2004-0176 (2004.06.28)

등록

기각

법인 설립이후 5년 이내 취득하고 같은 해에 소유권이전등기를 마친 이상 등록세 중과세대상임

지방세법 제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과 】 / 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】 / 지방세법 시행령 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)이 2001.3.10. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 2,459.7㎡와 지상건축물 32,622.77㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 2001.3.30. 소유권이전등기를 경료한데 대하여 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수한 재산에 관한 등기로 보아 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 감면하고, 감면받은 등록세에 대한 농어촌특별세를 2001.3.30. 납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 이 사건 부동산이 법인 설립후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산으로서 등록세 중과세대상에 해당되므로 중과세율에 의한 등록세 감면세액을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세를 납부하였어야 함에도 일반세율에 의한 등록세 감면세액을 적용하여 산출한 세액을 납부한 것은 잘못이라고 보아, 그 취득가액(67,000,000,000원)에 구 지방세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 감면세액을 과세표준으로 구 농어촌특별세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 농어촌특별세 884,400,000원(가산세 포함)을 2003.8.1. 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)을 흡수합병함으로써 납세의무를 승계한 청구인에게 2004.1.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)가 2000.11.21. 금융감독위원회의 계약이전결정에 따라 ㅇㅇㅇ(주)의 영업과 관련된 자산·부채 등을 양수하면서 2001.3.10. 이 사건 부동산을 취득한 후 2001.3.30. 소유권이전등기를 경료하였는 바, 이는 ㅇㅇㅇ(주)가 본점으로 사용하던 부동산을 그대로 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)의 본점으로 유지시킨 것에 불과하고, 새로운 인구집중 효과를 유발한 것도 없으므로, 대도시내로의 인구유입에 따른 인구집중을 막기 위한 입법취지에 비추어 볼 때 이 사건 부동산은 등록세 중과대상에 해당되지 아니하므로 이에 기초한 이 사건 농어촌특별세는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시 내의 신설법인이 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수받은 부동산이 등록세 중과세대상에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있으며, 구 농어촌특별세법 제3조 본문 및 제1호에서 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세 법인세 관세 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은 법 제5조제1항 본문 및 제1호에서 농어촌특별세는 조세특례제한법 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세 법인세 관세 취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다)에 세율(100분의 20)을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제1항 본문 및 제12호에서 금융산업의구조개선에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 금융기관, 한국자산관리공사, 예금보험공사 또는 정리금융기관이 적기시정조치(영업의 양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수한 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제15조에서 법인이 합병한 때에 합병후 존속하는 법인과 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부 또는 납입할 의무를 진다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 2000.11.3. 설립된 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)(설립 당시 ㅇㅇㅇ(주))는 2000.11.21. 금융감독위원회로부터 부실금융기관으로 지정된 4개 종합금융사(ㅇㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ)의 자산·부채 등을 인수하도록 계약이전결정을 통보받아 4개 종합금융사의 자산·부채를 인수하면서 2001.3.10. ㅇㅇㅇ(주)가 본점으로 사용하고 있던 이 사건 부동산을 인수한 후 2001.3.30. 소유권이전등기를 경료하였고, 법인 명칭을 2001.8.31. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)로 변경하였다가 2003.8.1. 청구인에게 흡수합병된 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 ㅇㅇㅇ(주)가 본점으로 사용하던 이 사건 부동산을 인수하여 본점으로 사용하고 있어 새로운 인구집중 효과를 유발한 것이 없으므로, 대도시내로의 인구유입에 따른 인구집중을 막기 위한 입법취지에 비추어 볼 때 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한다고 주장하고 있으나, 구 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시 내에서 신설된 법인이 그 설립이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있으므로, 대도시 내에서 법인 설립이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기는 등록세 중과세 대상에 해당된다 하겠고, 중과세 대상이 되는지에 관한 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없다 할 것(같은 취지의 대법원 판결 98두1673, 1999.3.26)인 바, 이 사건의 경우 ㅇㅇㅇ(주)가 본점으로 사용하던 부동산을 인수하여 그대로 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)가 본점으로 사용하였다 할지라도 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)의 법인 설립이후 5년 이내인 2001.3.10.에 취득하고 같은 해 3.30.에 소유권이전등기를 마친 이상 등록세 중과세대상이라 하겠으므로, 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)를 흡수합병함으로써 납세의무를 승계한 청구인에게 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)가 과소 신고납부한 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 6. 28.

행 정 자 치 부 장 관