1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 부가가치세법상 과세대상인 고속철도 여객운송, 화물운송, 임대사업 등과 부가가치세법상 면세대상인 일반철도, 광역철도 여객운송 사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 2008. 6. 26. 철도산업발전기본법 제32, 33조에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하였다

(이하 ‘이 사건 보상계약’이라 한다). 이 사건 보상계약의 주요 내용은 원고가 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지 철도산업발전기본법 제3조 제11호, 제32조 제2항 및 이 사건 계약에 따라 3가지 종류의 공익서비스 즉, ① 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면(이하 ‘운임감면’이라 한다), ② 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 함에도 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선의 운영(이하 ‘벽지노선 운영’이라 한다), ③ 국가의 특수목적 수행을 위한 특별동차의 운영(이하 ‘특별동차 운영’이라 한다)을 제공하고, 국토해양부장관이 위 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 것이다.

다. 원고는 국토교통부장관으로부터 2008년 공익서비스 제공비용 보상액으로 합계 266,168,000,000원(운임감면 92,354,000,000원, 벽지노선 운영 172,298,000,000원, 특별동차 운영 1,516,000,000원)을 지급받았다

이하 '이 사건 공익서비스보상액'이라 한다

. 라. 원고는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서, 공통매입세액 716,522,000,000원을 앞서 본 부가가치세 과세대상 및 면세대상 사업의 총 공급가액에 대한 면세대상 사업의 공급가액 비율을 적용하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하고, 이를 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

마. 그런데...