제2001-0506호 (2001.10.29)

취득

취소

취득 후 종교용으로 사용함으로써 비과세대상이 된 부동산을 다른 용도로 사용한다고 하더라도 당시의 규정으로는 추징요건에 해당된다고 볼 수는 없는 것이라 판단됨

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세 】 / 지방세법 제127조【용도구분에의한 비과세】 / 지방세법 시행령 제79조【비영리사업자의 범위】

처분청이2001.7.10. 청구인에게 부과 고지한취득세 10,450,050원, 농어촌특별세 957,910원, 등록세 4,180,020원, 교육세 766,330원, 합계 16,354,310원(가산세 포함)을 취소한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1997.11.29. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 1필지 토지상에 건축물 2,160.88㎡(이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 종교용에 사용할 목적으로 신축 취득한 데 대하여 취득세와 등록세를 비과세 하였으나, 이 사건 건물의 일부(지하1층, 지상1층, 연면적 1,276.02㎡, 이하 “이 사건 쟁점건물”이라 한다)를 영유아보육시설로 용도변경하고, ㅇㅇㅇ 명의로 보육시설 설치신고를 한 후 어린이집을 운영하고 있으므로, 비과세된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(435,419,326원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세목을 적용하여 산출한 취득세 10,450,050원, 농어촌특별세 957,910원, 등록세 4,180,020원, 교육세 766,330원, 합계 16,354,310원(가산세 포함)을 2001.7.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 국내외 선교사업, 영유아보육사업 등을 목적으로 하는 비영리종교법인으로서 1997.11.29. 이 사건 건물을 신축한 후 종교용에 사용하다가 그 중 일부를 1998.3.21. 영유아보육시설로 용도변경하고, 1999.5.8. 본 재단 소속의 교회 목사 명의로 민간보육시설(ㅇㅇ 어린이집) 설치신고를 한 후 어린이집을 운영해오고 있으나, 영유아보육시설 운영에 따른 자금 등 실질적인 것은 본 재단이 관리를 해오고 있고, 목사 개인명의로 보육시설 설치신고를 한 것도 본 재단의 소속 교회의 목사로서 본 재단의 구성원에 불과할 뿐, 목사 개인의 영리목적을 위하여 설치신고를 한 것이 아니고, 목사에게 임대를 한 것도 아니므로 실질과세 원칙에 의거 취득세 등을 비과세 하여야 함에도 부동산 취득자와 보육시설 설치신고를 한 자가 다르다는 이유로 비과세된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 취득한 건축물을 종교용에 사용하다가 그 중 일부를 영유아보육시설로 사용하고 있는 경우 비과세된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호에 게기하는 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서는 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”를, 제6호에서는 “영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자”를 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 이 사건 건물을 1997.11.29. 에 신축 준공한 후 종교용인 교회용으로 사용하다가 그 중 일부를 영유아보육시설로 용도변경하고, 1999.5.8. ㅇㅇㅇ명의로 ㅇㅇ어린이집이라는 보육시설 설치신고를 한 후 어린이집을 운영해오고 있으므로, 처분청은비과세된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아취득세 등을 부과 고지하였음을 관계자료에서 알 수 있으며, 이에 대하여 청구인은영유아보육시설 운영에 따른 자금 등 실질적인 것은 본 재단이 관리를 해오고 있고, 목사 개인명의로 보육시설 설치신고를 한 것도 본 재단의 소속 교회의 목사로서 본 재단의 구성원에 불과할 뿐, 목사 개인의 영리목적을 위하여 설치신고를 한 것이 아니고, 목사에게 임대를 한 것도 아니므로 취득세 등을 비과세 하여야 한다고 주장하고 있다.

살피건대,청구인이 이 사건 건물 취득 당시에 시행된 구 지방세법 제107조 본문에서는 추징사유를 수익사업에 사용하는 경우와 3년 내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 않는 경우로 규정하고 있으며, 청구인의 경우는 이 사건 건물을 교회용으로 사용하기 위하여 건축한 후 영유아보육시설로 용도 변경한 부분은 교회의 교육관, 당회장실, 식당, 보일러실 등 부수시설로 사용함으로써 처분청에서 취득세 등 비과세 결정을 하였다가 그 후 영유아보육시설로 사용한다는 이유로 추징하였으나, 취득 후 종교용으로 사용함으로써 비과세대상이 된 부동산을 다른 용도로 사용한다고 하더라도 당시의 규정으로는 추징요건에 해당된다고 볼 수는 없는 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2001.3.27. 제2001-126호)이라 하겠으며, 또한 청구인은 이 사건 추징대상이 된 건물에 청구인 소속교회의 목사개인명의로 ㅇㅇ어린이 집이라는 보육시설을 설치하고 어린이집을 운영해오고 있으나, 청구인이 이를 목사에게 임대하였거나 목사개인이 보육시설의 설치운영으로 인한 이익을 가져가는 형태로 운영되는 시설이 아닌 점을 보면, 보육시설의 설치 운영자인 목사는 청구인의 대표자격으로 어린이집을 설치 운영한 것에 불과하여 동 보육시설의 실질적인 운영주체는 청구인으로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 10. 29.

행 정 자 치 부 장 관