beta
[청구번호]
조심 2018전4243 (2019.11.04)
[세 목]
부가
[결정유형]
취소
[결정요지]
청구법인은 동 위․수탁 계약에 따라 임상연구 등 전문분야를 ooo산학협력단에 재위탁한 것으로 나타나므로 쟁점장비의 사용용역은 청구법인의 고유목적사업이라기 보다는 oooo도와의 위․수탁 계약을 이행하기 위한 수익사업으로 보이고, 설령 고유목적사업과 관련성이 있다고 하더라도 청구법인이 수수하는 사용료는 향후 x억원까지 증액되는 것으로 되어 있고 위탁재산(토지, 건물 및 쟁점장비)을 사용함에 따라 발생하는 관리․운용 비용은 수탁법인인 ooo산합협력단이 별도로 부담하는 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 통상적인 실비로 보기는 어렵다고 하겠으므로, 처분청이 쟁점장비의 사용용역을 부가가치세 면제대상으로 보고 동 장비의 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[관련법령]
[주 문]
OOO세무서장이 2018.7.10. 청구법인에게 한 부가가치세 2017년 제1기분 OOO및 2017년 제2기분 OOO부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 충청북도가 전액 출연하고, 「민법」 제32조 규정에 따라 보건복지부장관의 허가를 받아 2000.12.29. 설립된 재단법인OOO후신이다.
나. 충청북도(위탁자)는 2016.3.17. 청구법인(수탁자)과 OOO(이하 OOO라 한다)의 관리·운영을 위한 위·수탁 협약’을 체결하였으며, 청구법인은 2016.6.22. OOO산학협력단을 대표법인으로 하여 컨서시엄을 구성한 3개 법인(연구전문기관, 이하 OOO이라 한다)과 사이에, OOO(토지·건축물·장비)를 2017.1.1.부터 5년간 위탁하고 그 사용대가(위탁수수료, 이하 “사용료”라고도 한다)로 연 OOO억원을 수수하기로 하는 것 등을 내용으로 OOO관리·운영권에 대한 위·수탁 계약’을 체결하였다.
다. 충청북도는 2016.7.20. OOO장비구축 대행 사업비 명목으로 OOO억원을 교부하였으며, 청구법인은 동 보조금으로 2017년에 총 79종의 장비(이하 “쟁점장비”라 한다)를 구입하고 매입세금계산서상 공급가액OOO을 과세사업과 관련한 매입액으로 신고하여 부가가치세를 환급받았다.
라. 처분청은 2018년 4월 부가가치세 환급 현장확인 결과, 청구법인이 OOO산학협력단에게 공급한 쟁점장비 사용용역을 고유목적사업을 위하여 실비변상 수준의 사용료를 지급받고 제공한 면세용역에 해당한다고 보고, 쟁점장비 매입관련 매입세액을 불공제하여 2018.7.10. 청구법인에게 부가가치세 2017년 제1기분 OOO및 2017년 제2기분 OOO각 경정·고지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점장비 사용용역을 포함한 OOO위탁사업은 청구법인의 설립 조례 및 정관에 명시된 목적사업과 관련된 것이 아니라, 충청북도가 화장품산업을 육성하기 위하여 제정한 「충청북도 화장품산업 육성 지원시설 설치 및 운영 지원 조례」에 따라 청구법인을 위탁기관으로 지정함에 따라 수행하는 것이므로 청구법인의 고유목적사업으로 볼 수 없다.
(2) 또한, OOO 기본계획 및 타당성 연구’ 등 충청북도가 2014년 3월부터 추진한 모든 계획은 청구법인의 수익운영을 통한 자립을 전제로 한 것이고, 쟁점장비의 사용료도 사업 초기의 시장수요를 감안하여 정한 것이고 이후 증액할 예정이므로 그 과소를 이유로 쟁점장비의 사용용역을 면세용역으로 보는 것은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 충청북도는 공기관에 대한 자본적 대행사업비(자본이전)라는 예산과목으로 쟁점장비에 대한 보조금을 교부하여, 청구법인으로 하여금 쟁점장비를 구입·설치하도록 한 다음, 청구법인에게 OOO관리·운영을 위탁하였는바, 위·수탁 협약서의 내용을 보면 화장품산업 육성을 목적으로 동 지원센터의 관리·운영을 위탁한 것으로 확인되고, 화장품산업도 보건산업의 일종으로서 청구법인의 정관에 광범위하고 포괄적으로 명시된 목적사업에 부합하는 것으로 판단된다.
(2) ‘지원센터 위탁 운영기관 모집 재공고’를 보면 건물 신축비 OOO억원에 비하여 건물이 매우 낮게 평가되어 있고, 평가액의 1%를 위탁료로 공고하였는데, 이는 유사사례로 볼 때 실비에 해당하는 것으로 보인다(심사부가 2013-27 : 장비구입가격 10～16%는 실비로 보지 않음). 또한 OOO기본계획 및 타당성 연구’ 등 여러 자료를 보면 공공성을 우선으로 충청북도의 추가적인 재정지원 없이 자립 운영할 수 있는 운영비(인건비, 관리비) 확보를 위한 수익창출 즉, 수입만을 감안할 뿐 통상적인 부가가치 창출을 목적으로 하는 사업활동으로 보기 어렵고, ‘화장품임상연구 지원센터 장기운영계획 및 손익추계 보고서’를 보면 점차 수수료를 상향 조정하여 투자비용 회수할 것으로 되어 있으나, 일반적으로 장비가 노후화되면 가치가 떨어지는데 향후 수수료를 상향한다는 것은 현실성도 없다. 따라서 쟁점장비와 관련한 거래를 부가가치 창출을 목적으로 하는 사업활동으로 보기는 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점장비 사용용역을 부가가치세 면제대상으로 볼 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 부가가치세법
제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
(2) 부가가치세법 시행령
제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
(3) 부가가치세법 시행규칙
제34조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) ① 영 제45조 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 사업”이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 충청북도와 보건복지부는 공동으로 주최하는 OOO성공적으로 개최하기 위하여 2000.12.29. 재단법인 OOO설립하였으며, 청구법인은 엑스포 행사가 종료된 후 설립된 위 조직위원회의 후신이다.
(2) 청구법인의 설립근거인 「재단법인 OOO설립·운영 및 지원에 관한 조례」(충청북도 조례 제2772호, 2003.10.10.)의 내용은 다음과 같다.
(3) 청구법인은 지방자치단체의 출연금과 자체 수입금에 의해 사업비를 조달하고 있으며, 정관에 의하면 청구법인은 OOO이념 및 성과를 계승 발전시키고, 바이오 공학 및 산업을 진흥·육성하여 보건산업 선진 10대국으로의 도약을 구축하고 OOO활성화로 보건(생명)산업을 핵심국가전략 산업으로 육성함에 기여함을 목적으로 하고 있으며(제1조), OOO후속사업 발굴추진, OOO중심으로 한 바이오 공학 및 산업 진흥, 바이오산업의 활성화를 위한 박람회 등 각종행사 및 홍보사업, OOO내 우수기관, 기업, 연구인력 유치를 위한 사업지원, 기타 재단의 목적달성에 필요한 사업을 목적사업으로 수행하는 것으로 되어 있다(제4조).
(4) 충청북도는 미래성장 동력산업으로 화장품산업을 육성하기 위하여 2014년 3월 OOO기본계획 및 타당성 연구’를 거쳐, 2015년 3월 OOO관리·운영 주체 및 연구·시험기능 수탁기관 선정방안’을 심의한 다음, 2016년 3월 OOO지원센터(보조사업명 : OOO개발센터) 관리·운영기관 선정 방침’을 결정하였다.
OOO기본계획 및 타당성 연구’에 의하면, 충청북도는 메이저 화장품 기업을 제외한 대부분의 중소기업은 사업화 및 글로벌화를 위해 소재 개발과 소재의 효능입증 및 임상평가결과 등이 필요하지만 이를 위한 지원시설 등이 빈약하고, 최근에 화장품산업이 한류 콘텐츠로 부각되면서 정부차원에서 적극적인 정책의지를 표출하고 있지만 이를 지원·육성 할만한 지원시스템이 부족하다는 인식 하에, OOO지원센터를 건립하게 되었으며, 동 지원센터의 주요 기능은 신소재 연구개발, 신소재 효능평가 지원, 임상시험 지원 등이고, 이를 통해 수익창출을 모색한 것으로 나타난다.
(5) 충청북도는 위 과정에서 2015.12.24. 「충청북도 화장품산업 육성 지원시설 설치 및 운영 지원 조례」를 제정하였는바, 조례의 내용은 다음과 같다.
(6) 충청북도(위탁자)는 OOO지원센터(보조사업명 : OOO개발센터) 관리·운영기관 선정 방침’에 따라 청구법인(수탁자)을 OOO지원센터의 운영주체(재산관리 총괄)로 결정하고 2016.3.17. 아래와 같은 내용으로 위·수탁 협약을 체결하였다.
(7) 청구법인은 위 위·수탁 협약을 근거로 하여, 2016.3.17. 및 2016.4.7. 2차에 걸친 공개모집을 통해 OOO산학협력단을 임상시험 등 전문분야의 위탁기관으로 선정하고 2016.6.22. 아래와 같이 위·수탁 계약을 체결하였다.
(8) 충청북도는 OOO지원센터를 운영하기 위하여 2015.6.19. 건축공사를 착공, 2017.7.4. 완공(충청북도 명의)하였으며, 동 지원센터의 연구실험 장비를 구입하기 위하여 2016.7.20. 「충청북도 지방보조금 관리조례」에 따라 대행사업자인 청구법인에게 장비 구축비로 OOO억원을 교부하였다.
(9) 청구법인은 위 보조금으로 쟁점장비를 구입하고(청구법인 명의), 동 장비의 매입액을 과세사업과 관련된 것으로 신고하여 부가가치세를 환급받았다.
(10) 처분청은 부가가치세 환급 현지확인 결과, 쟁점장비 사용용역을 고유목적사업을 위하여 실비 수준의 사용료를 지급받고 공급한 면세용역으로 보고, 쟁점장비의 매입세액을 불공제하였는바, 현지 확인내용은 다음과 같다.
(가) 청구법인은 충북지역의 바이오산업 육성을 위한 공익목적으로 설립되었고, 2017년 세출 예산액 OOO중 OOO억원(화장품 매출, 전시회 부스 임대료 등)을 제외한 대부분을 충청북도로부터 출연받아 지출하고 있다.
(나) OOO지원센터의 총사업비는 부지 매입비 OOO억원(지방비 100%), 건축비 OOO억원(국비 50%, 지방비 50%), 장비비 OOO억원(지방비 100%) 총 OOO억원으로 구성되어 있다.
(다) 청구법인은 동 지원센터를 OOO산학협력단에게 2017.1.1.부터 2021.12.31.까지 위탁하면서, 건물과 쟁점장비의 사용료로 연 OOO억원을 징수하기로 계약하였으며, 2017년 제2기 확정신고시 공급가액 OOO만원을 매출로 신고하고, 2017사업연도 법인세 신고시 OOO만원을 연구실험장비에 대한 감가상각비로 계상하였다.
(라) ‘지원센터 위탁 운영기관 모집 재공고문’을 보면, 쟁점장비의 연 사용료는 구입가격의 1%로 나타나는바, 일반적인 영리사업자와 비교할 때 쟁점장비 사용용역은 실비로 공급하는 것에 해당한다.
(11) 청구법인은 OOO지원센터 위탁사업은 충청북도로부터 위탁기관으로 지정되어 수행하는 것일 뿐 청구법인의 고유목적사업과 관련이 없고, 청구법인의 자립을 위한 수익사업을 전제로 한 것이므로 쟁점장비 사용용역을 면세용역으로 볼 수 없다고 주장하고 있는바, 그 세부내용은 다음과 같다.
(가) OOO지원센터 운영사업은 청구법인의 고유목적사업으로 볼 수 없다.
1) 충청북도는 2015년 12월 제정된 「충청북도 화장품산업 육성 지원시설 설치 및 운영 지원조례」 제5조 제1항에 따라 OOO지원센터 운영사업을 청구법인에게 위탁하였는바, 이는 동 지원센터를 관리․운영할 수 있는 능력이 있는 기관을 선정하기 위한 최소한의 근거이므로 청구법인이 충청북도가 추진하는 업무를 수행하였다고 하여 그것을 청구법인의 고유목적사업이라고 볼 수 없다.
2) 고유목적사업의 범위를 포괄적으로 해석할 경우 면세혜택 범위가 해석에 따라 달라질 수 있으므로 설립 취지 및 목적, 목적사업에 한정하여 해석하여야 하는바, 정관에 의하면 청구법인은 보건(생명)산업을 핵심국가전략 산업으로의 육성에 기여하는 것을 목적으로 한다고 명시되어 있으므로 목적사업을 보건(생명)산업 분야로 한정하여야 한다.
3) 또한, 정관 제5조 제1항에는 목적사업을 달성하기 위한 경비를 충당하기 위하여 수익사업을 할 수 있다고 되어 있는바, 이는 목적사업을 추진함에 있어 필요한 운영경비를 수익사업을 통해 충당하기 위한 것이다.
(나) OOO지원센터 운영사업은 청구법인의 자립화를 전제로 하고 있다.
1) OOO개발센터 기본계획 및 타당성 연구’ 중 5. 관리 및 운영주체 검토 부분을 보면, 관리·운영 주체를 선정하는데 주요 고려요소로 재정적으로 안정적인 운영이 가능한지를 꼽고 있고, 6. 개발센터의 운영수익 창출방안 검토 부분에서는 포괄적인 운영수익 창출방안을 제시하였다.
2) 「충청북도 화장품 육성 지원시설 설치 및 운영 지원 조례」 제정을 위해 작성된 OOO개발센터 설치 및 운영조례안 비용추계서’에서는 운영비를 ① 인건비, ② 운영경비, ③ 시설장비 유지비로 나누어 추계하였고, 이에 대한 재원조달 방안으로 ① 임상시험, 품질검사 등을 통한 자체수입, ② 과제수행 사업비를 제시함으로써 충청북도의 운영비 지원이 별도로 존재하지 않음을 명시하고 있다.
3) 2015년 3월에 있었던 OOO개발센터 관리·운영 주체 및 연구·시험기능 수탁기관 선정방안’에 관한 논의에서도 ‘자립재원확보(수익추구)’를 하나의 판단기준으로 명시하고 있으며, 2016년 3월에 작성된 ‘충청북도 OOO관리·운영기관 선정계획안(방침결정)’에서 재산을 관리하는 청구법인이 시설·장비를 전대하는 사유로 ‘도의 재정지원 없이 센터운영을 위한 수익창출 및 자립기반 마련을 위한 위탁운영’라는 표현이 나타난다.
4) 만약, 처분청이 판단한 대로 청구법인이 “쟁점장비의 사용료”를 실비로 공급하게 된다면 사업기간인 2047년까지 자립을 할 수 없음은 자명한 일이다. 따라서 쟁점장비 사용용역을 포함한 OOO지원센터의 운영사업은 수익 창출을 목표로 하는 사업으로 봄이 타당하다. 덧붙여, ‘2017년 재단 결산서’를 보면 충청북도에서 운영비 지원 명목으로 출연한 지원금이 없음을 확인할 수 있다. 이와 같이 청구법인은 충청북도의 운영비 지원 없이 자체 임대수익사업으로 지원센터를 운영하고 있다.
(다) 청구법인은 OOO지원센터의 운영사업과 관련하여 수익확보를 위해 노력하였다.
1) 청구법인은 OOO지원센터 위탁운영기관을 공개모집할 때, 위탁수수료를 최대한 수수하기 위하여 기준금액인 OOO백만원에는 3점, OOO백만원 이상에는 10점을 부여하는 등 차등을 두었으며, 단독 응모한 OOO산학협력단이 1차 공모 때와는 달리 위탁수수료를 기준금액(OOO백만원)으로 신청하였지만 OOO백만원으로 변경요청하여 계약을 체결하였다. 쟁점장비 사용용역을 실비로 공급하려고 하였다면 OOO산학협력단이 신청한 금액대로 계약을 체결하였을 것이다.
(라) 사용료(위탁수수료)는 관리비가 제외된 순수 수익이다.
충청북도 OOO관리·운영 위·수탁 계약 제9조에 의하면, OOO산학협력단이 위탁받은 재산의 사용과 유지관리에 필요한 일체의 비용을 부담한다고 되어 있는바, 청구법인이 OOO산학협력단으로부터 수취한 사용료(위탁수수료)는 관리비와 시설유지비 등 실비가 제외된 순수한 수익이며, OOO산학협력단은 2017년에 시설유지관리비로 OOO백만원 이상을 지불하였다.
(마) 투자원금(OOO억원)은 30년에 걸쳐 회수할 예정이다.
1) ‘충청북도 OOO지원센터 장기운영계획 및 손익 추계’에 의하면, 투자된 OOO억원을 30년간 회수하고 그 이상의 수익을 가져올 것으로 예상하고 있는바, 현재의 사용료는 사업초기 운영이 저조할 것을 예상하여 정해진 금액이고, 그 금액은 지원센터를 30년간 운영한다고 가정할 때 투자원금을 회수할 수 있는 최저금액으로 본 것이다.
2) 또한 충청북도 OOO위탁운영기관 모집 공고 중 12. 제안서 평가를 보면, 평가기준으로 장비 사용 내구연수를 높이기 위한 연간 재투자 계획이 포함되어 있는바, 이를 통해 장비의 내구연한이 증가할 것임을 알 수 있다.
(12) 충청북도의 OOO지원센터 운영계획 및 손익추계( 2018.5.18.)에 의하면, 사업초기 1단계(2017~2021년)에는 연 OOO억원, 사업중기(안정기) 2단계(2022~2026년)에는 연 OOO억원, 사업 말기(성장기) 3단계(2027~2031년)에는 연 OOO억원으로 위탁수수료 등을 상향 조정할 예정이고, 그 결과 투자된 OOO억원을 회수하고 그 이상의 수익을 가져올 것으로 예상된다고 되어 있다.
(13) 청구법인의 2017년 예산내역은 다음과 같다.
(단위 : 천원)
(14) 청구법인은 OOO산학협력단으로부터 사용료(OOO지원센터 사용대가)를 수수하고 부가가치세를 신고하였는바, 동 사용료를 포함한 2017년 부가가치세 신고내용은 다음과 같다.
(단위 : 백만원)
(15) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호는 종교·자선·학술·구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것을 부가가치세가 면제되는 용역의 하나로 들고 있고, 이에 따라 같은 법 시행령 제45조 제1호는 법 제26조 제1항 제18호에서 대통령령이 정하는 용역은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역을 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 고유목적사업은 그 단체의 설립 또는 정관에 정해진 목적과 직접적으로 관련된 사업만을, 실비는 원가에 소요되는 정도의 비용을 일컫는다고 할 것인데, 청구법인은 재단법인 OOO후신으로서 충북지역의 바이오산업 육성 등을 목적으로 설립되었으며, OOO지원센터는 충청북도가 미래성장 동력산업을 육성하기 위하여 설치한 것으로서 청구법인으로 하여금 그 관리 및 운영을 총괄적으로 위탁한 것이고 동 위탁사업은 청구법인의 자립을 위한 수익사업을 전제로 한 것이며, 청구법인은 동 위·수탁 계약에 따라 임상연구 등 전문분야를 OOO산학협력단에 재위탁한 것으로 나타나므로 쟁점장비의 사용용역은 청구법인의 고유목적사업이라기보다는 충청북도와의 위·수탁 계약을 이행하기 위한 수익사업으로 보이고, 설령 고유목적사업과 관련성이 있다고 하더라도 청구법인이 수수하는 사용료는 향후 OOO억원까지 증액되는 것으로 되어 있고 위탁재산(토지, 건물 및 쟁점장비)을 사용함에 따라 발생하는 관리·운용 비용은 수탁법인인 OOO산학협력단이 별도로 부담하는 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 통상적인 실비로 보기는 어렵다고 하겠다.
따라서, 처분청이 쟁점장비의 사용용역을 부가가치세 면제대상으로 보고 동 장비의 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.