[사건번호]조심2013중4803 (2014.06.03)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 신의성실의 원칙과 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없는 점 및 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청의 이 건 양도소득세 과세처분은 잘못이 없음

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의3

[참조결정]조심2012서5062 / 조심2012서5122 / 조심2012서3244

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.5.26. 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2004.12.14. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일)하여 보유하다가 2007.2.23. OOO원에 양도하고 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 OOO원을 납부하였다가, 2008.7.2. 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 따라 기 신고납부한 양도소득세 전액을 감면하는 경정청구를 하여 2008.10.7. 양도소득세 OOO원을 환급받고 농어촌특별세(20%) OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보아 2013.4.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정‧고지하고, 농어촌특별세 OOO원을 환급하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.7.8. 이의신청을 거쳐 2013.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제99조의3은 신축주택보급을 늘리는 한편 신축주택에 대한 수요를 높여 건설 및 부동산 경기를 활성화하는 데 있는바 재건축사업은 동 법령의 취지에 부합하고, 동 법조에서 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로 인하여 발생한 소득”을 감면소득금액으로 규정하고 있으므로 동 조문을 문리해석하면 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도일까지 발생하는 소득뿐만 아니라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생하는 소득까지 감면소득금액으로 봄이 타당하다.

또한,자기가 건설한 건축물의 취득시기는 사용검사필증교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)로 규정하고 있고, 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3에서 감면소득금액 계산시 준용하도록 한 같은 법 시행령 제40조의 산식에서 “취득당시”를 분자의 경우에는 신축주택의 취득일로, 분모의경우에는 종전주택의 취득일로 해석하는 것은 자의적 해석으로서 조세법률주의에 위배되므로 위 산식에서의 “취득당시”란 신축주택의 취득일을 적용하는 것이 타당하다.

(2) 조합원 재건축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득세는 전액 감면되는 것으로 납세자들에게 받아 들여져 왔음에도, 과세관청에서는 청구인 등 신축주택 양도자의 양도소득세 신고내용에 대하여 아무런 조치가 없다가 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액을 과세특례대상에서 제외하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이다.

(3) 설령, 이 건 과세처분이 적법하다고 하더라도2008.10.7. 처분청은 청구인이 제기한 경정청구를 받아들임에 따라 청구인으로서는 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하는양도소득세 100% 감면을 확신할 수 밖에 없었으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조의3에 의하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구주장은 이유없다.

(2) 과세관청이 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고있는 신축주택 취득자의 양도소득세에 대한 감면대상이 종전주택과 신축주택 전체의 양도소득금액이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고,동 조문에 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 준용한다고 명시하고 있으므로 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 이유없다.

(3) 이 건과 동일한 사안에 관하여 서울고등법원의 판결(2012.12.21. 선고 2011누45193 판결)에서 과세관청이 납세자의 경정청구를 받아들인 후 당초의 경정청구가 잘못되었음을 이유로 다시 부과처분하면서 납부불성실가산세를 고지한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례와 관련하여 새로운 유권해석에 따라 감면을 부인하고 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 과세한 처분이 위법·부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1995.5.26. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 종전주택을 멸실한 후 2004.12.14. 신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날 이전인 2007.2.23. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2)국세통합전산망 조회자료 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 2008.8.6. 양도소득금액 OOO원, 산출세액 OOO원, 예정신고납부세액공제 OOO원, 납부할세액 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2008.7.2. 신축주택 양도가 「조세특례제한법」제99조의3에 해당하여 100% 양도소득세 감면대상에 해당하는 것으로 보아 경정을 청구하였고, 2008.10.7. 처분청은 이를 받아들여 양도소득세 OOO원을 환급하고 농어촌특별세 OOO원을 경정고지하였다.

(3) 그 후 처분청은 2013.4.12. 감면세액을 OOO, 납부불성실가산세를 OOO으로 계산하여 이 건 양도소득세 부과처분을 하고,농어촌특별세 과다납부세액 OOO은 환급한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 재건축조합의 조합원이 취득하는 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득세의 전액을 감면해 왔으므로 그 해석과 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져 비과세관행이 성립하였다고 주장하면서 ‘양도소득세를 100% 감면으로 신고한 110개 공동주택단지 현황’과 ‘경정처분으로 양도소득세를 100% 감면받은 306개 공동주택 현황’을 제출하였는데,

처분청이 제출한 심리자료에 의하면 ‘경정처분으로 양도소득세를 100% 감면받은 306개 공동주택 현황’에서 청구인이 신축주택을 양도한 2007년에 양도한 것으로 기재된 34명의 양도소득세 과세내역을 검토한 결과 감면 23건(6건의 양도사실 없음, 2건은 과세제외, 3건은 감면세액 없음)으로 당초 감면세액 유지 12건, 감면세액 감소 11건이며, 이중 경정청구한 건은 14건으로 당초 감면세액 유지 7건이며 감면세액 감소 7건으로 청구인의 주장은 사실과 다른 것으로 나타난다.

(5) 먼저, 청구인은 「조세특례제한법」 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 규정에 대하여 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도일까지 발생하는 소득뿐만 아니라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생하는 소득까지 감면소득금액으로 보는 것으로 해석하여야 하고, 같은 법 시행령 제99조의3에서 감면소득금액 계산시 준용하도록 한 같은 법 시행령 제40조의 산식에서 분자·분모의 “취득당시”란 모두 신축주택의 취득일을 적용하여야 한다고 주장하나, 위 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있는바, 제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 처분청과 같은 방식으로 산식을 적용할 경우 신축주택 취득일부터 기산하여 5년이 되는 날까지의 양도소득금액이 감면대상소득금액으로 산정되고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되는 결과가 되어 결국 동 조항의 입법취지에 따라 감면소득금액이 합리적으로 산정된 것으로 보이는 점(조심 2012서5062, 2013.3.8., 조심 2012서5122, 2013.3.19. 등 같은 뜻임) 등을 감안할 때, 이 부분에 관한 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(6) 다음으로, 청구인은 새로운 예규를 소급적용하여 감면을 부인한 것은 신의성실의 원칙, 소급과세금지원칙에 반하고 2008.10.7. 신축주택 취득일 이전 양도소득이 감면대상이라는 경정청구가 받아들여짐에 따라 양도소득세 감면을 확신할 수 밖에 없었으므로 납부불성실가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 과세관청이 납세자에 부과된 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다 하더라도 그러한 사정만으로는 이와 같은 사안에서 상당한 기간에 걸쳐 과세관청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면해 오면서 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어렵고, 달리 원고 주장과 같은 비과세관행이 있었음을 인정할 증거가 없는 점, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 점 등을 감안하여 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수도 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012서3244, 2012.9.28. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제15조(신의‧성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 조세특례제한법

제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

④ 법 제99조 3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.