원심판결의 원고 패소부분 중 2004사업연도 법인세부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분...

상고이유를 판단한다.

1. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있다.

위 규정의 문언 및 위 규정의 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 더 이상 다툴 수 없게 된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데에 있음에 비추어 보면, 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 불복기간이나 경정청구기간의 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다고 할 것이다

(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두22280 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 등 참조). 2. 가.

원심은 제1심판결을 인용하여, ① 원고가 2002사업연도 법인세 2,649,499,491원, 2003사업연도 법인세 3,981,470,934원, 2004사업연도 법인세 34,402,958,929원을 각 신고ㆍ납부한 사실, ② 부산지방국세청장은 원고에 대한 2002 내지 2005사업연도 법인세 정기조사를 실시한 후 원고에 대한 과세자료를 통보하였고, 이에 피고는 2006. 12. 5. 원고에게 2002사업연도 법인세 4,019,324,090원, 2003사업연도 법인세 357,344,570원, 2004사업연도 법인세 83,562,320원을 각...