[청구번호]조심 2018지0383 (2018. 8. 30.)

[세목]지방소득[결정유형]기각

[결정요지]청구법인은 2012ㆍ2013사업연도에 발생한 연구인력개발비에 대해서 2016사업연도 법인지방소득세에서 공제하여야한다고 주장하나,「지방세법」이 2014.1.1. 개정됨에 따라 법인세의 부가세 형태로 징수하던 법인지방소득세가 독립세 방식으로 전환되어 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 규정을 적용해야 하는 점 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 등은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 해당 법령에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

[관련법령] 「지방세법」제103조의22

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.4.21. 처분청에 2016 사업연도 법인지방소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2017.11.30. 2012·2013 사업연도에 발생한 연구인력개발비 OOO의 10%를 2016 사업연도 법인지방소득세에서 공제하여야 한다고 주장하며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.12.22. 2014 사업연도 이후의 법인지방소득세를 산출할 때 세액공제감면 규정이 없다는 이유로 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세기본법」제20조에서 납세자의 예측가능성과 재산권의 부당한 침해를 방지하기 위하여 소급과세 금지원칙을 규정하고 있고,「지방세특례제한법」부칙(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제6조에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있으므로「지방세특례제한법」개정(2014.1.1.) 전에 이미 발생한 연구인력개발비의 10%를 2016년 귀속분 법인지방소득세에서 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세법」이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되어 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된「지방세법」에서 규정한 과세체계를 적용하여야 하고, 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 현행「지방세특례제한법」에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없으며, 2013년 이전의 법인지방소득세는 공제감면을 적용받은 후의 법인세액 10%를 과세표준으로 하여 공제감면을 받은 효과가 있었을 뿐 법인지방소득세 자체에 별도의 공제감면 규정이 없었으므로「지방세특례제한법」부칙(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제6조를 적용하는 것으로 타당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「지방세법」개정(2014.1.1.) 전에 발생한 2012·2013 사업연도 연구인력개발비를 2016 사업연도 법인지방소득세에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 지방세기본법

제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대해서는 의무 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)

부칙

제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세법

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 「법인세법」제56조 및 「조세특례제한법」제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012·2013 사업연도에 각각 연구개발인력비 OOO이 발생하였고, 해당 사업연도에 납부할 법인세액이 OOO이 되어 법인지방소득세가 발생하지 않아 연구개발인력비를 공제받지 못한 사실에 대하여 처분청과 다툼이 없다.

(나) 법인지방소득세 과세표준에 대한 관련 규정( 「지방세법」제103조의19)이 2014.1.1. 개정되면서, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액으로 한다고 되어 있다.

(다) 「지방세특례제한법」이 2014.1.1. 개정되면서, 부칙 제6조에 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

(라) 청구법인은 2017.4.21. 2016년 귀속 법인지방소득세 OOO을 공제·감면 없이 처분청과 서울특별시 서초구에 각각 안분하여 신고하였고, 2017.4.28. 처분청에 지방소득세 OOO을 납부하였다.

(마) 청구법인은 2017.11.30. 2012·2013사업연도에 발생한 연구인력개발비 OOO의 10%를 2016사업연도 귀속분 법인지방소득세에서 공제하여야 한다고 주장하며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.12.22. 2014사업연도 이후의 법인지방소득세를 산출할 때 세액공제감면 규정이 없다는 이유로 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,「지방세법」이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되어 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된「지방세법」에서 규정한 과세체계를 적용하여야 하는 점, 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 현행「지방세특례제한법」에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없는 점, 2013년 이전의 법인지방소득세는 공제감면을 적용받은 후의 법인세액 10%를 과세표준으로 하여 공제감면을 받은 효과가 있었을지라도 법인지방소득세 자체에 별도의 공제감면 규정이 없는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.