조심 2017서2194 (2017.08.23)

양도

취소

쟁점신축주택의 양도가 「조세특례제한법」제99조의3 적용대상이고 쟁점신축주택이 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택에 해당하지 않는 점, 쟁점규정에 규정된 계산식에 따라 감면대상양도소득금액을 계산하면 청구주장과 같이 쟁점신축주택 양도소득금액 전액이 감면대상이 되는 점, 쟁점규정이 2017.2.7. 개정되었으나 그 적용시기가 2017.2.7. 이후 양도하는 분부터인 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못임

「조세특례제한법」제99조의3

조심2017서5177 / 조심2018광0467 / 조심2018서0849 / 조심2018서0892/조심2017서5237 / 조심2019중0733

OOO세무서장이 2017.3.17. 청구인에게 한 2016년귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.10.11.과 2001.12.18. OOO 주택과 토지(합하여 이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 2004.12.24.「도시 및 주거환경정비법」에 따라 종전주택을 재개발․재건축하여 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2016.10.19. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고 2016.12.31. 양도소득금액 OOO원, 감면대상소득금액 OOO원, 납부할세액 OOO원으로 하여 2016년귀속 양도소득세 예정신고․납부를 하였다.

나. 청구인은 2017.1.24. 쟁점신축주택 양도소득금액이 모두 감면대상소득금액에 해당하므로 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 2017.3.17. 청구인의 당초 양도소득세 예정신고가 타당하다고 하여 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점신축주택의 양도가 「조세특례제한법」제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 적용대상인 점, 쟁점신축주택이 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우가 아닌 점, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 규정된 계산식에 따라 감면대상양도소득금액을 계산하면 쟁점신축주택 양도소득금액(OOO원) 전액이 감면대상인 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고 있는 점, 개정세법 해설서에 의하면 쟁점규정 개정이유가 신축주택 취득시 양도소득세 감면대상금액 계산방법 명확화인 점 등에 비추어 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제98조의3[미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다).(단서 생략)

2. (생 략)

②․③ (생 략)

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

제98조의3[미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례] ① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.(단서 생략)

1. 「주택법」제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

2. 「주택법」제16조에 따른 사업계획승인( 「건축법」제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 「주택법」제38조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다)

3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택을 포함한다)

4.「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조 제1항 제1호 가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택

5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택

6. 「법인세법 시행령」제92조의2 제2항 제1호의5에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택

7. 주택 외의 시설과 주택을 동일건축물로 건설·공급하는 건축주가 2004년 3월 30일 전에 「건축법」제11조에 따라 건축허가를 신청하여 건설한 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 건축주가 공급하는 주택

8.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 「법인세법 시행령」제92조의2 제2항 제1호의7에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택

제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. (생 략)

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.