비영리 학교법인이 기본재산으로 부동산을 취득한 후 1년 이내에 그 목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우 비과세된 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지의 여부(경정)

청구법인의 심사청구중 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 및 건물에 대한 등록세 30,959,420원은 등록세 16,511,690원으로, 교육세 6,191,880원은 교육세 3,302,330원으로, 같은동 ㅇㅇ번지 토지 및 건물에 대한 등록세 89,597,650원은 등록세 49,152,540원으로, 교육세 17,962,260원은 교육세 9,960,560원으로 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구법인이 1993.3.29. 증여에 의하여 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 327.2㎡, 건물 1,223.64㎡(이하 “제1부동산”이라 한다) 및 같은동 ㅇㅇ번지 대지 1,243.9㎡, 건물 1,829.35㎡(이하 “제2부동산”이라 한다)를 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득(등기)한 부동산으로 보아 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제107조제1호 및 제127조에 의거 취득세 등을 비과세하였으나, 취득후 현재까지 일부면적을 제외한 나머지 부분을 임대하고 있으므로 제1부동산의 과세표준액(412,792,301원)과 제2부동산의 과세표준액(1,129,514,427원)에 구지방세법 제112조제1항과 제131조제1항제2호 및 제138조제1항의 세율을 각각 적용하여 비과세하였던 제1부동산에 대한 취득세 9,907,000원(가산세포함), 등록세 37,151,300원, 교육세 6,811,070원과 제2부동산에 대한 취득세 20,699,890원(가산세포함), 등록세 108,029,840원, 교육세 19,805,470원, 합계 202,404,570원을 1996.4.15. 부과고지하였으나, 1996.6.12. 제2부동산에 대한 등록세 과세표준액이 잘못 적용되었음을 발견하고 등록세 99,092,930원, 교육세 18,167,040원으로 직권경정한 바, 청구법인이 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 취득세 등에 대한 가산세를 부과고지한 흠이 있다고 판단하여 제1부동산 및 제2부동산에 대한 당초 취득세 등 부과처분을 취득세 25,505,750원, 등록세 120,557,070원, 교육세 24,154,140원, 합계 170,216,960원으로 1996.7.22. 경정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 제1,2부동산이 교육법에 의한 각종 학교를 경영하는 청구법인의 설립 기본재산으로 취득한 부동산으로서 일부는 법인사무실로 사용하고 잔여분을 임대하여 발생한 법정과실금은 교사건축비에 사용하였으므로 학교를 경영하는 사업에 현재 직접 사용중에 있으며, 또한 구 지방세법 제107조 단서규정에 의한 수익사업에 사용하고 있는 부동산이 아니므로 취득세 등 비과세대상임에도 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리 학교법인이 기본재산으로 부동산을 취득한 후 1년 이내에 그 목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우 비과세된 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고, 구지방세법제127조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1996-0417&dem_ilja=19961001&chk2=1" target="_blank">구같은법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 ... ”라고 규정하며, 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제131조제1항제2호에서 “ ... 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산가액의 1000분의 15. 다만, 정부에 등록된 종교단체와 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 및 대통령령이 정하는 법인이 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1000분의 8로 한다”라고 규정하고, 구지방세법(1993.1.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 ... 에 규정한 당해 세율의 5배로 한다... ”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “... 대도시내에서의 법인의 설립... 에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 외국어 전문교육을 실시할 목적으로 1993.3.11. 설립된 비영리 학교법인으로서 제1,2부동산을 법인설립 기본재산으로 취득하였으나, 취득일로부터 1년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니하므로 처분청에서 비과세하였던 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 사립학교법 규정에 의한 법인의 성립조건 자산으로 제1,2 부동산을 취득하였고, 이는 교육법에 의한 학교를 설치·경영하는 사업에 현재 직접 사용중인 부동산이며, 또한 구 지방세법 제107조 단서규정에 의한 수익사업에 사용하고 있는 재산이 아니므로 취득세 등의 부과대상이 아니라고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제107조제1호 본문 소정의 “제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용 ... ”한다 함은 당해 부동산의 사용용도가 관계법령 또는 법인등기부상 목적사업으로 규정된 고유업무에 직접 사용되는 경우만을 이른다고 할 것인 바, 청구법인은 법인의 기본재산의 일부로서 제1,2 부동산을 취득한 후 그 중 일부(제1부동산 대지 20.3㎡, 건물 76.74㎡, 제2부동산 대지 130.48㎡, 건물 191.89㎡)만 청구법인의 사무실로 사용하고 잔여분(제1부동산 대지 306.9㎡, 건물 1,146.9㎡, 제2부동산 대지 1,113.42㎡, 건물 1,637.36㎡)은 기독교 연합신문사외 7개업체에 임대하여 고유목적과 관계없는 타용도에 사용하여 왔으며, 특히 제2부동산은 교육부장관의 기채승인을 받아 이를 담보로 3,645,000천원을 융자받아 교사건축비로 사용하였다 하더라도, 교육부 관련공문(전행 81423-767)에 명시되어 있는 바와 같이 청구법인이 이를 매각하여 학교의 교사건축비에 충당하기 위하여 증여받았으면서도 그 취득시부터 현재까지 이를 청구법인의 목적사업인 교육에 직접 사용하지 않았다면 설사 위 부동산이 취득시부터 청구법인의 기본재산의 일부를 이루고 있었다 하더라도 이러한 사실만으로 위 부동산이 청구법인의 목적사업에 직접 사용된 토지라고 볼 수 없다 하겠으므로 위 제1,2부동산의 임대부분은 그 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 청구법인의 목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다 할 것으로서 이는 구 지방세법 제107조 단서, 구지방세법제127조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1996-0417&dem_ilja=19961001&chk2=1" target="_blank">구같은법 제127조제1항제1호, 구지방세법시행령제138조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1996-0417&dem_ilja=19961001&chk2=1" target="_blank">구같은법시행령 제138조제1항에 의하여 취득세·등록세 과세대상이 된다 하겠으므로, 처분청에서 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 등록세의 부과에 있어 학교법인의 경우 구지방세법 제131조제1항제2호 단서규정상 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인에 해당되어 부동산 가액의 1000분의 8로 세율을 적용해야 함에도 1000분의 15로 세율을 적용하여 등록세를 부과한 처분은 법리를 오해한 흠이 있다 하겠으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 10. 30.

내 무 부 장 관

참조조문

유사 판례