래대금의 일부만 수수한 것과 더불어 쟁점매입세금계산서2와 쟁점매출세금계산서1을 다른 과세기간이 발급하는 방법으로 뺑뺑이거래를 한 것으로 보이고[조사결과 청구법인이OOO원)만 송금받고, OOO(매입처)에게 매입대금 중 일부(OOO원)만 송금한 것으로 확인된 것으로 볼 때 OOO로부터 매출대금과 같은 금액을 돌려받고자하였으나 과세관청이 이를 가공거래로 의심할 것을 우려하여 3% 상당액(이윤)을 제외한 것으로 보임(당초 OOO로부터 매입대금의 전부를 지급할 것을 요청받았으나 매출대금이 일부만 입금되어 일부 이윤을 제외하였다면서 그 일부만 송금한 것으로 확인됨)], 쟁점매입거래3의 경우청구법인이 물품검수증빙(사진 포함)을 제출하였으나 실지거래를 입증하기에 부족하고[기재된 검수일이 매출일로부터 54일이 지났고 발송주체(청구법인이 OOO에게 발송)가 청구법인의 소명(OOO가OOO에게 발송)과 달랐으며 인수자 성명과 일자만 기재되어 있음] 달리실지거래를 입증할 증빙자료가 제시되지 아니한 것으로 볼 때 청구법인이 쟁점거래의 진정성을 입증하지 못하였다 할 것이다.
한편 조사청이 쟁점외매출거래를 실지거래로 본 것은 청구법인이조사 당시 약자의 입장에서 OOO의 요청으로 쟁점외매출세금계산서를 선발행하였다고 소명한 것과 더불어 OOO이 실지거래 없이 매입대금을 지급할 이유가 없었다는 것에 기인한다.
둘째, 설사 쟁점거래를 실지거래라고 가정하더라도 쟁점세금계산서가 일반적인 거래흐름(매입거래 후 매출거래)과 다르게 매출세금계산서가 매입세금계산서보다 먼저 수수된 것으로 볼 때 공급시기가 사실과 다르게 기재된 것으로 보아야 한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점매입·매출세금계산서가 사실과 다른 것(실지거래 없이 수수)인지 여부
나. 관련 법령
제9조[거래 시기] ①재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.
1.재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때
②용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. (후단 생략)
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4.작성 연월일
5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항
제17조[납부세액] ②다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서공제하지 아니한다.
2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 매입세액은 제외한다.
제54조[세금계산서의 발급특례] ② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.
③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.
1.거래 당사자 간의 계약서, 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것
3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이30일 이내일 것
제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제19조[손비의 범위] 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1.판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용
1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)
20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
다. 사실관계 및 판단
(1)처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 쟁점거래·쟁점외매출거래로 쟁점세금계산서·쟁점외매출세금계산서를 수수한 후 2012년제1기～2013년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세(매출공급가액의 과세표준 산입, 매출세액에 대한 매입세액의 공제) 및 법인세(수입금액·매입액의 익금·손금산입)를 신고하였으나, 조사청이 청구법인에 대한 조사 결과 아래 <표2> 기재와 같이 청구법인이 실지거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보아 과세자료를 통보하자, 처분청이 청구법인에게 이 건 과세처분 및 소득금액변동통지를 한 것으로 나타난다.
<표2>쟁점세금계산서·쟁점외매출세금계산서 수수내역(관련된 세금세금계산서 수수내역 포함) 및 조사청의 조사결과
(단위 : 만원)
주1)1(쟁점매입거래1·쟁점외매출거래 등), 2(쟁점매입거래2·쟁점매출거래1), 3(쟁점매입거래3·쟁점매출거래2)
주2)조사청이 가공거래로 본 것
주3)쟁점매입거래1(전자티켓발매기 150대분)과 더불어 매출처(OOO전선)에 공급된 나머지 물량(150대분)의 매입처
(2) 청구법인의 당초 부가가치세 신고내역 및 이 건 과세처분 후 경정한 내역(가공거래분 제외)을 정리하면 아래 <표3> 기재와 같다.
<표3> 청구법인의 부가가치세 신고 및 경정 내역
(단위 : 백만원, %)
(3) 청구법인이 제출한 증빙자료는 아래와 같다.
(가)청구법인이 쟁점외매출거래와 관련하여 2011.7.25. OOO전선과 체결한 물품공급 및 설치 계약서(계약명 : OOO티켓발매시스템구축사업)를 보면 하도급계약조건에 따라 OOO전선(전자티켓발매기의 조립생산에 대한 책임 부담)이 OOO(원청업체)로부터 받은 월별 발주물량을 청구법인에게 의뢰하면, 청구법인(전자티켓발매기의 공급·설치에 대한 책임을 부담하고 계약금액의 10% 상당액을 ‘계약’, 3% 상당액을 ‘하자에 대한 책임부담’의 이행보증을 위한 보험금으로 하여 보증보험 가입)이 2011.7.25.～2011.12.31.기간 중 OOO원(공급가액) 상당의 물품[컴퓨터, 주변기기(카드리더기 등 13개 항목의부품), 시스템부(스피커 등 10개 항목의 부품) 등으로 구성된 전자티켓발매기(단가 OOO원) 500대]을 지정된 장소(OOO주식회사의 사업장으로 보임)에 납품한 다음, OOO이 물품의 수량, 작동 등의 이상유무 등을 확인하여 청구법인에게 검수확인서를 발급하고(이로써 청구법인의 계약상 의무가 완료되나 최종 검수완료일부터 12개월간 하자에 대한 책임부담) 청구법인으로부터 세금계산계산서를 발급받으며, 청구법인에게 발주처(OOO주식회사)가 정한 대금결제조건에 따라 물품대금(청구법인으로부터 청구받은 월별 기성분)을 지급하는 것으로 나타나고, 2012.2.1. 청구법인이 OOO과 체결한 물품공급 및 설치 계약서(위 2011.7.25.자 계약서를 수정한 것으로 보이는 것)를 보면 계약기간(2012.2.1.～2012.12.31.)을 제외한 나머지 항목은 당초 계약서와 같거나 유사한 것으로 나타난다.
또한 청구법인이 쟁점매입거래1과 관련하여 2012.10.8. OOO와체결된 것의 물품공급계약서(계약명 : 전자티켓발매시스템 구축사업)를보면 계약금액(OOO, 쟁점매입세금계산서1에 기재된 공급가액과같음), 계약기간(2012.10.8.～2012.12.31.), 전자티켓발매기의 단가(OOO원) 등을 제외한 나머지 항목은 2011.7.25. 체결된 계약서(청구법인과 OOO 간 체결된 것)와 같거나 유사한 것으로 나타난다.
(나)청구법인이쟁점매출거래1과 관련하여 2011.8.18. OOO와체결한 물품공급 및 설치 계약서(계약명 : 전자티켓발매시스템 구축사업물품공급)를 보면 계약금액(공급가액 OOO원), 계약기간(2011.8.18.～2011.12.31.) 등을 제외한 나머지 항목은 2011.7.25. 체결된 계약서(청구법인과 OOO 간 체결된 것)와 같거나 유사한 것으로 나타난다.
(다)청구법인이 쟁점매출거래2와 관련하여 2012.5.21.(계약서 말미에기재된 일자는 2012.6.1.) OOO와 체결한 물품구매계약서를 보면OOO가 납품기일·수량을 정하여 청구법인(계약금액의 10% 상당액을 ‘계약’에 대한 이행보증을 위한 보험금으로 하여 보증보험 가입)에게 발주하면, 청구법인이 2012.5.31.～2013.12.31. 기간 중 OOO원(쟁점매출세금계산서2에 기재된 공급가액과 같음) 상당의 물품(디지털 운행기록계 2만개, 무선콜용 단말기 4만개)을 지정된 장소(OOO가지정하는 곳)로 납품한 다음, OOO가 물품의 수량, 규격 등의 이상유무를 확인(검수)하여 청구법인에게 물품수량증명서를 발급한 후 청구법인으로부터 세금계산서를 발급받으면 그로부터 20일 이내에 청구법인에게 현금으로 물품대금을 지급[OOO가 발주처(OOO으로 보임)로부터 선급금을 수령하면 그로부터 15일 이내에청구법인에게 동일한 비율의 선급금을 지급]하는 것으로 나타나고,청구법인이 2012.5.31. OOO와 체결한 물품구매계약서를 보면 계약금액(OOO원, 쟁점매입세금계산서3에 기재된 공급가액거과 같음)을 제외한 나머지 항목은 2012.5.21. 체결된 계약서(청구법인과 OOO 간 체결된 것)와 같거나 유사한 것으로 나타난다.
(라)청구법인이 쟁점매입거래1·2의 거래품목인 전자티켓발매기의 제원과 관련하여 제출한 ‘무인티켓발급기(국내용) 사용요구서’ 제하의 문서(일부의 사본으로 작성일자·작성주체 미기재)를 보면 전자티켓발매기가 17개의 부품으로 구성(각 부품별 제조사, 주요 사양 등 포함)되어 있고, 청구법인이 발주처(OOO주식회사)에게 납품한 내역을 정리하였다는 표(작성일자·작성주체 미기재)를 보면 2009년～2012년 기간 중 전국 53개 지역·54개 장소에 397개의 물품이 설치되였으며, 청구법인이 쟁점외매출거래로 OOO전선에게 공급한 물품(전자티켓발매기) 300대 중 쟁점매입거래1로 매입한 것(150대)외에 나머지 물량(150대)과 관련하여 제출한 증빙자료[(물품구매)견적서, (전자)거래명세서(표), 납품명세서, 제품인수증 등]를 보면 청구법인이 15개 매입처[OOO,OOO 등]로부터 전자티켓발매기 150대를 매입(모든 부품을 갖춘완성품 또는 일부 부품)하였으며, 청구법인이 2012.8.7. OOO와 더불어 작성하였다며 제출한 ‘OOO 프로그램 테스트 및 장애처리 절차’ 제하의 문서를 보면 각종 장애조치의 방법이 그림과함께 기재되어 있고, 청구법인이 납품시기의 연장(2011.12.31.→2012.12.31.)로 사유 중 하나(전자티켓발매기에 원격제어기술을 접목시키는 것의 지연)와 관련하여 관련된 기술을 보유하고 있었다고 하면서 제시한 특허증·프로그램등록증(각 2015.7.7. 특허청장 및 2012.11.2. 한국저작권위원회장이 발급한 것)을 보면 청구법인이 유무선 센서네트워크기반 생산자원 자율 관리시스템의 출원(2013.4.5.)·등록(2015.7.7.) 등을하였고, ‘특허 및 지식재산권 보유 실적’ 제하의 문서(청구법인이 작성한것으로 보이는 것)·관련된 증빙자료(특허증 사본 등)를 보면 청구법인이 9개의 특허(생산정보화시스템 등), 5개의 프로그램(원격제어기술과 관련된 것으로 보이는 것 아이디시유-아이오티 등), 18건의 인증(생산정보화 통합소프트웨어 등), 7개의 상표권리 등을 보유하였으며, 이행(계약)보증보험증권(OOO 주식회사가 발급한 것)을 보면청구법인이 각 쟁점매입거래1 및 쟁점외매출거래의 계약을 하면서 계약금액의 10% 상당액의 보증금을 OOO 주식회사에 납입한 것으로 나타난다.
(마)청구법인이 쟁점매출거래2와 관련하여 제출한 물품검수증(청구법인이 요청하여 OOO가 확인한 것으로 보이는 것)을 보면청구법인이 2012.8.21. 공급한 물품(디지털 운행기록계 2만개, 무선콜용단말기 4만개)을 OOO가 수령하였고, 공급한 재화(콜택시단말기)를촬영하였다는 사진 27매(촬영일자 미기재)를 보면 매입처(OOO)별 구성품, 완성품(택시에 장착된 것), 납품서 사본 등이 나타난다.
(바) 청구법인이 쟁점매입거래1～3의 대금지급과 관련하여 제출한 증빙자료(2012.1.1.～2014.12.31. 기간의 외상매입금 계정내역, 금융거래확인증, 청구법인 명의의 예금계좌거래내역 등]을 보면, 청구법인이2012.8.31.·2012.9.7. 쟁점매입거래3의 대금(2012.7.2. 발생한 외상매입금으로 OOO원)을 각 현금으로 지급하였고, 2012.11.6. 쟁점매입거래1의 대금(2012.10.12. 발생한 외상매입금으로 OOO원)을 어음으로 지급하였으며, 2013.10.22. 쟁점매입거래2의 대금(2013.4.30. 발생한 외상매입금으로 OOO원)을 계좌이체로 지급한 것으로 나타난다.
(사)청구법인이 전자티켓발매기의 공급(쟁점매입거래1·쟁점외매출거래)과 관련하여 OOO(매출처, 원청업체)과 사실관계에 대한 문서등을 수수하였다고 주장하면서 제출한 증빙자료를 보면, 청구법인이2012.2.23. OOO으로부터 받은 문서(OOO자동티켓발매기 구축사업물품 구매계약 관련 일정지연 협조요청 건’ 제하의 것)에는OOO이 현재 프로그램개선·정상화의 완료(2012.2.10.) 후 발주처(OOO주식회사로 보임)의샘플 2대에 대한 최종납품검수가 진행 중으로,2012.2.27. 발주처로부터 물품납품에 대한 최종 승인을 받은 후 2012.3.20. 1차 생산분 150대에 대한 자금집행을 할 예정이므로 발주물량의 원활한 공급을 요청한것으로 나타나고, 청구법인과OOO이2015.10.22. 청구법인에 보낸것에 대해 청구법인이 2015.11.5.회신한 것)에는 OOO이 청구법인에게 전자티켓발매기의 공급과 관련한 계약[(가) 기재]상의 대금을 지급[300대분 OOO원(쟁점외매출세금계산서 및 청구법인이 2011.8.17. OOO에 발급한 매출세금계산서에 기재된 공급대가의 합계와 같음)을 3회(2012.3.16.OOO원)에 걸쳐 지급]하였음에도 물품대금 지급에 관한 민사소송에서 OOO(원청업체, 피고)가 발주처에 납품된 전자티켓발매기로300대가 아니라 96대뿐인 것으로 주장(OOO이 발주처로부터 확인한 결과 90대)하고 있다는 이유로 사실관계의 확인 및 부족수량에 대한대금반환을요청하였으며, 청구법인이 OOO에게 계약에 따라 전자티켓발매기300대를 납품[1차분 150대(OOO의 14개 하도급업체로부터 매입한 것)의 경우 OOO가 협의·지정한 장소로, 2차분 150대의 경우 OOO의 협의 후 발주·대금지급 완료]하였다는 이유로 매매대금의 반환을 거부한 것으로 나타난다.
(아)검찰의 청구법인에 대한 불기소이유통지서·결정서(시행일이 2017.5.2.인 것)를 보면, 인정사실 부분에는 쟁점거래의 흐름[쟁점매입거래1·쟁점외매출거래(OOO→청구법인→OOO),쟁점매입거래2·쟁점매출거래1(OOO→청구법인→OOO),쟁점매입거래3·쟁점매출거래2(OOO→청구법인→OOO→OOO)],OOO 및 퇴자사들을 상대로 각각 제기한 민사소송의 판결문 내용(OOO 주식회사에 일정 수량의 전자티켓발매기가 납품되었고 OOO으로부터 납품받은 콜택시단말기 2,000대는 OOO부터 납품되었다는 것) 등이나타나고, 의견 부분에는 가공거래로 매입·매출을 부풀린 혐의가 인정되기 위해서는 납품하거나 납품받은 업체가 없다는 사실이 입증되어야하나, 이 건 거래들을 주도한 OOO(중간업체 또는 최종업체)이한거래를 진성거래로 인정하여 고발하지 아니하였고, 관련된 민사소송의판결문에 비추어 쟁점거래를 가공거래로 단정하기 어려우며, 조사청이 제출한 자료만으로는 가공거래의 혐의를 인정하기 불충분하다는 이유 등으로 청구법인에 대하여 무혐의처분을 한 것으로 나타난다.
(자) 청구법인은 OOO·OOO가 자료상이 아니라고 하면서 동 법인들의 등기부등본, 제무제표 등을 제출하였다.
(3)우리 원은 OOO가 제기한 심판청구에 대한 결정시 OOO가 2010년 제2기부터 2013년 제2기 중 수수한 세금계산서[매출OOO원(쟁점매출세금계산서2의 공급가액 OOO원 포함)]를 사실과 다른 것으로 보았다.
(4)양측은 2017.6.28. 개최된 조세심판관회의에 각 출석하여 당초청구이유 및 이에 대한 의견과 더불어, 청구법인은 쟁점세금계산서와쟁점외세금계산서가 일반적인 거래흐름과 다르게 수수(매출세금계산서가매입세금계산서보다 먼저 발급)된 이유는 규모가 작은 중소기업이 향후 동일하게 할 수 없는 대규모 거래를 하면서 매출대금을 받지 못한 채매입대금만 부담하는 위험을 회피하기 위하여 매출처로부터 매출계약의이행담보목적으로 매출세금계산서를 발급한 것이라고 주장하였고, 처분청은 자료상이 포함된 일련의 거래에 비교적 성실한 업체인 청구법인이 형식적으로 포함된 것으로 보아야 하다는 의견을 제시하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저 쟁점매입세금계산서1에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 매출처인 OOO가 사업과 관련된 시설·공간이 없이 임대건물의 임차사업자들 중 대부분과 ‘뺑뺑이거래’를 하였다는 이유 등으로 OOO세무서장으로부터 자료상으로 확정되어 고발되었고, 일반적인 거래흐름(매입거래 후 매출거래)과 다르게 매출세금계산서가 매입세금계산서보다 먼저 발급되었으며(공급시기가 다르게 기재), 쟁점매입거래1이 실지거래라는 사실이 객관적인 증빙자료로 입증되지 아니한다는 등의이유로 쟁점매입세금계산서1을 사실과 다른 것으로 보아야 한다는 의견이나, 심리자료 중 청구법인과 OOO 간 체결된 물품공급 및 설치계약서 2부(작성일이 각각 2011.7.15.·2012.2.1.인 것)에 의하면 당초계약과 다르게 계약물량(500대→300대) 및 납품기한(2011.12.31.→2012.12.31.)이 각각 변경되었고, 청구법인과 OOO 간 체결된 물품계약서에 의하면 계약일이 2012.10.8.이었으며, 매입대금의 지급증빙(금융거래, 외상매입금계정내역 등)에 의하면쟁점매입거래1～3의 대금(외상매입금)이 쟁점매입세금계산서1～3의 작성일(각 2012.10.12. 2013.4.30. 2012.7.2.)에 발생하여 그 이후(각 2012.11.6., 2013.10.22, 2012.8.31.·2012.9.7.)에 지급되었고, 청구법인과 OOO 간에 수수된 내용증명(각2015.10.22.·2015.11.5. 작성된 것)에 의하면 청구법인이 OOO으로부터 전자티켓발매기(발주처인OOO에게 공급되는것) 300대분의 매출대금으로2012.3.16. OOO원(청구법인이 2011.8.7. 발급한 매출세금계산서에 기재된 공급대가와 같음), 2012.4.6.·2012.6.14. 합계 OOO(청구법인이 2012.2.29. 발급한 쟁점외매출세금계산서에 기재된 공급대가와 같음)을 지급받은 것으로 나타나며, 처분청은 청구법인의 소명(선발행되었다는 것)과 더불어 OOO이 매입대금을 지급할 이유가 없다 하여 쟁점외매출세금계산서를 정당한 것으로 보았는바,
처분청이 청구법인의 OOO에 대한 전자티켓발매기 공급거래(300대) 중 OOO가 아닌 다른 업체들(15개)로부터 150대를 매입하여 매출한 것(매입·매출거래)과 나머지 150대의 쟁점외매출거래를 실지거래로 본 이상 나머지 150대의 쟁점매입거래1을 가공거래로 볼경우 청구법인이 매입 없이 매출(쟁점외매출세금계산서와 관련된 것)을 하였다 할 것이어서 일반적인 상거래에 부합하지 아니하는 점, 청구법인이 매입물량을 충분히 확보하지 못하여 OOO(매출처)과의 계약상 납품기한을 연장하다가 대규모거래에 따른 손해부담을 완화할목적으로 매출계약의 이행을 담보하기 위하여 쟁점외매출세금계산서를 선발행한 것으로 보이는 반면(처분청도 청구법인이 한 같은 취지의소명에 따라 동 세금계산서를 정당한 것으로 보았음), 청구법인의 매입물량 확보과정(2012.10.8. OOO와의 매입계약 체결 전에 15개 군소매입처로부터 150대를 매입하고, 계약체결 후 OOO로부터 나머지 150대 매입),매입대금 지급내역(2012.10.12. 쟁점매입세금계산서1을 발급받은 후2012.11.6. 외상매입금 지급) 등으로 보아 쟁점매입세금계산서1이 공급시기와 다르게 발급된 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 동 세금계산서가 사실과 다른 것에 해당하다고 하기는 어렵다 할 것이므로 쟁점매입세금계산서1을 사실과 다른 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세(매입세액 불공제) 및 법인세(매입액 손금불산입)를 각 부과하고소득금액변동통지(대표자 상여)를 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점세금계산서 중 나머지(쟁점매입세금계산서2·3, 쟁점매출세금계산서1·2)에 대하여 살피건대, 청구법인은 견적서 등증빙자료를 통하여 실제 관련된 거래들을 한 사실이 입증되고, 처분청이 실지거래를 한 것으로 인정한 OOO이 소개한 업체들(OOO,OOO)과 거래하였던 점 등으로 볼 때 위 세금계산서들을 정당한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임이 있는 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가아니라고 주장하면서 과세처분의 위법성을 다투는 납세의무자가 입증을 하여야 할 것인바,
청구법인이 제출한 증빙자료(계약서, 발주서, 매입대금 지급 관련 금융거래증빙, 일부 거래에 대한 물품검수증명서 등)로는 거래의 정황 또는 일부 거래내역만 알 수 있어서 전체 물량의 흐름 등을 확인하기 어려운 점(재화의 입·출고, 운송 등의 내역에 관한 증빙은 미제출),우리 원은 청구법인의 매출처인 OOO가 제기한 심판청구에서쟁점매출세금계산서2를 포함하여 2010년 제2기부터 2013년 제2기까지 수수된 세금계산서를 사실과 다른 것으로 판단한 점 등에 비추어 청구법인이 관련된 거래들을 실제로 한 것으로 인정하기는 어렵다 할 것이므로 쟁점매입세금계산서2·3 및 쟁점매출세금계산서1·2를 사실과다른 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세(과세표준 불산입, 매입세액 불공제) 및 법인세(매출액 익금불산입, 매입액 손금불산입)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.