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경정
이자소득만 있는 비영리내국법인이 기업회계기준에 따라 수익을 인식하여 회계처리하고 법인세 과세표준신고를 하였을 경우에 세무회계처리시와 차이가 나는 이자소득에 대한 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 처분의 당부(경정)
조세심판원 조세심판 | 국심1996서0266 | 법인 | 1996-08-12
[사건번호]

국심1996서0266 (1996.08.12)

[세목]

법인

[결정유형]

경정

[결정요지]

이자소득만 있는 비영리법인이 발생주의에 따라 수익 인식시세무회계와 차이가 나는 이자소득부분에 해당하는원천징수세액은 기납부세액으로 공제하는 것임

[관련법령]

법인세법 제9조【각사업년도의 소득】 / 법인세법시행령 제16조【법령 등에 의한 준비금의 손금범위】

[주 문]

서대문세무서장이 95.4.28. 청구법인에게 94.1.1.~12.31. 사업

연도분 법인세 70,815,667원의 환급을 거부하여 그 과세표준

과 세액을 결정한 처분은 당해 사업연도중 법인세 원천징수

세액을 기납부세액으로 공제하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 서울특별시 중구 OOO동 OOOO에 주사무소를 두고 있는 의료보험법에 의해 설립된 의료보험조합으로서 이자소득만 있는 비영리 내국법인인 바, 청구법인이 94사업연도(1.1.~12.31.)분 법인세 과세표준신고를 함에 있어 이자소득 1,597,520,966원을 발생주의에 의한 수익으로 인식하여 계상하고 전액을 지급준비금으로 설정한 후 당해 사업연도중에 원천징수된 법인세 390,319,860원을 기납부세액으로 공제하여 신고 하였으나,

처분청은 법인세 결정시 당해사업연도의 수입이자를 1,597,520,966원으로 보고, 여기에 원천징수세율 20%를 적용하여 산출된 319,504,193원만을 기납부세액으로 공제하여 환급결정하고, 나머지 차액 70,815,667원에 대하여는 환급하지 아니하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.6.26. 이의신청과 95.9.13. 심사청구를 거쳐 95.12.30. 이건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 77.7.1. 설립된 후 계속적·반복적으로 발생주의에 의해 매년 발생이자 전액을 수입이자로 계상하여 고유목적사업에 전액 사용하여 왔으며 실현된 이자소득과 신고된 법인세과세표준의 차이는 세무회계와 기업회계기준상의 손익귀속에 대한 인식기준의 차이에 의한 것일 뿐이며 과세표준신고시 누락시켰거나 지급준비금을 설정하지 아니한 것은 아니다.

(2) 청구법인이 발생주의에 의하여 미수이자를 계상할 수 밖에 없었던 것은 『공익법인의 설립·운영에관한법률』에 의하여 공익법인의 회계는 발생의 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리하도록 하고 있어 이에 따를 수 밖에 없었다.

(3) 청구법인은 법인세법 제9조같은 법 제12조 제4항의 규정에 의한 각사업연도의 소득을 같은 법 제26조의 규정에 의하여 적법하게 신고하였으므로 이 건 미환급 법인세 전액을 환급하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 비영리법인인 청구법인의 이자소득에 대하여는 법인세법(94.12.22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제27조의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니할 수 있고, 그 신고하지 아니한 이자소득은 원천징수의 방법에 의하여 과세하는 것이므로,

(2) 청구법인이 이자소득에 대하여 94사업연도 과세표준으로 1,951,599,300원을 신고하여야 하나 1,597,520,966원만을 신고하였으므로 신고되지 아니한 이자소득금액 354,078,334원에 대한 법인세가 원천징수되어 납부된 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 이자소득만 있는 비영리내국법인이 기업회계기준에 따라 수익을 인식하여 회계처리하고 법인세 과세표준신고를 하였을 경우에 세무회계처리시와 차이가 나는 이자소득에 대한 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법 제9조 제1항에서 『내국법인의 각사업년도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 제외한 금액으로 한다』고 규정하고 있고,

(2) 같은 법 제12조 제4항에서 『의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제16조 제8항 제1호에서 『법 제12조 제4항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 다음 각호의 법인을 말한다. 1. 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업을 영위하는 비영리법인』이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제16조 제9항에서 『법 제12조 제4항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 당해년도 중에 발생한 소득세법 제17조 제1항 제1호 내지 제10호의 규정에 의한 금액을 말한다』고 명시하고 있으며,

(3) 같은 법 제26조 제1항에서 『납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다』고 규정하고 있고,

같은 법 제27조 제1항 및 제2항에서 『비영리법인은 이자소득에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니하며, 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다』고 명시하고 있으며,

(4) 공익법인의 설립운영에관한법률 시행령 제22조 제1항에서는 『공익법인에 관한 회계는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 그 사업의 경영성과 수지상태를 정확하게 파악하기 위하여 모든 회계거래를 발생의 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리한다』고 명시하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 89사업연도~95사업연도의 과세표준신고 내용을 살펴보면

㉮ 청구법인은 비영리법인에게 지급하는 이자소득에 대하여 과세로 전환한 89.1.1. 이후 법인세법 제26조의 규정한 신고납부방법에 의하여 이자소득에 대하여 일관되게 발생주의로 계상하여 이를 전액 과세표준으로 하여 신고하여 왔으며,

㉯ 같은 법 제12조 제4항 및 동법 시행령 제16조 제9항에 의하여 이자소득금액 전액을 『지급준비금』으로 설정하여 고유목적사업에 이용한 사실이 청구법인이 우리 국세심판소에 제출한 관련회계장부 및 수익증권통장에 의하여 확인되고 있으므로,

㉰ 청구법인이 이자소득에 대한 과세표준신고를 함에 있어서 법인세법 제26조 규정에 의한 『신고납부방법』과 같은 법 제27조 규정에 의한 『원천분리과세방법』중에서 『신고납부방법』을 선택하여 계속적·반복적으로 과세표준을 신고한 것으로 인정된다.

(2) 청구법인이 발생주의에 의하여 계상한 수입이자액과 법인세법상 수입이자가 확정되는 사업연도의 수입이자액에 대하여 살펴보면,

㉮ ’89~’92년에는 발생주의에 의한 수입이자는 ’89년 363,641,726원, ’90년 571,522,364원, ’91년 877,743,945원, ’92년 1,222,414,352원 합계 3,035,322,387원이고, 수입이자가 확정되는 사업연도의 수입이자는 ’89년 295,770,604원, ’90년 554,993,674원, ’91년 636,847,900원, ’92년 887,165,500원 합계 2,374,777,678원이 되어 ’89~’92년에는 발생주의에 의한 수입이자가 660,544,709원이 더 많고,

㉯ ’93~’95년에는 발생주의에 의한 수입이자는 ’93년 1,397,454,793원, ’94년 1,597,520,966원, ’95년 2,204,769,419원, 합계 5,199,745,178원이고, 수입이자가 확정되는 사업연도의 수입이자는 ’93년 1,554,937,307원, ’94년 1,951,623,226원, ’95년 2,328,904,789원, 합계 5,835,465,322원이 되어 ’93~’95년에는 수입이자가 확정되는 사업연도의 수입이자가 635,720,114원이 더 많은 사실을 알 수 있다.

㉰ 위와 같이 사업연도에 따라 발생주의에 의하여 계상한 수입이자액과 법인세법상 수입이자가 확정되는 사업연도의 수입이자액간에 차액이 발생하는 이유는 수익의 인식시기가 서로 다르기 때문으로 인정된다.

(3) 청구법인이 94사업연도 과세표준신고시 환급신고한 법인세에 대하여 살펴보면,

㉮ 94사업연도분 확정이자중 단기수익증권이자 627,461,640원(이자발생기간 93.1.30~94.1.29)에 대하여는 당해 펀드설정일인 1.29.에 결산하여 이자를 지급하고 이자수입에 대한 법인세를 원천징수하였고, 장기수익증권이자 1,324,109,564원(이자발생기간 93.12.6~94.12.5)에 대하여는 당해 펀드설정일인 12.5.에 결산하여 이자를 지급하고 이자수입에 대한 법인세를 원천징수하였으며, 예금이자등 52,022원에 대하여는 12.31.에 이자를 지급하고 이자수입에 대한 법인세를 원천징수하였고,

㉯ 청구법인이 발생주의에 기초하여 94사업연도분 법인세과세표준으로 신고한 발생이자 내역을 보면 단기수익증권이자 212,553,656원(이자계상기간 94.1.1~94.12.31), 장기수익증권이자 1,384,915,288원(이자계상기간 94.1.1~94.12.31), 예금이자등 52,022원(이자계상기간 94.1.1~94.12.31)이 된다.

㉰ 위와 같이 청구법인이 청구외 OO종합금융(주)등에 예금하여 발생된 이자에 대하여는 원천징수의무자인 청구외 OO종합금융(주)등에서 원천징수하였고, 청구법인이 환급신청한 금액에 대한 법인세과세표준은 93사업연도와 94사업연도 양 사업연도의 과세표준에 이미 포함되어 있으며, 또한 94사업연도분 과세표준에는 확정되지 아니한 94사업연도에 발생한 이자수입이 포함되어 있음이 인정된다.

(4) 청구법인이 발생주의에 의하여 회계처리한 이유 등에 대하여 살펴보면,

㉮ 청구법인이 이자소득을 발생주의에 의하여 계상한 것은 『공익법인의 설립운영에관한법률 시행령 제22조』에서 발생주의(같은 취지 : 기업회계기준 예규 56-310, 85.10.4)에 의하도록 하고 있어 이에 따른 것으로 인정되며,

국세기본법상의 기업회계 존중의 원칙을 고려하고, 청구법인이 77년 설립된 후부터 계속적·반복적으로 이자소득에 대하여 발생주의로 회계처리하여 과세표준신고를 해왔고 이런 부분에 대하여 수년간 과세관청에서 아무런 지적이 없었던 점은 납세관행이 성립되었다고 볼 수도 있다.

라. 결론

위의 내용을 종합하여 보면 청구법인은 이자소득에 관하여 법인세법 제26조의 규정의 신고납부방법에 의하여 과세표준을 신고해 온 것으로 인정되고, 같은 법 제12조 제4항 및 동법 시행령 제16조 제9항에 의하여 이자소득금액 전액을 『지급준비금』으로 설정하여 고유목적사업에 이용한 사실이 인정되므로 94사업연도에 속하는 이자소득은 이를 당해 사업연도의 익금에 산입하고, 같은금액을 지급준비금으로 손급산입하여야 하며, 이건 원천징수된 법인세는 당해사업연도 법인세결정시 기납부세액으로 공제환급하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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