국심2006서2788 (2006.12.22)

법인

취소

청구인이 수취한 매입세금계산서를 발행한 업체는 일부 허위세금계산서를 교부하여 자료상으로 고발된 사실은 있으나 청구인이 제출한 입금증 등 거래증빙에 의해 매입사실이 확인되는바 이에 대한 매입세액을 공제함이 정당함

부가가치세법 제17조【납부세액】 / 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

○○세무서장이 2006.2.1. 청구법인에게 한 2001년 제1기분 부가가치세 68,327,300원과 2001사업연도 법인세 170,349,910원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구법인은 화물운송업을 영위하는 사업자로 2001사업연도에 ○○석유화학주식회사 및 ○○종합화학주식회사 등의 물류를 운송하고 ○○상사주식회사(○○도 ○○시 ○○면 ○○○리 ○-○ 소재)로부터 공급가액 321,389,000원의 세금계산서 6매(2001.1.31. 63,696,000원, 2001.2.28. 71,425,000원, 2001.3.31. 70,245,000원, 2001.4.30. 40,353,000원, 2001.5.31. 40,051,000원, 2001.6.30. 35,619,000원, 이하 "쟁점 세금계산서"라 한다)를 교부받아 관련매입세액을 매출세액에서 공제하고 법인소득금액계산시 손금에 산입하여 법인세신고를 하였다.

처분청은 쟁점 세금계산서를 교부한 ○○상사주식회사가 자료상으로 고발된 사업자로 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세매입세액불공제 및 법인세 손금불산입하여 2006.2.1. 청구법인에게 2001년 제1기 부가가치세 68,327,300원 및 2001사업연도 법인세 170,349,910원을 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.3.28. 이의신청을 거쳐 2006.8.11. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 ○○석유화학주식회사 등 대기업과 물류운송계약을 체결한 후 물류를 운송하는 회사로 매출누락분은 전혀 없으며, 쟁점 세금계산서는 2001사업연도에 ○○석유화학주식회사 등의 운송물류 물량이 많아 청구법인의 소유차량으로는 물류를 운송할 수 없어 ○○시 ○○구 ○○화물터미널 내 청구법인의 사업장과 가까이 있는 ○○상사주식회사에게 물류운송을 의뢰하여 물류를 운송한 후 교부받은 정상적인 거래분으로 운송료는 현금 또는 무통장입금으로 지급하였다.

처분청은 ○○상사주식회사가 일부 자료상으로 고발된 사업자로 화물차량을 소유하고 있지 아니하고, 청구법인에게 제출한 배차차량번호와 ○○석유화학주식회사 등의 물류를 운송한 화물차량번호가 다르다 하여 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보았으나 화물운송업계의 관례상 ○○상사주식회사와 물류운송계약서는 작성하지 않았지만, ○○상사주식회사는 자동차등록원부와 같이 화물차량을 실제로 보유하고 있고, 배차차량과 실제 운반차량이 다른 것이 화물운송의 일반적인 관례로 청구법인의 경우 ○○상사주식회사가 어떤 차량으로 물류를 운반하던지 의뢰된 물류가 운반된 사실만 확인하면 되므로 배차와 실제 운반차량이 다르다 하여 정상적인 거래사실을 부인하고 부가가치세 및 법인세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점 세금계산서를 교부한 ○○상사주식회사는 자료상으로 고발된 사업자로 당초 보유하고 있던 화물차량의 대부분이 말소되었으며, 청구법인이 ○○석유화학주식회사 등의 물류를 운송한 차량을 확인한 바 ○○상사주식회사의 소유차량으로 물류를 운송한 사실은 없으며, ○○상사주식회사에게 지급하였다는 운송료의 경우에도 현금출납부등 장부상의 일자와 일치하지 아니할 뿐만 아니라 2001.4.28. 현금으로 지급하였다는 1억원의 경우에도 2001.4.30. 청구법인의 예금통장으로 다시 입금되는 등 물류를 운송한 정상거래분이라는 객관적인 증빙서류가 없어 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

자료상으로 고발된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세매입세액불공제 및 법인세 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련법령

이건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법(2001.12.29. 법률 제6539호로 개정되기 전의 것) 제17조(납부세액)

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략)

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2.∼5. (생 략)

③∼⑥ (생 략)

○ 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ (생 략)

○ 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제66조(결정 및 경정)

① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2.∼4. (생 략)

③∼④ (생 략)

○ 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제67조(소득처분)

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령(2001.12.31. 법률 제17457호로 개정되기 전의 것) 제106조(소득처분)

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국번인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정의 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. (생 략)

②∼④ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2001사업연도에 ○○상사주식회사로부터 쟁점 세금계산서를 교부받은 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점 세금계산서는 ○○상사주식회사가 청구법인의 의뢰에 의하여 ○○석유화학주식회사 등의 물류를 운송하고 교부받은 정상적인 거래분임에도 불구하고 ○○상사주식회사가 일부 자료상으로 고발되었다 하여 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입 처분하는 것은 부당하다고 주장하면서, 제품운송계약서, 무통장입금표 및 청구법인 예금통장 사본, ○○○의 확인서 및 ○○상사주식회사의 자동차등록원부 사본 등을 증빙서류로 제출하고 있다.

2001.1.30. 청구법인과 ○○석유화학주식회사와의 제품운송계약서를 살펴보면, 2001.1.1.부터 2001.12.31.까지 청구법인이 ○○석유화학주식회사의 제품을 운송하는 것으로 계약되어 있으며, 쟁점 세금계산서에 해당하는 물류 운송비를 지급하였다는 무통장입금표 및 예금통장사본을 살펴보면, ○○상사주식회사의 ○○은행 예금계좌(번호 X-X-X)에 176,796,700원(2001.4.28. 100,000,000원, 2001.5.7. 11,760,000원, 2001.6.5. 11,179,500원, 2001.7.6. 12,491,000원, 2001.8.3. 12,135,600원, 2001.9.7. 3,708,400원(계좌이체), 2001.10.5. 5,485,000원(계좌이체), 2001.11.30. 4,071,000원, 2001.12.4. 15,966,200원(인터넷뱅킹))을, ○○상사주식회사의 ○○사무소 배차소장이라고 주장하는 ○○○의 ○○(○○)은행 예금계좌(번호 X-X-X)에 136,562,175원(2001.3.12. 10,339,657원, 2001.4.12. 19,859,417원, 2001.5.11. 22,979,541원, 2001.6.11. 26,718,086원, 2001.7.9. 28,044,239원, 2001.8.2. 28,605,635원)을 각각 무통장입금 또는 계좌이체한 것으로 되어 있으며, 2001.4.30. 청구법인의 ○○은행예금통장(계좌번호 X-X-X-X)에 입금된 1억원은 같은날에 청구법인의 전 대표이사로 있었던 ○○○이 개인소유 통장인 ○○은행예금통장(계좌번호 X-X-X)에서 현금으로 인출하여 청구법인의 대표이사인 ○○○에게 지급하였으며, ○○○은 즉시 청구법인의 예금통장 입금한 것으로 되어 있다.

또한, 2006.3.15. 작성한 ○○○의 사실확인서에는 친척의 부탁으로 ○○도 ○○소재 ○○기업주식회사의 대표이사로 명의를 빌려주었으나 실제로는 2000.11.부터 2001.8.까지 ○○상사주식회사의 ○○사무소(○○화물터미널 ○○빌딩)의 배차소장으로 근무하면서 청구법인으로부터 물류운송비를 현금 또는 본인계좌로 송금받아 ○○상사주식회사에게 전달하였다고 되어 있으며, ○○상사주식회사의 자동차등록 원부 사본에는 ○○ 13톤 카고트럭(○○○○○)외 64대의 화물차량이 1998년부터 ○○상사주식회사명의로 등록되었다가 2002년 및 2003년도에 직권말소된 것으로 되어 있다.

(3) 한편, 쟁점 세금계산서의 가공자료 여부에 대한 처분청의 조사내용을 살펴보면, 쟁점 세금계산서를 교부한 ○○상사주식회사의 경우 1998.10.15.부터 ○○도 ○○시 ○동 ○○○리 ○-○에서 화물운송 및 알선업으로 사업자등록을 한 후 2000년 제1기부터 2001년 제2기까지 신고한 매출과표 6,947,931천원, 매입과표 5,434,813천원 중 매출과표 4,620,959천원(66.5%), 매입과표 3,679,449천원(67.7%)이 각각 가공자료로 확정됨에 따라 자료상으로 고발되었으며, 쟁점 세금계산서 과세기간인 2000년 제1기의 경우 매출과표 1,202,112천원 중 951,515천원(79.5%), 매입과표 1,046,430원 중 869,130천원(83.0%)이 각각 가공자료로 확정되었으며, 화물차량은 당초 60여대를 보유하고 있었으나 2002.3.경 등록말소된 것으로 조사되어 있으며, 청구법인이 보유하고 있는 물류배차리스트는 2001.1.1.부터 2001.6.30.까지 ○○석유화학주식회사 등의 거래처 물류를 ○○상사주식회사, ○○운수, ○○운수 등 여러 운수회사의 화물차량으로 운송한 리스트로 출발과 도착, 차량소속회사, 차량번호, 기사명, 운임 등이 기재되어 있으며, 청구법인이 보유하고 있는 배차리스트와 ○○석유화학주식회사 등이 보유하고 있는 배차리스트는 일치하지 아니하는 것으로 조사확인되어 있으며, ○○상사주식회사의 ○○사무소 배차소장으로 근무하였다는 ○○○은 ○○상사주식회사에서 발생한 근로소득은 없으며, 1998.3.30.부터 ○○도 ○○에서 화물운송 및 알선업을 영위하는 ○○기업주식회사의 대표이사로 등재되어 있는 것으로 조사되어 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 ○○상사주식회사가 자료상으로 고발되었고, 화물자동차도 보유하고 있지 않아 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보았으나, ○○상사주식회사는 전부 자료상이 아닌 일부 자료상으로 조사되어 있을 뿐만 아니라 2001사업연도에는 화물자동차를 보유하고 있었던 사실이 자동차등록 원부에서 확인되는 점 등으로 보아 실제로 화물자동차 운송업을 영위하였던 것으로 보여지며, 청구법인이 보유하고 있는 배차리스트와 ○○석유화학주식회사 등이 보유하고 있던 배차리스트가 일치하지 아니하나 ○○석유화학주식회사 등이 청구법인과 제품운송계약을 체결한 후 이에 따라 청구법인이 물류를 운송한 사실을 처분청이 확인하고 있을 뿐만 아니라 쟁점 세금계산서에 해당하는 물류 운송비를 ○○상사주식회사의 예금통장 및 ○○사무소 배차소장으로 근무하였다는 ○○○의 예금통장으로 각각 지급한 사실이 확인되고 있으며, 2001.4.30. 청구법인의 예금통장에 입금된 1억원의 경우에도 자료상의 전형적인 거래형태인 2001.4.28. ○○상사주식회사에게 지급한 1억원을 되돌려 받은 것이 아니라 청구법인의 전 대표이사인 ○○○의 개인자금이 입금된 것으로 확인되고 있는 점 등으로 보아 쟁점 세금계산서는 정상적인 거래분으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 2001년 제1기분 부가가치세 68,327,300원과 2001사업연도 법인세 170,349,910원을 과세한 이건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.