조심 2018중3462 (2019.01.24)

법인

재조사

청구법인의 연구개발은 거래처로부터 받은 설계도면에 대해 생산(금형제작)에 필요한 수정 등을 하는 것이므로 「조세특례제한법」제9조 제5항이 규정하는 “연구개발”의 범위에 포함된다고 볼 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 볼 수 있는 측면이 있으나, 청구법인의 기업부설연구소가 미래창조과학부장관의 인정을 받은 점 등에 비추어 청구법인의 연구개발이 「조세특례제한법」제9조 제5항이 규정하는 “연구개발”의 범위에 포함된다고 볼 수 있는지 여부 등 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용이 가능한지를 재조사하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨

국세기본법 제14조

OOO이 2018.3.5. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 2018.5.8. 청구법인에게 한 2013～2015사업연도 법인세 합계 OOO원OOO의 부과처분은 청구법인의 2012～2015사업연도 연구․인력개발비를 재조사하여 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등에 대하여는 「조세특례제한법」제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] 를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 소형카메라모듈 등의 플라스틱사출제품 등 제조업을 영위하는 법인으로, 2012～2015사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] 합계 OOO원을 적용받았다.

나. 처분청은 2018.1.24.부터 2018.2.13.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다는 사유로 청구법인이 적용받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 부인 등을 하여, 청구법인에게 2018.3.5. 2012사업연도 법인세 OOO원, 2018.5.8. 2013～2015사업연도 법인세 합계 OOO원OOO을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.19. 이의신청OOO을 거쳐 2018.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 아래와 같은 사유로 부당하다.

(1) 처분청은 2016.12.29. 입사한 기업부설연구소장과 다른 부서로 전출된 직원의 문답서 내용 등을 근거로 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하였고, 청구법인의 연구소 전담연구원들이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 볼 수 있는 객관적이고 구체적인 과세근거자료가 없으며, 반면 청구법인에게는 청구법인이 일반관리부서의 영업활동과 엄연히 구분되는 연구활동을 실질적․지속적으로 수행한 것으로 볼 수 있는 증거가 충분하므로, 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인한 것은 근거과세의 원칙을 위배한 것이다.

(2) 청구법인은 매년 4월말까지 청구법인의 기업부설연구소에서 수행하는 연구개발활동에 대하여 ‘연구개발 활동조사표’를 OOO에게 제출하였고, OOO은 2014.6.17. 청구법인의 기업부설연구소에 대해 인적․물적요건 등 연구소 운영실태에 대한 전반적인 현지확인을 실시하였고, 청구법인 기업부설연구소의 연구개발활동 수행내용 등을 확인하였다는 내용이 포함된 OOO의 현지확인 보고서가 명백히 존재한다.

(3) 청구법인은 지속적인 연구개발의 결과로 2014.6.9. OOO 취출분류장치, 카메라 경통 제조용 OOO 및 OOO 자동선별장치 등의 특허를 등록하였고, 청구법인의 기업부설연구소는 심리일 현재도 엄연히 존재하고 있다.

(4) 처분청은 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 당초신고내용대로 인정하거나 그 적정 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 다음과 같은 사유로 정당하다.

(1) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 착수당시 청구법인의 본사건물에 게시된 청구법인의 2017.3.10. 현재 조직도와 청구법인의 2011․2012년 직원 근태현황자료 등에 의하면, 청구법인에는 연구전담부서(기업부설연구소)가 없는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 연구․인력개발비는 과학적․기술적 진전을 위한 것이 아닌 거래처의 확정된 도면을 가지고 OOO제품을 양산하기 위한 일반재료비 등의 제조원가에 해당한다.

(3) 청구법인의 기업부설연구소장 등과 처분청 세무공무원 간의 문답서에 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하고 있다는 내용이 나타난다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 조세특례제한법

제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

②～④ (생 략)

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1.․2. (생 략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.(단서 생략)

가. (생 략)

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(3) 조세특례제한법 시행령

제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.(단서 생략)