[청구번호]조심 2015광3305 (2018. 7. 2.)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]쟁점시스템 개발의 주된 목적이 청구법인 내부의 생산성?효율성 향상, 영업경쟁력 및 고객관리 강화 등을 위하여 인적?물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 것으로 보이는 점,그 내용이 새로운 소프트웨어의 개발이라기보다는 청구법인의 종전 전산시스템을 개선한 것으로 보이는 점, 관련 법령에서 서비스 분야의 연구개발 활동은 자체 연구개발비만 세액공제 대상으로 한정하고 있는데, 관련 위탁비용은 원천적으로 세액공제 대상에서 배제되는 것이 타당한 점, ERP 등 정보화투자 개념에 쟁점시스템에 해당하는 SI(시스템 통합)도 포함되는 점 등에 비추어 쟁점시스템의 개발은 ERP 내지는 이와 유사한 시스템에 해당하는 것으로 보이므로 이 건 처분은 달리 잘못 없음

[관련법령] 조세특례제한법 제10조

[참조결정]조심2009서3678 / 조심2012서3991 / 조심2013서1475 / 조심2010서0979

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 주식회사 OOO, 주식회사 OOO(이하 “청구법인”이라 한다)은 OOO OOO빌딩에 소재하는 금융업 영위 법인들로, 2012～2013사업연도 법인세 신고시 청구법인의 차세대 시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 위탁개발과 관련하여 지출한 금액에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 아니하였는바, 이후 청구법인은 2015.1.29. 처분청에 아래 <표1>과 같이 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 구하는 경정청구를 제기하였다.

<표1>

나. 처분청은 쟁점시스템의 위탁개발 관련 비용이 전사적 기업자원 관리설비(이하 “OOO”라 한다) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하므로 조특법 시행령 [별표6](1-나-①의 본문 괄호)의 규정에 따라 연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용이 아니라고 검토하였고, 이에 따라 2015.4.28. 청구법인의 경정청구를 거부통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 조특법 제10조에 따르면 전산시스템의 위탁개발비 및 인력개발비가 발생하는 경우, 해당 비용발생액에 대하여 증가분 방식이나 당기분 방식 중 납세자가 선택하여 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있고, 대법원 및 하급심 판례(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결, 서울행정법원 2013.8.22. 선고 2012구합31885 판결 등 다수)에 의하면 전산시스템의 구축은 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 전산시스템의 위탁개발비는 조특법 제10조의 연구개발비에 해당된다고 판시한 바 있다.

2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 [별표6] 1-나(연구개발-위탁 및 공동기술개발) ①에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에게 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 연구개발비 세액공제 대상으로 규정하면서 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다고 하고 있어 이전의 시행령과 비교하면 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구개발비 세액공제 대상에서 제외됨을 알 수 있는바, [별표6]의 개정취지는 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 연구인력비 세액공제 대상에서 제외하려는 것이고(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참고), 시행령 개정 이전에도 컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입비용은 세액공제대상에서 제외된다고 해석되거나(법규-2998, 2007.6.15. 등 참고) 결정된 바 있는데(조심 2010서979, 2011.12.28. 등 참고), 쟁점시스템 개발비가 시행령 개정 취지대로 단순 자산의 취득행위에 해당한다면 개정 이전 지출분도 세액공제 대상에 해당하지 않았어야 하나 다수의 선결정례에서 전산개발비는 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시킴으로써 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로 해석한 바 있고(조심 2012서3991, 2013.7.23. 등 참고), 시행령 개정 이후에도 금융회사의 차세대 시스템 개발비는 지식정보기술을 바탕으로 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경에 해당하지 않으며 세액공제 대상임을 인정한 바 있다(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등 참고).

개정된 시행령 [별표6]의 “시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”는 규정을 엄격하게 적용하여 모든 시스템 개발비가 단순 자산의 취득성격으로서 세액공제 대상이 아닌 것으로 본다면 이는 시스템 개발의 기술적 진전 목적을 인정한 기존의 선결정례나 판례에 비추어 불합리하고, 특히 장기간에 걸쳐 개발이 진행되는 차세대 개발의 특성상 같은 개발에 대하여 2010년 이전 지출분은 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하여 세액공제가 인정되지만, 이후 지출분은 단순 자산의 취득행위에 해당하여 세액공제를 적용받지 못하는 모순이 발생하며, 시행령 개정 이전에도 범용 소프트웨어 구입비용은 세액공제에서 제외되어 왔고 시행령 개정의 취지가 단순 자산의 취득행위에 대한 세액공제를 인정하지 않는 것임을 볼 때 [별표6]의 해당 제외규정은 창설적 규정이기보다 연구개발비의 범위를 해석함에 있어 기존 예규와 심판례의 입장을 명문화한 확인적 규정으로 보는 것이 합리적이므로 시스템 개발비 중 연구·인력개발비 세액공제의 취지에 부합하는 지출은 시행령 개정 이후에도 공제대상으로 인정하여야 한다.

전산시스템 도입방식은 크게 자체개발(위탁개발 포함)과 패키지 소프트웨어 구매로 구분되는데 자체개발 방식은 개발과정에서 시스템에 주변환경과 기업의 고유한 특성과 요구를 반영할 수 있다는 장점이 있고, 업종별로 표준화된 패키지 소프트웨어에 약간의 OOO을 거쳐 도입하는 패키지 소프트웨어 방식은 저렴한 비용과 유지관리의 편리함 등이 장점이며, OOO의 경우 OOO 등 외국계 업체의 패키지 소프트웨어로 OOO에 도입되었으나 초기에는 현지화의 어려움과 기업의 기존 시스템, 업무프로세스와의 충돌문제로 자체 개발되거나 고도의 OOO을 거치는 비중이 매우 높았고, 따라서 상용화된 범용 소프트웨어 도입이 아니라고 인정되는 자체개발 등의 부분에 대해서는 연구·인력개발비에 대한 세액공제가 인정되어 왔으며, 국내 OOO 산업의 성숙, 표준화된 전산시스템의 중요성, 패키지 도입의 경제성으로 인하여 현재의 OOO는 대부분이 약간의 OOO을 가한 패키지 소프트웨어 방식으로 도입되고 있는데, 이러한 흐름을 반영하여 2010년 시행령 개정에서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 시스템 개발의 대표적인 예로 OOO 등을 규정하였는바, 쟁점시스템 개발비 중 OOO 비중이 적은 패키지 소프트웨어 방식으로 도입된 건은 상용화된 범용 소프트웨어로 보아 세액공제를 배제함이 타당하지만, 기업이 자체적으로 판단한 필요성에 의해 자체개발(위탁개발 포함)한 건은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 하며 이는 2010년 개정사항과는 무관한 것이다.

마지막으로 쟁점시스템과 같은 차세대 시스템은 각 금융기관별로 도입목표에 따라 다양한 OOO를 투입하여 2～3년에 걸친 OOO의 단계를 거쳐 구축하게 되는데, 차세대 시스템에 다른 회사에서 개발이 이루어진 패키지를 OOO을 거쳐 이식하는 경우도 있지만 금융시스템의 복잡함과 자사에 최적화되고 타사보다 발전된 시스템을 도입하려는 필요성 때문에 자체개발이 훨씬 일반화되어 있고, 청구법인의 차세대 시스템 또한 다년에 걸쳐 개발이 이루어졌으며, 수많은 인력이 투입되어 청구법인에서 제공하는 서비스나 환경 등을 고려하여 가장 적절한 전산시스템을 구축한 것으로 이는 기술적 진전을 위한 시스템 개발에 해당하는 것이다.

결국 청구법인의 쟁점시스템 위탁 개발은 단순 자산의 취득행위로 볼 수 있는 정도의 상용 소프트웨어의 이식이 아니라 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 청구법인이 2012～2014사업연도에 쟁점시스템 개발을 위하여 지출한 비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

조특법 제9조 제5항에서 연구개발은 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있는데 여기에서 기술적 진전이란 과학 또는 기술 영역 수준에서의 전반적인 지식 또는 능력의 진전을 의미하는 것이지 회사 자체수준에서의 지식 또는 능력의 진전을 의미하는 것은 아니고, 청구법인은 쟁점시스템의 개발이 다년에 걸쳐 이루어졌으며 많은 인력이 투입되어 청구법인에서 제공하는 서비스나 환경 등을 고려하여 가장 적절한 전산시스템을 구축한 것으로 단순한 OOO에 해당하지 않고 기술적 진전을 위한 시스템 개발에 해당한다고 주장하고 있으나, 쟁점시스템은 기 구축된 타 은행의 차세대 시스템과 기능·기술 및 구축 배경 등에서 차이가 없고, 청구법인의 경정청구서 및 심판청구 이유서를 보더라도 쟁점시스템의 개발이 컴퓨터 과학 영역에서 기술적 진전을 이루기 위한 활동이 존재하였다는 점을 전혀 발견할 수 없다.

청구법인이 인용하고 있는 판례(서울행정법원 2013.8.22. 선고 2012구합31885 판결 외)는 원고의 시스템 개발이 기술적 진전을 이루었으므로 연구개발에 해당한다는 의미이지 모든 금융기관의 전산 시스템 개발이 연구개발에 해당한다는 것을 의미하는 것은 아니고, 동 판례는 판결대상 원고의 시스템 개발에 한정되어 적용되는 것일 뿐, 유사한 전산시스템을 개발했다 하여 모두 연구개발에 해당한다고 볼 수는 없으며, 연구·인력개발비 세액공제의 도입 취지를 확인해 봐도 세액공제의 목적 자체가 연구개발의 정의를 충족시킨 기업에게 연구·인력개발비 세액공제라는 세법상 특혜를 우선적으로 제공함으로써 기업간 경쟁을 유도하여 기업 및 산업수준에서의 경쟁력을 강화하기 위함일 뿐, 기업 자체 수준의 시스템 개선을 통한 원가절감 및 영업력 강화 등에 대해서도 세액공제를 하려는 데 그 목적이 있는 것은 아니다.

아울러 청구법인이 인용하고 있는 판례는 2001～2006사업연도분에 대한 것으로 2010.2.28 관련 법령 개정으로 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외하도록 규정하였으므로 동 판례를 본 사건에 적용하는 것은 적절하지 아니하고, 조세법규의 해석은 엄격하게 해석하여야 하며 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 더욱 엄격하게 해석하여야 하는바(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결 참조), 조특법상 연구개발로 보는 기술적 진전을 회사 자체 수준으로 확대 해석하여 특혜를 받으려고 하는 것은 조세공평의 원칙에 반하므로 청구법인의 쟁점시스템 개발을 조특법 제9조 제5항에서 규정하고 있는 연구개발로 보기도 어렵다.

2010년 2월 개정된 조특법 시행령 [별표6]에서는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외할 것을 명문화하였는데, OOO 등 시스템 개발의 의미를 해석함에 있어서 그 의미는 해당 법률(조특법)에서 찾는 것이 가장 타당하고, 조특법 제24조 제1항의 생산성향상시설 투자세액공제 대상을 보면 2003년도 법 개정 취지에서 OOO와 유사한 정보화 투자인 OOO, OOO 투자에 대하여도 OOO와 동일하게 세제를 지원하기 위하여 적용대상 설비를 추가하는 것이라고 밝힌 사실이 있는바, 조특법 시행령 [별표6]에서 ‘OOO 등 시스템 개발’로 규정한 것은 쟁점 세액공제 적용 시 OOO 및 이와 유사한 시스템 개발도 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 것으로 청구법인이 주장하는 것처럼 순수한 OOO 도입 비용을 의미하는 것이 아니라 OOO, OOO와 유사한 정보투자인 OOO·OOO 및 OOO를 의미하는 것이라 할 것이고, 기획재정부 유권해석(조세특례제과-671, 2016.5.31.)에서도 조특법 시행령 [별표6]의 OOO 등이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 OOO 및 이와 유사한 설비를 의미하는 것이라고 해석한 바 있다.

결론적으로 조특법 시행령 [별표6]에서 규정하고 있는 OOO 등 시스템 개발비용(OOO, OOO, OOO 및 OOO 개발 비용) 중 자체 개발비용은 연구개발의 정의에 부합될 경우 연구개발세액공제 대상이나, 위탁개발비를 제외하고 있는 이유는 OOO 개발자들OOO이 다수의 OOO 개발(여기서는 금융기관 전산시스템 구축) 경험을 통해 숙련된 기술을 보유하고 있고, 다른 업체에서 이미 달성된 수준의 소프트웨어 개발인 경우가 대부분이며, OOO 개발 자체가 새로운 소프트웨어를 개발한다기보다는 기존에 알려진 소프트웨어 개발 방법과 접근법을 적용하여 기업 업무프로세스(To-Be 시스템)에 맞게 적용할 뿐 조특법에서 규정하고 있는 연구개발의 정의에 부합하지 않기 때문인바, 청구법인의 쟁점시스템 개발은 OOO 등 시스템 개발 중 OOO 개발(위탁개발)에 해당하는 것이므로 조특법 시행령 [별표6]에서 규정하고 있는 OOO 등 시스템 개발에 포함되고 따라서 동 시스템의 위탁개발비용을 [별표6]의 규정에 따라 연구·인력개발비 세액공제대상에서 제외하는 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점시스템의 위탁개발비용이 조특법 시행령 별표6(1-나-①의 본문 괄호)에 정하고 있는 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하여 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제1조【목적】이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “조세특례”란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다.

제5조의2【중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례】대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신 촉진법」 제18조, 「산업기술혁신 촉진법」 제19조 및 「정보통신산업 진흥법」 제44조 제1항에 따라 2012년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」 제32조 및 「법인세법」 제36조를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)

2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비

제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

(중략)

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 일반연구인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구인력개발비가 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제 (2000.12.29.)

4. 전사적 기업자원 관리설비

4. 삭제 (2010.12.27.)

5. 전자상거래설비

5. 삭제 (2010.12.27.)

6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “공급망관리 시스템설비”라 한다)

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

(3) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2012～2013사업연도(의제사업연도 포함) 법인세 신고시 조특법 제10조의 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 쟁점시스템 위탁개발비를 반영하지 않았다고 주장하며 2015.1.29. 처분청에 제출한 경정청구서상 세액공제액 계산 내역은 다음과 같은바, 동 비용이 외부위탁 용역비라는 사실에 대하여 처분청과 청구법인 사이에 다툼은 없다.

(가) 주식회사 OOO의 2013.7.1.～2013.12.31.사업연도(의제사업연도) 연구·인력개발비(위탁개발비 및 인력개발비) 세액공제 산정 내역서에 의하면, 총 연구·인력개발비 OOO에서 연평균 연구개발비 OOO원을 차감한 초과지출액 OOO원에 공제율 OOO%를 적용하여 세액공제액 OOO원을 계산하였고, 여기에서 최저한세 적용에 따른 미공제액 OOO원과 기 신고한 세액공제액 OOO원을 차감한 OOO원을 당기 세액공제 신청액으로 산정한 것으로 나타난다.

(나) 주식회사 OOO의 사업연도별 세액공제 산정 내역서에 의하면, 2012사업연도의 경우 총 연구·인력개발비 OOO에서 연평균 연구개발비 OOO원을 차감한 초과지출액 OOO원에 공제율 OOO%를 적용하여 세액공제액 OOO원을 계산하였고, 여기에서 기 신고한 세액공제액 OOO원을 차감한 OOO원을 당기 세액공제 신청액으로 산정한 것으로 나타나며, 2013.1.1.～2013.6.30.사업연도(의제사업연도)의 경우 총 연구·인력개발비 OOO에서 연평균 연구개발비 OOO원을 차감한 초과지출액 OOO원에 공제율 OOO%를 적용하여 세액공제액 OOO원을 계산하였고, 여기에서 기 신고한 세액공제액 OOO원을 차감한 OOO원을 당기 세액공제 신청액으로 산정한 것으로 나타난다.

(2) 조특법 시행령 [별표6](제8조 제1항 관련)의 개정과 관련한 2010년 간추린 개정세법 해설자료에 의하면, 연구 및 인력개발비 세액공제의 요건 및 공제대상 연구·인력개발비용을 합리적으로 조정하기 위해 개정을 하였고, 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다고 하고 있으며, 주요 내용으로는 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한다고 하고 있다.

(3) 조특법 제24조의 개정과 관련한 2002년 간추린 개정세법 해설자료에 의하면, OOO와 유사한 정보화투자인 OOO, OOO 투자에 대하여도 OOO와 동일하게 세제를 지원하여 생산성 및 투명성을 제고하고, 2003.1.1이후 최초로 투자하는 분부터 적용한다고 하고 있으며, 참고로 정보화투자에 대한 세제지원 내역을 <표2>과 같이 기술하였다.

<표2> 정보화투자에 대한 세제지원

(4) 청구법인이 쟁점시스템의 위탁개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하며 그 증빙으로 제출한 내역은 다음과 같다.

(가) 쟁점시스템 구축 추진안(2011.9.15. 주식회사 OOO 전산정보부 작성)에 의하면, 추진 대상은 OOO 혁신, OOO 차세대 달성 및 OOO의 확보이고, 총 투입비용은 OOO인 것으로 나타난다.

(나) 쟁점시스템 구축 프로젝트 완료보고서(2013.11.14. 전산정보부 작성)의 추진개요 내용은 <표3>과 같다.

<표3> 프로젝트 완료보고서

(다) 차세대시스템 구축 효과(2014.6.3. 전산정보부 작성)의 주요 내용은 <표4>와 같다.

(5) 처분청이 쟁점시스템의 위탁개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 증빙으로 제출한 자료들은 아래와 같다.

(가) OOO 조세법원 판결문OOO주요 내용을 <표5>와 같이 제출하였다.

<표5> OOO 조세법원 판결문

(나) 2015년에 경제협력개발기구(OECD)에서 작성한 Frascati Manual(과학기술 지표)의 주요 내용을 <표6>과 같이 제출하였다.

<표6> Frascati Manual(과학기술 지표)의 주요 내용

(6) 청구법인이 이 건 심판청구와 관련하여 사전열람자료를 열람한 후 추가로 제출한 주장내역은 다음과 같다.

(가) 처분청은 차세대 전산시스템 구축비용이 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하여 세액공제를 받을 수 없다고 주장하나, 청구인의 차세대 전산시스템 구축은 조특법상의 연구개발 활동에 해당하고 동 위탁개발비용은 조특법 시행령 [별표6]에 규정하는 세액공제 대상 비용이다.

(나) 2010년 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 개정 취지는 본래 연구개발비 세액공제를 통하여 연구개발을 장려·촉진하고자 하는 취지에 부합하지 않는 OOO 도입과 같이 단순한 자산취득의 경우 공제대상에서 제외하겠다는 것으로, 즉 법령 문구를 정비함으로써 본래적 의미의 연구·개발비 세액공제 제도의 취지를 더 잘 실현하고자 한 것이라고 볼 수 있다.

(다) 결국 조특법 시행령 [별표6]의 개정은 ‘모든 시스템 개발 비용’을 세액공제 대상에서 제외하고자 함이 아니라, 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당한다고 볼 수 있는 OOO 및 그와 유사한 설비에 대하여만 세액공제 대상에서 제외하려는 것으로 해석해야 하는바, 이와 같은 입장에서 금융기관의 차세대시스템 개발은 단순 자산 취득행위에 해당하지 않으므로 동법 시행령 개정과 상관없이 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다.

(라) OOO란 ‘구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비’를 의미하며( 조특법 제5조의2 제1호), 조특법상 열거되어 있는 다양한 정보화설비(OOO, 전자상거래설비, 공급망관리시스템설비, 고객관리시스템설비 등) 중 하나에 해당하고, 2003년도의 생산성향상시설 투자세액공제 대상 확대에 대한 개정세법 해설 취지에서도 OOO, 전자상거래설비, 공급망관리시스템설비, 고객관리시스템설비 등의 개념을 설명하고 있는바, 결국 OOO는 전자상거래설비, 공급망관리시스템설비, 고객관리시스템설비 등과 함께 병렬적으로 규정된 정보화설비 중 하나임을 알 수 있고, 실무적으로는 제조업에서 재고관리, 생산관리를 재무회계 및 관리회계와 연동하는 시스템으로 기업내부관리 생산성, 투명성 제고에 중점을 두어 기업의 자원을 관리하기 위한 목적의 설비임을 알 수 있다.

(마) 이와 달리, 쟁점시스템은 금융기관의 비지니스 전략을 효과적으로 반영할 수 있도록 비즈니스와 첨단 IT 기술을 결합한 시스템으로서, 금융서비스의 효율적인 제공을 위하여 금융기관에 새로 도입된 하드웨어, 소프트웨어, 운영체계 전반을 말하는바, 쟁점시스템은 단순히 기업의 자원을 관리하기 위한 목적에서 이용되는 것이 아니라 금융상품의 개발 및 금융서비스의 제공 등 금융기관의 본질적이고도 핵심적인 비지니스 자체를 수행하기 위해 필수적인 시스템이기에 개발 및 구축을 하는 것이고, 금융기관이 차세대시스템을 구축하여 이용하는 이유는 현대사회의 급속한 금융환경의 변화 및 신규업무 신설에 발 맞추어 비지니스를 수행하여 고객의 새로운 기대 및 요구 수준을 충족하고 수익성을 높여 경쟁에서 도태되지 않으려는 것으로 점차 복잡 다각화되는 금융업무를 처리함에 있어 기존의 설비로는 비효율적이고 업무에 한계가 있기 때문이며, 이와 같은 차세대시스템 개발의 특성 때문에 차세대시스템은 애초에 이를 위탁 개발하여 구축·사용하는 금융기관에게 소유권 등 지적재산권이 속하고, 위탁받아 개발한 개발업체에게 속하지 아니하며, 차세대시스템은 도입 목적(기업의 자산 관리를 위한 것이 아니라 금융기관의 핵심 금융업무 자체의 수행을 위함), 개발 기간과 과정(단순히 패키지를 구입하여 OOO할 수 있는 수준이 아니라 장기간 복잡하고 실패의 위험성이 높은 개발 단계를 거쳐야 함), 개발 과정의 특성(각 금융기관 별로 비지니스 내용과 목적에 맞게 개별적으로 개발 초기단계부터 이루어져야 함), 시스템의 소유자(지적재산권 등의 소유자는 개발업체가 아니라 개발을 위탁하여 구축하고 사용하는 금융기관), 효과(기업의 자산 관리 효율화가 아니라 새로운 금융상품 개발 등 업무 영역의 확대 및 효율화 등)의 측면에서 알 수 있듯이 단순히 상용화된 소프트웨어를 구입하는 등의 단순한 자산취득에 해당한다고 볼 수는 없는 것이다.

(바) 마지막으로, 처분청은 청구법인이 인용한 선결정례 등이 2010.2.18. 조특법 시행령 [별표6] 제1호 나목의 개정 이후 발생한 이 사건에는 적용될 수 없다고 주장하고 있으나, 2010년 개정내용은 OOO 등을 제외하는 것 외에 기존 법령과 하등의 차이가 없으므로 동 주장은 타당하지 아니하다.

(7) 기타 OOO 등 시스템과 관련한 사항은 다음과 같다.

(가) 조특법 제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 관한 과세특례) 규정에서는 중소사업자가 일정 출연금에 대하여 과세이연을 받을 수 있는 특례를 부여하면서 투자대상 중 하나로 OOO를 언급하였는데 “구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비”로 정의하고 있다.

(나) 기타 OOO를 언급하고 있는 다른 자료OOO에서는 OOO에 대하여 “경영업무 의제기능을 유지하도록 설계된 일련의 어플리케이션으로 차세대 경영업무 시스템을 대표하는 것”, 즉 “기업 내의 생산·회계·인사 등의 업무프로세스들을 지원하고 이를 통해 발생된 모든 정보들을 상호 공유하고, 새로운 정보생성 및 신속한 의사 결정을 지원하는 시스템으로 최근에는 고객정보, 상품정보, 제품개발정보 등 각종 정보의 지원까지 포괄하고, 모든 자원 흐름을 부서 단위가 아닌 기업 전체의 흐름에서 최적관리를 가능하게 하는 통합시스템”으로 정의하고 있고, 확장형 OOO는 기존의 OOO시스템에 기능적, 기술적 사항이 추가된 개념으로서 공급망 관리, 영업인력 자동화, 고객지원기능의 추가로 표현될 수 있으며, 기업의 회계·인사·물류·생산·설계 등 업무중심의 고유기능에 대한 확장은 물론 경영혁신 지원, 선진 정보와 첨단 기술의 추가, 산업유형 지원확대, 전문화분야의 확대 적용으로 기업의 비즈니스 시스템을 포괄적으로 지원하는 지능형 시스템으로 전개·확장하여 개념을 사용하고 있는 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템이 기존에 없었던 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동의 일환으로 외부업체에 위탁하여 개발을 진행하였고, 금융기관의 핵심 금융업무 수행, 대규모·장기간의 개발과정 소요, 개발 결과물의 청구법인 소유 등을 이유로 들어 OOO 등 시스템의 개발과는 근본적으로 다른 연구·개발활동에 해당하고, OOO와 같은 단순 자산의 취득 행위와는 분명히 구분되는 것이라고 주장하고 있으나, 쟁점시스템이 비록 표준화된 모델기반 개발방식, 신상품 개발속도 향상, 사용자 편리성 확대, 대내외 채널의 통합관리, 고객정보 보안체계 강화 및 운영체계 개선이라는 목표 하에 상당한 기간에 걸쳐 고액의 비용을 소요하여 개발된 것이라 하더라도, 동 시스템 개발의 주된 목적이 청구법인 내부의 생산성·효율성 향상, 영업경쟁력 및 고객관리 강화 등을 위하여 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 것으로 보이는 점, 그 내용이 새로운 소프트웨어의 개발이라기보다는 전문 개발업체를 통하여 다른 금융기관에서 이미 구축된 소프트웨어 개발방법과 접근법 등을 적용하여 청구법인의 종전 전산시스템을 개선한 것으로 보이는 점, 2010.2.18. 조특법 시행령 [별표6]을 개정하면서 위탁 및 공동연구개발비용 중 OOO 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다고 하였는데, 이는 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구·인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 OOO 등 시스템 개발 위탁비용으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 관련 법령에서 서비스 분야의 연구개발 활동은 자체 연구개발비만 세액공제 대상으로 한정하고 있는데, 청구법인의 쟁점시스템 개발과정에 새로운 서비스 또는 서비스 전달체계에 관한 연구개발 활동이 포함되었다면 관련 위탁비용은 원천적으로 세액공제 대상에서 배제되는 것이 타당한 점, OOO는 정보화투자에 대한 세제지원 대상의 하나로 OOO 등 정보화투자의 개념에 OOO를 비롯하여 쟁점시스템에 해당하는 OOO 정보시스템도 포함되는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점시스템의 개발은 OOO 내지는 이와 유사한 시스템에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 쟁점시스템의 위탁개발비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.