1. 피고가 2012. 3. 22. 원고에게 한 2006 사업연도 귀속 법인세 2,230,622,000원의 부과처분을...

1. 처분의 경위

가. 원고 및 해외 자회사들 원고는 전자기계기구의 제작 및 판매업, 통신기계기구의 제작 및 판매업 등의 사업을 영위하는 회사인데, 별지 <표> ‘피고의 보증수수료 계산 내역’ 기재와 같이 해외 자회사들을 설립하여 사업을 영위하였고, 이들 해외 자회사는 원고와의 관계에서 구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국제조세법’이라 한다) 제2조 제1항 제9호가 정한 국외특수관계자에 해당한다.

나. 지급보증 및 지급보증수수료 수취 원고는 2006 사업연도에 별지 <표> 기재 해외 자회사들을 위하여 금융기관에 지급보증을 하고 위 자회사들로부터 지급보증금액의 0.3%를 지급보증수수료로 수취하여 총 2,852,227,125원을 수취하였다.

다. 세무조정 및 법인세 부과처분 국세청은 2012년경 ‘해외자회사 지급보증수수료 정상가격 결정모형’(이하 ‘국세청 모형’이라 한다)을 개발하였고, 피고는 ‘원고가 적용한 수수료율’이 ‘국세청 모형에 따라 산출되는 지급보증수수료율’에 미치지 못한다는 이유로, ‘국세청 모형에 따라 산출한 지급보증수수료율을 적용한 지급보증수수료’인 19,778,242,828원에서 ‘원고가 수취한 지급보증수수료’를 뺀 차액을 소득금액 조정액으로 산정하여 그 소득금액 조정액을 2006 사업연도의 익금으로 가산하고, 2012. 3. 22. 국제조세법 제4조 제1항에 따라 원고에게 법인세 3,922,096,350원을 부과하였다. 라.

이 사건 처분 한편, 피고는 위 법인세 부과처분과 관련하여, 국세청 모형에 따른 지급보증수수료가 19,778,242,830원이 아니라, 별지 <표>의 ‘정상 지급보증수수료’란 기재와 같이 12,478,601,279원이라고 보아 법인세를...