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기각
양도소득세 감면한도와 관련한 조세특례제한법이 개정?시행된 이후로서, 개정전 한도가 적용되는 요건에 대한 시행령 부칙이 제정?시행되기 전에 양도된 쟁점토지의 양도소득세 감면한도에 대하여 개정전 한도가 적용되어야 한다는 청구주장의 당
조세심판원 조세심판 | 조심2018중0998 | 양도 | 2018-05-15
[청구번호]

[청구번호]조심 2018중0998 (2018. 5. 15.)

[세목]

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지]쟁점조특법개정규정이 2016.1.1.부터 개정?시행되고 있어 청구인과 같이 조세특례제한법 제69조에 따른 양도소득세 감면을 받고자 하는 경우 그 감면한도는 원칙적으로 1억원으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 쟁점토지가 속하는 사업지역은 2015.12.31. 현대 수용비율이 22%로 쟁점조특법개정부칙규정의 요건에 해당하지 아니함

[관련법령]
[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 대한민국(관리청 : OOO외 1필지(2,463㎡, 이하, “쟁점토지”라고 한다)를 OOO고속도로 민간투자사업(사업시행자 : OOO, 사업인정고시일 : 2015.8.7.)을 위한 2016.1.12. 공공용지의 협의취득 절차를 통해 양도(계약체결 : 2016.1.4., 양도가액 : OOO원)하였고, 2016.3.7. 쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제69조에 따른 8년 이상 자경농지 감면요건을 충족한 것으로 보고 그 감면한도를 2억원으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다가, 2017.2.23. 감면한도를 1억원으로 하여 양도소득세를 수정신고하였고 2017.12.13. 처분청에 쟁점토지의 양도소득세 감면한도를 2억원으로 하여야 하고 감면한도를 1억원으로 보더라도 가산세를 감면하여야 한다는 취지의 경정청구를 제출하였다.

나. 처분청은 2018.1.22. 청구인의 수정신고가 적정하다고 보고 가산세를 감면할 이유도 없다고 보아 경정청구를 거부(이하, “쟁점처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인의 쟁점토지는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 수용되었고 그 사업인정고시일은 2015.8.7.이며, 2015.12.31. 현재 사업인정고시된 사업지역 중 사업시행자가 토지를 취득한 비율은 22%인바, 「조세특례제한법」부칙 제63조(2015.12.15. 법률 제13560호, 이하, “쟁점조특법개정부칙규정”이라 한다)규정의 요건 중 모든 요건을 충족하였고 단지 같은 법 시행령 부칙 제39조(2016.2.5. 대통령령 제26959호, 이하, “쟁점조특법시행령개정부칙규정”이라 한다)에 따른 사업시행자의 토지비율만 차이가 있다.

2015.12.15. 개정된 「조세특례제한법」제133조(이하, “쟁점조특법개정규정”이라 한다)에 따라 2016년 양도분부터 같은 법 제69조에 따른 자경농지의 연간감면한도가 1억원으로 조정되었고, 쟁점조특법개정부칙규정은 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역내 토지를 2017.12.31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 종전 규정에 따라 연간 감면한도를 2억원으로 한다”고 규정하였다.

청구인은 2015년 12월에 양도할 수 있었으나, 쟁점조특법경과규정에 따라 대통령령이 정하는 사업지역에 대해서는 감면한도가 종전과 같이 2억원이라고 되어 있고, 이와 관련한 쟁점조특법시행령개정부칙규정도 공포되지 않았기에 2016년 영업연도 첫날인 2016.1.4. 계약을 체결하고 종전 규정에 따라 2억원의 감면이 적용될 것이라고 확신하여 2015년에 양도할 수 있었던 것을 2016년 첫 영업개시일에 계약을 체결한 것인바, 청구인이 쟁점토지를 양도한 당시 쟁점조특법시행령개정부칙규정이 제정되지 않았음에도 쟁점조특법개정규정을 적용하는 것은 「국세기본법」제18조 규정에 어긋나는 것이므로 쟁점처분은 위법·부당하다.

(2) 청구인이 양도한 쟁점토지와 관련한 사업인정고시일은 2015.8.7.이고, 2015.12.31. 현재 수용비율은 22%인바, 쟁점조특법개정부칙규정에서 종전 규정이 적용되는 사업지역에 대한 사업시행자의 토지취득비율이 명시되었다면 청구인의 양도시기 판단에 혼란이 없었을 것임에도 이를 명시하지 않은 채 대통령령에서 정하도록 하여 청구인의 양도시점 판단에 오류를 생기게 한 것이다. 납세자가 어떤 행위를 하는 시점에 법적인 예측 가능성이 있어야 하고 양도시점에 명확한 세법 규정이 있어야 함에도 쟁점조특법개정부칙규정은 일반적인 납세자 입장에서 세법해석상 의의를 불러일으킬 수 있는 소지가 상당하므로 가산세의 감면사유에 해당한다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」의 개정 이유는 “재정 운용의 효율성을 높이기 위하여 양도소득세 감면한도를 정비하고, 비과세ㆍ감면제도를 합리적으로 조정하며(일부 생략) 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것이며, 동법 시행령 부칙의 개정이유는「조세특례제한법」이 개정됨에 따라(일부 생략) 구체적인 요건과 기준을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편, (일부 생략)양도소득세 (일부 생략) 의 적용요건을 합리적으로 조정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임”으로 요약되고, 경과조치의 목적이 “일반적으로 법령이 새로이 제정되거나 개·폐되는 경우에 종전의 제도와 새로운 제도와의 관계를 명확하게 규정하기 위하여 과도기적 조치로 두는 규정”으로 “보통 법령의 부칙에 이를 규정함으로써 사회적 혼란을 방지하고 충격을 완화하여 종래의 법질서로부터 새로운 법질서로의 이행을 원활하게 하는 것”에 있다 할 것이다.

「조세특례제한법 시행령」(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 부칙 제16조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 및 제17조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 등의 경우에는 같은 개정규정에 대하여 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행이후 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하여 같은 시행령 부칙 제1조(시행일), 제2조(일반적 적용례)와 달리 구체적인 적용시기를 명시하였지만, 이 건 「조세특례제한법」제39조(자경농지에 대한 양도소득세 연간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위)에 대해서는 쟁점조특법개정부칙규정에서 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역”과 관련하여 “개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다”고 규정하였다.

쟁점조특법시행령개정부칙규정에서 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역”이란 “해당 공익사업의 시행자가 2015년12월31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다”고 규정한 것은, 이미 쟁점조특법개정규정과 쟁점조특법개정부칙규정에 따라 1억원의 양도소득세 감면의 종합한도가 이미 시행되고 있었던 시점이었고, 2016.1.1.부터 쟁점조특법시행령개정부칙규정 시행 이전에는 토지취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역내 토지에 대해서만 한정(예측가능)하여 감면범위를 경과조치로서 규정·시행되고 있었기에 「조세특례제한법」제16조제17조와 같이 구체적인 적용례(적용시기)를 규정하지 않고 관련법령 개정이유에 따라 법률에서 위임된 사항인 구체적인 요건 및 기준을 규정한 것일 뿐 소급입법에는 해당하지 않는 것이다.

청구인은 2015.12.15 쟁점조특법개정규정과 쟁점조특법개정부칙규정 및 쟁점조특법시행령재정부칙규정이 시행된 이후인 2016.3.7.에 양도소득세 예정신고를 하면서 종전 규정을 적용하여 감면한도를 2억원으로 신고를 하였고 그 이후 2017.2.23.에는 개정된 내용에 따라 감면한도를 1억원으로 하여 수정신고를 한 것인바, 쟁점조특법개정규정에 따라 2016.1.1. 이후 양도하는 농지에 대한 「조세특례제한법」제69조에 따른 양도소득세 감면은 과세기간별로 1억원을 초과할 수 없고, 청구인의 쟁점토지 양도일(2016.1.12.) 및 예정신고(2016.3.7.) 이전에 쟁점조특법개정규정 및 쟁점조특법개정부칙규정이 2015.12.15. 개정되고 2016.1.1.이후 양도분부터 적용(시행)되고 있었으며, 쟁점토지를 매수한 공익사업자의 2015.12.31. 현재 사업지역 토지 취득이 2분의 1 미만임에도 종전 감면한도인 2억원을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이지 아니한 쟁점처분은 정당하다.

(2) 쟁점조특법개정규정 등이 시행된 이후에 이루어진 청구인의 양도소득세 예정신고는 관련법령 해석의 오해로 인한 것으로 가산세의 감면을 거부한 처분도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 양도소득세 감면한도와 관련한 「조세특례제한법」이 개정·시행된 이후로서, 개정전한도가 적용되는 요건에 대한 시행령 부칙이 제정·시행되기 전에 양도된 쟁점토지의 양도소득세 감면한도에 대하여 개정전 한도가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

「조세특례제한법」부칙에서 경과규정을 명시하였더라면 청구인의 쟁점토지 양도시기에 혼선이 없었을 것이고 동 규정의 미비로 인하여 해석상 혼란이 초래된 이상 이는 가산세 감면사유에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 등기부등본에 따르면, 청구인은 지목이 “전”이고 면적이 2,463㎡인 쟁점토지를 1981.10.16. 증여를 사유로 취득하였다가, 2016.1.4. 공공용지의 협의 취득을 이유로 국가(OOO)에 소유권 이전하였다. 청구인과OOO의 “손실보상협의계약서”에 따르면, 사업의 명칭은 “OOO 민간투자사업”, 사업시행자는 OOO, 협의장소 및 일시는 2016.1.4.로 기재되어 있고, 쟁점토지에 대하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 보상협의에 따라 보상하고 공사의 시공을 승낙한다는 취지로 기재되어 있다. 토지 등 수용사실 확인서에 따르면, ‘OOO 민간투자사업’의 사업인정고시일은 2015.8.7., 고시번호는 OOO호로 기재되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지 양도에 대하여 2017.2.23. 양도소득세를 예정신고할 때 쟁점토지가 「조세특례제한법」제69조에 따른 ‘자경농지에 대한 양도소득세 감면’에 해당하는 것으로 보아 감면한도액을 2억원으로 하여 ‘감면 받으려는 세액’을 산정한 것과, 2017.12.13. 이를 수정신고하면서 감면한도액을 1억원으로 보아 ‘감면 받으려는 세액’을 산정한 사실이 청구인이 제출한 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서 및 현물출자 등에 대한 세액감면(면제) 신청서 등에 의하여 확인된다.

(3) 2017.12.14. 청구인은 처분청에 대하여 상기 수정신고에 대하여 “쟁점조특법개정규정 등의 내역 등에 비추어 청구인의 쟁점토지 양도당시에는 쟁점조특법시행령개정부칙규정이 제정되지 않았음에도 이를 소급하여 적용하는 것은 「국세기본법」제18조에 어긋나고, 쟁점조특법시행령개정부칙규정은 세법해석상 의의를 불러일으킬 소지가 있으므로 가면세를 감면하여야 한다”는 취지로 경정청구를 제기하였음이 경정청구사유서에 기재되어 있고, 2018.1.22. 처분청은 상기 경정청구에 대하여, 쟁점토지와 관련한 사업인정고시일은 2015.8.7., 사업지역의 2015.12.31. 현재 수용비율은 22%이고, 쟁점토지의 예정신고기한은 2016.3.31.으로 쟁점조특법시행령개정부칙규정이 2016.2.5. 제정되었으므로 수정신고가 정당하다”는 취지로 쟁점처분한 사실이 처분청의 경정청구 처리결과 통지와 경정청구 검토서에 기재되어 있다.

(4) 국회 OOO 전문위원의 조세특례제한법 일부개정법률안 검토보고서(2015.10.)에 따르면, 쟁점조특법개정규정의 입법취지는 다음과 같다.

(가) 개정안은 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 등 농축어업 관련 양도소득세 감면의 과세기간(1년)별 감면한도를 현행 2억원에서 1억원으로 인하하는 내용임.

(나) 현행은 과도한 양도소득세 감면을 억제하기 위하여, 주요 양도소득세 감면에 대해서 연간 감면한도를 정하고 있는데, 통상적인 감면한도는 과세기간별 1억원이지만, 농축어업 관련 양도소득세 감면(농지대토에 대한 감면 제외)에 대해서는 2억원 한도가 적용되고 있음. (일부 생략)

(다) 농축어업 관련 양도소득세 감면 혜택이 일부 고소득 영농인에게 집중되는 측면이 있고, 최근 어려운 세입여건과 점차 축소해 나가는 있는 다른 양도소득세 감면과의 형평성 등을 고려할 때, 개정안의 취지는 타당한 측면이 있는 것으로 보임.

(5) 국회 OOO 전문위원의 검토보고(2017.2.)에 따르면, 쟁점조특법개정부칙규정의 입법취지는 아래와 같다.

(가) 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도는 2015.12.15. 세법 개정시 종전 연간 2억원에서 1억원으로 감면한도가 축소되었음.

다만, 경과규정을 두어 공익사업을 위해 2015.12.31. 현재 사업인정고시가 된 사업지역 내 8년 이상의 자경농지(사업지역 전체 토지면적의 50% 이상에 대해 보상이 이루어진 경우에 한함)를 2017.12.31.까지 사업시행자에게 양도하는 경우 양도소득세액을 종전과 같이 2억원까지 감면할 수 있도록 하고 있음.

(나) 동 경과조치는 매수협의 지연 등의 문제로 개정법시행(2016.1.1.) 이후 자경농지를 양도하게 된 자는 줄어든 감면한도를 적용받게 되어 동일 사업지역 내 형평성의 문제가 제기될 수 있다는 의견에 따라 마련된 것으로, 상당수준의 토지보상이 이루어진 지역에 한해서만 종전의 감면한도를 인정하는 것임.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점조특법개정부칙규정에서 종전과 같이 감면한도 2억원이 적용되는 범위에 대하여 “사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역내 토지”로 규정하였다가 쟁점조특법시행령개정부칙규정에서 그 구체적인 비율을 “2분의 1 이상”으로 규정한 것이고, 국회 전문위원의 검토보고에 따르면 이러한 규정의 취지는 ‘동일 사업지역 내 형평성의 문제’에 따른 것으로 보이는 점에 비추어, 쟁점토지의 양도일과 양도소득세 성립일에는 쟁점조특법개정부칙규정에 따른 경과규정을 적용 받을 수 있는 ‘대통령령이 정하는 요건’인 쟁점조특법시행령개정부칙규정이 제정·시행되고 있지 않았다고 하더라도, 쟁점조특법개정규정이 2016.1.1.부터 개정·시행되고 있어 청구인과 같이 「조세특례제한법」제69조에 따른 양도소득세 감면을 받고자 하는 경우 그 감면한도는 원칙적으로 1억원으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

또한, 쟁점조특법시행령개정부칙규정에서 “사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득비율 등 대통령령으로 정하는 요건”으로 “해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역”으로 규정하고 있는바, 쟁점토지가 속하는 사업지역은 2015.12.31. 현재 수용비율이 22%로 쟁점조특법개정부칙규정의 요건에 해당하지 아니하므로, 쟁점토지 양도시에는 쟁점조특법시행령개정부칙규정이 제정·시행되지 아니하였다는 이유 등으로 쟁점처분이 「국세기본법」제18조에 어긋나는 것으로 위법·부당하다고 하기는 어렵다 하겠다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 쟁점토지의 양도일과 양도소득세 성립일에 쟁점조특법개정규정이 개정·시행되고 있었다면 쟁점조특법개정부칙규정에서 규정한 “사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지”에 한하여만 종전과 같이 2억원의 감면한도가 적용된다 할 것인데, 쟁점조특법시행령개정부칙규정이 당시 제정·시행되지 않았다고 하나 청구인이 쟁점조특법개정부칙규정에 터잡아 쟁점토지 양도소득세에 종전과 같은 2억원의 감면한도가 적용될 것이라고 예측한 것을 세법상 의의(疑意)가 있거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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