[청구번호]조심 2017서4974 (2018. 4. 9.)

[세목]부가[결정유형]기각

[결정요지]청구법인은 이 건 경정청구 시 수정세금계산서를 발급하지 아니한 채 동일한 거래에 대하여 이중으로 세금계산서가 발행되어 부가가치세가 이중으로 납부되었다고 하면서 경정을 요구하고 있는 점, 청구법인은 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 세금계산서 OOO원 중 OOO원이 이중으로 발급되었다고 하나 이를 뒷받침할 만한 객관적이고 명확한 근거를 제시하지 아니하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령] 「부가가치세법」제32조, 같은 법 시행령 제70조

[참조결정]조심2016서0237 / 조심2015서0632

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.10.25. OOO및 OOO 일원에 조성된 OOO 개발 및 분양(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 특수목적회사(SPC)이다.

나. 청구법인은 2015년 제2기 과세기간에 OOO을 ‘공급받는 자’로 하여 산업단지조성 용역비 명목으로 OOO의 세금계산서를 발행하였으나, 2013.4.25. 이후 시공사가 OOO에 세금계산서를 발행하고 매출신고를 하였으므로 위 발행금액 중 이중신고 금액이 포함되어 있다고 하면서 2017.5.12. 과다하게 신고한 부가가치세 OOO을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

다. 이에 대해 처분청은 청구법인이 그동안 세무조사 고지결정에 대한 불복, 경정청구 거부에 대한 이의신청 등을 통해 일관되게 청구법인이 주체로서 OOO에 산업단지조성 용역을 제공하였다고 주장하여 왔으나, 이 건 경정청구 시 기존과 다른 주장으로 이를 뒷받침할 만한 입증서류와 청구금액의 적정여부를 확인할 수 없다고 판단하여 2017.7.17. 위 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

OOO

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사업과 관련한 세금계산서발행의 관점에서 시공사, 청구법인, OOO의 관계를 다음의 두 가지 모형으로 설정한다.

OOO

(가) 처분청은 청구법인이 그 동안 주장해온 내용에 반하는 청구라고 하나, 청구법인이 이의신청 과정에서 주장해온 내용은 제1모형에 따른 경정청구이나 OOO은 이의결정시 청구법인의 제1모형의 경정청구 주장이 잘못된 것이라고 결정하였기에 청구법인은 제2모형의 경정청구를 주장하게 된 것이다.

(나) 설령, 처분청의 거부이유대로 주장을 번복하지 않고 제1모형을 취하더라도, 2013.4.25. 이후는 제2모형에 의하여 세금계산서를 발행하였으므로 시공사가 OOO에게 직접 발행한 것을 제1모형대로 청구법인을 경유하여 발행하는 것으로 경정하여야 하기 때문이다.

(2) 처분청은 청구금액의 적정여부를 확인할 수 없다고 하나, 청구법인은 회계처리에 대해 외부감사까지 받아 정확한 금액산정과 증빙제출이 가능하였기에 요구한 증빙을 모두 제출하였음에도 청구금액의 적정여부를 확인할 수 없다는 의견은 이해하기 힘들다.

(3) 이 건 경정청구가 이루어지지 않을 경우, 동일한 거래에 대하여 이중으로 세금계산서가 발행되어 부가가치세가 이중으로 납부되어 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 아래와 같이 청구법인이 쟁점사업의 주체로서 사업을 수행하여 왔음을 일관되게 주장한바, 이 건 경정청구에서 이에 반하는 주장을 하는 것은 납득하기 어렵다.

OOO

(나) 이 건 심판청구 이전에 청구법인이 주장한 내용

1) 심판청구(2014.12.26.) - 청구법인이 금융기관을 통해 자금을 조달하고 OOO이 이미 취득한 부지를 조성하는 용역제공을 수행하면서 전체 공사의 공정을 관리하고 공사대금을 지급하였으며 이에 따라 미성공사로 회계처리하였다.

2) 이의신청(2016.6.3.) - 시공사가 OOO으로 세금계산서를 발행했으나 대금은 청구법인의 예금으로 지급하여 청구법인은 미성공사에 대한 증빙이 없고, OOO은 매입세금계산서를 수취하였으나 자기의 재산에 변동이 없기 때문에 회계처리를 하지 못하였다.

(2) 청구법인이 쟁점사업의 주체로서 용역을 제공한 것으로 보아야 하고, 청구법인과 OOO은 변경된 협약서 작성(2013.4.25.) 전후로 제공 용역에 변동이 없으며, 청구법인도 이를 입증하지 못하고 있다.

(가) 심판결정문에서 쟁점사업 관련 세금계산서가 시공사→청구법인→OOO으로 발급되는 거래를 인정하였고, 청구법인 또한 청구법인이 쟁점사업의 주체라고 일관되게 주장하였다.

(나) 청구법인의 실질적 대표OOO에 대한 OOO의 판결문에서도 청구법인을 OOO 개발사업의 주체로 인정하였다.

(다) 2015년 제2기 부가가치세 확정신고 이후 시공사가 OOO에 발급한 세금계산서OOO의 수취자를 청구법인으로 정정하여 줄 것을 경정청구하였다.

(라) 법인세 신고서상에서 청구법인이 쟁점사업을 진행하고 있는 것으로 계상하였다OOO.

(마) 청구법인이 2011.11.18. OOO과 체결한 위수탁 협약서와 공동시행업무 협약서상의 청구법인의 업무분담은 ‘사업부지의 매입과 단지조성 및 분양’으로 변경된 사항이 없고, 실제로 공동시행협약서 작성 이후 자금집행 등 역할이 달라진 것을 확인할 수 없다.

OOO

따라서 심판청구의 원인인 이의결정서의 내용은 과세관청이 수정세금계산서 발급의 주체가 아니라는 의미이지, 청구법인이 주장하는 이중신고 및 납부의 근거가 될 수는 없는바, 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO에 발급한 세금계산서 OOO을 감액해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제22조[납세의무의 확정] ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

(2) 국세기본법 시행령

제10조의2[납세의무의 확정] 법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통·에너지·환경세 : 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때.(단서 생략)

(3) 부가가치세법

제11조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

(4) 부가가치세법 시행령

제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

제70조[수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차] ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우 : 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.5.12. 아래와 같이 2015년 제2기분 부가가치세 경정청구를 하였고, 처분청은 2017.7.17. 이에 대하여 아래와 같이 거부통지한 것으로 확인된다.

OOO

(2) 청구법인이 이 건 심판청구를 하기까지의 사실관계를 정리하면 다음과 같다.

(가) OOO 조성사업을 위해 OOO과 협약체결

1) 청구법인은 OOO과 2011.11.18. OOO체결한 후 조성사업비 중 민간투자금 OOO을 조달하기로 하고, 이에 근거하여 2011.11.29. OOO를 체결하였다.

2) 2011년 제2기～2013년 제2기 과세기간 동안 청구법인은 시공사 등으로부터 산업단지 조성 관련 용역에 대한 매입세금계산서OOO를 수취하였다.

3) 산업단지조성사업에 관한 감사원의 감사실시(2012년 10월) 후 2013.4.25. OOO과 위수탁 관계에서 공동시행관계로 변경한OOO를 체결하였다.

4) 위와 같이 협약변경 이후 청구법인과 OOO이 발주처로, 시공사가 계약상대자로 용역 표준계약서가 작성되었고, 쟁점사업 시공사들은 OOO을 공급받는 자로 세금계산서를 발행하였다.

(나) 세무조사 시 업무무관 등으로 매입세액을 불공제하였으나, 심판결정에서 청구법인의 업무관련 매입으로 인용결정되었다.

1) 2014년 6월 처분청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 2011년 제2기～2013년 제2기 동안 쟁점사업과 관련하여 수취한 매입세금계산서OOO를 불공제되는 매입세액에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 OOO을 고지하였으나, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 인용결정되었다.

2) 당시 처분청은 위 불공제되는 매입세금계산서를 업무와 관련이 없거나 토지 및 면세관련 매입으로 보았으나, 청구법인은 청구법인이 쟁점사업의 주체로서 OOO에게 산업단지 조성용역을 공급한다고 주장하였고, 심판결정문은 청구법인이 OOO에게 공단조성업무 등의 용역을 실제 제공한 사실과 거래처로부터 업무와 관련하여 용역을 제공받은 사실을 인정하였다.

(다) 청구법인은 2015년 제2기 산업단지 준공시점에 OOO을 공급받는 자로 하여 OOO의 매출세금계산서를 발행하고 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였다.

(라) 청구법인은 시공사가 OOO에게 발급한 매출세금계산서를 청구법인을 ‘공급받는 자’로 정정해 주도록 경정청구를 하였으나, 최종적으로 거부되었다.

1) 2016년 3월 청구법인은 2013년 제2기부터 2015년 제2기까지 시공사가 OOO으로 발행한 세금계산서 OOO의 공급받는 자를 청구법인으로 변경하여 줄 것을 경정청구하였고, 처분청이 이를 거부통지하자, 청구법인은 이의신청을 하였다.

2) 위 이의신청에 대해 OOO은 "수정세금계산서의 발급은 공급자가 할 수 있는 것이고, 과세관청의 세금계산서 수정에 관한 별도의 규정이 없는 이상 과세관청은 세금계산서를 수정할 수 있는 권한이 없다"고 아래와 같이 기각결정OOO하였다.

OOO

(마) 청구법인은 위 이의신청결정서를 이유로 들어, 청구법인이 OOO에게 발행한 세금계산서OOO에는 시공사가 OOO에 발행한 매출세금계산서 금액OOO이 포함되어 있어 부가가치세 이중신고·납부에 해당하므로 매출을 OOO으로 감해달라고 이 건 경정청구를 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제22조 제1항 및 같은 법 시행령 제10조의2 제1항 제1호에 따르면 부가가치세는 납세의무자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 신고납세제도를 채택하고 있고, 「부가가치세법」제32조 제7항에 따르면 세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서를 발급한 후 정정사유가 발생한 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 이 건 경정청구시 수정세금계산서를 발급하지 아니한 채 동일한 거래에 대하여 이중으로 세금계산서가 발행되어 부가가치세가 이중으로 납부되었다고 하면서 경정을 요구하고 있는 점, 청구법인은 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO에 발급한 세금계산서 OOO이 이중으로 발행되었다고 하나, 이를 뒷받침할 만한 객관적이고 명확한 근거를 제시하지 아니하고 있는 점, 청구법인의 심판청구 원인인 이의결정서의 내용은 과세관청이 수정세금계산서 발급의 주체가 아니라는 의미이지, 청구법인이 주장하는 이중신고 및 납부의 근거가 될 수는 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.