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[청구번호]
[청구번호]조심 2015중2785 (2016. 6. 15.)
[세목]
[세목]법인[결정유형]경정
[결정요지]
[결정요지]□□□□□의 실제 경영자 ○○○에 대한 조사청의 고발에 대하여 검찰에서 증거불충분을 이유로 무혐의 처분한 점, 처분청은 이 건 부과처분 중 조사청이 □□□□□와 유사하게 자전거래의 대금지급형태를 보인다는 이유 등으로 자료상으로 고발한 ◇◇◇◇◇◇에 대한 과세처분에 대하여 ◇◇◇◇◇◇가 제기한 행정소송 관할 법원의 조정결정에 따라 이를 감액ㆍ취소한 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[관련법령]
[관련법령] 부가가치세법 제16조 / 부가가치세법 제17조 / 법인세법 제19조
[주 문]
OOO세무서장이 OOO. 청구법인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 OOO 및 2008사업연도 법인세 OOO의 각 부과처분은 청구법인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO 주식회사로부터 발급받은 공급가액 OOO인 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 그공급가액 상당액을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 이를 각하한다.
[이 유]
1. 처분개요
가.청구법인은 OOO 기간 중OOO에서 하드웨어 도소매업, 소프트웨어 개발업 등을 영위하던 법인사업자로,
2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 소프트웨어 개발용역을 공급받은 것으로 하여 주식회사 OOO(대표이사 : OOO, 이하 “OOO”라 한다) 및 OOO 주식회사(대표이사 : OOO, 이하 “OOO”라 하고, 두 매입처를 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)로부터 공급가액 OOO의 세금계산서 각 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취한후관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 매입액을 손금에 산입하여 부가가치세 및법인세를 각 신고하였다.
나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO(조사기간 : 2012.3.20.～2012.5.15., 대상기간 : 2006.1.1.～2009.12.31.) 및 OOO(조사기간 : 2011.7.27.～2011.11.14., 대상기간 : 2005.7.1.～2009.12.31.)에 대한 자료상혐의조사를 각 실시하여, 쟁점세금계산서가 거짓으로 발행된 것으로 보아 이와 관련된 과세자료를 처분청에 통보하였고,
처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서와 관련된 매입액 및 매입세액에 대하여 전액 손금불산입 및 매입세액 불공제하여, OOO 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 OOO 및 2008사업연도 법인세 OOO을 각 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 세법에 따라 적법하게 쟁점거래를 하면서 쟁점세금계금계산서를 수취하고 그 거래대금을 실제 지급하였고, 기업회계기준에 의하여 회계처리하였음에도 처분청이 어떠한 해명요구 없이 조사청의 조사결과에 근거하여 쟁점거래를 가공거래로 확정한 후 이 건 부과처분을 한 것은 근거과세의 원칙에 위배되어 부당하다.
쟁점거래처들은 이 건 부과처분 이후 행정소송을 제기하여 OOO가 처분청으로부터 부과받은 세액은 행정법원으로부터 조정권고를 받은 처분청이 이를 직권으로 감액 또는 취소하면서 이 건 부과처분 중 OOO 관련 부분도 함께 감액하였으나, 유사한 사안임에도 불구하고 처분청이 OOO와 관련된 부분에 대해 아직까지 취소하지 아니하는 것은 부당하다.
나. 처분청 의견
쟁점거래처들은 실질적으로 사업장 없는 실체 없는 법인들로 소프트웨어 개발사업을 영위하지 아니하였음에도 공급가액 OOO 이상의 거짓세금계산서를 수수하여 검찰에 고발되었고, 청구법인이 제출한 금융거래 내역 등 증빙서류를 통해 쟁점거래가 실제거래라는 것이 입증되지 아니하므로 이 건 부과처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세(매입세액 불공제) 및 법인세(매입액 손금불산입)를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법률
제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성연월일
5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항
제17조[납부세액]② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1의2.제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
제19조 [손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청이 제출한 쟁점거래처들에 대한 조사종결보고서, 결의서, 청구법인의 사업자등록 현황, 송달내역 등 및 청구법인이 제출한 이 건 부과처분 중 일부가 감액된 내역과 관련된 증빙자료를 살펴보면, 아래와 같이 이 건 과세처분 내역이 나타난다.
(가)청구법인의 법인등기부등본을 살펴보면, 청구법인은 OOO 대표이사가 ‘OOO’에서 ‘OOO’으로 변경되었고, 하드웨어 및 소프트웨어 제조, 개발, 도소매업, 하드웨어 및 소프트웨어 시스템판매, 통합 및 유지보수, 서비스업 등 6개의 업종을 영위하였으며, OOO 상호가 ‘OOO’에서 이 건 심판청구시 상호로 변경되었고, OOO 주주총회 결의에 의하여 해산(사업자등록상 폐업일은 OOO)된 것으로 나타나며,
청구법인의 2008년 제2기 부가가치세 신고 내역을 살펴보면, 쟁점거래금액은 매입액(공급가액) OOO 중 30.8%(고정자산 관련 매입액 제외시 34.7%)이고, 매출액은 OOO이며, 2008사업연도 법인세 신고내역을 살펴보면, 수입금액은 OOO으로, 과세표준은 OOO으로 나타난다.
(나)조사청의 쟁점거래처들에 대한 조사 내역은 아래와 같다.
1) 먼저 OOO에 대한 조사 내역을 살펴보면, 다음과 같다.
가)OOO는 OOO 기간 중 OOO에서 서비스 및 온라인정보제공업을 영위하던 법인사업자로, 2008년 제1기～2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 거짓세금계산서OOO를 수수한 것으로 과세자료가 통보되어 자료상 혐의에 대한 조사대상자로 선정되었고,
OOO의 조사대상기간(2005년 제2기～2009년 제2기) 중 부가가치세 신고내역을 살펴보면, 매출액 OOO 및 매입액 OOO(각 공급가액 기준)을 각 신고한 것으로 나타난다.
나) 조사청은 OOO의 금융거래 내역을 조사하여, 거래대금 입금 후 여러 개의 계좌를 통해 이를 다시 출금한 후 재입금하는 등 가공거래를 실제거래로 위장할 목적으로 금융조작을 한 혐의가 있다고 보았고, 특히 실제 경영자 OOO의 배우자가 대표이사인 OOO를 중심으로 여러 업체가 포함된 ‘삼각형 형태의 거래(자전거래)’ 흐름을 보이고 있다고 판단하였다.
다) 조사청은 OOO의 사업장을 확인하여, 명의상 대표이사는 OOO이나, 실제 경영자는 OOO이고, OOO은 OOO의 매출과 관련하여 처분청이 자전거래 형태라고 본 거래구조상의 업체들 중 하나인 OOO(OOO의 배우자가 대표이사이다)에 근무하면서 연극단을 운영 중인 것으로 확인되었으며, OOO 명의의 금융계좌 거래내역을 보면 임차료, 직원급여 지급 내역이 확인되지 아니하였고, OOO의 폐업신고를 OOO의 직원이 작성ㆍ제출하였다는 등의 이유로 사실상 사업장이 없는 것으로 판단하였다.
라) 조사청은 쟁점거래에 대하여 조사하여, 금융거래내역은 조사 당시 확인되지 아니하였고, 청구법인이 쟁점거래를 통해 제공받은 용역은 게임 애플리케이션 소프트웨어 개발용역OOO이나, 제출된 관련 계약서로 구체적인 내용 및 관련 매입처가 확인되지 아니한다고 보았으며, 관련 매입처가 조사대상기간 중 매입 및 매입거래에 대해 가공거래가 있는 OOO으로 추정되어 쟁점거래를 전액 가공거래로 확정하고, 2007년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 신고내역을 확인한바, 전부 자료상 혐의가 있다고 판단하였다.
마) 조사청은 OOO의 거래 내역 중 쟁점거래 외 매출 및 매입처와의 거래에 대하여 조사하여,거래내역에 대한 증빙자료가 제출되지 아니하여 거래품목이 확인되지 아니하거나, 계약서등의 증빙자료를 통해 구체적인 거래내역 및 관련 품목의 거래처가 확인되지 아니하는 등 거래 내역의 확인이 불가하다고 판단하였다.
바) 조사청은 OOO가 조사대상기간 중 교부한 매출세금계산서 금액 전부 및 수취한 세금계산서 대부분(99.9%)을 거짓으로 수수한 것으로 확정하고, OOO의 대표이사 OOO 및 실제 경영자를 검찰에 고발하였으며, OOO로부터 거짓세금계산서를 수수한 사업자 및 조사과정에서 자료상 혐의가 있는 사업자 관할 세무서에 각 과세자료를 통보하였다.
2) 다음으로 OOO에 대한 조사 내역을 살펴보면, 아래와 같다.
가)OOO는 OOO 기간 중 OOO에서 서비스 및 소프트웨어개발업을 영위하던 법인사업자로, 2006년 제1기～2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 거짓세금계산서OOO를 수수한 것으로 과세자료가 통보되어 자료상 혐의에 대한 조사대상자로 선정되었고,
조사대상기간(2006년 제1기～2009년 제2기) 중 부가가치세 신고내역을 살펴보면, 매출액 OOO 및 매입액 OOO (각 공급가액 기준)을 각 신고한 것으로 나타난다.
나)조사청은 OOO가 OOO은 OOO의 대표이사인 OOO의 누나이다)의 사무실로 사업장을 이전하였고, OOO의 금융거래 내역에 대한 조사 결과, 직원급여가 OOO 등을 통해 지급되는 등의 이유로 OOO에서 근무한 직원은 없으며, OOO 소유의 컴퓨터 등을 이용하여 계좌이체한 것으로 확인된다는 등의 이유로 실질적으로 사업장이 없었던 것으로 판단하였고,
또한, OOO가 거래처들로부터 거래대금이 입금되면 20～30분 이내에 다른 업체 명의의 계좌에 동 대금이 입금되고 동 대금은 20～30분 이내에 또 다른 업체 명의의 계좌로 입금되는 형태를 반복하고 있어 자전거래의 형태를 보였고, 매입 및 매출세금계산서를 정상적인 방법으로 수수한 것으로 위장하기 위하여 각 거래와 관련된 계약서 등 증빙자료를 허위로 작성한 것으로 판단하였다.
다)조사청은 OOO가 독립된 지위에서 정상적으로 사업을 영위하지 아니한 페이퍼컴퍼니에 불과하여 2006년 이후 수수한 매출 및 매입세금계산서 중 소프트웨어 개발과 관련된 세금계산서의 매입액 전액을 가공거래금액으로 확정하고, OOO에 대한 고발 및 거짓세금계산서를 수수한 거래처들에 대한 과세자료 통보를 하였다.
(다)처분청은 OOO 조사청으로부터 통보받은 과세자료에 따라 이 건 과세처분을 하였으나,
OOO가 제기한 행정소송에서 법원의 조정권고 결정OOO에 따라 이 건 부과처분 중 일부를 감액하였는바, 동 법원의 조정권고 결정 및 감액 내역은 아래와 같다.
1) 동 법원의 조정권고 결정서를 살펴보면, OOO행정법원은 OOO가 제기한 행정소송의 신속ㆍ원만한 해결을 위하여, OOO지방국세청장이 변론기일OOO 전 행정법원에 제출한 준비서면[조사청이 OOO의 매입거래를 가공거래로 보아 부과한 부가가치세 중 일부(2007년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 매입한 금액 등 2건)를 제외한 매입거래를 정상거래로 보아 일부 세액을 감액한 내용이 나타나는 것]을 참조하여, 조사청에 OOO에 대한 부과처분을 취소할 것을 권고하였고, 조사청은 이에 따라 OOO에게 한 각 부가가치세 부과처분 중 일부를 취소하거나 감액한 것으로 나타난다.
2) 처분청은 동 법원의 조정권고에 따라 조사청이 OOO에게 부과한 부가가치세 중 일부를 취소하거나 감액하자, OOO 이 건 부과처분 중 부가가치세 OOO 중 OOO(가산세 OOO을 포함하고, 남은 세액은 가산세 OOO을 포함한 OOO이다)을, 법인세 OOO(가산세 OOO 포함) 중 OOO(가산세 OOO을 포함하고, 남은 세액은 가산세 OOO을 포함한 OOO이다)을 각 감액 경정하였다.
(2) 이에 대한 청구법인의 주장 및 증빙자료는 아래와 같다.
(가) 청구법인은 OOO 전 대표이사인 OOO가 자신이 보유한 제어 소프트웨어 관련 전문지식 및 경력을 바탕으로 대기업 연구소에 근무하던 지인들과 함께 OOO 관련 하드웨어 및 소프트웨어 개발 및 판매 목적으로 설립하였다가, OOO가 당초 계획의 일부 착오 및 글로벌 경제위기로 주식회사 OOO의 이사로 임용되면서, OOO이 청구법인을 청산할 목적으로 대표이사로 재직하였고, 그 후 OOO 청산되었다.
(나) 쟁점거래는 청구법인이 OOO에게 OOO용 웹 솔루션 OOO용 웹화면 디자인 소프트웨어’의 개발을, OOO에게 OOO ‘게임 애플리케이션 소프트웨어’의 개발을 각 의뢰함에 따른 것이다.
(다) OOO은 청구법인이 해산OOO된 후인 OOO 처분청으로부터 쟁점거래가 가공거래라는 취지로 과세예고통지를 받았으나, 동 통지일 전에 청구법인에 대한 해명요구 또는 쟁점거래와 관련된 거래처, 거래내역, 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 본 사유 등에 대한 설명이 없었다.
(라) 청구법인은 「부가가치세법」 제6조 및 제7조에 의한 ‘과세대상 거래’를 같은 법 제9조에 의한 ‘거래시기’에 같은 법 제16조에 의하여 쟁점세금계산서를 적법하게 수취한 후 그 거래대금을 정당하게 지급하였고, 쟁점거래를 포함하여 신고하였으며, 기업회계기준에 의하여 정당하게 회계처리하였고, OOO이 쟁점거래 중 OOO와의 쟁점거래 후 미지급된 거래대금을 청산하기 위하여 마련한 동 대금 상당액을 청구법인 명의의 계좌로 이체한 후 같은 금액을 OOO 명의의 계좌로 이체하여 이를 정산한 것은 소프트웨어 개발사업과 관련하여 상식적으로 인정할 수 있는 적법한 거래관행에 의하여 상식적이고 보편타당한 상거래인데도, 처분청은 이를 통해 실제거래 없이 ‘뺑뺑이 거래(자전거래)’를 하였다는 것을 뒷받침된다는 의견인바, 이는 업계의 현실을 감안하지 아니한 것이므로 부당하며,
처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 실제거래 없이 허위로 수취하였다는 점에 대하여 상당한 정도로 입증하여야 함에도, 이에 대한 입증자료 또는 구체적인 이유를 제시하지 아니한 채 단순히 조사청이 쟁점거래처들에 대하여 조사한 후 처분청에 통보한 과세자료에 의하여 일방적으로 쟁점거래를 가공거래로 확정한 것은 근거과세의 원칙을 위반한 것으로 위법ㆍ부당하고,
청구법인이 제출한 금융거래 내역을 보면 계좌이체 방법으로 쟁점거래와 관련된 대금을 수수한 내역이 객관적으로 나타나므로 이를 통해 쟁점거래가 실제거래라는 사실이 확인됨에도 처분청이 이를 쟁점거래의 실제성에 대한 입증자료에서 배제한 것은 부당하다.
(마) OOO행정법원은 처분청이 과세근거로 한 조사청 조사결과에 대하여 OOO와 OOO 및 OOO 간의 일부 거래만 사실과 다른 세금계산서이고, 쟁점거래를 포함한 나머지 거래는 실제거래라는 취지로 동 소송에 대해 당사자간 조정을 권고하였고, 처분청은 이에 따라 OOO에 대한 부과처분을 감액 경정하였는바, 조사청의 조사결과에 따라 처분청이 한 이 건 부과처분도 조사청이 조사를 잘못하였다는 점에서 동일하므로 이미 감액 경정된 OOO 관련 부분 외에 OOO에 대한 부분도 취소되어야 하고,
처분청은 OOO가 조사청으로부터 자료상으로 검찰에 고발된 후 무혐의처분 되었음에도 동 검찰고발 사실과 쟁점거래 후 거래대금을 곧 바로 지급하지 않았다는 이유로 금융거래 내역을 위장한 것이므로 이 건 부과처분이 적법하다는 의견인바, 이러한 처분청 입장은 공권력의 남용에 해당되고 근거과세의 원칙에 위배될 뿐만 아니라 과세처분을 유지할테니 억울하면 소송을 통해 다투라는 의미로 납세자에게 매우 큰 고통을 주게 되어 부당하며,
조사청이 OOO에 한 과세처분은 OOO가 이와 관련하여 제기한 행정소송에서 담당 판사의 실수(심판청구시 청구인을 대표이사 OOO으로, 청구대상을 OOO에 대한 과세처분으로 하였으나, 행정소송시 담당판사는 원고를 실제 경영자인 OOO로, 소송물을 OOO의 제2차납세의무로 오인하였다)로 각하 판결을 받아 더 이상 다툴 수 없게 되었는바, 이로 인하여 청구법인을 포함한 OOO의 매출처들은 OOO의 사례와 달리 처분청 등 각 관할세무서장으로부터 과세된 처분의 당부에 대해 개별적으로 다투어야 하는 상황이 되었으나, 동 매출처들 중 ‘웰컴투엠’은 관련 행정소송에서 승소하였고, ‘OOO’는 관할 세무서에서 관련 과세처분을 하지 않았으며, 그 밖의 업체들도 세무조사 과정에서 사실거래로 인정받거나 세무조사를 받지 않았으므로, 이 건 과세처분 중 OOO와 관련된 부분도 취소되는 것이 타당하다.
(바) 청구법인이 위 청구주장을 하면서 제출한 증빙자료는 아래와 같다.
1)OOO의 이력서를 살펴보면, OOO는 1981년 2월 OOO 전자공학과(학사) 및 2002년 8월 OOO 대학원 전자정보공학과(석사)를 각 졸업하고, OOO 등에서 각 근무한 이력 및 유선설비기사 1급(1981년 취득) 및 고급정보통신기술자(1999년 취득) 등 자격을 보유하고 있는 등의 내역이 나타난다.
2)OOO가 작성한 것으로 보이는 진술서(작성일자 및 서명 날인 없음)를 살펴보면, OOO는 1)의 학력과 근무 내역에 대한 내용 더불어, 개발능력(전자제품 소프트웨어ㆍ하드웨어, 통신시스템 하드웨어 기술, 자동제어 소프트웨어ㆍ하드웨어)을 보유하여 국내 IT기술의 선두주자로 자부심과 긍지를 가지고 있고, 하드웨어 및 소프트웨어 개발과 도소매를 위하여 청구법인을 시작하였으나, 창업 후 글로벌 경기악화로 자금사정이 어려워 사업을 지속하지 못하고, 2010년 6월 지방의 소재기업으로 취직하였으나, 동 기업에서 이중취업을 허용하지 아니하였고, 동 기업의 퇴직 후 대기업에 재직중인 지인 기술자들과 OOO 등 디스플레이 사업을 할 계획이 있어 당분간 OOO에게 대표이사를 맡겼으나, 함께 사업을 하기로 한 지인들이 퇴직을 하지 않아 청구법인을 청산하게 되었다는 취지의 내용이 나타난다.
3)쟁점거래와 관련된 계약서들로, 먼저 OOO와의 계약서(2008.5.4. 체결)를 살펴보면, 청구법인과 OOO는 청구법인의 OOO용 웹화면디자인 소프트웨어 용역개발에 대하여, 개발총금액을 OOO으로, 개발기간을 OOO로, 대금지불방법에 대하여 “OOO는 청구법인에게 개발총금액과 관련된 세금계산서를 청구하고, 청구법인은 개발완료 확인 후 15일 이내에 동 금액을 OOO에게 현금 지급”하는 내용으로, 유지보수 기간 및 비용에 대하여 “개발 완료일부터 1년간 OOO는 청구법인의 안정적인 서비스에 지장이 없도록 성실하게 지원하여야 하고, 서비스기간 만료기간까지 프로그램 에러 버그에 대한 유지보수”를 하는 내용으로 계약을 체결한 것으로 나타나고, 이와 관련하여 OOO가 OOO에게 발급한 확인증을 살펴보면, 동 개발용역과 관련하여 관련 기능을 확인한다는 내용이 나타나며, 동 용역의 결과물로, 프로그램 언어로 작성된 10장의 소스코드를 제출하였다.
다음으로 OOO와의 계약서(2008.5.8. 체결)를 살펴보면, 청구법인과 OOO는 청구법인의 소프트웨어(2008년 하반기 OOO으로부터 이전받은 기술인 액세서리형 생체신호계측기 하드웨어에 바이오계측 서비스와 복합적으로 활용할 수 있는 게임 애플리케이션 소프트웨어) 개발용역에 대하여, 대가를 OOO으로, 계약기간을 OOO로, 대금지급 방법에 대하여 “OOO는 청구법인에게 대가와 관련된 세금계산서를 청구하고, 청구법인은 세금계산서를 수취한 후 제품의 하자를 테스트하여 그 결과에 하자가 없을 경우 동 금액을 OOO에게 현금 지급”하는 내용으로, 무상유지 보수 및 유지보수 계약에 대하여 “제품의 무상유지보수기간은 설치 완료 후 6개월이나, 제품의 요구사항에 대한 완성도가 떨어질 경우 연장할 수 있으며, OOO는 동 기간 중에 발생한 제품의 하자에 대하여 일정한 경우를 제외하고 무상지원”을 하는 내용으로 계약을 체결한 것으로 나타나고, 이와 관련하여 동 용역의 결과물로, 프로그램 언어로 작성된 14장의 소스코드를 제출하였다.
4)쟁점거래 중 OOO와의 거래와 관련된 위 2)의 계약서 내용 중 청구법인이 OOO으로부터 이전받기로 한 소프트웨어에 대하여, 청구법인과 OOO 간에 체결된 소프트웨어 개발용역 관련 기술이전계약서를 살펴보면, OOO은 청구법인에게 동 연구원이 보유하고 있는 ‘액세서리형 생체신호 계측시스템 중 생체신호 계측기 하드웨어 기술’에 관하여 비독점적 통상실시권을 허여한다는 취지로, 기술이전의 목적을 “청구법인으로 하여금 동 연구원 기술의 산업화 촉진”으로, 계약 내용을 “연구원은 청구법인에게 동 기술을 이용하여 제품을 생산ㆍ판매할 수 있도록 동 기술에 대한 비독점적 통상실시권 허여”로, 계약 기간을 계약일OOO로, 제품생산 실시에 대하여 “연구원은 동 기술을 이용한 제품의 시장 적합성과 경제성 및 판로시장 개척 또는 영업에 대해서 책임을 지지 아니한다”라는 내용으로, 기술료 등에 대하여 “청구법인은 동 연구원에게 착수기본료로 OOO 및 동 기술을 이용한 제품의 매출정률사용료로 국내외 판매수입의 2%를 지급”하는 내용으로 계약을 체결한 것으로 나타난다.
5)쟁점세금계산서 사본, 청구법인 명의의 OOO 예금계좌(233-050***-**-***) 사본을 살펴보면, 쟁점거래 중 OOO와의 거래와 관련하여, 쟁점세금계산서의 작성일은 OOO, 공급대가는 OOO이고, 청구법인은 OOO로부터 입금된OOO을 재원으로 하여 OOO에OOO을 각 입금한 것으로 나타나며,
OOO와의 거래와 관련하여, 쟁점세금계산서의 작성일은 OOO 공급대가는 OOO이고, 청구법인은 OOO에OOO을 각 입금OOO하였으며, 각입금일에 OOO이 청구법인 명의의 OOO 예금계좌에 같은 금액을 입금한 것으로 나타나며,
OOO 대표이사인 OOO이 발급한 것으로 보이는 입금표(공급자란에 OOO의 기명과 대표이사 직인이 날인된 것)를 살펴보면, OOO가 청구법인으로부터 ‘개발비’ 항목으로 위 금융거래내역상의 금액 및 OOO(‘수표 현금 지불’이라는 기재가 되어 있다)을 받았다는 내용이 나타난다.
6)OOO행정법원 OOO 판결문을 살펴보면, 동 법원은 OOO이 조사청을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 관련 제2차 납세의무지정 취소소송에 대하여 적법한 전심절차를 거치지 아니하였다는 이유로 각하한 것으로 나타난다.
7)OOO지방검찰청검사장이 발급한 사건처분결과증명서OOO 및 항고기각증명(2013.2.15. 발급된 것으로 2012고불항 제7963호 사건의 결정서 및 통지문이 첨부된 것)을 살펴보면, OOO지방검찰청장은 조사청이 OOO의 실제 경영자인 OOO 및 OOO 대표이사인 OOO에 대하여 고발한 건에 대하여 OOO 각 ‘혐의없음(사유 : 증거불충분)’ 처분한 것으로 나타난다.
(3) 이에 대한 처분청 의견은 아래와 같다.
(가) 쟁점거래 중 OOO와의 거래와 관련하여, 쟁점세금계산서의 작성일자는 OOO이고, 청구법인과 OOO 간에 체결된 계약서를 살펴보면, 개발기간은 OOO으로, 대금지급은 세금계산서를 수수한 후 이루어지고 개발이 완료된 후 15일 이내에 지급한다고 나타나며, 청구법인 명의의 OOO 예금계좌(233-050***-**-***)의 거래내역을 살펴보면,청구법인은 아래 <표1>와 같이 OOO에게 OOO을 각 계좌이체하였음이 나타나는바, 청구법인은 동 계약서에 의하면 OOO까지 대금지급이 이루어져야 하나, 동 계약서상 대금지급일보다 훨씬 늦게 대금이 지급되었고, 조사청의 OOO에 대한 조사 결과, OOO가 거래대금을 입금받으면 바로(몇 분 단위) 이를 출금하는 등의 방법으로 금융거래를 위장하였다는 등의 이유로 OOO을 전부 자료상으로 검찰에 고발한 점 등에 비추어 쟁점거래가 실제거래라는 청구주장을 신뢰하기 어렵다.
<표1> 쟁점거래 중 OOO와의 거래 관련 대금지급 내역
(나) 쟁점거래 중 OOO와의 거래와 관련하여, 쟁점세금계산서의 작성일자는 OOO이고, 청구법인과 OOO 간에 체결된 계약서를 살펴보면, 개발기간은 OOO으로, 대금지급은 세금계산서를 수수하고 제품의 이상 유무를 확인하여 제품이 정상적인 경우 현금으로 지급한다고 나타나며, 위 청구법인 명의의 OOO 예금계좌의 거래내역을 살펴보면,청구법인은 아래 <표2>와 같이 OOO에게 OOO, OOO 및 OOO을 각 계좌이체하였음이 나타나는바, 청구법인은 동 계약서에 의하면 2008년 중에 대금지급이 이루어져야 하나, 동 계약서상 대금지급일보다 3년이 지난 2011년에 대금이 지급되었고, OOO이 청구법인 명의의 OOO 계좌로 일정 금액을 이체한 날에 동 계좌에서 OOO에게 동일 금액이 이체된 점에 비추어 동 금융거래를 통해 쟁점거래대금의 지급을 위장한 것이다.
<표2> 쟁점거래 중 OOO와의 거래 관련 대금지급 내역
(다) OOO 명의의 다른 예금계좌OOO의 금융거래 내역을 살펴보면, 거래대금이 입금된 후 20～30분 이내에 다른 업체 명의의 예금계좌로 동일 금액이 입금되고, 동 계좌에 입금된 금액도 20～30분 이내에 또 다른 업체 명의의 예금계좌로 입금되는 금융거래 형태를 반복하고 있는바, 이는 실제거래 없이 이른바 ‘뺑뺑이 거래(자전거래)’를 하였다는 조사청 조사결과를 뒷받침하고 있는 것이다.
(라) 그 외 OOO는 실질적으로 사업장이 없어서 실체가 없는 법인으로 소프트웨어 개발사업을 영위하지 아니하였음에도 공급가액 OOO의 매출ㆍ매입 세금계산서를 거짓으로 수수하였고, OOO도 공급가액 OOO 이상의 세금계산서 전부를 거짓으로 교부하였다는 이유로 각 검찰에 고발된 점에 비추어 쟁점거래가 실제거래라는 청구주장을 신뢰하기 어렵다.
(4) 청구법인의 대표이사인 OOO은 OOO 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 청구이유에 대한 진술과 더불어, 청구법인이 조사청 조사 당시 쟁점거래를 통해 OOO 등으로부터 납품받은 프로그램을 조사청에 제출하며 이를 검토한 후 쟁점거래의 실제거래 여부를 판단하여 달라고 요청하였으나 조사청은 이를 검토하지 아니하였고, 소프트웨어를 개발하는 업체는 상대방의 기술이 필요하면 상호간 거래가 이루어지므로 매입처가 매출처가 될 수도, 반대로 매출처가 매입처가 될 수도 있으며, OOO은 청구법인을 청산하기 위해 대표이사에 부임한 이후 부임 전 청구법인이 OOO 등 거래처들에게 지급하지 못한 미지급 대금을 완제하기 위한 목적으로 재원을 마련하던 중 수시로 매출처로부터 미수금을 받아 이를 청구법인 명의의 예금계좌로 재입금하여 쟁점거래대금을 지급하였고, 이는 동 업계의 영세성에 따른 불가피한 결과라는 취지의 진술을 하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률등을 종합하여 살펴본다.
(가) 먼저 이 건 심판청구 중 OOO와의 쟁점거래 관련 부분에 대하여 살피건대, 처분청이 OOO이 건 부과처분 중 이와 관련된 세액을 감액ㆍ취소하여 불복청구의 대상이 없는 점 등에 비추어 이 건 심판청구 중 OOO와 관련된 부분은 부적법한 심판청구에 해당하는 것으로 판단된다.
(나) 다음으로, 이 건 과세처분 중 OOO와의 거래에 대하여 살피건대, 처분청은 OOO가 공급가액 OOO 이상의 세금계산서 전부를 거짓으로 교부하였다는 이유로 조사청으로부터 검찰에 고발되었고, 청구법인의 대표이사 OOO은 거래대금이 입금되면 이를 바로 출금하여 다른 업체에게 출금하는 등 자전거래를 하였으며, 청구법인이 OOO에게 입금한 쟁점거래대금을 같은 날 청구법인 명의의 예금계좌에 재입금한 것을 볼 때 동 금융거래를 통해 쟁점거래대금의 지급을 위장한 것으로 보인다는 등의 이유로 쟁점거래를 실제거래로 볼 수 없다는 의견이나,
OOO의 실제 경영자 OOO에 대한 조사청의 고발에 대하여 검찰에서 증거불충분을 이유로 무혐의 처분한 점, 처분청은 이 건 부과처분 중 조사청이 OOO와 유사하게 자전거래의 대금지급형태를 보인다는 이유 등으로 자료상으로 고발한 OOO에 대한 과세처분에 대하여 OOO가 제기한 행정소송 관할 법원의 조정결정에 따라 이를 감액ㆍ취소한 점, 청구법인의 대표이사인 OOO은 대표이사로 재직할 당시 청구법인이 사업상 어려움으로 청산과정에 있어서 매출처로부터 받는 미수금 등 재원이 발생할 때 쟁점거래대금을 지급할 수 밖에 없었고, 거래대금을 바로 지급할 수 없는 소프트웨어 개발업계의 영세성으로 인하여 통상 거래대금 지급이 제때 이루어지지 못하였다고 주장하고 있으므로, 실제 대금이 지급된 이상 그 지급의 지연(3년)이 거래사실을 부인할 주요한 근거가 될 수 없는 점(이는 OOO의 경우에도 동일하였다) 등에 비추어 OOO와의 거래는 실제거래로 보이므로 처분청이 이와 관련된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 부적법한 청구이거나 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.