원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유에 대하여 판단한다.

1. 상고이유 제1점 및 제2점에 대하여

가. 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제120조 제1항 제12호, 제119조 제1항 제13호(이하 ‘구 조특법 규정’이라 한다)는 ‘유동화전문회사가 자산유동화계획에 따라 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 유동화자산을 양수하거나 양수한 유동화자산을 관리운용처분하는 경우로서 2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 감면한다’고 규정하고 있었는데, 위 법률 제10406호로 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법 제120조 제1항 제9호(이하 ‘개정 조특법 규정’이라 한다)는 ‘유동화전문회사가 자산유동화계획에 따라 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 감면한다’고 규정하여 ‘유동화전문회사가 양수한 유동화자산을 관리운용처분하는 경우로서 취득하는 부동산’을 그 취득세의 감면대상에서 제외하였다.

한편 개정 조특법 부칙 제2조 제6항은 일반적 적용례로 ‘이 법 중 취득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다’고 규정하고, 제52조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)는 일반적 경과조치로 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.

나. 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의...