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피합병법인의 연구 및 인력개발비 세액공제의 합병법인에의 승계여부
조세심판원 질의회신 | 2007-02-14 | 서면인터넷방문상담2팀-310 | 법인
문서번호

서면인터넷방문상담2팀-310 (2007.02.15)

세목

법인

요 지

피합병법인의 세액공제의 합병법인 승계여부는 세액공제대상이 되는 당해 사업이 피합병법인의 합병평가차익등의 과세요건 등을 충족한 경우 적용되는 것임

회 신

내국법인의 합병으로 인한 세액공제의 승계는 「법인세법」 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 경우에 적용되는 것으로, 귀 질의의 경우 피합병법인이 합병전 전자통신제품 제조를 위해 연구개발부문을 운영하였으나 「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 제조업을 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도말까지 폐지한 경우에는 「법인세법 시행령」 제96조 제2항의 세액공제를 적용받을 수 없는 것임

관련법령

법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

본문

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

미국에 주사무소를 둔 갑법인은 내국법인 을법인과 병법인의 지분을 100% 소유하고 있음. 을법인은 전자통신제품을 도소매하며 병법인은 공장시설을 갖추고 을법인이 도매하는 전자통신제품을 제조하며 이와 관련된 연구활동을 위해 연구개발전담부서를 두고 있음. 병법인은 연구개발전담부서에서 발생된 비용에 대해 조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받고 있었음. 을법인은 병법인을 흡수하는 형식으로 2005년 1분기에 합병함. 합병후 2005년 4분기에 을법인은 합병전 병법인이 소유하던 공장시설의 매각으로 제조업을 폐지했으나 연구개발전담부서는 유지함. 을법인의 사업영역은 모법인(갑법인)으로부터 전자통신제품을 수입 판매하는 도소매와 모법인의 연구개발의뢰에 대한 대가를 받고 있는 연구개발이 있음.

○ 질의내용

1. 병법인의 연구 및 인력개발에 대한 세액공제를 을법인이 승계함에 있어 합병전 병법인의 연구개발부문이 전자통신제품 제조를 위해 운영한 경우 합병등기일이 속하는 사업연도에 을법인이 제조업을 폐지한 경우 세액공제의 승계여부

2. 을법인의 연구개발전담부서가 모법인(갑법인)으로부터 연구개발용역을 수탁받은 경우 관련 경비의 연구 및 인력개발에 대한 세액공제 해당여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법 등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】

② 법 제59조 제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. (1998. 12. 31. 개정)

2. 법 제59조 제1항 제3호의 규정에 의한 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위 안에서 이월공제잔여 기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제 (1998. 12. 31. 개정)

③ 제2항 각호의 규정은 법 제44조 제1항 각호 또는 법 제46조 제1항 각호 및 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용하며, 법 제44조 제2항ㆍ법 제46조 제2항 및 법 제47조 제2항 전단에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도부터 이를 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31. 개정)

법인세법 제44조 【합병평가차익상당액의 손금산입】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것 (2001. 12. 31. 개정)

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 (1998. 12. 28. 개정)

법인세법 시행령 제80조 【합병평가차익상당액의 손금산입】

③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호의 규정에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 “사업”이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 동호의 규정에 해당하는 사업부문의 자산에 한하여 제2항의 규정을 적용한다.(1998. 12. 31. 개정)

법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】

④ 제80조 제3항 및 제6항의 규정은 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정 및 적용에 관하여 이를 준용한다. 이 경우2 이상의 사업을 승계받아 일부만 계속 또는 폐지하는 경우의 승계결손금의 범위액 및 익금산입액은 승계한 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로 한다. (2006. 2. 9. 항번개정)

나. 관련 예규 ( 예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례 등 )

○ 법인46012-2022, 1999.05.31

【질의】

의료기 제조업을 주업으로 하고 도매업 및 일부 토지의 임대업을 부수적으로 운영하던 갑법인이

- 1998. 3. 생산을 중단하고 제조관련 기계장치 및 원재료 등의 재고자산을 특수관계없는 법인에 매각하고

- 공장건물을 사무실용으로 개조하여 1998. 7.이후 특수관계있는 을법인에 임대하였으며

- 부동산 임대업 및 수입대행 서비스업을 영위하던 당시 1999. 4. 12 의약품 및 화공약품을 생산하는 을법인에 합병되었음.

- 합병법인은 제조업 및 승계받은 서비스업을 계속하여 영위하고, 승계받은 임대사업은 합병전 피합병법인으로부터 건물을 임차사용하였던 것이므로 합병후 영위하지 아니함.

- 합병일 현재 피합병법인의 장부가액에 의해 1:1비율에 의해 합병하고 합병대가는 전부 합병법인의 주식으로 받기로 하는 등 법인세법 제44조 제1항 제2호의 요건을 갖추었음.

위 경우가 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제3호의 요건을 갖춘 것인지 여부

o 만약 법인세법 제44조 제1항 제3호의 요건에 해당하지 아니할 경우

- 합병법인이 승계받은 고정자산가액의 1/2 이상을 임대업에 사용할 경우 당해 요건에 해당하는지 여부

【회신】

합병으로 인하여 부동산의 소유권이전시 특별부가세의 이월과세를 적용받을 수 있는 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건에 해당여부를 판정함에 있어,

합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 임대사업용 부동산을 합병등기일 이후 당해 사업연도 종료일까지 임대사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법인세법 제44조 제1항 제3호의 요건을 갖춘 것으로 보지 아니하는 것이나,

피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 승계한 당해 임대사업에 직접 사용하는 경우에는 위 요건을 갖춘 것으로 보는 것임.

○ 서면2팀-2497, 2004.11.30

질의 1의 경우, 법인세법 제44조 제1항 제1호의 합병평가차익상당액의 손금산입규정을 적용함에 있어서“합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인”이란 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것으로,(이하생략)

○ 서면2팀-824, 2006.05.12

귀 질의의 경우 제조업 등을 영위하는 내국법인이 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받은 바 없이, 자체기술개발을 위하여 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비로 지출하는 비용은 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나,

자체기술개발과 관련없이 거래처의 납품의뢰에 따라 의뢰받은 제품의 사양, 디자인개발 등의 개발용역에 종사하는 자의 인건비는 그러하지 아니하는 것으로, 귀 질의가 어느 경우인지는 사실판단할 사항임.

○ 서면2팀-721, 2006.05.02

귀 질의의 경우 제조업 등을 영위하는 내국법인이 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받은 바 없이, 자체기술개발을 위하여 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비로 지출하는 비용은 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나,

자체기술개발과 관계없이 거래처의 납품의뢰에 따라 의뢰받은 제품의 사양, 디자인개발 등의 개발용역에 종사하는 자의 인건비는 세액공제 대상이 아닌 것으로, 귀 질의의 경우가 어디에 해당되는지는 사실판단할 사항임.

○ 서면2팀-1867, 2005.11.21

귀 질의의 경우와 같이 프로그램개발 용역업무를 영위하는 법인이 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 부가통신업 관련 업무를 1년 이상 담당하는 ‘직원의 인건비 및 소프트웨어, 데이트베이스의 유지ㆍ보수ㆍ개발을 위한 비용’은 「조세특례제한법」 제9조의 ‘연구 및 인력재발준비금의 손금산입’을 적용하는 것이나,

해당 법인이 연구개발 전담부서가 없거나, 타인으로부터 위탁받은 연구개발용역업무에 종사하는 자의 인건비등의 상기 지출비용에 대하여는 같은법 제10조의 세액공제를 적용받을 수 없는 것임.

○ 재조예46019-142, 2002.09.06

내국인이 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받고 동 개발용역수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 조세특례제한법 제10조의 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것임.

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