1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1976. 10. 28. 인천 남동구 고잔동에 본점을 두고 소금제조업ㆍ판매업 및 부동산 임대업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2006. 8. 10. 인천 서구 당하동에 있는 지점 사업장에 합성수지 제조업을 목적으로 추가하였다.

원고는 2007. 8. 28. 부동산 임대부문과 합성수지 사업부문을 물적분할하여 주식회사 삼지테크인(이하 ‘분할신설법인’이라 한다)을 설립하였다

(이하 ‘이 사건 분할’이라고 한다). 나.

원고는 이 사건 분할이 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제47조 제1항의 요건을 충족한 적격분할에 해당한다고 판단하고 2006. 10. 1.부터 2007. 9. 30.까지의 사업연도 법인세 신고시 이 사건 분할로 발생한 자산양도차익 4,126,864,446원을 손금산입하였다.

다. 분할신설법인은 이 사건 분할로 취득한 토지 및 공장 등에 관하여 조세특례제한법에서 정한 취득세와 등록세 면제 사유에 해당한다는 이유로 취득세 및 등록세 감면을 신청하였으나, 인천광역시 서구청장은 분할신설법인이 분할 전 합성수지 사업 부문에 관하여 발생한 받을 어음을 승계하지 않았고, 원고가 분할 이후에 합성수지 사업부문에서 발생한 받을 어음을 원고의 받을 어음 계정에서 처리하여 법인세법에서 정한 적격 분할에 해당하지 않는다는 이유로 2008. 11. 10. 분할신설법인에게 취득세, 등록세 등을 부과하는 처분을 하였다.

분할신설법인은 위 처분에 불복하여 행정소송을 제기하였으나, 이 사건 분할이 법인세법에서 정한 적격분할에 해당하지 않는다는 이유로 위 청구는 기각되었고, 위 판결은 2012. 4. 12. 확정되었다

(인천지방법원 2010구합2078, 서울고등법원 2011누12438, 대법원 2011두30502). 라....